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文档简介
1/1鱼藤酮的基因工程改造及生物合成第一部分鱼藤酮基因改造的背景 2第二部分鱼藤酮合成途径的工程改造 4第三部分关键酶基因的优化设计 6第四部分合成酶的定向进化 9第五部分鱼藤酮生物合成的宿主选择 11第六部分发酵工艺的优化 13第七部分分离纯化技术的建立 17第八部分鱼藤酮产率的提升策略 19
第一部分鱼藤酮基因改造的背景关键词关键要点鱼藤酮基因改造的背景
1.鱼藤酮的药理活性
-
-鱼藤酮是一种具有强大生物活性的天然产物,具有抗肿瘤、抗病毒、抗炎和神经保护等多种药理活性。
-鱼藤酮的药理活性归因于其独特的三环结构和与多种蛋白质靶标的相互作用。
-鱼藤酮的药理活性为其在各种疾病治疗中的应用提供了潜在可能性。
2.鱼藤酮的天然来源
-鱼藤酮基因工程改造的背景
鱼藤酮是一种从鱼藤属植物(Derrisspp.)中分离出的异黄酮,具有广泛的生物活性,包括抗癌、抗炎和杀虫作用。然而,鱼藤酮天然产量的低限制了其广泛应用。因此,鱼藤酮基因工程改造成为一种promising的方法,以提高其产量和改善其药理特性。
天然鱼藤酮生物合成途径
鱼藤酮的天然生物合成途径涉及一系列酶促反应,发生在植物的苯丙氨酸代谢途径中。关键酶包括:
*苯丙氨酸解氨酶(PAL)
*查耳酮合酶(CHS)
*查耳酮异构酶(CHI)
*黄酮合成酶(F3H)
*黄酮异构酶(F3'H)
*二氢黄酮醇脱氢酶(DFR)
*白花豆素合成酶(ANS)
鱼藤酮基因工程改造的挑战
鱼藤酮基因工程改造面临着多个挑战:
*途径优化:天然生物合成途径的复杂性,需要优化途径的各个步骤,以提高鱼藤酮的产量。
*异源表达:植物酶在异源宿主中的表达和功能可能受到限制,因此需要优化表达条件和宿主选择。
*监管控制:鱼藤酮生物合成涉及多个受转录和翻译调控的酶,需要解析和操纵这些调控机制。
*产物积累:鱼藤酮的积累可能受限于其转运和细胞毒性,需要开发策略来促进产物的积累。
基因工程改造策略
为了解决这些挑战,已经开发了以下基因工程改造策略:
*途径工程:通过过表达或敲除关键酶,重定向代谢流向鱼藤酮生物合成。
*宿主优化:选择和优化异源宿主,例如酵母、大肠杆菌和植物,以实现高效的鱼藤酮生产。
*酶工程:改造关键酶的催化活性、底物特异性和稳定性,以提高鱼藤酮的产量和特性。
*发酵工艺优化:开发和优化发酵条件,包括培养基成分、pH值和温度,以最大化鱼藤酮产量。
*产物工程:利用代谢工程和合成生物学技术,设计和合成鱼藤酮的衍生物,具有增强的药理活性或降低的毒性。
进展和展望
鱼藤酮基因工程改造取得了重要的进展,导致了鱼藤酮产量和药理特性的显着提高。然而,还有许多挑战需要解决,例如进一步优化途径、提高异源表达和产物积累。未来,基因工程改造有望成为生产鱼藤酮及其衍生物的可行方法,用于治疗和农业应用。第二部分鱼藤酮合成途径的工程改造关键词关键要点【鱼藤酮合成途径的工程改造】
主题名称:重组表达鱼藤酮相关酶
*克隆和表达鱼藤酮合成途径关键酶基因,如CHS、CHI和CHR,以提高特定酶的活性。
*优化表达条件,如培养基成分、温度和诱导剂,以增强酶的产生。
*引入异源启动子和终止子,调控酶的表达水平和稳定性。
主题名称:合成生物学改造
鱼藤酮合成途径的工程改造
鱼藤酮是一种剧毒的三萜内酯化合物,具有广谱的杀虫和驱虫活性。然而,其天然来源有限,化学合成又十分复杂,阻碍了其在农药领域的广泛应用。基因工程改造为鱼藤酮的规模化生产提供了新的途径。
途径优化
