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文档简介
生物化学
第三版上、下册(王镜岩)
考研辅导笔记
目录
第一章蛋白质化学(考研中约占30%)1
第一节氨基酸(共7个大问题)1
1.氨基酸的结构1
1.1蛋白质的水解(三种水解方式)1
1.2氨基酸的结构通式(L-a-氨基酸)P1231
1.3氨基酸的结构特点1
2.20种合成蛋白质的氨基酸的分类(但很少以简答题的的方式考)1
2.1按氨基酸的酸碱性分1
2.2按氨基酸所携带的侧链R基分1
2.3按侧链R基的极性1
2.4按氨基酸在人体内能否自身合成可分为2
2.5按转化的产物分2
2.6非蛋白质氨基酸(注意以下四个即可)2
3.氨基酸的作用(功能)2
3.1作为寡肽、多肽和蛋白质的组成单位2
3.2作为活性物质的前体2
3.3作为神经递质2
3.4氧化分解产生ATP2
3.5作为糖异生的前体2
4.氨基酸的酸碱化学2
4.1氨基酸为两性离子(兼性离子)一般不考,但要理解2
4.2氨基酸的两性电解和等电点2
4.3氨基酸的甲醛滴定3
4.4氨基酸的滴定曲线(以Gly为例)P1313
5.氨基酸的化学反应3
5.1a-氨基参加的反应3
5.2a-NH2与a-COOH共同参加的反应4
6.氨基酸的光学活性与光谱性质4
6.1除Gly外,其他氨基酸都有手性碳原子;其中Thr、De有两个手性碳原子
4
6.2紫外吸收光谱(专指3种芳香族氨基酸Trp、Tyr、phe)4
7.氨基酸混合物的分析、分离4
7.1从以下4各方面进行分析4
7.2电泳、层析4
第二节蛋白质的共价结构4
1.蛋白质通论(小题)4
1.1蛋白质的元素组成特点4
1.2氨基酸残基的平均分子量约为1105
1.3生物学意义(了解)5
2.肽5
2.1肽键5
2.2肽的书写与命名5
2.3肽的理化性质5
2.4天然存在的活性肽谷胱甘肽5
3.蛋白质的一级结构6
3.1一级结构的概念(了解)和主要化学键6
3.2蛋白质一级结构的测定方法6
4.蛋白质的三维结构6
4.1蛋白质构象的研究方法6
4.2稳定蛋白质三维结构的作用力6
4.3蛋白质的二级结构6
4.4纤维状蛋白7
5.蛋白质的超二级结构和结构域8
5.1超二级结构8
5.2结构域8
6.蛋白质三级结构8
6.1概念(理解8
6.2结构特征8
6.3维持蛋白质三级结构的主要作用力——次级键8
7.蛋白质的四级结构8
7.1概念8
7.2理解亚基与肽链的关系8
7.3蛋白质以寡聚体存在的意义(2个或2个以上亚基组成的蛋白质统称寡聚
体)8
8.蛋白质的折叠与结构预测8
8.1折叠是一个有序的过程8
8.2折叠要点8
第四节蛋白质结构与功能的关系(大题)9
1.一级结构决定空间结构9
2.蛋白质一级结构与功能的关系9
2.1同源蛋白质与物种之间的关系9
2.2不变残基与可变残基(氨基酸残基)9
2.3分子进化系统进化树9
2.4蛋白质分子的激活(两个例子)9
2.5分子病9
3.蛋白质空间结构与功能的关系(决定与被决定的关系)9
3.1氧合蛋白9
3.2免疫球蛋白IgG(了解)10
3.3肌动、肌球蛋白(了解)肌球蛋白具有ATP酶活性10
第五节蛋白质的性质及分离纯化10
1.蛋白质性质10
1.1紫外吸收性质10
2.蛋白质两性解离性质(参考氨基酸的)10
3.蛋白质的胶体性质(常考)10
4.蛋白质的沉淀10
5.蛋白质的变性/复性10
5.1概念(掌握)10
5.2肽键未断、分子量未变、断的是次级键10
