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文档简介
DNA的复制及损伤修复DNA复制的基本特性真、原核细胞的DNA复制有三个特性:半保留复制、双向复制、复制起始位于染色体的特殊位点。半保留复制
DNA分子两条链中一条链是亲代DNA分子,另一条链是按照亲代DNA分子碱基序列复制合成的子代新链,这种保留一半亲代DNA分子的复制方式称作DNA半保留复制。
按半保留复制方式,子代DNA与亲代DNA的碱基序列一致,即保留了亲代全部遗传信息,体现了遗传的相对保守性,从而维持了物种的稳定。双向复制
DNA复制是双向复制,即DNA的复制是从DNA分子上的特定位置开始的,这个特定位置称为复制起点(originofreplication)
复制开始时首先在复制起点形成一个复制泡,两个复制叉,新合成的链从起点开始,向两个方向延伸,每一条链都是在起点的两端以连续复制和不连续复制方式完成。每一个这样的DNA单位称为复制子。原核生物基因组是双链环状DNA分子,每个DNA分子上只有一个复制子,其复制起始于特定起点ori,以连续和不连续复制方式同时向两个方向延伸,因此是双向复制。DNA复制起始于染色体特殊位点
DNA复制是从复制起点开始的,这个特定位置一定有结构上的特殊性。
原核生物DNA中,复制起点只有一个。比如OriC是大肠杆菌染色体的复制起点。在OriC由245bp组成,该区域内有四个对称排列的、由9bp组成的反向重复序列,即回文结构,这个区域是DnaA蛋白的结合位点,所以回文结构又称DnaA盒。DnaA蛋白与OriC的结合可以启动DNA的复制。真核生物的染色体有多个复制起始点。总体上,真、原核生物DNA复制起始区有3个共同特点:(1)复制起始区是含有多个短重复序列的保守序列(2)这些短的重复单位可以被多聚体复制起始区结合蛋白所识别,这些蛋白又可以让其他酶到复制起始点来。(3)复制起始点相比临近的区域通常富含AT序列,这种特性使双螺旋DNA更容易解螺旋(AT双键、GC三键,耗能不一样)参与DNA复制的酶类和物质主要有:(1)底物虽然新链是由脱氧单核苷酸(dNMP)聚合而成,但DNA复制时的底物是脱氧三磷酸腺苷(dNTP)。(2)聚合酶
催化dNTP聚合到核苷酸链上的酶,称为DNA聚合酶。由于聚合时依赖DNA母链作为模版,所以酶的全称是依赖DNA的DNA聚合酶。(3)模板
指单链DNA母链,指引着dNTP按照碱基互补配对原则合成新链。(4)引物酶DNA聚合酶不能催化两个游离的dNTP结合,第一个dNTP是聚合到已有的寡核苷酸的3'-OH末端上,然后继续延长。引导DNA合成的短链RNA称为引物。(5)其他酶DNA解开成单链需要一系列酶参与,它们负责:解链、理顺超螺旋、稳定单链等。聚合完成后,又需要连接5'磷酸基(5'-P)和3'-羟基(3'-OH)间裂隙的DNA连接酶。一、松弛螺旋与解链的酶及蛋白质
DNA分子只有在双螺旋松弛、双链解开碱基外露时才能进行复制,目前已知参与松弛、解链的酶有:解旋酶、拓扑异构酶、单链DNA结合蛋白。1.解旋酶(1)解旋酶是指能将双链分开成单链的酶,利用ATP水解的能量分离两条链。(2)解旋酶有方向性,复制时大部分解旋酶沿着随从链的模板以5'—3'方向
随复制叉前进,并连续揭开DNA双链。解旋酶在沿单链运动过程中形成一个环绕DNA单链的钳子(防止它掉下来),直到它到达那条链终点时才能解离下来。(3)当双螺旋DNA链被打开后,单链DNA结合蛋白就结合到两条分开的单链上,抑制互补双链的重新退火结合。(4)Rep蛋白(解链蛋白)也是一种解旋酶,它是沿着领头链的模板以3'—5'方向移动。解旋酶的特性:(1)利用ATP水解的能量将两条链分开成单链(2)结合到DNA单链上移动(3)有方向性(4)只有移动到单链DNA末端才能解离下来2.拓扑异构酶
拓扑异构酶是参与松弛DNA超螺旋的酶。DNA复制从复制起点开始向两个方向复制时,局部DNA双链的打开主要靠解旋酶作用,但在复制叉向两侧移动时能引起DNA盘绕过度,产生正超螺旋结构,从而造成DNA分子打结、缠绕、连环等现象,拓扑异构酶可以松弛超螺旋。DNA复制完成后,拓扑酶又可将DNA分子超螺旋化,缠绕、折叠、压缩形成染色体。真原核细胞内有两种拓扑酶,拓扑酶I(TopoI)和拓扑酶II(TopoII)。