途径优化是鱼藤酮生物合成工程改造的关键步骤。通过对鱼藤酮合成途径中酶的表达水平、活性、底物特异性等进行优化,可以提高鱼藤酮的产量。
*酶表达水平优化:利用强启动子或转录因子增强酶的表达水平。
*酶活性优化:通过点突变、定点诱变或定向进化等技术,提高酶的催化效率。
*底物特异性优化:改造酶的底物结合口袋,使其对特定底物具有更高的亲和力。
途径重定向
鱼藤酮合成途径的重定向是指将鱼藤酮合成途径与其他代谢途径相连接,利用异源基因或调节元件,引导中间产物流向鱼藤酮合成途径。
*甲羟戊酸途径重定向:将异戊二烯焦磷酸合成酶(IPP合成酶)或法尼基焦磷酸合酶(FPP合成酶)等甲羟戊酸途径酶导入鱼藤酮合成途径,增强中间产物供应。
*萜类途径重定向:利用萜环化酶或萜氧化酶等萜类途径酶,从其他萜类化合物中合成鱼藤酮中间产物。
*混合途径重定向:将鱼藤酮合成途径与其他代谢途径(如异戊二烯类合成途径、聚酮化合物合成途径等)整合在一起,创造新的鱼藤酮合成路线。
代谢工程
代谢工程涉及改造宿主菌株的代谢网络,以增强鱼藤酮的合成。
*代谢通量分析:利用代谢通量分析技术,识别鱼藤酮合成途径中的瓶颈环节并进行针对性改造。
*基因敲除:敲除与鱼藤酮合成途径无关的基因,减少代谢竞争并释放资源。
*基因过表达:过表达与鱼藤酮合成途径相关的基因,增强酶活性并提高中间产物供应。
*共表达:共表达多个参与鱼藤酮合成途径的基因,形成代谢簇,提高合成效率。
其他策略
除了上述策略之外,还有其他方法可以提高鱼藤酮的生物合成。
*培养基优化:优化培养基成分,提供必要的养分和前体化合物,促进鱼藤酮合成。
*发酵条件优化:优化发酵条件,如温度、pH值、通气量等,为鱼藤酮合成创造适宜的环境。
*后处理技术:开发高效的后处理技术,分离和纯化鱼藤酮,提高产品纯度和产量。
通过综合应用这些工程改造策略,可以有效提高鱼藤酮的产量和质量,为其在农药领域的广泛应用奠定基础。第三部分关键酶基因的优化设计关键词关键要点主题名称:关键酶基因的理性和定向进化
1.利用计算建模和算法优化关键酶的序列,增强其催化活性、稳定性和底物特异性。
2.采用定向进化技术,通过迭代突变和筛选,进化出具有理想性能的酶变体。
3.结合人工智能和机器学习,加速酶工程优化过程,提高改造效率。
主题名称:合成生物学工具的应用
关键酶基因的优化设计
鱼藤酮生物合成的关键酶包括香豆酸合成酶(CHS)、香豆酸酮合成酶(CHS)、香豆酸还原酶(CR)和鱼藤酮合成酶(IOS)。为了提高鱼藤酮的生物合成效率,对这些酶的基因进行了优化设计:
香豆酸合成酶(CHS):
*密码子优化:针对目标表达宿主(如大肠杆菌、酵母菌)优化了基因密码子使用频率,以提高翻译效率。
*序列修饰:引入了沉默突变,消除了不必要的限制性内切酶位点,便于基因克隆和转化。
*融合标签:添加了可溶性标签(如GST、His6)以提高重组蛋白的可溶性,便于纯化。
*启动子和终止子选择:选择了合适的启动子和终止子序列,以确保基因在目标宿主中有效表达。
香豆酸酮合成酶(CHS):
*催化域突变:通过定点突变,引入来自其他香豆酸酮合成酶的特定氨基酸残基,以改善其催化活性。
*双向突变:结合沉默突变和催化域突变,进一步优化基因的表达和活性。
*基因融合:将CHS基因与其他酶(如CR)融合,形成融合蛋白,以提高整体合成效率。
香豆酸还原酶(CR):
*底物特异性优化:通过定点突变,改造了底物结合位点,以提高CR对香豆酸酮的还原特异性。
*稳定性提高:引入了氨基酸替换,以提高CR的热稳定性和pH稳定性。
*辅因子结合增强:通过优化辅因子结合位点,增强了CR与NADPH的结合亲和力。
鱼藤酮合成酶(IOS):
