上机实习四：BLAST序列相似性搜索工具的使用

Step1:ChooseyoursequenceSequencecanbeinputinFASTAformatorasaccessionnumber上机实习四：

基本局部比对搜索工具

blast的使用

BLAST搜索的4个步骤①选择你所感兴趣的序列号或序列，将它粘贴到BLAST的输入框中。②选择一个BLAST程序(blastp，blastn，blastx，tblastx，tblastn)。③选择一个用于搜索的数据库。一个通常的选择是去冗余(nr)。④为搜索和输出格式选择可选参数。ExampleoftheFASTAformatforaBLASTqueryStep2:ChoosetheBLASTprogramStep2:ChoosetheBLASTprogramblastn(nucleotideBLAST)blastp(proteinBLAST)tblastn(translatedBLAST)blastx(translatedBLAST)tblastx(translatedBLAST)Step3:choosethedatabase

nr=non-redundant(mostgeneraldatabase)dbest=databaseofexpressedsequencetagsdbsts=databaseofsequencetagsitesgss=genomicsurveysequenceshtgs=highthroughputgenomicsequenceStep4a:SelectoptionalsearchparametersCDsearchStep4a:SelectoptionalsearchparametersEntrez!FilterScoringmatrixWordsizeExpectorganismBLAST:选择参数•

选择搜索的物种•选择过滤条件，过滤掉查询序列中具有较低复杂度的掩盖部分•选择记分矩阵。对于blastp有5种矩阵：PAM30，PAM70，BLOSUM45，BLOSUM62

(默认值)以及BLOSUM80。•期望值的默认设定值是10。在这个E值下，随机出现得分等于或高于比对得分S的期望数为10个。当将期望选项值调小时，返回的数据库搜索结果将变少；匹配被搜索到的概率也会变小。增大E值将返回更多的结果•字段长度。默认值

BLASTp为3，BLASTn为11•返回结果的格式filteringStep4b:optionalformattingparameters

AlignmentviewDescriptionsAlignmentstaxonomydatabasequeryprogramtaxonomyHighscoreslowevaluesCut-off:.05?10-10?WewillgettothebottomofaBLASTsearchinafewminutes…thresholdscore=11EVDparametersBLOSUMmatrixEffectivesearchspace=mn=lengthofqueryxdblength10.0istheEvaluegappenaltiescut-offparametersGeneralconceptsHowtoevaluatethesignificanceofyourresultsHowtohandletoomanyresultsHowtohandletoofewresultsBLASTsearchstrategiesSometimesarealmatchhasanEvalue>1…tryareciprocalBLASTtoconfirmSometimesasimilarEvalueoccursforashortexactmatchandlonglessexactmatchAssessingwhetherproteinsarehomologousRBP4andPAEP:Lowbitscore,Evalue0.49,24%identity(“twilightzone”).Bu