5.3变性因素10
5.4变性本质10
5.5变性后性质变化10
6.蛋白质分子量的测定10
7.蛋白质分离纯化的方法(原理)11
8.蛋白质纯度的鉴定11
第二章酶11
第一节前的概念、分类、命名11
1.酶的概念11
1.1与酶有关的概念11
1.2酶与一般催化剂的共同点11
1.3醒作为生物催化剂的特点11
1.4酶的专一性P332-33311
2.酶的分类12
2.1蛋白类酶按其所催化的化学反应的性质分12
2.2根据酶分子的组成分12
2.3根据酶的结构分12
3.前的命名(了解即可)12
第二节酶的分子结构与功能12
1.酶的化学本质12
1.1酶的化学本质12
1.2核酶12
2.酶的活性部位或活性中心12
2.1活性部位或活性中心(概念)12
2.2必需基团12
2.3活性部位与必需基团的关系12
2.4“活性中心”常出现的氨基酸残基13
2.5活性部位或活性中心的特征13
第三节酶的催化机制13
1.“化能”13
2.“过渡态稳定学说”13
3.诱导契合学说13
当底物与酶接近到一定程度时一结合一底物诱导酶构象改变13
4.与酶高效催化性有关的因素(常考)P38813
5.几种常见酶的结构与功能13
第四节酸促反应动力学13
1.酶促反应速率的测定13
2.底物浓度对酶促反应速率的影响13
2.1底物对酶促反应的饱和现象13
2.2米氏方程13
v=14
3.酶浓度对酶反应速率的影响14
v=K•s14
4.温度对酶反应的影响14
4.1最适温度14
4.2温度对酶影响的2方面14
5.pH对酶反应的影响14
5.1最适pH14
5.2pH影响酶结构的稳定14
6.抑制剂对酶反应的影响14
6.1抑制作用14
7.激活剂对酶反应的影响14
第五节酶活性的调控14
1.酶结构的调节14
2.酶数量的调节15
第六节酶的应用及研究方法15
1.酶活力的测定15
1.1醐活力15
12Km/Kcat15
1.3.比活力(计算题)15
14酶活力测定的方法有哪些?15
2.醐的分离纯化15
2.1.注意事项15
2.2酸的分离纯化方法与分离纯化蛋白质•样(依据)15
3.酶工程16
第三章维生素与辅醐(无大题)16
第一节概述16
1.维生素(概念)16
2.维生素作用16
3.分类16
4.结构16
第二节水溶性维生素与辅酶17
第三节脂溶性维生素17
第四章核酸化学18
第一节核甘酸18
1.碱基18
1.15种碱基结构18
1.2稀有碱基18
1.3碱基性质18
2.戊糖18
3.核昔18
4.核甘酸18
4.1类型18
4.2环化核甘酸18
激素(中科院系统常考)18
4.3核甘酸形成18
第二节核酸一级结构(比蛋白质一级结构重要)18
1.概念19
2.连接方式19
3.表示方法19
3.1线条式19
3.2字符式19
第三节核酸高级结构19
1.DNA的高级结构19
1.1双螺旋结构证据19
1.2生物体中碱基组成规律19
1.3DNA双螺旋结构19
1.4三级结构19
2.RNA高级结构19
2.1RNA二级结构19
2.2RNA三级结构20
第四节核酸性质和研究方法20
1.核酸性质20
2.研究技术和方法20
2.1核酸的分离、纯化和定量(电泳、层析)20
2.2核酸一级结构的测定20
第五章生物氧化21
第一节生物能学21
1.热力学定律21
1.1自由能21
2.高能化合物21
2.1概念21
2.2高能磷酸化合物21
第二节生物氧化21
1.概念和特点21