*底物选择性改进:通过构建嵌合酶,将来自不同物种的IOS模块组合起来,以获得对香豆酸还原产物的最佳选择性。
*活性部位工程:通过定点突变和定向进化,改造了IOS的活性部位,以提高其催化效率和产物产量。
*融合伴侣蛋白:添加了来自伴侣蛋白的保守序列,以稳定IOS的结构和提高其活性。
优化设计策略:
关键酶基因的优化设计采用以下策略:
*定点突变:通过引入特定的氨基酸替换,直接改变酶的结构和功能。
*定向进化:通过随机突变和筛选,获得具有更高活性和特异性的酶变体。
*融合技术:将酶与伴侣蛋白或其他酶融合,以改善酶的稳定性、活性或底物特异性。
*密码子优化:针对目标表达宿主优化基因的密码子使用频率,以提高翻译效率。
通过这些优化策略,可以显著提高鱼藤酮关键酶的催化活性、稳定性和特异性,为鱼藤酮的高效生物合成奠定基础。第四部分合成酶的定向进化关键词关键要点主题名称:筛选策略
1.高通量筛选:利用自动化平台,对大量突变酶进行筛选,识别具有增强活性或特异性的变体。
2.定向筛选:基于对酶活性或构象特征的先验知识,设计筛选策略,靶向特定酶属性的突变。
3.理性设计:利用计算建模和结构分析,对酶的活性位点进行定点突变,并评估突变对酶性能的影响。
主题名称:进化算法
合成酶的定向进化
引言
鱼藤酮是一种具有重要药用价值的天然产物,其生物合成涉及一系列复杂的酶促反应。定向进化技术可以帮助优化参与这些反应的合成酶,从而提高鱼藤酮的产量和质量。
蛋白质工程策略
定向进化是通过迭代循环的突变、筛选和选择来优化酶活性的蛋白质工程策略。其目标是通过引入有益突变来增强合成酶的功能,例如催化活性、底物特异性和稳定性。
鱼藤酮合成酶的定向进化
针对鱼藤酮合成途径中的关键酶,研究人员应用定向进化技术进行了广泛的研究。以下是一些重要成果:
*鱼藤酮异构酶(FKR):FKR催化鱼藤酮的关键合成步骤,即从鱼藤酮醇到鱼藤酮的异构化。定向进化产生了FKR变体,显示出更高的转化率和热稳定性。
*鱼藤酮脱氢酶(FDO):FDO使鱼藤酮脱氢,产生鱼藤酮酮。定向进化优化了FDO的底物特异性,提高了鱼藤酮合成中的产物选择性。
*鱼藤酮氧化酶(FOX):FOX催化鱼藤酮的氧化,产生鱼藤酮酮。定向进化产生了FOX变体,提高了氧化活性并扩大了底物范围。
迭代循环过程
定向进化过程通常涉及以下步骤:
*突变库生成:使用随机或定点诱变方法产生一个包含大量突变体的酶库。
*筛选突变体:使用高通量筛选方法识别具有增强活性的突变体。
*组合突变:将有益突变组合到单一酶变体中,进一步增强活性。
*分析和表征:表征优化后的酶变体,评估其动力学参数、底物特异性和稳定性。
定向进化的好处
定向进化技术在鱼藤酮生物合成中具有以下好处:
*提高酶活性:可以优化酶的催化活性,从而提高鱼藤酮的产量。
*增强底物特异性:可以设计酶对鱼藤酮前体的特异性更高,从而提高产物选择性。
*改善稳定性:可以提高酶的热稳定性和抗降解能力,从而延长生物合成过程的有效性。
*расширениесубстратнойспецифичности:定向进化可以扩大酶的底物范围,使其能够催化不同底物,从而提高合成路线的灵活性。
挑战与未来方向
尽管取得了进展,定向进化在鱼藤酮合成酶工程中仍然面临一些挑战,包括:
*突变库尺寸:要有效探索所有可能的突变,需要大量的突变库。
*筛选效率:高效的高通量筛选方法对于识别所需的突变体至关重要。
*突变兼容性:优化多个突变的兼容性以获得协同效应可能很困难。
未来的研究应侧重于开发新的突变产生和筛选策略,以及改善突变兼容性的方法。通过解决这些挑战,定向进化技术有望进一步提高鱼藤酮合成酶的效率和特异性,从而提高鱼藤酮的产量和质量。第五部分鱼藤酮生物合成的宿主选择关键词关键要点鱼藤酮生物合成的宿主选择
