新一代无创产前筛查技术NIPT2.0临床应用策略专家共识

【摘要】新一代无创产前筛查技术(NIPT2.0)是近年来基于高通量测序成功实现的对胎儿染色体非整倍体、微缺失/微重复综合征和显性单基因遗传病进行遗传病、对部分染色体异常(尤其是13三体、性染色体异常和部分微缺失/微重复综合征)检测不够准确、阳性预测值较低的缺陷。如何合理、规范地应用NIPT2.0,最大限度地发挥出生缺陷是影响我国人口质量的重要因素.有研究显示，3%~5%的活产儿存在出生缺陷[1],15%~25%的出生缺陷是由遗传性疾病所致[2],其中染色体异常和单基因遗传病为最主要基于母体外周血游离DNA(cellfreeDNA,cfDNA)的无创产前检测(nonGinvasiveprenataltesting,NIPT)技术已在全球得到了广泛的应用，成为染色体非整倍体产前筛查的重要手段。2023年美国医学遗传学与基因组学学会(AmericanCollegeofMedicalGeneticsandGenomics,ACMG)强烈建议对所有单胎和双胎妊娠孕妇进行胎儿21三体、18三体NIPT筛查[3]。近年来，扩展性无创产前检测(NIPTPlus)将NIPT技术扩展到了染色体微缺(9)医师认为明显影响结果准确性的其他情形。除外上述不适用情形，在孕妇或其家属充分知情同意的前提下，可选择NIPT2.0。1.4目标疾病NIPT2.0应优先考虑发病率高、后果严重、基因型与表型关联明确的疾病进行检测。对这些疾病进行筛查，能够提供重要的生育决策信息，同时有助于改善围产期的管理与治疗，从而改善患者的生活质量。1.4.1染色体非整倍体优先考虑的常染色体非整倍体至少应包含21、18、13三体(T21、T18和T13)。其他的常染色体非整倍体、性染色体异常(表1)等，除45,X外，基于现有的证据不建议常规进行报告，但鉴于其可以提示一些妊娠并发症，建议作为意外发现进行报告，以收集相关疾病更多的证据。作为意外发现报告的性染色体异常，不建议报告具体的异常核型，而是仅报告为“性染表1建议NIPT2.0可报告的染色体非整倍体序号疾病名称区域报告类别115三体综合征意外发现报告216三体综合征意外发现报告322三体综合征意外发现报告445,X综合征可常规报告547,XXX综合征意外发现报告647,XXY综合征意外发现报告747,XYY综合征意外发现报告1.4.2染色体微缺失/微重复综合征根据现有报道，表2所列举的11种常见微缺失综合征相对发病率高、后果严重，基因型与表型的关联较为明确[21]。对于探针覆盖区域意外发现的评级为致病性(P)或疑似致病性表2建议纳入NIPT2.0筛查范围的常见染色体微缺失综合征关键区域(GRCh38)2Chr22:18924718-21111383(GeneRe1p36缺失综合征Chrl:10001-12780116(DEC3Chr4:1567470-2108509(DEC4Chr5:10001-12533192(DEC567Chr15:22677345-28193120(DECIPHER)&.Chr15:23374765-28193120(DEC8Chr15:22677345-28193120(DECIPHER)&.Chr15:23374765-28193120(DEC9Chr17:16869758-20318836(DEC1.4.3显性单基因遗传病疾病选择的一般原则包括发病率较高(如≥1/100000)、表型2检测前咨询以及知情同意胎儿患病的可能性，孕妇须按时进行后续的常规产前检查；(3)应告知影响检测结果的可能因素。这些因素在本文第6部分有详细阐述；表3建议纳入NIPT2.0筛查范围的基因及其所致的显性遗传性单基因遗传病123456789努南样综合征结节性硬化1型结节性硬化2型曲骨发育不全FGFR3SOS1RAF1RIT1SOS2CBLRAD21HDAC8MECP2NSD1FGFR2FGFR2FGFR2眼泪管-耳-齿-指(趾)综合征33X连锁显性点状软骨发育不良EBP35软骨成长不全Ⅱ型或软骨发育36Stickler综合征1型COL2A138神经纤维瘤1型NF139神经纤维瘤2型NF23临床应用路径3.1样本采集、运输和存储按照无菌操作要求，用游离DNA保存管(远距离运输时)或EDTA抗凝管(院内实验室检测)3.2血浆游离DNA提取、文库构建、杂交捕获、上机测序和数据分析本条目仅适用于基于靶向捕获高深度测序技术进行染色体异常和显性单基因遗传病的对于单基因遗传病，捕获探针应覆盖目标基因的全部外显子以及外域，如+10/-10个碱基。3.3变异解读CNV进行定期(如每6个月)回顾分析。如发现临床意义不明的变异(variantofunc3.4报告撰写3.5样本与资料信息的保存标本、信息和资料的保存期限应不少于3年.3.6妊娠结局随访和数据总结采血机构应当对孕妇的妊娠结局进行追踪，建议随访至分娩后1年。随访内容应包括：造成的检测失败率控制在不超过5%。4检测后的遗传咨询及干预能性.应强调检测结果不能作为最终的产前诊断结果，要求孕妇按时进行后续的常规产前检对筛查结果为染色体异常高风险者，可按现有流程选择适宜的产前amplification,MLPA)和荧光定量PCR等mesequencing,WES)进行产前诊断.