美国医学文献数据课件

美国医学文献数据库PubMed肖婷芳kenshinxiaoxia昌大医图文检教研室135-1791-72572012.34美国医学文献数据pubmed-2012.3授课内容一、数据库概况二、检索途径及检索规则三、检索结果处理四、PMC4美国医学文献数据pubmed-2012.3一、数据库概况

NIH：NationalInstitutesofHealth（国立卫生研究所）NLM：NationalLibraryofMedicine（国立医学图书馆）NCBI：NationalCenterforBiotechnologyInformation（美国国立生物技术信息中心）NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NIH底下的NLM的部门之一。Pubmed是NCBI数据库搜索与存取系统Entrez的可检数据库之一。在entrez上可获取单一数据库或多个数据库的整合数据，例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（OpenAccess）数据库包括如下：医学文献数据库全文电子期刊库人类孟德尔遗传基因图谱DNA与蛋白质序列3D蛋白质结构NCBI分类学4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）主办单位：NLM创建的生物医学文献书目型数据库（二）收录范围：年限：1949-今文献量：

-收录全球80多个国家和地区的5200多种生物医学期刊，大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委员会LiteratureSelectionTechnicalReviewCommittee(LSTRC)评估挑选,由NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。-累积了2000多万篇文献，年收录文献约40万篇，涉及37个语种，回溯至1950年的数据涉及60个语种。数据库47%为美国本土出版的文献，90%为英文文献，79%的文献有著者撰写的英文摘要。4美国医学文献数据pubmed-2012.3

-是一个免费的生物医学文摘数据库，约10%论文提供全文（PMC），大部分论文提供指向全文提供者（付费或免费）的链接。学科范围：

-主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。-包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。-2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。4美国医学文献数据pubmed-2012.3（三）PubMed与MEDLINEMEDLINEIndexed 1966toprensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有[PubMed-indexedforMEDLINE]

OldMDENLINE 1949-1965年间的MEDLINE数据，没有MeSH字段和摘要，每条记录标有[PubMed-OLDMEDLINE]

4美国医学文献数据pubmed-2012.3（三）PubMed与MEDLINEMEDLINEInprocess 1996年8月开始，PubMed每天收录由Medline的期刊出版商提供的尚未经规范处理的数据，该库中的记录只有简单的书目信息和文摘。该库中的数据每周一次转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。当进入MEDLINE时就会被标引MeSH词、文献类型及其它数据。每条记录标有[PubMed-inprocess]。4美国医学文献数据pubmed-2012.3（三）PubMed与MEDLINENotMEDLINE

出版商提供的电子文献中MEDLINE不收录的数据。出版商一般提供的是整本期刊的信息，一部分数据每日将被添加到PreMedline中去,若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存。每条记录标有[PubMed-assuppliedbypublisher]。4美国医学文献数据pubmed-2012.3Pre-MedlineNewDataPubMedProcessMedlineCollect

NotMedlineOldMedlinePubMed数据收录情况4美国医学文献数据pubmed-2012.34美国医学文献数据pubmed-2012.3基本检索高级检索工具与资源：提供期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索等检索限定二、检索途径及检索规则4美国医学文献数据pubmed-2012.3

SingleCitationMatcher-单篇引文匹配器

Batch

CitationMatcher-多篇引文匹配器ClinicalQueries-与临床相关的疗法，诊断，病因，预后Topic-Special

Queries-专题查询提供专项信息检索服务MeSHDatabase

-主题词库JournalDatabase-期刊库Clinicaltrails-对公众提供临床科研的当前信息E-Utilities-Entrez程序设计公用程序Linkout-外部链接工具与资源4美国医学文献数据pubmed-2012.3二、检索途径及检索规则检索规则：1、逻辑组配符AND/OR/NOT

运算符大写如：asthmaAND(therapyORtreatment)

直接输入一个或多个检索词，系统默认空格为AND检索

如：placentagrowthoxygen（一）基本检索4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索检索规则：2、字段限定符：[]

