materials studio快速入门教程

Class1MaterialsClass1MaterialsStudio入门教软件的基本功能该教程将介绍Materials分，你将学一二三四五六七八生成打开并且观察3D建造Alpha石英晶体保存Project在d盘上建文件夹class1:d:\class一.生成一个目的:介绍一.生成一个目的:介绍MaterialsStudioproject概念模块:MaterialsVisualizer建立一个新文件夹D:\MSteach\MaterialsStudio，生成名称为Myquickstart的或从运行菜单中运行：所有程序AccelrysMaterialsStudio4.4Materials这样就产生了新的Materials这样就产生了新的MaterialsStudio运行选择此文件夹存放写入My生成了名称为MyQuickstart的3恢复project的默认设置（初学者不要做此操作3恢复project的默认设置（初学者不要做此操作templateprojectMyquickstartprojectToolsSettingsOrganizer，打开SettingsOrganizer1.点击此处的MaterialsStudioicon，2.单击Reset，所有的模块和图示工具Accelrys默认值3.在此可改变模块和3D介绍Materials3D介绍MaterialsStudiodocumentsMaterials已生成一个MaterialsStudio使用了多种类型的文件，如3DAtomisticandMesoscaletext、chart、HTML、studytable、grid、script、和forcefielddocuments。在的教学中,主要出现的是3DAtomistic类型的文件。本节课包括以下内容改变3D结构的视图输入FileImport，打开）TON.msi，单击输入FileImport，打开）TON.msi，单击///zeoliteTheta-1unit右键旋Explorer中Myquickstartproject的一部分。注意文件的扩展名已由.msiXML-basednativeMaterialsStudio格式msiDisplayStyle，DisplayStyle对AtomDisplayStyle，DisplayStyle对AtomDisplayStyle:Stick：棍状模型stick：球棍模型CPK：球堆砌模型Polyhedron：多面体堆积模型（晶体）Atom栏：用Line、Stick、BallandstickCPKPolyhedrondisplaystyles显zeoliteTheta-1CPKBallandLattice栏Displaystyle:显示单个晶胞或者原胞。Lattice栏Displaystyle:显示单个晶胞或者原胞。None、Dashedline、LineStickstyles示zeoliteTheta-1的结构将显示固定在LineDashed在TON.xsd3D在TON.xsd3DViewer上单击右键，选择Lighting选项，该选打开DisplayStyleAtomtabBallandstick33D可以使用3DViewer33D可以使用3DViewer工具栏上的工具来改变3D视图3DViewer工具通过选择相应的工具并在3D结构上拖动来改变结构视图Rotate:旋转结构视图。使用三键鼠标，右键是旋转操作对于三键鼠标来说，左键执行所选操作，右键则是旋转操作，同时按下左健和右则会完成缩放操作。此外还可以将键盘和鼠标联用来完成上述操作以下操作将改变3D结构的FittoView:根据窗口的尺寸，为3D结构选择合适的大小ResetView:将结构放置到窗口中原来的位置，并恢复原有大小3DViewerSelectionMode在3D3DViewerSelectionMode在3DView工具栏上选择3DViewerSelectionMode选原子被选需要将结构保存为project的一部分时，单击3DViewerFile/SaveProject，Windows/Close三.绘制苯甲酰目的:介绍MaterialsVisualizer中的绘图工具sketching三.绘制苯甲酰目的:介绍MaterialsVisualizer中的绘图工具sketching模块:Materials已生成一个前提生成新的3D将分子的凯库勒(Kekulé)式转化为共轭结构(resonantbondBenzamide(苯甲酰胺)分Tomonitorandadjust下面建造苯下面建造苯甲酰胺1生成新的3D在菜单上选择FileNew，并且选择3DAtomistic后单击OK。此时文件名称出现在左侧的ProjectExplorer中，名称为3DAtomistic.xsd，在其上单击鼠标右键，选择Rename，将名称改为my-benzamide。