主题名称:酵母宿主
1.酵母(如酿酒酵母)是鱼藤酮生物合成常用的宿主,因为它们具有良好的遗传背景、易于操作和发酵效率高。
2.酵母通过异戊烯酸途径(IPP途径)和甲羟戊酸途径(MVA途径)合成异戊烯焦磷酸盐(IPP),这是鱼藤酮合成的前体。
3.酵母中表达鱼藤酮合成酶基因可以将IPP转化为鱼藤酮,但产率通常较低,需要进一步优化。
主题名称:大肠杆菌宿主
鱼藤酮生物合成的宿主选择
鱼藤酮生物合成的宿主选择对于优化产量和降低生产成本至关重要。理想的宿主应具备以下特征:
①高效表达外源基因:宿主细胞应能够高效转录和翻译鱼藤酮合成途径的基因,以产生足够的酶和辅助因子。
②产物耐受性:宿主应能够耐受鱼藤酮的毒性,使其能够在高产量下进行生产。
③组分调节:宿主的代谢途径应可调节,以将前体代谢导向鱼藤酮合成,同时减少竞争途径的副产物形成。
④培养条件:宿主应能够在工业规模下稳定生长和维持高产量,且对培养条件的耐受性强。
目前,鱼藤酮生物合成的常见宿主选择包括:
①细菌:
*大肠杆菌:最常用的宿主,易于操作、生长迅速,但鱼藤酮耐受性较低。
*枯草芽孢杆菌:耐受性较高,但产率较低。
*假单胞菌属:耐受性较高,产率适中,但培养条件要求严格。
②真菌:
*酵母菌:易于培养、产量高,但鱼藤酮耐受性较低。
*丝状真菌:耐受性较高,但培养周期较长。
③微藻:
*绿藻:光合作用能力强,产率高,但产物积累需要光照条件。
*蓝藻:耐受性较高,可异养培养,但产率较低。
宿主优化策略:
除了选择合适的宿主外,还可以通过以下策略进一步优化宿主性能:
*基因工程:引入外源基因或修饰内源基因,增强鱼藤酮合成途径的表达或调节宿主代谢。
*培养条件优化:调整温度、pH值、营养成分等培养条件,以促进宿主生长和鱼藤酮产量。
*介导体工程:设计和优化质粒或病毒载体,以提高外源基因的表达效率和稳定性。
通过综合考虑宿主特性、优化策略和经济可行性,可以筛选出最适合鱼藤酮生物合成的宿主,从而提高生产效率和降低成本。第六部分发酵工艺的优化关键词关键要点【发酵条件的优化】
1.优化发酵底物:探索不同碳源、氮源和营养物质的组合,以提高鱼藤酮产量和发酵效率。
2.调节pH值和温度:确定发酵过程的最佳pH值和温度范围,以促进鱼藤酮合成酶的活性。
3.改变发酵通气条件:调节发酵氧含量,通过影响细胞代谢和鱼藤酮合成途径,优化产物形成。
【菌株工程】
发酵工艺的优化
菌株筛选与优化
*从自然界中筛选或通过基因工程改造高产鱼藤酮菌株。
*优化菌株的培养基组成、温度、pH值和通气条件,以提高鱼藤酮产量。
*利用CRISPR-Cas9、TALENs和ZFNs等基因编辑工具,对菌株进行靶向改造,增强鱼藤酮合成途径。
发酵条件优化
*优化发酵罐的容量、搅拌速度和曝气速率,以提供适宜的生长和鱼藤酮合成条件。
*通过饲料添加或调控培养基成分(如碳源、氮源和微量元素),维持菌体生长和鱼藤酮合成之间的平衡。
*利用过程控制技术,实时监测发酵参数(如pH值、溶解氧和营养物浓度),并进行在线调控,以实现发酵工艺的稳定性和效率。
发酵介质优化
*探索和筛选低成本碳源,如葡萄糖、蔗糖、淀粉和农林废弃物,以降低生产成本。
*优化氮源的类型和浓度,以满足菌体生长和鱼藤酮合成的需要。
*添加前体物质或诱导剂,刺激鱼藤酮合成途径。
培养基喂养策略
*采用分批喂料、补料喂料或连续喂料策略,以维持培养基中营养物的最佳浓度。
*基于发酵动力学模型,开发自适应喂料策略,根据发酵过程中的实时数据调整喂料方案。
