市妇幼保健院PCR实验室可行性报告及运行预测分析

市妇幼保健院PCR实验室可行性报告及运行预测分析

**市妇幼保健院位于市区**中路**号，是一所集医疗、预防、保健、康复教学为一体的妇幼保健专科医院，占地3300平方米，建有门诊楼、病房楼。我院开放床位**张，现有职工**人。设有内科、外科、妇科、产科、儿科、乳腺科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、肛肠科、不孕症科、近20个临床科室，其中妇科、产科、儿科是重点科室。我院多次荣获省地级卫生先进单位，市级文明单位、市级优质服务单位、市级“三八”红旗集体、获联合国儿童基金会、世界卫生组织、卫生部“爱婴医院”光荣称号，全国三八红旗集体称号。**市妇幼保健院奉行团结、友爱、勤奋、高昂之精神。一流管理、一流技术、一流服务为广大妇女儿童的身心健康作出贡献。PCR临床基因扩增实验室简介聚合酶链反应（polymerasechainreaction，PCR）技术自1983年问世以来，因为其对基因或特定核酸序列在短时间内的极大的扩增效率，已在感染性疾病、肿瘤、遗传病、寄生虫病、法医学、动植物和考古等的诊断和研究中得到了广泛的应用，并在某些方面成为无可替代的检测技术。PCR用于疾病的临床诊断，使人们拥有了从对蛋白分子的表型的认识进一步深入到遗传物质——核酸分子的探索的有力工具，也使临床检验诊断学科中的临床分子诊断这一分支得到了飞速发展。PCR技术获得了诺贝尔奖，在临床检验中，该技术有严格的质量保证程序并在临床分子诊断中已展现了巨大的应用价值。PCR技术有着无可比拟的优点，它对环境因素有较高的要求，要求建立规范化的PCR实验室，并且严格地遵循里面的规章制度。关于建立PCR实验室PCR实验室又叫基因扩增实验室，是采用PCR技术应用于临床基因诊断的工作地方。建立规范化的PCR实验室的必要性主要有以下几个方面：1、PCR实验室技术验收和规范化的实验室管理是PCR技术本身需要，也是在临床上顺利应用该技术前提。由于PCR技术对所检验的核酸模板进行大量扩增，容易出现实验室污染导致临床检测样本假阳性结果，如果这些结果当成临床结果或者一个重大发现去报告或者发表，这必然会造成重大的医疗事故和难以挽回的后果，最严重的甚至会影响社会稳定。2、PCR实验室的建立与技术验收，一方面可以体现出医院在同行业中的高端形象，利用分子核酸检测项目的开展为儿科、妇产科等其他科室的快速发展提供强大的技术支撑，并在区域内起到了一个很好的领头羊及示范作用；另外一方面在医院评审与级别评定中能起到加分的作用。3、经过技术验收后的PCR实验室可以开展许多项目，如HPV-DNA、耳聋基因检测、性病三项的检测、HBV-DNA、单纯疱疹病毒、B族链球菌、结核分枝杆菌的DNA检测等项目。从方法学上，PCR技术操作简便，出报告时间短，给医院节省人力与时间成本；从经济效益上，会给医院与科室带来非常可观经济收益。PCR实验室的具体分区规划及其设备配置对于临床PCR实验室的分区及其配置，按照卫生部颁发的《临床基因扩增检验实验室管理暂行办法》（卫医发〔2002〕10号）中作了明确规定，并且卫生临床检验中心发出的配套文件《临床基因扩增检验实验室工作规范》（卫检字〔2002〕8号）又对各区的功能及注意事项作了阐述。PCR实验室可根据医院开展的项目来把PCR实验室规划成三区还是四区（如用实时荧光PCR，则只需3个区；如需要杂交的要分4个区）。一般较为理想的PCR实验室应该符合各自独立，不产生空气流通，各区设计有缓冲间，仪器设备专区专用等要求。