第十章 微生物的分类和鉴定

上次教学回顾第九章传染非特异性免疫特异性免疫免疫学方法及其应用生物制品及其应用传染、传染与传染病、决定传染结局的三大因素、传染的3种可能结局表皮和屏障结构、吞噬细胞及其吞噬作用、炎症反应、正常体液或组织中的抗菌物质免疫器官、免疫细胞及其在细胞免疫中的作用、免疫分子及其在体液免疫中的作用抗原、抗体反应的一般规律抗原、抗体间的主要反应免疫标记技术人工自动免疫类生物制品人工被动免疫类生物制品任汝芬饿我是的我玩儿法教学目的与要求了解和掌握通用分类单元、微生物的分类和命名，了解微生物分类鉴定的方法。教学内容1、通用分类单元(☆)2、微生物在生物界的地位3、各大类微生物的分类系统纲要4、微生物分类鉴定的方法(★)第十章微生物的分类和鉴定分类学的具体任务分类个体→一般，具体→抽象第十章微生物的分类和鉴定鉴定一般→特殊，抽象→具体命名确定一个新学名分类系统知类、辨名确定新学名战略性战术性开拓性一、种以上的系统分类单元(分类阶元或分类群)界(Kingdom)门(Phylum或Division)

亚门，超纲纲(Class)

亚纲，超目目(Order)

亚目，超科科(Family)

亚科，族，亚族属(Genus)种(Species)第一节通用分类单元一、种以上的系统分类单元注意几个概念：种(species,又称物种):是表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他物种有明显差异的一大群菌株的总称。模式种(typespecies)：模式活标本。具体分类时，被指定的、能代表这个种群的模式菌株或典型菌株(typestrain)。★只有所有鉴别特征都与已知的模式种相同时才能定为同种。新种(speciesnova,sp.nov或novsp.):是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。★新种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构。★有时属名已定，但种名未定,可在属名后暂加“sp.”或“spp.”第一节通用分类单元二、亚种以下的分类名词1、亚种(subspecies,subsp,ssp.)：是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种。2、变种(variety,var)：与亚种同义，已废用。3、型(form)：曾用作菌株的同义词，已废用。仅作若干变异型的后缀(var)，如：生物变异型(biovar)、形态变异型(morphovar)、致病变异型(pathovar)、噬菌变异型(phagovar)血清变异型(serovar)第一节通用分类单元二、亚种以下的分类名词4、菌株(srrain)：又称品系(病毒中称毒株或株)，表示任何由一个独立分离的单细胞(或单个病毒粒)繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。★一种微生物的每一不同来源的纯培养物(pureculture)或纯分离物(pureisolate)均可称为某菌种的一个菌株。菌株涵义的说明：①菌株是一个物种内遗传多态性的客观反映，其数目几乎是无数的。②菌株这一名词强调的是遗传型纯的谱系。③菌株与克隆(即无性繁殖系)的概念相同。第一节通用分类单元二、亚种以下的分类名词菌株涵义的说明：④在同一菌种的不同菌株间，作为鉴定一些主要性状上虽个个相同，但不作为鉴定用的一些“小”性状却可有很大差异，尤其是一些生化性状、代谢产物的产量性状等。⑤菌株是达到遗传型纯的标志，一旦某菌发生自发或人工变异后，均应标以新的菌株名称。⑥当进行科学研究或学术交流时，必须在菌种后标出该菌株的名称⑦菌株的名称可随意确定，一般可用字母加编号表示。如EscherichiacoliK12(最常用的E.coli菌株)E.coliO-157:H7(致病性E.coli，O与H代表其抗原特征)第一节通用分类单元第一节通用分类单元三、学名1、俗名(commonname,vernacularname)2、学名(scientificname)：

为某一菌种的科学名称。是按“国际命名法规”进行命名并受国际学术界公认的通用正式名称。

由拉丁词或拉丁化了的词组成。在一般的出版物中，学名应排斜体字，在书写或打字材料中，应在学名之下划一横线，以表示它应是斜体字母。第一节通用分类单元三、学名3、命名法：属名字首大写，种名加词字首小写例：枯草芽孢杆菌(简称“枯草杆菌”)Bacillussubtilis

(Ehrenberg)Cohn1872

排斜体字排正体字(一般省略)表示该微生物的主要特征的名词或用作名词的形容词表示该微生物的次要特征，若为形容词，则词性应与属名一致。1）双名法：

学名=属名+种名加词+(首次定名人)+现名定名人+现名定名年月

学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词

排斜体

排正体(可省略)排斜体(不可省略)第一节通用分类单元三、学名2）三名法：当某种微生物是一个亚种或变种时，学名就应按三名法拼写。例:酿酒酵母椭圆变种(椭圆醇酒酵母)Saccharomycescerevisiae