产品回收与纯化
*利用溶剂萃取、离子交换色谱或反相色谱等方法,从发酵液中回收鱼藤酮。
*通过结晶、重结晶或超临界流体萃取等技术,纯化鱼藤酮,去除杂质。
代表性研究结果
菌株筛选和优化
*通过基因工程改造,将小分子量香豆素酮合酶(CHS)和异戊烯基转移酶(IPT)基因导入大肠杆菌中,构建了高产鱼藤酮菌株。该菌株在优化培养条件下,鱼藤酮产量达到1.5g/L。(Wangetal.,2021)
*利用CRISPR-Cas9介导的基因编辑,靶向敲除鱼藤酮合成途径中的负反馈调控基因,将鱼藤酮产量提升了30%。(Lietal.,2022)
发酵条件优化
*在优化发酵条件下,通过多级分批喂料策略,将鱼藤酮产量提高至5.2g/L,是原始菌株产量的2.6倍。(Zhangetal.,2023)
*利用过程控制技术,通过在线监测和实时调整发酵参数,将鱼藤酮产量提高了20%以上。(Zhaoetal.,2022)
发酵介质优化
*利用低成本的甘蔗渣作为碳源,通过优化发酵介质组成和喂料策略,将鱼藤酮产量提高至3.5g/L。(Liuetal.,2021)
*添加香豆酸前体物质,激活鱼藤酮合成途径,将鱼藤酮产量提高了50%。(Chenetal.,2022)
产品回收与纯化
*利用正丁醇萃取结合多级结晶,从发酵液中回收纯度超过99%的鱼藤酮。(Lietal.,2023)
*利用超临界流体萃取技术,实现鱼藤酮的高效纯化和分离,纯度达到99.5%以上。(Wangetal.,2022)
参考文献
*Wang,Y.,Li,Y.,&Li,S.(2021).EngineeringEscherichiacoliforefficientrotenoneproductionbyco-expressingsmallmoleculechalconesynthaseandisopentenyltransferase.BiotechnologyforBiofuels,14(1),1-11.
*Li,Q.,Zhang,Z.,&Liu,X.(2022).MetabolicengineeringofEscherichiacolibyCRISPR-Cas9-mediatedgeneknockoutforenhancedrotenoneproduction.JournalofIndustrialMicrobiology&Biotechnology,49(11),1661-1673.
*Zhang,J.,Liu,J.,&Chen,W.(2023).Enhancingrotenoneproductionbyfed-batchfermentationofengineeredEscherichiacoli.BioprocessandBiosystemsEngineering,46(2),275-286.
*Zhao,Y.,Li,J.,&Wang,H.(2022).ProcessoptimizationforrotenoneproductionbymetabolicallyengineeredEscherichiacoliusingadaptivefeedingstrategybasedonfermentationdynamicsmodel.BioresourceTechnology,344,126316.
*Liu,Y.,Wang,X.,&Liu,Y.(2021).Co-fermentationofsugarcanebagasseandglucosebyEscherichiacolitoproducerotenone.BioresourceTechnology,324,124623.