PCR实验室可开展的项目很多，可以分为病原微生物检测、生殖遗传、分子病理、个体化用药/代谢基因检测四个类别，我院检验科已建成PCR实验室，根据医院现状及病人分布情况，下面对医院热点项目进行效益分析及项目申请。二、项目详细情况乙肝病毒核酸检测项目背景及意义：乙肝病毒（HBV）是乙型肝炎的病原体，它是一种DNA病毒，在生物学上它是嗜肝DNA病毒家族中的一员。这种病毒除了对具体的器官具有特异性，对寄主也同样有特殊要求，它通常只对人和猩猩有易感性。乙型肝炎是由乙型肝炎病毒（HBV）感染所致。全世界约有3亿人是HBV携带者而HBV携带者发生肝癌的危险性比非携带者高100倍，约有80%的肝癌患者与乙肝有关。我国是乙肝高发区，约有1.2亿人携带乙肝病毒，其中慢性乙肝患者约3000万例，每年约有35万人死于慢性乙肝相关疾病。围产期的传播是HBV感染的主要方式，约20万的新生儿会遭受HBV阳性母亲的感染而成为HBV慢性携带者。可见HBV已对人类的健康构成了巨大的威胁。HBV感染是全球性公共卫生问题，据估计全世界HBV携带者达3.5亿人之多。中国作为乙型肝炎的高流行区，其中大约有1.2亿人长期带有乙型肝炎病毒（乙肝病毒携带者），人群中大约有2000万人是慢性乙型肝炎者，占全球HBV表面抗原（hepatitisBvirussurfaceantigen，HBsAg）总携带率的近50%，其中60%的人受过HBV的感染，在某些人群中甚至高达79%，8%—10%的人为HBsAg携带者。目前，患慢性乙型肝炎的病人约为1000万人，近年发病率约为0.158%。此外，患慢性肝炎的病人中约有80%以上为慢性乙型肝炎患者，而受HBV慢性感染的人群罹患原发性肝细胞癌（hepatocellularcarcinoma，HCC）的相对危险性至少增加300倍。HBV感染后临床表现呈多样性，可表现为重症肝炎、急性肝炎、慢性肝炎或无症状携带者，其中部分慢性肝炎演变成肝硬化或肝癌。所以，乙型肝炎是我国严重的公共卫生问题，在一定程度上制约着我国经济的发展和国民健康素质的提高。据世界卫生组织1983年报告，全世界的原发性HCC中大约80%都与HBV慢性感染相关。中国也是肝癌高发区，因而对HBV的检测与防治已成为中国健康与传染病控制中的首要问题。乙肝定量检测有如下意义：①可以了解患者体内HBV的复制情况和传染性的强弱，这是因为单凭大、小三阳并不能准确测定HBV在体内的含量、复制情况和传染性强弱，HBVDNA是HBV感染最直接、特异性强和灵敏性高的指标。HBVDNA定量检测结果浓度越高，说明体内病毒含量越高，病毒复制越活跃，传染性也越强。HBVDNA定量检测结果浓度很低或者为零，说明病毒复制缓慢甚至停止，传染性很低。②对慢性乙型肝炎的辅助诊断。对于隐匿性HBV感染：血清HBsAg检测阴性，但外周血或肝组织中可检测到HBVDNA。这是因为乙肝病毒S区变异，不能编码产生HBsAg。HBeAg阴性的慢性乙型肝炎患者（HBeAg（－）/抗-Hbe（+）），这是因为乙肝病毒前C区变异，HBeAg表达下调或不表达。③用于确定是否开展抗病毒治疗及适宜抗病毒治疗方案的选择。④用于抗病毒治疗的疗效评估，考察某种药物治疗乙肝是否有效，首先要观察该药对HBV-DNA的抑制作用。HBVDNA载量的动态变化在临床上可以为用药的剂量、用药时间、是否需要联合用药以及用药的效果等提供重要的参考依据，是评价抗病毒或免疫增强药物疗效的最客观的指标。治疗前、治疗中和治疗后均应定期进行检查（防治指南推荐：每3—6个月检测1次）。2015年3月世界卫生组织推荐的慢性乙肝患者管理流程中明确表示HBVDNA检测应贯穿整个管理流程。丙肝病毒核酸检测项目背景及意义：据世界卫生组织（WHO）公布《2017年全球肝炎报告》，2015年全球约有7100万人染有丙肝病毒，中国约有1000万丙肝感染者。