高通量测序预测番茄miRNA与黄反花叶病毒侵染应答相关miRNA的变化的开题报告_第1页
高通量测序预测番茄miRNA与黄反花叶病毒侵染应答相关miRNA的变化的开题报告_第2页
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高通量测序预测番茄miRNA与黄反花叶病毒侵染应答相关miRNA的变化的开题报告一、研究背景和意义黄反花叶病毒(TYLCV)是导致番茄生产和贸易上的一个严重问题。病毒的感染以及外部诱发物质的应答引起了植物内部基因表达的重大变化。微小RNA(miRNA)在许多动植物的基因调控中发挥着重要的作用。目前，还没有关于TYLCV侵染的番茄miRNA与miRNA靶基因之间的关联性研究报告。高通量测序(HTS)技术在种间比对、分析生物分子的表达变异性和筛选miRNA靶基因方面具有重要的应用。HTS分析可用于探索TYLCV感染后的番茄miRNA，这将有助于了解TYLCV感染的机制、确定可能的抗病机制和新的防控策略的开发。二、研究目的和内容研究的目的是利用高通量测序技术预测番茄(TYLCV)感染与其响应相关的miRNA和靶基因。具体研究内容如下：1、用不同的转录组和miRNA测序技术进行TYLCV感染下的番茄的miRNA检测;2、利用转录组数据分析TYLCV感染与响应的基因表达变化,并筛选出与miRNA相关的基因；3、对分析结果进行生物信息学分析以确定差异表达的miRNA候选者及其对应的靶基因，并进一步确定其与TYLCV的感染和响应之间的相关性。三、研究意义1、本研究可以为进一步研究TYLCV感染和番茄miRNA响应机制提供重要的基础数据和参考；2、揭示某些miRNA参与TYLCV感染过程中的基因调控网络，并且有助于明确靶基因的作用机制；3、有助于了解植物响应TYLCV侵染的信号传递网络，以及相关生物过程的调控机制。四、研究方法和技术路线1、实验材料及测序平台实验材料：TYLCV感染下的番茄植株样本；测序平台：Illumina平台2、研究步骤2.1RNA样本制备收集TYLCV感染的番茄样品,分别提取它们的总RNA,待测序前进行RNA定量检测和RNA质量检测;2.2miRNA测序利用高通量测序技术（IlluminaGenomeAnalyzer）对miRNA样本进行分析。2.3表示谱的构建和分析利用Trimmomatic软件进行数据清洗和质量控制，然后将高质量的miRNA测序数据比对到番茄基因组数据集上，然后利用一些miRNA分析软件，例如miRDeep2、miRanda或TargetScan，结合GO、KEGG、KOBAS分析，确定感染相关miRNA并对靶基因进行筛选。2.4统计分析利用R软件包名miRNAseq对数据进行统计分析，确定与TYLCV感染相关的miRNA的表达变化情况及其靶基因的表达变化；2.5仿照实验和生物学重复实验通过重复实验和仿照实验来验证实验结果。五、研究预期结果1、筛选出TYLCV相关miRNA并确定靶基因列表；2、验证实验和生物学重复实验的结果；3、明确某些miRNA参与TYL

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