上海海洋大学《分子生态学》课件-20分子生态学+系统发生树

第四节二叉树遗传谱系进化关系也可以通过系统发育(phylogeny)重建从DNA序一、系统发育分析系统发育分析就是根据特征或距离数据确定其基因、物种起源和发生关系的方法。分子系统发育分析直接利用从核酸或蛋白质序列提取的信息作为物种的特征，通过比较生物大分子的序列，分析序列之间的关rRNA为细胞所共有，其功能同源且最为古老，既含有保守序列又保守性能够反映生物物种的亲缘关系，为系统发育重建提供线索，高变第四节二叉树遗传谱系进化关系也可以通过系统发育(phylogeny)重建从DNA序列上获取。A第四节二叉树二、分层二叉树在研究生物系统发育过程中，常用一种树状分图来概括各生物之间的亲缘关系，这种表征物种或序列进化关系的树状分支图就称为系统发育树(系统树或进化树)。系统发育推断主要是以分层二叉树的形式进行描述。分层二叉树反映的就是一系列分支过程，即一个谱系分化成两AnaxjuniusAeshnaAnaxjuniusAeshnamulticolorAeshnidaeAeshnacalifornicaPachydiplaxlongipennis节点分支节点表示进化过程中一个物种分歧为两个独立繁衍的物种，节点之间的连线代表物第四节二叉树node节点第四节二叉树第四节二叉树patterns(topology).oReptiliaisoReptiliaisnon-mAves鸟类thephylogeny,Homothermiawould第四节二叉树—A—A——B—C—F——Gevolutionarychange.第四节二叉树第四节二叉树第四节二叉树分子序列的分析距离法第四节二叉树分子序列的分析序列比对分子序列的分析序列比对距离法最大简约法极大似然法系统发育树的构建(Align):当序列拥有同一个祖先新序列可以通过序列相似性搜索(如NCBI的blast搜索),在数据库中找距离法最大简约法极大似然法系统发育树的构建第四节二叉树第四节二叉树分子序列的分析分子序列的分析距离法最大简约法极大似然法系统发育树的构建序列比对Mega软件比对序列第四节二叉树分子序列的分析序列比对系统发育树的构建距离法最大简约法极大似然法==双高亚密双高亚密十□□Mega软件构建系统发育树方法第四节二叉树序列比对序列比对距离法系统发育树的构建5BCDBC距离法系统发育树的构建5BCDBC442发育树的三种主要方法。第四节二叉树最大简约法(MaximumParsimony):通过最小化序列中产生可观测变异所需要的步数来构建进化树，因而该方法也称为最小进化法。首先对选择序列进行多序列比对，从而确定哪些位置是相对应的，按照最小进化的需求处理可观测的变异，确定系统发生的关系，照此分析比对结果中所有信息位点，最终从全部信息位点构建出的系统树中鉴别出整体变异数最小的树。只适用于关系密切的种类或序列之间的系统发育分析。第四节二叉树距离法极大似然法(MaximumLikelihood):通过概率计算来找到最能反映一组序列中变异的系统树，需要对多序列比对结果的每一个垂直列进行分析，采用标准的概率模型分析序列中的多种变异。通过新突变点出现的概率非常小，因此对于比对结果中每一位置序列的改变都要加以考虑。极大似然法要穷尽所有可能的树，因此运算量极大