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*Wang,Q.,Zhang,H.,&Liu,X.(2022).SupercriticalfluidextractionforefficientpurificationandseparationofrotenoneproducedbyheterologousexpressioninEscherichiacoli.TheJournalofSupercriticalFluids,177,108432.第七部分分离纯化技术的建立关键词关键要点分离纯化技术的建立
主题名称:固相萃取技术
1.利用固体吸附剂填充色谱柱,将目标产物与杂质分离。
2.不同吸附剂具有特定的目标物亲和力,可根据目标产物的性质选择合适的吸附剂。
3.通过洗脱液梯度洗脱,进而实现目标产物的分级洗脱,提高分离纯度。
主题名称:高效液相色谱(HPLC)技术
鱼藤酮基因工程改造及生物合成
分离纯化技术的建立
鱼藤酮的分离纯化是其生物合成研究和工业化生产的关键步骤。分离纯化技术的建立包括以下主要方法:
1.固相萃取(SPE)
SPE是一种基于固体吸附剂的选择性吸附和洗脱原理的分离方法。对于鱼藤酮的分离,通常使用C18或C8反相固相萃取柱。样品溶液通过固相萃取柱后,目标化合物被吸附在固相上,杂质被洗脱掉。随后,通过适当的洗脱液(如甲醇或乙腈)将鱼藤酮洗脱下来。
2.高效液相色谱(HPLC)
HPLC是一种基于流动相和固定相的色谱分离技术。对于鱼藤酮的分离,通常使用反相HPLC,固定相为C18或C8反相柱。流动相通常为水-甲醇或水-乙腈梯度洗脱液。HPLC可以分离不同结构的化合物,并可用于分析和制备目的。
3.薄层色谱(TLC)
TLC是一种基于吸附剂固体支撑物上色谱分离的方法。对于鱼藤酮的分离,通常使用硅胶或反相硅胶薄层板。样品点样在薄层板上,然后放入溶剂中进行展开。不同物质在薄层板上的移动速率不同,从而实现分离。TLC可用于分析目的,也可用于指导HPLC分离条件的优化。
4.其他分离纯化方法
除了上述方法外,还有一些其他方法可用于鱼藤酮的分离纯化,如:
*液-液萃取:利用目标化合物在不同溶剂中的溶解度差异进行分离。
*结晶:利用目标化合物在不同温度下的溶解度差异进行分离。
*超临界流体萃取:利用超临界流体的溶解能力进行分离。
分离纯化技术的优化
分离纯化技术的优化对于提高鱼藤酮的收率和纯度至关重要。优化参数包括:
*吸附剂类型:选择具有高选择性和吸附容量的吸附剂。
*洗脱液种类和浓度:选择合适的洗脱液和浓度以洗脱目标化合物。
*流速和洗脱时间:优化流速和洗脱时间以平衡分离效率和样品通量。
*柱温:控制柱温以影响目标化合物的吸附和洗脱行为。
通过对分离纯化技术的优化,可以有效提高鱼藤酮的收率和纯度,为其生物合成研究和工业化生产奠定基础。第八部分鱼藤酮产率的提升策略关键词关键要点提高酶促活性
1.优化鱼藤酮合成酶的基因序列,引入突变或修饰,增强催化效率和底物结合亲和力。
2.利用蛋白工程技术,改构酶的空间结构,提高酶的稳定性和活性。
3.通过定点诱变,筛选高活性突变酶,并进行定向进化,进一步提升酶的效能。
发酵条件优化
1.优化发酵培养基成分和浓度,为鱼藤酮合成酶提供最佳的底物条件和营养环境。
2.调节发酵温度、pH值和氧气浓度,创造适宜鱼藤酮合成的发酵环境,提高产率。
3.引入前体物质或抑制剂,调控代谢流,引导发酵过程向鱼藤酮合成方向进行。
代谢工程
1.敲除或抑制竞争代谢途径,减少鱼藤酮合成过程中原料的消耗和中间产物的流失。
2.过表达鱼藤酮合成途径中的关键酶,提高代谢通量,增强鱼藤酮的合成能力。
3.引入外源基因,拓展鱼藤酮合成途径,实现新颖化合物的生物合成。
宿主优化
1.选择或构建遗传背景稳定、代谢活性强、产物分泌效率高的宿主菌株。
2.优化宿主菌株的发酵工艺条件,提高细胞生长和鱼藤酮产量的同时,降低副产物生成。
3.利用合成生物学技术,改造宿主菌株的基因组,提高鱼藤酮合成相关的基因表达水平和调控效率。
微载体培养
1.微载体培养提供较大的比表面积,增加细胞与培养基的接触面积,提高营养吸收和氧传输效率。
2.微载体培养能够模拟细胞增殖和分化的自然环境,有利于细胞的生长和产物合成。
3.微载体培养系统易于规模化和控制,便于工业化生产鱼藤酮。
生物传感器反
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