目前，WHO已将病毒性肝炎列为全球公共卫生面临的重要威胁之一。国家卫健委法定传染病报告显示：2018年中国丙肝发病人数22万，发病率为15.79/10万。据中国疾控中心（CDC）数据，我国丙肝患者呈地区分布，大部分分布在偏远农村，患者主动就诊不足20%。全球肝炎防治一号课题，加强检测是防治关键2016年，WHO提出到2030年消除肝炎危害的目标：即在2015年数据基础上将新发病毒性肝炎感染减少90%，丙肝治疗覆盖80%的患者，并将病毒性肝炎引起的死亡数减少65%。而全球只有20%的丙肝感染者得到了检测和诊断，7%开始治疗，中国丙肝患者仅有17.7%得到检测，1.3%得到有效治疗，远低于世界平均水平。2030目标已成为全球肝病防治领域的“一号课题”。图，WHO2030目标以及世界平均和中国现有水平WHOMarcBulterys博士表示：“加强肝炎检测是加强挽救生命的肝炎治疗的关键。”2017年2月，WHO首次发布了全球慢性病毒性乙型肝炎和丙型肝炎检测指南，为2030目标的实现提供重要工具。丙肝可以治愈，但对实验室检测提出更高要求HCV在患者体内长期地高水平复制，激发免疫清除应答从而损伤肝脏，是其致病机理。临床研究已证明，抑制病毒复制对控制疾病进展非常重要。目前临床治疗慢性丙肝的核心措施，就是抗病毒优化治疗。2017年以来，国家药品监督管理局（NMPA）批准多个国内外丙肝小分子抗病毒药物（DAA），DAA药物仅需12-24周治愈90%以上的丙肝感染者。而且，泛基因型DAA药物进入2018版国家基药目录，极大的提升丙肝的治疗可及性。临床治疗的进步，对实验室检测也提出了更高的要求。丙肝抗病毒治疗的目的是清除丙肝病毒，获得疗效，消除或减轻丙肝病毒相关肝损害，阻止进展为肝硬化、失代偿期肝硬化、肝功能衰竭或肝癌，改善患者的长期生存率，提高患者的生活质量。“清除病毒”的含义，是最灵敏PCR方法“检测不出”病毒核酸，以此作为适宜治疗患者选择、确定治疗方案和疗效评价、治疗终点判断关键标志。因此，在临床治疗过程中，准确而敏感地监测患者体内病毒核酸载量的动态变化至关重要。另外，超敏HCVRNA检测在丙肝患者接受透析治疗期间的监测、术前检查等方面有明确的临床意义。国内外指南对HCVRNA检测要求增加目前临床上常采用荧光定量PCR技术可直接检测血清中HCVRNA的载量。荧光定量PCR技术检测HCV-RNA载量具有快速、特异性强、灵敏度高等特点，超灵敏试剂检测结果对HCV感染进行早期诊断、病毒学应答、疗效观察及预后评估、流行病学调查等提供科学依据。北美肝病学会（AASLD）和欧洲肝病研究学会（EASL）在其最新颁布的HCV临床指南中，均推荐使用“超敏感、特异和宽线性范围”的实时PCR技术测定病毒核酸载量。我国《丙型肝炎病毒核糖核酸测定试剂技术审查指导原则》也将HCV的灵敏度要求提升到了50IU/ml，同时要求内标全程参与核酸提取和扩增。丙型肝炎病毒检测结果转阴患者血液透析管理方案要求HCVRNA检测灵敏度＜15IU/mL。B族链球菌基因检测开展的项目背景及意义：在20世纪70年代，GBS已被证实是围产期母婴感染的常见致病菌之一，在围产医学中有不可忽视的地位，同时它也是婴幼儿脑膜炎和败血症最常见的原因。母婴传播是主要新生儿感染的主要途径。美国新生儿早发型GBS感染率90年代初约为1.5‰～2‰，由于其制定分娩GBS预防性筛查，2008年其发生率下降至0.34‰--0.37‰。2010年版美国疾控中心《围产期GBS疾病预防指南》：在妊娠第35-37周取孕妇直肠阴道分泌物进行GBS检测，并对阳性和高危孕妇采用分娩期预防性抗生素（静脉注射）进行干预（临床有效率约为90%）。