2.CO2产生21
2.2脱竣类型21
3.电子传递与呼吸链21
3.1呼吸链(电子传递链)21
3.2类型与定位21
3.3呼吸链的组分21
3.4呼吸链组分的排列顺序22
3.5复合体1、II、用、【V的结构与功能22
3.622
第三节氧化磷酸化22
1.定义22
2.简述生物体内生成ATP的方式22
3.氧化磷酸化的偶联机制23
化学偶联假说23
构象偶联假说23
化学渗透假说(简述)23
3.4ATP合酶23
4.结合变化机制(常考)23
5.氧化磷酸化抑制23
呼吸链抑制剂23
ATP合酎抑制剂23
解偶联抑制剂23
6.P/0比与氧化磷酸化(了解)23
7.氧化磷酸化的调节23
8.能荷23
9.线粒体外NADH的穿梭(细胞溶胶中NADH的再氧化)23
a-磷酸甘油穿梭24
苹果酸-天冬氨酸穿梭24
机制24
第六章糖代谢24
第一节新陈代谢24
1.概念24
2.特征24
3.新陈代谢研究的主要方法24
第二节糖类水解、吸收24
1.糖的生理功能24
2.糖的降解24
3.糖的吸收24
第三节糖分解代谢24
1.糖酵解(EMP途径)24
1.1定义25
1.2场所25
1.3过程(△)25
1.4EMP途径的调节26
1.5EMP途径的生理意义26
1.6生醇和乳酸发酵问题26
2.糖的有氧氧化26
2.1定义26
2.2场所26
2.3过程26
△第三节TCA(柠檬酸or三陵酸)循环27
1.场所27
2.过程27
2.1循环图27
2.2过程介绍27
2.3TCA循环共产生ATP28
3.主要中间代谢产物28
4.糖异生途径中的“Fe三角”(阐明草酰乙酸、PEP、丙酮酸之间的关系)……28
5.TCA生理意义28
6.1分子葡萄糖完全氧化共产生ATP?29
7.1分子糖原完全氧化?29
8.乙馨酸循环29
8.1关键的两个醐29
8.2乙醛酸分子可以看成2分子的乙酰-CoA-1分子草酰乙酸29
8.3乙醛酸循环在植物种子中有特别重要的意义29
9.戊糖磷酸途径(PPP途径)29
9.1定义29
9.2场所29
9.3过程29
9.4生理意义(常考)29
第四节糖的合成代谢30
I.糖异生30
1.1定义(重要)30
1.2场所30
1.3原料30
1.4动物不能用以下物质生成糖30
1.5过程30
1.6草酰乙酸、乙酰-CoA都不能自由出入线粒体30
1.72分子丙酮酸生成1分子葡萄糖共消耗6分子ATP30
2.Cori循环(乳酸循环)30
2.1过程30
2.2主要意义30
3.糖原的合成30
3.1葡萄糖的活化形式30
3.2向非还原端增加葡萄糖残基31
3.3关键酶31
第五章脂肪酸的分解代谢31
脂类31
必需脂肪酸31
不饱和脂肪酸31
第一节脂类的酶促降解31
1.脂肪的酶促降解31
1.1脂肪的动员(掌握)31
1.2激素敏感脂肪酶31
1.3在(激素敏感脂肪酶)的催化作用下:脂肪一甘油三酯31
2.磷脂的酶促降解31
第二节脂肪的分解代谢31
1.甘油的氧化分解31
1.11分子甘油完全氧化产生()分子ATP?31
1.2部位32
2.脂肪酸的B-氧化32
2.1饱和偶数碳脂肪酸的氧化(三大步)32
2.2"饱和偶数碳脂肪酸的氧化”计算题(软脂酸、硬脂酸、02饱和脂肪酸
与2分子G产能区别)32
2.3不饱和脂肪酸的氧化(考试很少涉及)32
3.脂肪酸氧化的其他途径32
3.1奇数碳原子脂肪酸的氧化32
3.2脂肪酸的a-氧化33
3.3脂肪酸的3-氧化33
3.4酮体的生产和利用(常考)33