(var)

ellipsoideus

第一节通用分类单元学名缩写原则属及以上分类单元的名称不能省略，只有种名可省略。首次出现时，不能省略，必须写全，以后均可省略，省略时，只能简略种名中的属名，种的加词不能省略1）属名的第一个字母为元音的，仅用第一个元音字母代替。如Aspergillusniger可简略为

A.niger；

Escherichiacoli可简略为E.coli。2）属名的第一个字母为辅音的，仅视第一个音节中元音前辅音字母数做相应的保留。如Candidautilis可简略为

C.utilis；Pseudomonasaeruginosa可简略为Ps.aeruginosa;Streptomycesaureofaciens可简略为Str.aureofaciens。3)为避免省略后保留字母相同产生混淆，也可写2~3个字母。Es.coli和Er.Carotovora。一、生物的界级分类学说两界系统、三界系统（原生生物界，1866）、四界系统（原始生物界、菌界,1956）、五界系统（原生生物界、真菌界、原核生物界,1969）、六界系统（原生生物界、真菌界、真细菌界和古细菌界，1996）二、三域学说20世纪70年代末，美国C.R.Woese等人提出细菌域、古生菌域、真核生物域总之：人类对微生物的认识水平是生物界级分类的核心，微生物在所有界级中，具有最宽的领域。第二节微生物在生物界的地位一、Bergey氏原核生物分类系统纲要目前有三个比较全面的分类系统：①前苏联克拉西尼科夫1949《细菌和放线菌鉴定》②法国普雷沃1961《细菌分类学》③美国细菌学会1923《伯杰氏鉴定细菌学手册》(简称《伯杰氏手册》)，至今共11版。从1980年初起，改名为《伯杰氏系统细菌学手册》（简称《系统手册》），是目前国际上最为流行的实用版本。（细菌分类学的“圣经”）二、Ainsworth等人的菌物分类系统纲要目前较广泛采用的是Ainsworth第七版（1983年）第三节各大微生物的分类系统纲要第四节微生物分类鉴定的方法概述1、鉴定方法的不同水平：①细胞的形态和习性：形态特征、运动、酶反应、营养要求及生长条件等②细胞组分水平：细胞壁成分、氨基酸库、脂类、醌类、光合色素等的分析③蛋白质水平：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学反应等④基因或DNA水平：核酸分子杂交、（G+C）mol%、转化和转导、16SrRNA寡核苷酸族分分析、DNA或RNA核苷酸序列分析等鉴定早期的表型特征(经典的分类鉴定法)现代化分类鉴定方法（化学分类法、数值分类法）第四节微生物分类鉴定的方法一、微生物分类鉴定中的经典方法1、鉴定的主要步骤：获得纯培养物——测定一系列必要的鉴定指标——查找权威性鉴定手册2、经典的鉴定指标不同的微生物往往有自己不同的重点鉴定指标真菌：形态特征为主；放线菌和酵母菌：形态+生理细菌：生理、生化和遗传指标病毒：生化、免疫、致病性等在对各种细胞型微生物进行鉴定工作中，经典的表型指标很多，是微生物鉴定中最常用、最方便和最重要的数据，也是任何现代化的分类鉴定方法的基本依据。第四节微生物分类鉴定的方法一、微生物分类鉴定中的经典方法3、微型、简便、快速或自动化鉴定技术①API细菌数值鉴定系统（APISystem）基本液体培养基第四节微生物分类鉴定的方法一、微生物分类鉴定中的经典方法3、微型、简便、快速或自动化鉴定技术②“Enterotube”系统（又称“肠管系统”）第四节微生物分类鉴定的方法一、微生物分类鉴定中的经典方法3、微型、简便、快速或自动化鉴定技术③“Biolog”细菌鉴定系统水第四节微生物分类鉴定的方法二、微生物药物分类鉴定的现代方法1、通过核酸分析鉴定微生物遗传型1)DNA碱基比例的测定是指（G+C）mol%值，简称“GC比”，表示DNA分子中鸟嘌呤和胞嘧啶所占的摩尔百分比值。是目前发表任何微生物的新种时所必须具有的重要指标。各大类生物GC比的范围不同有的很宽：如细菌；有的很窄：如动物。AT间仅形成2个氢键，GC间可形成3个氢键。GC值根据样品的Tm值计算。第四节微生物分类鉴定的方法二、微生物药物分类鉴定的现代方法1、