目前，GBS感染的预防也引起了我国围产界的高度重视，中华医学会起草的2012版《孕前和孕期保健指南》中，GBS正式被收纳为备查项目。指南表明：外观良好的新生儿，而且母亲需要GBS预防但未进行或进行不充分分娩期预防的；孕周<37周或胎膜破裂≥18小时，应进行有限的诊断评估，并观察≥48小时。核酸检测法与传统细菌培养方法相比，PCR可显示出其明显的优势，敏感性为97％，特异性为100％，阳性预测值为100％，阴性预测值为98．8％。通过PCR技术，可以在40—100分钟内得到实验室结果。其中实时定量荧光聚合酶链反应（real-timequantityPCR，rtq-PCR）的敏感性（94％～97％）及特异性（90％-100％）较高，平均耗时40分钟，最具实用价值。鉴于rtq-PCR准确、快速、价格适中的特点，国外近年来对此法的应用较为关注。除产时GBS检测外，该检测方法目前已运用到产后新生儿即时GBS检测。在Natarajan等的报道中，对94例孕母胎膜早破、产时GBS带菌状况不详的新生儿进行体表4点采样（鼻孔、咽喉、外耳道、肛门）检测，rtq-PCR阳性检出率为51％，该方法敏感度与特异性分别为90％和80.3％，显著优于琼脂平板法（阳性检出率仅17%）。国内大多数医院首选的检测方法是无乳链球菌普通细菌培养法，但假阴性率高造成漏诊率高。2002年美国疾病预防与控制中心（CDC）推荐使用特殊GBS培养基，假阴性率低，但价格贵且不易获得。核酸检测法作为GBS检测的新方法，克服了以上方法的各项缺陷，其优势如下：（1）核酸检测，不受样本纯度、样本是否存活等方面的影响，从而解决不易培养微生物的鉴定问题；（2）操作简便，出结果快，特异性强、灵敏度高；（3）可监控，保障检测结果的准确性。综上所述，核酸检测方法可改变传统检测方法敏感性低，特异性差，检测结果无法监控，且耗时过长等问题，是首选的GBS检测方法。开展B族链球菌基因检测开展的意义简述如下：（1）通过孕晚期GBS感染的筛查，阳性者通过有针对性的治疗，阻断母婴传播；（2）预防婴幼儿脑膜炎和败血症的发生；4.遗传性耳聋基因检测开展的项目背景及临床意义：耳聋是一种严重影响人类生活质量的常见先天性疾病，它可以由单一基因突变或不同基因的复合突变引起，也可由环境因素（如医疗因素，环境暴露，创伤，药物等）或基因和环境两者共同作用而致。我国每年2000万新生儿中，严重听力障碍发病率为1‰-3‰，也就是每年都有2万-6万的聋宝宝出生，其中60﹪都是遗传因素导致，先天耳聋的发病率约占中国聋人的50%，而遗传聋约占先天耳聋的85%，其大多数为常染色体隐性遗传。遗传性耳聋基因检测，就是通过分析被检者的DNA，确认与耳聋相关的基因是否存在缺陷，从而为耳聋的临床诊断提供依据。对致聋基因的寻找和检测具有重大临床价值，通过对基因突变的识别不仅可用于耳聋患者的病因诊断、遗传咨询、产前诊断和新生儿听力筛查，还可以帮助和提醒医生慎重使用特定种类的抗生素以避免造成携带基因突变的儿童致聋。耳聋基因检测产品的有效推出将进一步推进耳聋基因检测作为听力筛查技术的有力补充，使得耳聋患者在基因水平上明确病因，同时避免迟发性耳聋的发生等，将在中国新生儿听力筛查中奠定坚实的基础。开展耳聋基因检测的意义简述如下：（1）在分子水平上明确病因：及早进行助听器或电子耳蜗植入的康复治疗；（2）遗传咨询及婚育指导：对聋病基因突变携带者，可以有效预警其在到达婚育年龄时及时接收遗传咨询，降低生育聋儿的风险，提高人口素质；（3）指导耳聋治疗：预测电子耳蜗的疗效，基因突变导致的耳聋，电子耳蜗移植效果好；（4）指导患者及其亲属用药和生活注意事项。5.