第三节脂肪的合成代谢(从重要性上看,不如脂肪的分解代谢重要)33
I.原料33
2.3-磷酸甘油(即a-磷酸甘油)的生物合成33
甘油-3-磷酸日油33
糖分:-磷酸二羟丙酮一a-磷酸甘油33
3.脂肪酸的生物合成33
3.1从头合成33
3.2脂肪酸链延长(部位:线粒体内、内质网内)34
3.3不饱和脂肪酸的生物合成34
4.脂肪的生物合成34
第四节磷脂代谢34
1.代谢34
2.脑磷脂、卵磷脂的合成代谢34
原料34
需要34
第五节胆固醇合成代谢34
1.原料34
2.调控酶34
第八章蛋白质及氨基酸代谢34
第一节蛋白质的营养作用34
1.必需氨基酸34
2.蛋白质的互补作用(了解)34
3.氮平衡34
第二节蛋白质的消化吸收34
第三节氨基酸的一般代谢35
分解代谢重要;合成代谢不需掌握35
1.氧化脱氨基作用35
2.转氨基作用35
概念35
两种酶35
辅能35
两种转氨基反应35
意义35
3.联合脱氨基作用35
氧化脱氨基和转氨基联合35
喋吟核甘酸循环35
4.氨的去路35
直接外排35
转化为酰胺35
转化为尿素35
5.a-酮酸的代谢途径35
①转变为糖or脂35
②彻底氧化分解提供能量35
③再次氨基化为新氨基酸35
6.氨基酸脱竣醐35
6.1辅酶35
6.2氨基酸一胺35
第四节氨基酸衍生物35
第九章核甘酸代谢36
第一节生物体内游离核甘酸的作用36
第二节喋吟核甘酸代谢36
1.喋吟核甘酸的合成代谢36
1.1从头合成途径36
1.2补救合成途径36
1.3噂吟核甘酸生物合成的调节36
2.喋吟核甘酸的分解代谢37
第三节啥呢核甘酸的代谢37
1.喘咤核甘酸的合成代谢37
1.1从头合成途径37
定义37
场所37
原料37
过程37
1.2补救合成途径37
2.喀咤核甘酸的分解代谢37
第四节核甘酸合成的调控37
1.噂吟核甘酸合成的调节37
2.口密啜核昔酸合成的调节(酶)37
3.脱氧核昔酸合成的调节37
第十章DNA的生物合成38
第一节DNA复制38
1.与DNA复制有关的酶和蛋白质38
1.1DNA聚合酶(DDDP)38
1.2DNA解链酶(解螺旋酶)38
1.3SSB(单链结合蛋白)38
1.4DNA拓扑异构酶(旋转酶)38
1.5DNA引发酶39
1.6DNA连接酶39
1.7真核生物中的端粒酶39
2.DNA复制的分子机制(了解)39
2.1复制子39
2.2复制的机制39
3.DNA复制的方式39
4.DNA复制的一般特征39
5.保证DNA复制的真实性的机制(常考)40
6.DNA损伤修复40
第二节逆转录40
1.逆转录酶40
3.完善中心法则、大多数为RNA病毒40
第十一章RNA的生物合成40
第一节转录40
1.转录的定义40
2.转录的一般特征40
3.RNA聚合酶的结构功能40
3.1原核生物RNA聚合前的结构功能40
3.2真核生物RNA聚合酶的结构功能40
4.转录机制(起始、延伸、终止)41
4.1原核生物转录机制41
4.2真核生物转录机制(一般考试不涉及)41
4.3顺式作用元件和反式作用因子41
第二节转录后的修饰加工41
1.原核生物mRNA不需要进行加工修饰即可进行翻译41
2.真核生物mRNA前体(hnRNA)的加工修饰41
第十二章蛋白质的生物合成41
第一节遗传密码41
1.密码子41
1.11个起始密码子41
1.23个终止密码子42
2.密码子特征42
3.SD序歹U42
第二节核糖体42