对经产前诊断确诊者(真阳性),在遗传咨询时应充分与5.1知情同意原则细说明NIPT2.0的适用范围和局限性5.2检测前质量控制5.3检测中质量控制机测序)区等5个区域。有条件者可设置6个分区，即试剂准备区、标本制备区、扩增前区、5.4检测后质量控制检测报告需由具备相关资质的2人核对审核后方可签发，审核人应具备副高级或以上相6局限性6.5科学发展水平的局限性的疾病(如疾病表型不完全外显或严重程度有较强异质性),须在患者对检测局限性充分知6.6其他局限【推荐意见1】对新发突变导致的显性单基因遗传病进行产前筛查是出生缺陷防控的重要手段。(赞成率100%)【推荐意见2】对胎儿染色体非整倍体、微缺失/微重复综合征和显性单基因遗传病进累其在普通孕妇人群中的检测数据以全面评估其性能。(赞成率100%)【推荐意见3】NIPT2.0适用于孕12+0~22+6周的单胎妊娠孕妇。对于孕周>22+6者，存在产前诊断和临床决策时间较晚的风险。(赞成率96.55%)【推荐意见4】夫妇一方或双方具有明确的染色体异常或基因变异、有家族史或不良孕产史、影像学检查提示胎儿有结构异常等具有产前诊断指征的孕妇，不推荐NIPT2.建议进行产前诊断。(赞成率100%)【推荐意见5】NIPT2.0应优先考虑对发病率高、表型严重、基因型与表型关联明确的成率100%)[1]MaiCT,IsenburgJL,CanfieldMA,etal.esformajorbirthdefects,2010-[2]BrentRL.Environmentalcausesofhumancongenitalmalformations:tiplicityofenvironmentalandgeneticfactors[J].Pediatrics,2004,113(4Suppl):mics(ACMG)[J].GenetMed,2023,25(2):100336.DOI:10.1016/j.gim.2022.11.004.Erratumin:GenetMed,2023,25(8):100874.DOI:10.1016/j.gim.2023.100874.[4]LiangDS,CramDS,TanH,etal.Clinicalutilityofnoninvasive998-2006.DOI:10.1038/s41436-019-0467-4.[5]ShiPL,WangY,LiangHB,etal.Thepotentialofexpandednoninvasiveprenatalscreeningfordetectionof[6]WangCH,TangJX,TongKT,etal.Expandingtheapplicationofnon-ieprenataltestinginthedetectionoffoetalchromosomalcopynumbervariations[J].BMCMedGenomics,2021,14(1):292.DOI:10.1186/s12920-021-01131-6.[7]ChenYS,LuLKY,Zhangiveprenataltestingforfetalchromosomeapregnancies[J].AmJMedGenetA,2022,188(5):1426-1434.DOI:10.1002/a[8]YangYP,MuznyDM,Xiadforclinicalwhole-exomesequencing[J].JAMA,2014,312(18):1870-1879.DOI:10.diagnosisofMendeliandisorders[J].NEnglJMed,2013,369(16):1502-1511.DOI:[11]JónssonH,SulemP,KehrB,etal.Parentalinfluenceonhumangermlined22.DOI:10.1038/nature24018.[12]MohanP,LemoineJ,TrotterC,etalveprenatalscreeningforsingle-genedisorders[J].Ultr2022,59(1):33-39.DOI:10.1002/uog[13]KovacJR,AddaiJ,SmithRP,etal.Theeffectsof[14]deLaRochebrochardE,Thonneaut,2011,28(2):167-172.DOI:10.1007/s10815-010-9489-1.[16]ChittyLS,KhalilA,BarrettAN,etal.Safe,softhanatophoricdysplasiausinggn,2013,33(5):416-423.DOI:10.1002/pd.4066.NatMed,2019,25(3):439-447.DOI:10.1038/s41591-018-0334-x.[18]XuCM,LiJL,ChenSC,etal.Gcell-freeDNAinmaternalplasmaenascreening[J].CellDiscov,2022