第一章-微生物的分类与鉴定(2学时)

环境微生物学

EnvironmentalMicrobiology洪永聪青岛农业大学生命科学学院第一章微生物的分类与鉴定

（2学时）一、微生物的分类二、微生物的鉴定三、微生物菌种的保藏分类、鉴定与命名分类（classification）：根据各种生物的相似性和进化关系将其分为类群，排放在适当的分类单元中鉴定（identification）：是分类的操作过程，经过一系列测定来确定所研究的菌株属于哪个类群命名（nomenclature）：根据命名的国际法规对所鉴定的菌株给以科学名称（学名）一、微生物的分类（一）微生物的分类单元（二）微生物的命名（三）微生物的分类方法（四）微生物的分类系统（一）微生物的分类单元界Kingdom

门Phylum

纲Class

目Order

科Family

属Genus

种Species-----------------------

亚种subspecies，subsp.

变型variety，var.1、种的概念种（species）：微生物分类的基本单位；是指以某个“标准菌株”为代表的具有高度特征相似性的菌株群菌株（strain）：是单个微生物细胞在人工培养基上繁殖而来的纯培养物；它是微生物分类和研究工作中最基本的操作实体分离物（isolate）：是指已分离到但尚未鉴定的纯培养物2、变型的概念变型（variety，var.）：是指微生物种以下，用某些特殊的特征加以区别的类群血清变型（serovar）：表示抗原结构不同生物变型（biovar）：表示特殊的生化或生理特征致病变型（pathovar）：表示某专一致病性噬菌体变型（phagovar）：表示对噬菌体的特异性反应形态变型（morphovar）：表示特殊的形态特征一、微生物的分类（一）微生物的分类单元（二）微生物的命名（三）微生物的分类方法（四）微生物的分类系统1、双名法依照国际命名法则，采用瑞典科学家林奈（CarlvonLinne）在1753年提出的双名法：例1.金黄色葡萄球菌

StreptococcusaureusRosenhach1884例2.枯草芽孢杆菌

Bacillusubtilis（Ehrenberg）Cohn1872（二）微生物的命名斜体字正体字（一般省略）学名=属名+种加词+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份2、三名法学名=属名+种加词+符号subsp.或var.+亚种或变种加词斜体字正体字（一般省略）斜体字例1.苏云金芽孢杆菌腊螟亚种

Bacillusthuringiensissubsp.galleria例2.丁香假单胞烟草致病变种

Pseudomonassyringaepv.tabaci一、微生物的分类（一）微生物的分类单元（二）微生物的命名（三）微生物的分类方法（四）微生物的分类系统（三）微生物的分类方法1、经典分类法2、化学分类法3、数值分类法4、分子遗传学分类法1、经典分类法经典分类法（classictaxonomy）：最常用的微生物分类方法，以形态学特征、生理生化特征、生态学特征等为依据，对微生物进行分类科以上的分类以形态结构特征为主，而科以下则以其生理生化特性和生态学特征为主2、化学分类法化学分类法（chemotaxonomy）：根据微生物细胞结构或其代谢产物的化学组分分析结果，对微生物进行分类的方法，可作为微生物分类的辅助手段分析方法：血清学检测、气相或液相色谱分析、质谱分析、凝胶电泳等3、数值分类法数值分类法（numericaltaxonomy）：根据被鉴定的微生物与某类群之间的相似性而进行归类程序：选择菌株和待测性状→性状编码（＋为1，－为0）→菌株间相似性计算→聚类分析（大于85%为同种，大于65%为同属）→树状图或矩形图4、分子遗传学分类法分子遗传学分类法：根据遗传学指标（即遗传机制和生物大分子，如DNA、蛋白质等的组成）对微生物进行分类项目：DNA的G+Cmol%分析、DNA-DNA杂交、DNA-rRNA杂交、16srRNA或18srRNA碱基序列分析等一、微生物的分类（一）微生物的分类单元（二）微生物的命名（三）微生物的分类方法（四）微生物的分类系统（四）微生物的分类系统惠特克（Whittaker,1969）五界系统：动物界，植物界，原生生物界，真菌界，原核生物界沃斯（Woese，1978）三域六界系统：采用寡核苷酸编目法，根据16SrRNA（或18SrRNA）的碱基序列分为3个域：真细菌域，古细菌域，真核生物域动物界植物界二界系统1753年，瑞典学者CarolusLinnaeus：根据是具运动性和吞食性还是行固着生活和自养，提出把生物分为动物界(Animalis)和植物界(Plantas)

动物界植物界原生生物界三界系统

1860年，德国动物学家Haeckel：建议在动物界和植物界之外，增加一个由低等生物构成的第三界---原生生物界(Protista)，包括菌类、低等藻类等

四界系统动物界植物界原生生物界原核生物界1956年，Copeland：动物界、植物界、原生生物界（包括原生动物、真菌、部分藻类）和原核生物界(Prokaryota)

（包括细菌和蓝细菌）1969年，Whittaker：根据营养方式的不同，认为应将真菌独立出，而把生物重新划分为动物界、植物界、原生生物界、真菌界(Fungi)和原核生物界五界系统1977年，中国学者陈世骧：建议在五界系统的基础上，将病毒(Virus)和类病毒(Viroids)另立为病毒界，从而形成了六界系统病毒界动物界植物界真菌界原核生物界原生生物界三域学说

1978年，美国C.R.Woese等：对生物进行16S和18SrRNA的碱基测序并比较其同源性，提出了三域六界系统,即古细菌域(Archaebacteria),仅有古细菌界；真细菌域(Eubacteria),仅有真细菌界;真核生物域(Eucaryotes)，包括原生生物界、真菌界、植物界和动物界真细菌域古细菌域真核生物域三域六届系统八界系统1989年，CavalierSmith：提出了八界系统,即古细菌界、真细菌界、古真核生物界、原生动物界、藻界(Chromista)、植物界、真菌界和动物界

真细菌界植物界真菌界动物界古细菌界原生动物界藻界古真核生物界二、微生物的鉴定（一）形态学特征测定（二）生理生化特征测定（三）血清学试验（四）核酸的碱基序列分析（五）蛋白质的氨基酸序列分析（一）形态学特征测定细胞的形态与结构：细胞的形态、大小与排列方式，细胞的结构与染色反应等培养性状：菌落形态、斜面菌苔特征、液体培养特征等二、微生物的鉴定（一）形态学特征测定（二）生理生化特征测定（三）血清学试验（四）核酸的碱基序列分析（五）蛋白质的氨基酸序列分析（二）生理生化特征测定生态学条件：温度生长测定、好氧性和厌氧性测定、最适pH值测定、耐盐性测定等碳素的利用和分解：碳水化合物的发酵试验、柠檬酸盐和丙二酸盐的利用试验、甲基红试验和V－P测定等氮素的利用和分解：硝酸盐还原试验、产氨试验、硫化氢的产生、吲哚的产生等大分子化合物的分解：明胶液化试验、淀粉水解试验、石蕊牛奶试验等产酶种类和反应特性：苯丙氨酸脱氨酶测定、氧化酶测定、过氧化氢酶测定等