第三节tRNA42
第四节蛋白质生物合成的分子机制42
1.以原核生物为例(大题)42
2.简述蛋白质合成起始阶段过程42
3.大亚基中的23SrRNA(核酶)转肽、水解42
4.看一下原核生物和真核生物翻译的差异42
5.看一下基因调控(乳糖操纵子、Trp操纵子的作用机制)43
第一章蛋白质化学(考研中约占30%)
第一节氨基酸(共7个大问题》
1.氨基酸的结构
1.1蛋白质的水解(三种水解方式)
1.1.1酸水解的特点:
(l)Trp被水解破坏(2)Asn被水解为Asp,Gin被水解为Glu
⑶一般用HC1(水解后加热HO会挥发)
1.1.2碱水解:Trp不被水解破坏
1.1.3酶水解(第章要详细讲)
1.2氨基酸的结构通式(La•氨基酸)P123
13氨基酸的结构特点
(I)除Gly外,其他氨基酸都含有手性碳原子
注:某一碳原子周围的基团或原子各不相同,该碳原子称为手性碳原子;D型、L型与旋光
活性(左旋、右旋)无对应关系
(2)除Pro(亚氨基酸)夕卜,其余皆为a-氨基酸
含羟基(-OH)氨基酸SerThr
含筑基(-SH)Cys
含硫的氨基酸
含二硫键(-S-S-)Met
含"氨基Lys
含胭基的氨基酸Arg
含咪嗖基的氨基酸His
Phe
芳香族(含苯环)的氨基酸含酚羟基Tyr
含叫咻基Trp
2.20种合成蛋白质的氨基酸的分类(但很少以简答题的的方式考)
自然界有180多种,但是参与组成蛋白质的仅有20种
2.1按氨基酸的酸碱性分
酸性氨基酸:Asp、Glu
碱性氨基酸:His、Arg、Lys
2.2按氨基酸所携带的侧链R基分
芳香族氨基酸:Phe、Trp.Tyr杂环氨基酸脂肪氨基酸
2.3按侧链R基的极性
分类种数详细列举
不带电荷的极性R基氨基酸7GlySerThrCysAsnGinTyr
带正电荷的R基氨基酸3His、Arg、Lys
带负电荷的R基氨基酸2Asp、Glu
非极性R基氨基酸8AlaVaiLeulieMetProPheTrp
说明:Gly即可与认为是不带电荷的极性R基氨基酸,也可以认为是非极性R基钿:基酸
非极性(亲脂性)从大小顺序:
Ile>Val>Leu>Phe>Trp>Tyr
2.4按氨基酸在人体内能否自身合成可分为
(1)必需氨基酸(人体自身不能合成)8种
口诀甲携来一本亮色书
对应氨基酸MetVaiLysHePheLeuTrpThr
(2)半必需氨基酸2种(幼儿自身能合成,但是量不够)ArgHis
(3)非必需氨基酸
2.5按转化的产物分
生酮氨基酸:Leu(有时候Lys也可以)•个空填Leu,若两个空填Leu、LYS
生糖氨基酸
生酮兼生糖氨基酸
注意:并非所有的氨基酸都可以转化为糖
2.6非蛋白质氨基酸Q注意以下四个即可)
B-丙氨酸Y-氨基丁酸鸟氨酸Orn瓜氨酸Cit
3.氨基酸的作用(功能)
3.1作为寡肽、多肽和蛋白质的组成单位
3.2作为活性物质的前体
Arg可转化为信号分子NO;Tyr可转化为甲状腺素、黑色素、等(Tyr可作为食品添加剂)
3.3作为神经递质
一般了解:Y-氨基丁酸一抑制性神经递质(神经递质可分为抑制性和兴奋性两类,乙酰胆
碱属于兴奋性神经递质)
3.4氧化分解产生ATP
3.5作为糖异生的前体
4.氨基酸的酸碱化学
4.1氨基酸为两性离子(兼性离子)一般不考,但要理解
氨基酸分子上带等量的正负电荷,即净电荷为零
4.2氨基酸的两性电解和等电点
4.2.1等电点(pl)氨基酸所带静电荷为零时的pH
(注:不仅限于氨基酸,只要是两性物质即有等电点)