FileSaveSave。这样就在myquickstartModifyDefaultModifyDefaultAtomStyleDefaultAtomStyle话框。在DisplayStyle中选择BallandstickCloseDefaultAtomStyle对话框绘制分子环和Sketch绘制分子环和Sketch在绘图工具栏(Sketchtoolbar)上单击SketchRing移动到3D文档中。这时鼠标看起来象一只铅笔，其右侧的数字表示将要绘的原子数(可以在键盘上按下数字键3-8来改变环的大小）。这里键入6，在的芳香环(aromaticring)。withresonantSketchAtom在绘图工具栏(Sketchtoolbar)上单击SketchAtom在绘图工具栏(Sketchtoolbar)上单击SketchAtom标移动到环的3D文档中，这时鼠标看起来象一只个碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上。移动另一种终止链延续的方法：在3D的某一合适位置单击左键，画出最注意，对错误操作，可用工具栏上的Undo4第一个碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上移动鼠标并在3D的合4第一个碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上移动鼠标并在3D的合适位置双击左键，这样设置了一个氧原子，终止了链的延续3DViewer具栏上，单3DViewerSelectionMode。没有出现/如果3DViewerToolbars3DViewer即可现在处于原子和键的选择模式mode)5Sketch工具栏中Modify点击Modify5Sketch工具栏中Modify点击ModifyElement按钮Nitrogen右侧的箭头，在下拉选项中选CN一般选中某个原子后，在Modify菜单下的ModifyElement中选择Oxygen编辑*3DViewerC-ObondBond编辑*3DViewerC-ObondBondType*按住SHIFTkey，交替单击环上的三个键。如图，这C-Obond*ModifyBondTypeBond右*在3DViewer总之，首先选择两个原子之间的键，然后在Sketch工具栏上的ModifyBond按钮来改变键的类型，同样的选项也可以在Modify菜单下的ModifyBondType中找到。如果要选择多个原子或键，请按下Shift后再进行选择。如要取消选择，请在结构7.调整氢原子并进行整理*在Sketch工具栏上，单击Auto7.调整氢原子并进行整理*在Sketch工具栏上，单击AutoHydrogen*按下Sketch工具栏上的Clean8.MaterialsStudioBondCalculationKekuléresonant8.MaterialsStudioBondCalculationKekuléresonant两种bondingrepresentation之间的转换(在共轭结构和凯库勒式之间进行转化)。Calculation对话框。representationto被选中，并在(默认为Kekule结构)。*单击Calculate按钮。则苯基环的成键显示为resonantbonding*，关闭*Edit|UndoCalculate或单击Undo键恢复为Kekulé说明*Kekulé结构为早期对苯环成键的认识，但不便结构拓扑说明*Kekulé结构为早期对苯环成键的认识，但不便结构拓扑。Resonant结表示了成键电子离域，是人们对苯环结构的更实际的认识*按钮右侧的箭头进行多步9.在MSStudio中，可以使用绘图工具栏(Sketch9.在MSStudio中，可以使用绘图工具栏(Sketchtoolbar)Measure/Change*点击在下拉菜单中选中Distance来，数值为红色，单位为Ångstroms。*，键长由0.999*，键长由0.999变回0.511拉*3DViewer上的Rotation，示C－O原子间距的的数字已由红色改*可以用Materials*可以用MaterialsStudio窗口左侧的PropertiesExplorer看分子的信说明：完成分子建模后，就可以使用View|Explorers说明：完成分子建模后，就可以使用View|Explorers|PropertiesExplore来查看所PropertiesExplore可以自动显示所选对象的性质，包括原子、键、分子以及距在benzamide分子上单击某个原子或键，选中(颜色变黄)，则PropertiesExplorer自动显示选中对象的性质。可以对选中对象的性质进行编辑。