空格按词组匹配如：Stemcelltransplantation[ti]TItitle题名TIABtitle/abstract题名和摘要AUauthor著者ADaffiliation第一著者单位和地址SOjounaltitle刊名或ISSNPTpublicationtype文献类型DPpublicationdate文献出版日期LAlanguage语种ALLallfields所有字段TWtextword文本词VIvolume卷IPissue期PGpagination页码TTtransliteratedtitle翻译题名1AUfirstauthorname第一著者姓名LASTAUlastauthor排名最后著者FAUfullauthorname著者全称PSpersonalnameassubject作为文献主题的人名MHMeSHtermsMeSH主题词MEJRMeSHmajortopicMeSH主题词SHMeSHsubheadingsMeSH副主题词PMIDUIDpubmed唯一识别号4美国医学文献数据pubmed-2012.3PubMed记录字段说明15文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期4美国医学文献数据pubmed-2012.316电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称4美国医学文献数据pubmed-2012.317最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号4美国医学文献数据pubmed-2012.318作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索检索规则：著者检索(authors)：-姓全称在前，名首字母在后-以AU作为限定字段 如：CooperSL[au]wenym[au]-2002年以后的文章可以查著者全名，字段名为FAU 如：Coopersheldonlee[FAU]4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索检索规则：期刊检索（journals）：-刊名全称检索 例：NewEnglandJournalofMedicine[so]-MEDLINE认可的标准刊名缩写检索 例：NEnglJMed[so]-国际标准期刊号检索 例：0028-4793[so]4美国医学文献数据pubmed-2012.3例1：检索JosephLeventhal研究干细胞移植的文献直接输入检索式：Stemcelltransplantation[ti]ANDLeventhalJ[AU]4美国医学文献数据pubmed-2012.3例2：检索《皮肤病研究杂志》上发表的文献

直接输入检索式：Journalofinvestigativedermatology[SO]刊名缩写：JInvestDermatol4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索检索规则：3、自动转换匹配检索词：智能检索-对输入名词自动在规范词表（主题词、副主题词、物质名称）、著者列表、刊名列表中匹配,对于常用医学物质名词默认在所有记录字段中检索。

如：renalfailure

“renalinsufficiency”[MeSHTerms]OR“renalinsufficiency”[AllFields]OR“renalfailure”[AllFields]

……

4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索检索规则：-如果在词表或索引中仍找不到相匹配的词组时，PubMed就将短语劈开，再重复以上顺序单独分别查找，直到找到相匹配的词，之后用AND连接起来。

如：pressurepoint

("pressure"[MeSHTerms]OR"pressure"[AllFields])

AND

point[AllFields]4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索检索规则：4、强迫短语匹配符：“”严格按输入形式匹配，不再自动转换匹配和扩展检索，常用于词组和专有名词检索。

如：oxygenfreeradicals

氧自由基备注：使用searchdetails查看系统内部检索词运算过程

4美国医学文献数据pubmed-2012.3直接输入oxygenfreeradicalsDetails显示：("oxygen"[MeSHTerms]OR"oxygen"[AllFields])AND("freeradicals"[MeSHTerms]OR("free"[AllFields]AND"radicals"[AllFields])OR"freeradicals"[AllFields])4美国医学文献数据pubmed-2012.3添加限定符："oxygenfreeradicals"Details显示："oxygenfreeradicals"[AllFields]4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索5、SearchDetails显示检索词的详细匹配运算过程用途：

-转换、确定规范词如：renalfailure

renalinsufficiency

-修改检索式4美国医学文献数据pubmed-2012.3可直接在此修改检索式该检索式页面链接，可保存在网络收藏夹中4美国医学文献数据pubmed-2012.3（一）基本检索检索规则：6、截词符：*一般只作“后截断”使用，系统最多截取600个匹配的单词

如：输入treat*

检出treatment、treats、treated、treating等

备注：-

不执行自动转换检索词功能；

-截词检索只限于单词，对词组无效.

4美国医学文献数据pubmed-2012.3（二）检索限制(Limits)时间文献类型语种物种性别专辑对象年龄全文获取限定检索字段重置或检索4美国医学文献数据pubmed-2012.3（二）检索限制(Limits)