4.2.2理解两性解离理论P134(Glu和Lys的解离)
最左端带最多正电荷最右端带最多负电荷
注:“是氨基酸的常数(在任何溶液中都固定)
4.2.3会判断氨基酸的带电性(氨基酸在溶液中的带电性由pl和溶液的pH值共同决定)P131
pH>pI氨基酸带负电
pH<pI氨基酸带正电
pl=pl氨基酸不带电
A'TA0—H',A-
4.2.4等电点>pl是氨基酸的一个常数,氨基酸在pl时的溶解度最低,可以利用此性质进行
氨基酸的分离纯化
☆4.2.5等电点的的计算P134(对于有3个可解离基团的氨基酸例如Glu,Lys的pl的计
算)
石老师的结论:(1)碱性氨基酸(Arg、Lys、His):两个较大的pK值相加再除以2
课本上P134的例题:Lys
A2+KalNKa2A0Ka3A-
2.188.9510.53
pl=l/2(pKa2+pKa3)=1/2(8.95+10.53)=9.74
(2)其他氨基酸的pl的计算:两个较小的pK相加再除以2
以课本上的Glu为例:
£KalA0Ka2A-Ka3A2-
2.194.259.67
pl=l/2(pKa1+pKa2)=112(2.\9+4.25)=3.22
我的理解:pLpK的实质都是pH。从左到右pH由小到大
找到A0(净电荷为零的点),然后其左右的pK相加再除以2即可
4.3氨基酸的甲醛滴定
4.3.1不能用酸碱滴定(因为用酸碱滴定,最后pH值或者很大或者很小,没有相应的指示剂)
4.3.2甲醛与-NH2结合,使之受保护。然后-COOH与滴定加入的碱进行反应
4.4氨基酸的滴定曲线(以Gly为例)P131
1.00.500.51.0
HC1NaOH
5.氨基酸的化学反应
5.1a-氨基参加的反应
5.1.1a-NH2与亚硝酸(HNO”反应
(1)不能与Pro发生反应
(2)释放N2,且氮元素一半来自氨基酸,另一半来自HNOa
(3)Lys的两个氨基(Q-NH2和£-NH2)都可以与亚硝酸进行反应
5.1.2a-N”与丹磺酰氯(DNS)的反应
是测定N端氨基酸的方法之一
5.1.3。-1\^2与2,4-二二硝基氟苯(DNFB,也叫Sanger试剂)反应
⑴也是测定N端氨基酸成分的方法之
⑵Sanger用此方法测定出牛胰岛素的结构
Sanger测两次获得诺贝尔奖:
①测定出牛胰岛素的结构②“双脱氧末端终止法”测定核酸的核甘酸序列
5.1.45NH2与苯异硫氟酸酯(PITC,又叫Edman试剂)
(1)也是测定N端氨基酸成分的方法之-
(2)依据此原理发明《蛋白质、氨基酸顺序测定仪
5.2a-NH2与a-COOH共同参加的反应
与黄三酮反应
(1)依据此原理制成氨基酸自动分析仪
(2)Pro、羟脯氨酸与苗三酮反应生成黄色化合物;其他氨基酸与前三酮反应皆生成紫色物质。
(3)利用紫外分光光度法在570nm波氏定量测定各种氨基酸(pro除外)
6.氨基酸的光学活性与光谱性质
6」除Gly外,其他氨基酸都有手性碳原子;其中Thr、lie有两个手性碳原子
6.2紫外吸收光谱(专指3种芳香族氨基酸Trp、Tynphe)
(1)3种芳香族氨基酸在280nm下的吸收程度比较:Trp>Tyr>Phe
前面的知识:非极性(亲脂性)从大小顺序:Ile>Val>Leu>Phe>Trp>Tyr
(2)蛋白质由于含有芳香族氨基酸,所以也有紫外吸收能力,一般最大吸收也在280nm处
(3)芳香族氨基酸在紫外区有吸收光谱是因为R基含有苯环共挽体系(可以认为是单双键交
替的结构)