如单击C－O键，此键变黄色。在Properties拉菜单，在其中选择Double,然后点击OK按钮，则单键变为双键，这是正确的。FileSaveSave，这样就在my四观察并且四观察并且处理研究表MaterialsStudio中研究表格(studytables的概念。模块：MaterialsVisualizer引Studytables是MaterialsStudio工作流中的重要的一部分，这些文档(.sdf)一个单元格都可以包含字符串、3D分子模型和图表。内1.1.Table，单击OK按钮。或者在常规工具栏上选择New，甚至可以在Project对话框上单击右键选择New出新建的studytable文件以电子数据表的形式，显示在StudyTable从Edit菜单中选择InsertFrom，单击InsertFrom，打开InsertIntoActive从Edit菜单中选择InsertFrom，单击InsertFrom，打开InsertIntoActive打开有机物文件夹，按住shift，左键点击所有.msi文件，都选中。然后单击Insert按钮，将选中的有机分子插入到studytable中。1./Insert3.双击2.单击From，双击Structures4.表表格的列A中包括了分子的名称和3D结构文件图标，可以通过简单的双击该标观察分子结构。双击包含135benz的单元格，出现135benz的结双可以操纵该3D结构，例如编辑、缩放、平移、将苯环上可以操纵该3D结构，例如编辑、缩放、平移、将苯环上的一个H原子改为甲基。左键单击三个H原子中的一个，颜色变黄，的选择箭头，下拉菜单中有不同的元素示已选中。点击ModifyElement按选择C，这样苯环上的H原子就变成了CH原子就变成了C单击AdjustHydrogenCommitEdit钮，将3个钮，然上；单击StudyTableDetailView。，初44从ProjectExplorer在ProjectExplorer中单击研究表格，使其成为当前文档，然后在要插入的my-研究表格支持的其它研究表格支持的其它文件格注意：研究表格不支持Mesoscale文件例如，在研究表格中击benzamide的3D然后在Model按右侧的下拉选项中QSARJob…，设置见右图，然后按钮右侧的下拉选然后按钮右侧的下拉选项中，单击的Model。在出现的对话框中Output列的ElementCount；按下Ctrl键，再选择Atomcount注意：进行ElementCount计ElementCount条目，也可单击对话框右上角的EditModel钮，在弹出的对话框中，开Input部分，选择要计算的素；类似的操作对于其他123以使用Esc键取消选择）。在所有3D文件都被的情况下，单击QSAR，工具栏的ModelOutput列的Element按下Ctrl键，再选择Atomcount。双击ElementCount可单击对话框右上角的双击ElementCount可单击对话框右上角的Model话框中，打开Input择C原子，恢复默认（进行计算结果计算结果出现在BC两列中，分别显示各个分子中的原子数和其中的碳原如果计算前B、C列已存在，则显示结果的列顺延为D、E7.处理左键单击B，选择列B。选择StudyTableViewer工具栏上的Filter7.处理左键单击B，选择列B。选择StudyTableViewer工具栏上的Filter如果工具栏如果工具栏中，则用下面步骤显示StudyTableViewer工具条恢复filtering前的Study恢复filtering前的Study单击FilterSelection选中C选中C列，如图，按右键，增加一列DDescriptionFractionofcarbonOK按钮。说明，这里是自定义函数，具体过程类似于微软Excel选YestoAll目的模块前提MaterialsVisualizer已有一个project引内检查urea晶体中氢键的连1.**FileImport，ExamplesDocuments3D1.**FileImport，ExamplesDocuments3DModelurea.msi，Import注意，文件由.msi改为.xsd*7625431****从菜单中选择BuildHydrogenBondsCalculate。注意，该计算也可以在AtomBond****从菜单中选择BuildHydrogenBondsCalculate。注意，该计算也可以在AtomBond按来行计算*单，关闭对话么是氢键4321在urea的在urea的3Dviewer上单击右键，在快捷菜单中打开DisplayStyle对话框，点击Lattice栏，将Display部分沿X、Y、Z轴方向的最大晶胞数（Max）改为2.0。那么现在我们就可以得到一个2x2x2的尿素晶体了楚地看到氢键3124.4.5.检查urea，然后使用键5.