例3：检索近两年有关细胞凋亡的综述文献，要求可看免费全文

内容特征：

apoptosis外部特征：

last2yearsreviewfreefulltext4美国医学文献数据pubmed-2012.3输入检索词选择文献发表年限勾选文献类型勾选免费全文执行检索4美国医学文献数据pubmed-2012.34美国医学文献数据pubmed-2012.3检索式编制检索式历史其他检索资源二、检索途径及检索技术（三）高级检索(Advancedsearch)4美国医学文献数据pubmed-2012.3（三）高级检索1、检索式编制(searchbuilder)通过索引选词构建复杂检索式例4：研究重度抑郁症激素替代疗法的非中文文献内容特征激素替代疗法hormonereplacementtherapy抑郁症，重度depressivedisorder,major外部特征非中文NOTchinese4美国医学文献数据pubmed-2012.3输入检索词：hormonereplacement4美国医学文献数据pubmed-2012.3直接编辑检索式执行检索执行检索结果预览4美国医学文献数据pubmed-2012.34美国医学文献数据pubmed-2012.3（二）高级检索2、检索历史(History)以列表形式显示历次检索式、检索时间和检出篇数。组配、调整检索式。4美国医学文献数据pubmed-2012.33、主题词检索（MeSHDatabase）确定规范化主题词查看主题词词义注释、树状结构表选择副主题词、扩展主题词、主要主题词4美国医学文献数据pubmed-2012.3例5：欲查近5年肾衰竭饮食疗法并进一步观察其疗效的相关文献。内容特征：

renalfailurediettherapytreatmentoutcome

外部特征：

last5years4美国医学文献数据pubmed-2012.3检索结果中有些文献并非介绍肾衰竭药物治疗CystatinC-AFastandReliableBiomarkerforGlomerularFiltrationRateinHeadandNeckCancerPatients.

胱蛋白酶抑制剂C-一种标记头颈癌病人肾小球过滤率的快速有效的生物标志4美国医学文献数据pubmed-2012.3检索分析关键词检索逻辑关系粗浅、修饰概念匹配不特定、检索词涵盖不全面主题词检索逻辑关系紧密、修饰概念匹配特定、下位词检索全面4美国医学文献数据pubmed-2012.3输入检索词：Renalfailure4美国医学文献数据pubmed-2012.3点按规范词可获详细注解4美国医学文献数据pubmed-2012.3主题词注释副主题词选择检索式构建盒4美国医学文献数据pubmed-2012.3加权：该主题词作为主要主题词检索扩展树：不进行下位词扩检入口词：该规范词所代替的非规范词主题词树形结构表：显示该词的学科隶属关系4美国医学文献数据pubmed-2012.3CBM中对应主题词解释界面4美国医学文献数据pubmed-2012.3附：副主题词树状表的11棵词树及分支(共71个)/anatomy&histology解剖学和组织学/bloodsupply/血液供给/cytology/细胞学/pathology/病理学/ultrastructure/超微结构/embryology/胚胎学/abnormalities/畸形/innervation/神经支配/analysis分析/blood/血液/cerebrospinalfluid/脑脊髓液/urine/尿/isolation&purification/分离和提纯/chemistry化学/analogs&derivatives/类似物和衍生物/chemicalsynthesis/化学合成/Antagonists&inhibitors/拮抗剂和抑制剂/agonists/激动剂/physiology生理学/physiopathology/病理生理学/genetics/遗传学/Growth&development/生长和发育/immunology/免疫学/secretion/分泌/metabolism/代谢/blood/血液/cerebrospinalfluid/脑脊髓液/urine/尿/biosynthesis/生物合成/enzymology/酶学/pharmacokinetics/药代动力学/dificiency/缺乏4美国医学文献数据pubmed-2012.3附：副主题词树状表的11棵词树及分支(共71个)/etiology病因学/chemicallyinduced/化学诱导/complications/并发症/secondary/继发性/congenital/先天性/embryology/胚胎学/genetics/遗传学/immunology/免疫学/microbiology/微生物学/virology/病毒学/parasitology/寄生虫学/transmission/传播/pharmacology药理学/administration&dosage/投药和剂量/diagnosticuse/诊断应用/pharmacokinetics/药代动力学/contraindications/禁忌证/adverseeffects/副作用/poisoning/中毒/toxicity/毒性/diagnosis诊断/pathology/病理学/radiography/放射摄影术/radionuclideimaging/放射性核素显像/ultrasonography/超声检查/statistics&numericaldata统计学和数值数据/epidemiology/流行病学/ethnology/人种学/mortality/死亡率/therapy治疗/diettherapy/膳食疗法/drugtherapy/药物疗法/radiotherapy/放射疗法/surgery/外科学/transplantation/移植/prevention&control/预防和控制/nursing/护理/rehabilitation/康复4美国医学文献数据pubmed-2012.3附：副主题词树状表的11棵词树及分支(共71个)/therapeuticuse治疗应用/administration&dosage/投药和剂量/adverseeffects/副作用/contraindications/禁忌证/poisoning/中毒/organization&administration组织和管理/economics/经济学/legislation&jurisprudence/立法和法学/supply&distribution/供应和分配/manpower/人力/utilization/利用/standards/标准/trends/发展趋势未进入树状表的12个副主题词/drugeffects/药物作用/radiationeffects/辐射效应/injuries/损伤/pathogenicity/致病力/psychology/心理学/veterinary/兽医学/classification/分类/methods/方法/history/历史/education/教育/instrumentation/仪器和设备/ethics/伦理学4美国医学文献数据pubmed-2012.3将组配检索式放入检索盒中4美国医学文献数据pubmed-2012.3进一步检索肾衰竭综合疗效观察（treatmentoutcome）输入新主题词：Treatmentoutcome4美国医学文献数据pubmed-2012.3选择逻辑组配符将主题词放入检索盒中4美国医学文献数据pubmed-2012.34美国医学文献数据pubmed-2012.3通过MeSHDatabase检索的结果，共26篇检索结果更为专指4美国医学文献数据pubmed-2012.3MESH检索的优点查全同义词:

如：renal/kidneyfailure…查全子概念:

如：chronic/acutekidneyfailure根据树形结构调整检索词缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考提高文献相关度标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章MajorTopicHeadings（加权，重点论述的主题）4美国医学文献数据pubmed-2012.3MESH检索的缺点人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（InProcess），用MeSH会漏检。

Medline不收录的文献，Suppliedbypublisher的文献，不标MeSH词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。如：SARS（03年词表中没有），舌根癌备注：查上述类型文献需结合自由词检索4美国医学文献数据pubmed-2012.3例6：检索近五年有关舌根癌治疗的文献。要求：检出文献尽量相关，且不要漏检新文献。使用主题词检索途径做主要检索使用基本检索途径查全新文献4美国医学文献数据pubmed-2012.3提示舌根癌的不同表达形式：

tonguebasecancer、cancer/carcinoma/tumoroftonguebase、cancerofthebaseoftongue…治疗包括：drugtherapy、therapy、surgery、radiotherapy、rehabilitation、treatment…4美国医学文献数据pubmed-2012.3输入检索词：tonguecancer勾选副主题词：drugtherapy、therapy、surgery、radiotherapy、rehabilitation送入searchbox继续组配自由词舌根：tonguebase/baseoftongue/baseofthetongue4美国医学文献数据pubmed-2012.3("TongueNeoplasms/drugtherapy"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/radiotherapy"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/rehabilitation"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/surgery"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/therapy"[Mesh])AND(tonguebaseORbaseoftongueORbaseofthetongue)4美国医学文献数据pubmed-2012.3直接输入检索式：(tonguebase[ti]AND(cancer*[ti]ORcarcinoma*[ti]ORtumor*[ti]))AND(therapyORsurgeryORrehabilitationORradiotherapy)Photodynamictherapyandend-stagetonguebasecancer:shortcommunication.简短交流：末期舌底肿瘤的光动力学疗法Transoralroboticbiopsyofthetonguebase:Anovelparadigmintheevaluationofunknownprimarytumorsoftheheadandneck.经机器人舌底活检：评估未知原位头颈肿瘤的新方法4美国医学文献数据pubmed-2012.34、期刊数据库（JournalsDatabase）通过输入刊名全称、Medline标准缩写浏览期刊出版社详细信息。例7：输入NENGLJMED刊名简称，了解其全称及其出版情况，并进一步检索该期刊所有文献。4美国医学文献数据pubmed-2012.3输入刊名：NENGLJMED期刊分类浏览4美国医学文献数据pubmed-2012.3查看出版社详细信息刊名加入检索盒4美国医学文献数据pubmed-2012.34美国医学文献数据pubmed-2012.35、单引文匹配（SingleCitationMatcher)输入文献外部特征信息，查找特定文献。刊名要准确，缩写要标准著者姓名大小写不敏感例8：查找黄国俊2006年发表在中华肿瘤杂志上的文献4美国医学文献数据pubmed-2012.34美国医学文献数据pubmed-2012.36、临床问题（ClinicalQueries)专门检索临床研究方法学（循证医学）文献，分为三个专题：临床研究文献、系统综述、医学遗传学供查找病因、诊断、治疗、预后及临床预报指南五个方面的文献；选择scope选项，强调查准和查全。供查找疾病的系统评价文献、meta分析、临床实验评论、实践指南等循证医学方面的文献。供查找疾病医学遗传学方面的文献，设有遗传诊断、鉴别诊断、遗传疾病临床症状、组织管理、遗传咨询、分子遗传学、遗传检测等分类。输入疾病名称4美国医学文献数据pubmed-2012.37、专题问题（Topic-SpecificQueri