知识延伸紫外分光光度法测物质含量的最基本公式:A=£XcXI(朗伯-比尔定律)
A指吸光度(A是新的表示方法,旧的表示方法为OD)
E为一常数1是比色皿的直径
7.氨基酸混合物的分析、分离
7.1从以下4各方面进行分析
1)氨基酸的带电性
2)氨基酸的带电量
3)氨基酸的分子大小(分子量)
4)氨基酸的形状
7.2电泳、层析
第二节蛋白质的共价结构
1.蛋白质通论(小题)
1.1蛋白质的元素组成特点
CHONS蛋白质含量=蛋白氮X6.25
1.2氨基酸残基的平均分子量约为110
1.3生物学意义(了解)
2.肽
2.1肽键
2.1.1概念a-NH2与a-COOH脱水缩合而成的酰胺键
2.1.2肽键的特点①有部分双键性质②反式排列
③与肽键相关的6个原子处于同一个平面内
CaCONHCa
H
I
CN
U
H
O
肽
面
平为一刚性平面,作为一个整体
2.2肽的书写与命名
N端一>C端
知识延伸生物大分子的方向性:
①核酸5'—>3'②多糖从还原端(还原端只有一个)到非还原端(非还原端有若干个)
③脂有极性端和非极性端
氨基酸数
寡肽2-10
多肽11-50
蛋白质51至以上
2.3肽的理化性质
2.3.1寡肽的等电点的计算(此类题中pK值已给出)
①先写寡肽带最多正电荷一②按pK值从小到大排列一③pK值小的光解离,带负电一
④pK值第二小的,再解离,带负电……写到正负电荷相等时两边的pK值相加除以
2
pLpK的实质都是pH。从左到右对应pH由小到大
课本P166H阿酰谷氨酰赖氨酰丙氨酰(Gly-Glu-Lys-Ala),求该寡肽的pl
N末端►C末端NH3H~~Gly-Glu-Lys-Ala—COOH,其中GluR基上的按基为
-COOH,LysR基上的氨基为-NH3+最多带2个正电荷表4-6P166
pK3
A2+pKlA+pK2A0pK3A一A2-
3.74.57.810.2
pI=l/2(4.5+7.8)=6.15
2.3.2多肽的等电点(pl)是实验测例的,而不是计算出的——等电聚焦法
2.4天然存在的活性肽谷胱甘肽
GSH(还原型谷胱甘肽)GSSG(氧化型谷胱甘肽)P168
2.4.1结构特点
①3个氨基酸残基组成
②有Y-肽键(GluR基上的丫-竣基与Cys的a-氨基脱水缩合而成)
2.4.2生理作用(了解)
3.蛋白质的一级结构
3.1一级结构的概念(了解)和主要化学键
肽键部分还有二硫键(-S-S-)
3.2蛋白质一级结构的测定方法
(近几年很少以大题的形式出现,往往一小题的形式考查其中的一两步)两种方法:直接
法(重点)间接法(由核甘酸顺序推导氨基酸顺序)
3.2.1纯化目标蛋白质(蛋白质的提纯)纯度要在97%以上
3.2.2拆分多肽链(消除次级键和二硫键)
①消除次级键常用的蛋白质变性剂:尿素or盐酸脏orSDS(十二烷基硫酸钠)
②消除二硫键(1)氧化法:过甲酸(2)还原法:疏基乙薛
3.2.3分析各单链氨基酸的组成
3.2.4末端氨基酸残基的测定
①N末端
(DDNS(丹磺酰氯)法⑵DNFB(2,4-二硝基氟苯)法,又叫Sanger法
(3)PITC(苯异硫氟酸酯)法,又叫Edman法⑷氨肽酶法(一般不用)
②C末端方法一:狡肽酶法(按肽酶A、B)
-X-Y(Y代表C末端氨基酸,酶作用于X-Y,将Y水解下)
⑴段肽酣A:作用于-Y是除Pro、Lys、Arg以外的氨基酸
⑵竣肽酶B:该酶只作用于-Y是Arg、Lys的情况
⑶若-Y是Pro,竣肽酣A、B都不能作用
方法二:还原法硼氢化锂
方法三:朋解法