拓扑酶I的作用:在双链DNA的一条链切一个开口,切开链的5'磷酸和酶分子的酪氨酸残基结合比较稳定,3'端也与酶分子结合,不太稳定(结合不需要能量),然后另一条完整的链从中间穿过,3'游离末端就开始旋转使双链松弛。适当时候又把切口封闭,使DNA处于松弛状态。拓扑酶II就简单了,拓扑酶I不是只切断了一条链么,拓扑酶II在有ATP时切段两条链,没ATP时切段一条链,使DNA分子松弛。3.单链DNA结合蛋白作为模板的DNA总要处于单链状态,解旋酶打开双链后,单链DNA结合蛋白就与单链结合,避免其又形成双链。二、引物酶
即使DNA模板存在,DNA聚合酶也不能催化两个游离的dNTP结合,而只能将游离的dNTP连接到核苷酸片段游离的3'-OH上,因此,新链DNA的复制需要短核苷酸序列提供游离的3'-OH,发挥这种作用的短核苷酸片段(RNA)被称为引物。作为引物的小RNA是由引物酶催化合成的。
引物酶是一种RNA聚合酶,以DNA为模板合成短的RNA片段。一般认为,引物酶能与解旋酶结合,合成与两条DNA单链互补的RNA引物,引物合成后,引物酶从解旋酶脱离。三、DNA聚合酶1.功能:以DNA为模板,在DNA聚合酶作用下,将四种游离的脱氧单核苷酸(dNTP。别惊奇,看反应式)聚合成DNA链的过程。(dNMP)n+dNTP~(dNMP)n+1+PPi
2.特点:(1)需要DNA模板(2)需要引物(3)新链合成方向是5'—3'3.真原核差异(1)原核生物:DNA聚合酶I、II、III、V(2)真核生物:DNA聚合酶α、β、γ、δ、ε4.DNA聚合酶有四种活性(1)5'—3'聚合酶活性(新链只能从5'—3'合成)(2)5'—3'核酸外切酶活性(切除复制过程中配对出错的核苷酸)(3)3'—5'
核酸外切酶活性(切除复制过程中配对出错的核苷酸)(4)RNaseH活性5.原核细胞的DNA聚合酶(1)DNA聚合酶III:是一个对多亚基的蛋白复合体,核心酶由α、ε、θ亚基组成。α亚基有5'—3'DNA聚合酶活性;ε亚基有3'—5'核酸外切酶活性;θ亚基联系两个核心复合物。原核细胞中,DNApolIII是DNA复制过程中真正催化新链合成的酶。(2)DNA聚合酶I:a.5'—3'DNA聚合酶活性:效率远低于DNApolIII,主要在复制终止时填补冈崎片段的间隙。b.3'—5'核酸外切酶活性:此活性在三种聚合酶中活性最强,可以即时校读(DNApolI在复制过程中能辨认错配的碱基并加以切除的功能
)c.5'—3'核酸外切酶活性:为了DNApolI切除引物综上:DNA聚合酶I主要是对复制过程中对复制中的错误进行校读,切除引物,对复制和修复中的空隙进行填补。用蛋白酶把DNApolI水解为大、小两个片段,其中大片段有DNA聚合酶活性,称为Klenow片段,是实验室合成DNA,进行分子生物学研究的常用工具酶。(3)DNA聚合酶IIDNApolII有5'—3'DNA聚合酶活性,3'—5'核酸外切酶活性。但它只是在无DNA聚合酶III、I的情况下才发挥作用。总的就是:DNA聚合酶I、II、III都有5'—3'DNA聚合酶活性,3'—5'核酸外切酶活性,但只有DNA聚合酶I有5'—3'核酸外切酶活性(为了切除引物)(4)DNA聚合酶V大肠杆菌的DNA聚合酶V的基因是受DNA损伤所诱导的,作为SOS应答的一部分参与DNA损伤检查点的控制和修复。6.真核生物的DNA连接酶真核生物的DNA聚合酶至少有五种,DNApolα、β、ε、γ、δ(1)DNApolα和δ都是负责DNA复制延长(2)DNApolε与DNApolI作用类似,在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用(3)DNApolβ只是在没有其他DNApol时发挥作用(4)DNApolγ在线粒体内,对线粒体DNA的复制起催化作用。DNA复制的保真性至少依赖三种机理:(1)遵守严格的碱基配对规律(2)聚合酶在复制延长中对碱基的选择功能(3)复制中出错时有即时的校读功能四、DNA连接酶
DNA连接酶可在DNA链的3'-OH末端和相邻的DNA链的5'-P末端之间形成磷酸二酯键,从而把两端相邻的DNA链连接起来。连接时需要消耗ATP。实验证明:连接酶可以连接互补双链中的单链缺口,但不能连接单独存在的DNA单链或RNA单链。DNA合成过程中产生的片段最后经DNA连接酶作用合成完整的链。原核生物DNA的复制因为原核生物结构较简单,以大肠杆菌E.coli