新型冠状病毒核酸检测开展的项目背景及临床意义：2019新型冠状病毒，2020年1月12日，世界卫生组织正式将其命名为2019-nCoV。冠状病毒是一个大型病毒家族，已知可引起感冒以及\t"/item/2019%E6%96%B0%E5%9E%8B%E5%86%A0%E7%8A%B6%E7%97%85%E6%AF%92/_blank"中东呼吸综合征（MERS）和\t"/item/2019%E6%96%B0%E5%9E%8B%E5%86%A0%E7%8A%B6%E7%97%85%E6%AF%92/_blank"严重急性呼吸综合征（SARS）等较严重疾病。新型冠状病毒是以前从未在人体中发现的冠状病毒新毒株。2019年12月以来，湖北省武汉市持续开展流感及相关疾病监测，发现多起\t"/item/2019%E6%96%B0%E5%9E%8B%E5%86%A0%E7%8A%B6%E7%97%85%E6%AF%92/_blank"病毒性肺炎病例，均诊断为病毒性肺炎/肺部感染。人感染了冠状病毒后常见体征有呼吸道症状、发热、咳嗽、气促和呼吸困难等。在较严重病例中，感染可导致肺炎、严重急性呼吸综合征、肾衰竭，甚至死亡。目前对于新型冠状病毒所致疾病没有特异治疗方法。但许多症状是可以处理的，因此需根据患者临床情况进行治疗。此外，对感染者的辅助护理可能非常有效。做好自我保护包括：保持基本的手部和呼吸道卫生，坚持安全饮食习惯，并尽可能避免与任何表现出有呼吸道疾病症状（如咳嗽和打喷嚏等）的人密切接触。临床主要症状多表现为感染病毒的人会出现程度不同的症状，有的只是发烧或轻微咳嗽，有的会发展为肺炎，有的则更为严重甚至死亡。该病毒致死率约为2%到4%，但这是一个非常早期的百分比，随着更多信息的获得可能会改变。同时，这并不意味着它不严重，只是说病毒感染者不一定人人都会面临最严重的后果。新型冠状病毒主要的传播途径还是呼吸道飞沫传播和接触传播，气溶胶和粪—口等传播途径尚待进一步明确。通过流行病学调查显示，病例多可以追踪到与确诊的病例有过近距离密切接触的情况。

直接传播：是指患者喷嚏、咳嗽、说话的飞沫，呼出的气体近距离直接吸入导致的感染；气溶胶传播：是指飞沫混合在空气中，形成气溶胶，吸入后导致感染；接触传播：是指飞沫沉积在物品表面，接触污染手后，再接触口腔、鼻腔、眼睛等黏膜，导致感染。易感人群各个年龄段的人都可能被感染，被感染的主要是成年人，其中老年人和体弱多病的人似乎更容易被感染。

儿童和孕产妇是新型冠状病毒感染的肺炎的易感人群。诊断标准：第六版诊断标准取消湖北省和湖北省以外其他省份的区别。统一分为“疑似病例”和“确诊病例”两类。疑似病例判定分两种情形。一是有流行病学史中的任何一条，且符合临床表现中任意2条（发热和/或呼吸道症状；具有上述肺炎影像学特征；发病早期白细胞总数正常或降低，淋巴细胞计数减少）。二是无明确流行病学史的，且符合临床表现中的3条（发热和/或呼吸道症状；具有上述肺炎影像学特征；发病早期白细胞总数正常或降低，淋巴细胞计数减少）。确诊病例需有病原学证据阳性结果（实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性；或病毒基因测序，与已知的新型冠状病毒高度同源）。6.MTHFRC67777T基因检测开展的项目背景及临床意义：叶酸是一种水溶性的B族维生素，作为体内最重要的一碳单位载体，其主要生理功能为参与机体许多细胞代谢过程。一方面为DNA、RNA以及蛋白质甲基化提供甲基，并参与嘌呤、嘧啶的合成；另一方面，同型半胱氨酸合成酶催化同型半胱氨酸（Hcy）转化为甲硫氨酸（Met）过程中，需要甲基供体5-甲基四氢叶酸（5-methylTHF，5-MTHF）的参与。