分子显示软件Rasmol简单使用说明

RASMOL简明使用说明Introduction RasMol是一个分子图像软件，利用它可以很方便地、用多种方法、交互式地显示蛋白质、核酸和有机小分子的结构，对于演示、教学以及制作高质量的图形都有很大的用途。RasMol具有不同的版本，可以在MicrosoftWindows,AppleMacintosh,UNIX和VMS上运行。在Windows中的程序称为RasWin。 运行RasMol之后，屏幕上会出现一个显示窗口和一个命令窗口。其中，显示窗口用于显示分子的三维结构，并有下拉式的菜单可供执行多种显示功能；命令窗口可用于显示信息，并可供用户键入各种RasMol支持的命令，作为对菜单功能的完善和补充。 用户可以利用鼠标交互式地、即时地操作分子。主要用法为： Mouseleftkey: X,Yaxisrotation Mouserightkey: X,Yaxistranslation Mouseleftkey+shift: Scaling Mouserightkey+shift: ZaxisrotationFrequentlyusedmenuinRASMOL： File: Open: 打开一个存储着分子结构的文件(PDB格式或MOL2格式) Close: 关闭已打开的文件，擦去显示窗口中的分子 Edit: Select: 激活分子中所有的原子作为显示的对象 Display: Wireframe: 点线图 Backbones: 显示大分子的主链 Sticks: 棍棒图 Spacefill: 空间填充图 Ball&Stick: 球棍图 Ribbons: 大分子飘带图 Strands: 大分子线带图 Cartoons: 大分子卡通图 Colours: Monochrome: 单色图 CPK: 按原子类型着色 Carbon lightgrey Oxygen red Hydrogen white Nitrogenlightblue Sulphur yellow Phosphorous orangeChlorine green Bromine brown Metals darkgrey Chain: 按大分子中不同的链着以不同的颜色 Structure: 按大分子中不同的二级结构单元着以不同的颜色 Alphahelices magenta Betasheets yellow Turns paleblue Others white Options: Exports:可以把显示窗口中当前的显示输出为GIF,BMP,Postscript等各种格式的图形文件，可供记录或打印输出。 Help: 如果是Windows版本，此菜单可以打开help说明窗口。FrequentlyusedcommandsinRASMOL： background: 设置显示窗口背底的颜色 background <color> dots: 显示原子的vanderWaals表面 dots <on/off> hbonds: 显示大分子内的氢键 hbonds <on/off> reset: 清除所有变量的设置，恢复初始状态 reset restrict: 选定用户定义的原子集合，之后所有的显示操作均对选定者有效，未选定者不在显示窗口中显示 restrict <expression> (expression的定义详见后面的说明) select: 选定用户定义的原子集合，之后所有的显示操作均对选定者有效，未选定者在显示窗口中维持原有的显示 select <expression> show: 在命令窗口中显示有关该分子的一些信息 show <information/sequence> ssbonds: 显示二硫键 ssbonds <on/off>ColourSchemesinRASMOL blue black cyan green greenblue magenta orange purple red redorange violet white yellowPredefinedSets acidic basic neutral hydrophobic polar charged small medium large acyaclic cyclic aliphatic aromatic surface buried helix sheet turn backbone sidechain alpha amino protein ligand hetero water solvent hydrogen ions at cg purine pyrimidine nucleicExpressioninRASMOL 在RASMOL中，表达式是指分子中一组特定的原子，这一组原子满足用户给定的条件。前面所提到的predefinedset均可以作为最简单的表达式。为了表达更复杂、更精确的集合，可以使用逻辑运算符and,orandnot(或用简写“&”,“|”和“!”来代替)。可以使用括号来规定逻辑运算的次序。 例如： backboneandnothelix 主链中非螺旋的部分 within(8.0,se