为例,观赏DNA的复制过程。1.起始复合物的形成。DnaA蛋白识别并结合复制起始点OriC中的回文序列,形成DNA-蛋白复合物,在ATP参与下促使邻近的AT序列局部双螺旋解链。2.局部解链后,DnaB(解旋酶)结合到DNA单链上,将双链进一步打开;解链是一种高速的反向旋转,势必会发生打结,此时DNA拓扑异构酶将要打结的部位做切口发挥作用,使DNA连续接链不受打结影响。双链解开后,单链DNA结合蛋白结合到单链上保持模板稳定。3.高度解链的模板与蛋白复合体促进引物酶进入,这时的复合物称作引发体(由解旋酶、DnaC蛋白、引物酶和DNA起始复制区共同组成),引物酶以单链DNA为模板按5'—3'方向合成RNA引物,其游离的3'-OH末端成为合成DNA的起点。4.DNA聚合酶III辨认引物,将第一个dNTP加到引物的3'-OH上,形成磷酸二酯键,自此,DNA新链合成开始。5.复制叉的两条链都可作为模板,DNA聚合酶以一条链为模板沿5'—3'方向连续复制形成的DNA新链,这条链称为领头链。另一条链的合成是不连续的,称为随从链。随从链的合成中,只有当模板链解开足够长度时,随从链才在开始合成,它是逆着解链方向不连续复制完成的,形成不连续的DNA-RNA片段(冈崎片段:复制过程中以不连续复制方式生成的片段),新形成的冈崎片段3'-端与前一个冈崎片段的5'-端靠近,在DNA聚合酶I的作用下将引物切除(引物是以DNA为模板造出来的,复制过程中占据了模板上10几个碱基的位置,切除引物后,需要DNA聚合酶I把这个空隙填补上)最后通过DNA连接酶将冈崎片段通过磷酸二酯键连接起来。真核生物的DNA复制
真核生物的DNA分子远比原核生物的DNA分子大,而且与组蛋白合成染色体,原核只是双链环状DNA分子。所以真核的复制要更复杂。1.真核生物DNA复制的特点(1)真核生物DNA复制的延伸速度慢于原核生物(2)真核生物复制过程中产生的冈崎片段长度小于原核(3)真核生物复制起主要作用的是DNA聚合酶α、δ(4)真核生物DNA复制时同步合成组蛋白(5)各个起始点上只有一轮DNA的复制(染色体全部复制完以前,各个起始点不能开始下一轮复制)2.真核生物的端粒与端粒酶
与细菌环状染色体不同,真核生物的染色体是线性的。随从链合成的各片段去除引物后,由DNA聚合酶来填补空隙,但线性DNA末端的RNA去除后,由于DNA聚合酶不能催化3'—5'的聚合反应,所以末端的空隙无法填补,这就造成染色体DNA随着复制会变短。但事实并非如此。端粒是真核生物染色体末端膨大成颗粒的结构,其本质是DNA和蛋白质(染色体末端膨大嘛……)端粒酶是一种RNA和蛋白质复合物,在端粒合成过程中,端粒酶首先以其自身携带的RNA模板合成互补链,因此,端粒酶也是一种特殊的逆转录酶。端粒DNA合成分为三个步骤:(1)端粒酶借助其自身RNA与DNA单链有互补碱基序列而辨认结合到DNA末端(2)端粒酶以自身的模板RNA为模板,与其互补的模板末端单链DNA为引物,dGTP和dTTP为原料,在染色体DNA末端延长DNA模版链。(3)伸长的DNA末端与互补的RNA模板
解链,端粒酶重新定位于模板的3'-端,开始下一轮的聚合作用,经过多次位移、聚合的反复循环,使端粒的TG链达到一定长度,然后停止聚合。这种合成方式称为“爬行模型”当然,端粒的长度也会随着复制的次数增多而逐渐变短,导致染色体稳定性下降,最终细胞凋亡。DNA的损伤与修复DNA损伤:某些外界环境和生物体内的因素可能导致DNA分子上碱基的改变,也称突变或DNA损伤。DNA损伤常见的因素包括DNA分子的自发性损伤、物理、化学因素等。DNA突变的类型:(1)点突变:DNA分子上一个碱基的变异,包括碱基的转换(嘌呤转换成嘌呤/嘧啶转换成嘧啶)与颠换(嘌呤转换成嘧啶/嘧啶转换成嘌呤)。如镰刀性贫血(2)缺失突变:一个碱基或一段核苷酸链从DNA上消失(3)插入突变:指一个原来没有的碱基或一段没有的核苷酸链插入到DNA分子中。
缺失和插入都可能导致框移突变,造成蛋白质氨基酸排列顺序变化,对蛋白质结构功能影响大。(4)重排:DNA分子内发生较大的片段的交换
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