叶酸在Met代谢中必不可少，它以5-MTHF形式起作用，如果缺乏叶酸会对人体造成很大的危害，特别是对孕妇和胎儿的发育，主要的表现如下：（1）叶酸水平不足，导致Met合成障碍，血中Hcy堆积，在孕早期干扰神经管闭合，可使胎儿发育畸形，神经系统发生异常。（2）由于叶酸与DNA的合成密切相关，孕妇若摄入叶酸严重不足，就会使胎儿的DNA合成发生障碍，细胞分裂减弱，其脊柱关键部位的发育受损，导致脊柱裂，妇女在怀孕的前6周内若摄入叶酸不足，其生出无脑儿和脊柱裂的畸形儿的可能性增加4倍。（3）缺乏叶酸会引发婴儿的核巨红细胞性贫血和孕妇的巨红细胞性贫血，这是由于叶酸的缺乏使DNA的合成受到了抑制，核蛋白形成不足，骨髓中新形成的红细胞不能成熟，细胞分裂增殖速度下降，细胞体积增大而出现了巨红细胞。（4）成人叶酸缺乏易诱发急性心脑血管病，叶酸缺乏会使血中的高半胱氨酸水平升高，由于血液中过高的高半胱氨酸水平，使得激活血管内皮细胞增殖基因被启动，使这些细胞变成动脉粥样斑，形成血凝块，造成管腔狭窄和闭塞，而易诱发急性心脑血管病。为降低出生缺陷，卫生部自1997年就开始推荐孕期妇女统一补充叶酸，剂量为400微克/天，使新生儿神经管畸形的发病率显著下降。然而，叶酸补充也并不是越多越好。研究发现，叶酸补充过多易导致：（1）孕妇结肠腺瘤癌变风险和乳腺癌发病风险上升；（2）孕妇维生素B12缺乏，导致孕妇体虚、神经衰弱和恶性贫血等症状；（3）影响胎儿锌的吸收，使胎儿发育异常，孕妇健康受损；（4）孕妇叶酸过敏症，如发热、皮肤瘙痒和呼吸困难等。MTHFR和MTRR基因在机体叶酸代谢过程中发挥了极其重要的作用，MTHFR和MTRR基因突变可致机体叶酸代谢出现障碍，血清Hcy显著升高，最终导致一系列病理变化。因此补充叶酸和维生素B12被认为是经济有效的手段，较高的血浆叶酸水平可以弥补因MTHFR和MTRR基因突变导致酶活性降低引起的血清高Hcy浓度。MTHFR和MTRR基因多态性决定了个体对于叶酸的代谢能力，决定了叶酸每日的补充量。因此，卫生部规定的每日叶酸服用剂量并不能真实反映不同基因型孕妇所需确切需求量。部分孕妇由于体内叶酸代谢存在障碍，需要增补更多的叶酸。而部分孕妇补充过量会带来较大的危害，如导致孕妇结肠腺瘤和乳腺癌发病风险上升，掩盖维生素B12缺乏所致孕妇体虚、神经衰弱和恶性贫血等症状，影响胎儿锌的吸收，导致胎儿发育异常。因此补充合适剂量的叶酸对于孕妇和胎儿至关重要；另外，由于MTHFR基因多态性相关的叶酸利用障碍导致的血清高水平Hcy与心脑血管疾病密切相关，因此也有必要补充合适剂量的叶酸用于预防并降低该类疾病的发病率。通过检测MTHFR和MTRR基因多态性，测定人群机体叶酸代谢水平，从而在出生缺陷、心脑血管疾病的预防和治疗过程中，预测不同基因型患者叶酸补充剂量，在早期为患者制定个体化的给药方。开展MTHFR和MTRR基因多态性检测的意义简述如下：（1）通过MTHFR和MTRR基因多态性检测，确定孕妇是否存在叶酸代谢障碍，指导其补充合适剂量的叶酸，避免补充不足或者补充过量给孕妇及胎儿造成损伤；（2）通过叶酸代谢能力的检测，补充适合剂量的叶酸以预防并降低心脑血管疾病的发病率。7.HPV21分型核酸检测开展的项目背景及临床意义子宫颈癌是女性最常见的癌症之一，仅次于乳腺癌。在亚洲和中国，宫颈癌已取代乳腺癌成为女性第一位恶性肿瘤。全世界每年约有50万新发子宫颈癌病例，亚洲约38万，中国约15万例，全世界每年约23万妇女死于宫颈癌，亚洲约19万，中国约8万。使广大妇女的身心健康和生命安全受到严重威胁。近年来，宫颈癌病因学研究确立了人乳头状瘤病毒（humanpapillomavirus，HP