3.2.5将肽链切成小的片断,测定各小片段的氨基酸序列
根据PITC设计的序列测定仪(50个氨基酸以内)
3.2.6选择不同的切点重复步骤3.2.5
①胰蛋白酶只作用于Arg、Lys的一COOH形成的肽键。
②胰凝乳蛋白酶(糜蛋白酶)专门作用于芳香族氨基酸(Phe、Trp、Tyr)的一COOH形
成的肽键。
③CNBr(澳化氢)Met的一COOH形成的肽键
3.2.7根据片段重叠法推断肽链的全序列课本P179
3.2.8确定-S-S-的位置(小筒答题)P179
步骤一胃蛋白醐处理(特异性低,切点多)
步骤二过甲酸处理(-S-S-断裂)
步骤三对角线电泳
4.蛋白质的三维结构
4.1蛋白质构象的研究方法
X-射线衍射法、核磁共振法
4.2稳定蛋白质三维结构的作用力
共价键二硫键
氢键(稳定蛋白质二级结构的主要作用力)
盐键(离子键)
次级键
范德华力
疏水作用(生物内分子为避开水而聚在一起形成的力)
4.3蛋白质的二级结构
4.3.1二级结构(本质》主链局部(一段)
4.3.2二级结构的类型
a-螺旋P_折叠F-转角无规卷曲
4.3.3维持二级结构的主要力氢键
4.3.4a-螺旋
4.3.4.1a-螺旋的结构要点P207
1)右手螺旋
2)转一圈(每圈螺旋)占3.6个氨基酸残基
3)螺距(每圈螺旋沿螺旋轴方向上升的距离)为0.54nm
4)氢键形成的方式门H
由氢键封闭的环是13元环
全为a-螺旋
氨基酸残基数n
肽键数n-1
氢键数n——4后3个疑基酸不形成氢键
4.3.4.2a-螺旋的表示方法
3.613含义:
434.3影响a-螺旋稳定的因素
1)Pr。(亚氨基酸)是a-螺旋的破坏者
2)Gly亦为a-螺旋的破坏者
3)肽链中连续存在带有相同电荷的氨基酸影响a-螺旋的稳定
4)肽链中连续存在带有侧链分支的氨基酸残基时会影响a-螺旋的稳定He等
4.344a-螺旋的分类
分类特点实例
极性a-螺旋氨基酸残基绝大多数为极性氨基酸
非极性a-螺氨基酸残基绝大多数为非极性氨基酸
旋
两性a-螺旋a-螺旋一侧为极性氨基酸,另一侧为非极孔蛋白
性氨基酸
4.3.5B-折叠①定义理解即可,不用记
②两种类型:平行式反平行式(反平行式较为稳定)
③反平行式中每个氨基酸残基的长度为0.35nm
4.3.6B-转角
1需4个氨基酸残基
2第一个氨基酸的-COOH与相隔2个氨基酸的氨基酸(即第四个氨基酸)的-NH2形成氢
键
3第二个氨基酸残基常为Pro第四个氨基酸残基常为Gly
注:与a-螺旋中氢键相区别
4.4纤维状蛋白
1)Q-角蛋白3股右手a■螺旋再左旋成一个结构单位
2)B—角蛋白全是折叠,组成特点:Gly-Ser(Ala)-
3)胶原蛋白
组成特点结构特点
重复结构为Gly-Pro-X-3股左旋的a-螺旋再右旋成一个结构单位
X为羟基化的氨基酸(常为羟脯氨酸)
5.蛋白质的超二级结构和结构域
5.1超二级结构
5.1.1概念只要理解即可(二级结构元件组合)
5.1.2超二级结构形式
aaP呻哪
5.1.3Rossman卷曲概念:Pa^ap型超二级结构(2个pap亚单位进一步组合)
5.1.4模体属于蛋白质的超二级结构,由2个或2个以上具有二级结构的的肽段,
在空间上相互接近,形成•个特殊的空间构象,并发挥专一的功能。一种类型的模体
总有其特征性的氨基酸序列。
5.2结构域
概念(掌握)致密的球状区域
6.蛋白质三级结构
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