检查urea，然后使用键盘上的上、下、左、右键，按照45°为Up*六构造－目六构造－目的模块前提介绍晶体建模Materials已有一个引析等。本教案通过构造－石英晶体，介绍一些MaterialsStudio晶体建模的功内建立－石英晶对比－石英晶体结构的1建立－*File1建立－*FileNew3DAtomisticOK按钮，打开一个新的3DViewer。*在ProjectExplorer中，新的3DViewer3DAtomistic.xsd3DAtomistic.xsd，按右键Renamemy_quartz_alpha，按ENTER完成命名。645231*File/Save，这样就在myquickstartproject中建立了*File/Save，这样就在myquickstartproject中建立了3DAtomistic的*在新建的3DBuild菜单选择CrystalBuildCrystal...，打开相关的晶体模建对话框。在SpaceGroupEnterGroup，输入P3221，并且按下Tab键进行确认。也可以从下拉菜单中选在LatticeParamenters栏中，在相应的地方输入Alphaaca=4.910Åc=5.402Å注意，一旦选中了空间群，那么相应的晶胞参数b,α,β,γ就会依据群的**9876325149876325142.从Build菜单中选择AddAtom。此选项会打开AddAtom对话框，也可以在and2.从Build菜单中选择AddAtom。此选项会打开AddAtom对话框，也可以在andBondAddAtoms，打开AddAtom进入Options栏，确认Testforbondsasatomsarecreated被选中的时候，MaterialsStudio会在晶体建造过程中，自动产生相应的键。MaterialsStudio也有一个通用的BondCalculation工具，可以从Build菜单中调用，仍然在Options栏中，确认CoordinatieSystem是FractionalAtom对21进入到Atoms栏中，从Element下拉菜单中选择Si，并输入相应的a、b、c进入到Atoms栏中，从Element下拉菜单中选择Si，并输入相应的a、b、c326541同样的，我们可以加入氧原子。氧原子的参数为c=0.116499。氧原子和同样的，我们可以加入氧原子。氧原子的参数为c=0.116499。氧原子和其对称原子加入到晶胞内，程序会自动计算并加入相关的3213124.下面对比Studio结构数据库中.下面对比Studio结构数据库中的Alpha石英晶体和自构造的Alpha石英晶按下列路径输入数据库中的AlphaFileImport.../Documents3DModelquartz_alpha.msi，单击importProjectExplorer中出现7625431*按住Ctrl键，选中所有的O原子。在quartz_alpha.xsd*按住Ctrl键，选中所有的O原子。在quartz_alpha.xsd的3DViewer上原子。在quartz_alpha.xsd的3D从Windows菜单中选择TileVertically将两个结构横向平铺。*在my_quartz_alpha.xsd上打开DisplayStyle，在Lattice栏中，从Style下拉菜单中选注意：也可以使用Build菜单下的Crystal的Rebuild命令来MaterialsStudioMaterialsStudio3DAtomisticCollectiondocuments，在这样的文件中，FileNewNewDocument3DAtomisticCollectionOK*ProjectExplorermy_quartz_alpha.xsd*ProjectExplorermy_quartz_alpha.xsdInsertInto。则my_quartz_alpha.xsd结构出现在3DAtomisticCollection.xod中。quartz_alpha.xsd重复此操作。这样my_quartz_alpha.xsd和quartz_alpha.xsd两个结构都出现在*在3DAtomisticCollection.xod同样，将同样，将*FileSaveWindowClose七七Materials已有一个中，将使用MS的聚合物建模工具来构造全同立构PMMA的20个基体，进而进行结注意MSModeling允许构造均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(block构造全同立构1构造全同立构*选择Build1构造全同立构*选择Build菜单中BuildPolymers下的Homopolymer*在Polymerize栏单击Library下拉菜单，找到acrylates