基于rapd标记的苋霉科sshp20遗传多样性分析

基于rapd标记的苋霉科sshp20遗传多样性分析

0强制栽培时茎叶功能发挥的研究它也被称为盐生土。它通常被称为香梨。一年或两年的绿色植物，一年或两年的茎和叶有独特的香味。原产地中海沿岸，汉代经“丝绸之路”传入中国，耐寒，喜冷凉忌炎热，四季均可栽培，春秋两季栽培品质最好，是人们喜食与宴请宾客不可缺少的绿叶蔬菜和调味香辛料目前，芫荽研究主要集中在种植、成分分离和功能验证，对芫荽的相关功能因子及其作用机制的研究多集中在成分分析，在分子水平上有关芫荽的研究鲜见报道。如任安祥等1材料和方法1.1来自来源以连续2年种植于哈尔滨市农业科学院试验基地的96份芫荽为试验材料，材料来源见表1。1.2测试方法1.2.1提取的胎盘dna改良CTAB法提取芫荽DNA。上海生工生物工程有限公司合成300条随机引物。1.2.2taq酶系20l使用Eppendorf公司PCR仪进行扩增。反应体系(20μL):1.0ng/μL模板DNA,0.45mmol/LdNTP,1.3μmol/L随机引物，0.6UTaq酶，2.0mmol/LMg1.3n多样性指数分析GeneticsStatistics3.0（软件登记号为2007SR11872）计算引物的Simpson多样性指数与Shannon多样性指数，同时分析种质特异性指数。资源特征分析软件IDAnalysis1.0（软件登记号：2007SR11870）建立96份芫荽群体的分子ID。IDAnalysis1.0软件是配合分子标记技术鉴定资源专门开发的软件，种质资源经分子标记后，数据由人工以0、1进行统计，将统计数据转换成为文本文档，直接用该软件进行分析，淘汰缺失位点过多及引物之间相似系数过高的引物后以最少的引物来区分种或品种。2结果与分析2.1ssr数据的多样性用筛选出的23条扩增性强、清晰度高和稳定性好的引物对所有种质进行扩增，共检测到34个多态性片段，每个引物检测到的等位基因分布在2～10之间，平均为4.61个，引物检测的等位基因数越多，引物在资源鉴别中的作用就越大。等位基因数大于平均数的引物有S24、S31、S167、S177、S183、S507、S2003、S2029（表2）。使用遗传统计软件GeneticsStatistics3.0分析引物的多样性指数。引物的Simpson多样性指数介于0.098～0.505之间，平均多样性指数为0.344，多样性指数大于平均指数的引物有S24、S29、S30、S43、S45、S167、S169、S177、S183、S509、S1260、S2007、S2020、S2025；引物的Shannon多样性指数介于0.085～0.301之间，平均多样性指数为0.221，多样性指数大于平均指数的引物与Simpson多样性指数中一致。在等位基因数与多样性指数这2类大于平均数的指数中，共同出现的引物有4对，说明一定情况下，引物检测的等位基因数越多，其多样性指数越高，表明它能区分品种的能力越强。用资源遗传统计软件GeneticsStatistics3.0分析得到种质的特异性指数。由表3可以看出，种质特异指数介于69.964～208.694之间，平均为104.29。Cori152的特异指数最高，Cori127特异指数最低。其中，大于平均特异性指数的种质有Ames18595、Ames20047、Ames24909、Ames24927、Cori139、Cori138、Cori82、Cori86、Cori389、Cori140、Cori147、Cori115A、Cori71、Cori54、Cori45、Cori446、Cori425、Cori422、Cori42、Cori250、Cori257、Cori292、Cori313、Cori365、Cori387、Cori136、Cori406、Cori247、Cori244、Cori220、Cori174、Cori160、Cori157、Cori152、Cori108、Cori142、Cori148。种质特异指数越高，则表示该种质在检测的位点中含有的特异等位基因数目越多，这可为种质资源鉴定提供参考。2.2引物分子id构建种质分子ID有2种方法，一种是用含有特异等位基因直接确定鉴定，另一种是以多个引物的等位基因组合来区分种质，指用2对以上引物组合的特异等位基因来区分种质，当2对引物不能完全区分所有种质时，可以通过增加引物数量来对种质加以区分，直到把所有种质区分开。本试验采用第2种方法，在引物S2025、S2007、S2020、S2029、S177、S183、S509、S169、S1260、S167、S45、S24、S43、S29的扩增结果中筛选出多态性丰富的17个位点，将其位点赋值排列起来，即成为芫荽的分子身份证号码（分子ID）。如Ames18563的分子ID为11110001101001001，它表示在一定的引物顺序下第1个引物对应的位点有条带、第2个引物对应的位点有条带，依此类推，到第16个引物对应的位点没有条带，第17个引物对应的位点有条带为止，由这些引物对应位点所组合的字符串就可以代表相应品种分子ID。本试验用14条引物的17个位点将96份芫荽材料区分开。有些种质间的分子ID相似，可以推断他们的亲缘关系很近，如Cori115A分子ID为10000011110111011,Cori54分子ID为11000111110111001，两者第7～15位的号码相同。3分子id构建本研究供试96份芫荽材料来源于不同国家和地区，多态性丰富，遗传距离较远，遗传基础较宽，利用RAPD技术所选择的引物足以区分亲缘关系很近的材料。每份种质的分子身份证能够代表该材料的特异性。利用RAPD标记技术，引物、位点及其组合相结合的方法，用14条引物的17个位点成功鉴别出全部96份材料，并得到了全部芫荽种质资源的分子ID。因此，使用RAPD标记进行遗传多样性分析是可行的，利用RAPD标记构建芫荽分子身份证具有较强的可靠性，可作为鉴别芫荽种质的一种有效方法，为更好地开发和利用芫荽种质资源提供了科学依据。4讨论4.1指纹图谱鉴定品种的方法指纹图谱是能够区分生物体及生物个体之间差异的电泳图谱。电泳图谱的多态性丰富，而且具有高度的个体特异性与环境稳定性，就如人的指纹一样，所以称为“指纹图谱”。指纹图谱之所以能够鉴定品种，是因为它可以对比照片中的差异，但这种差异不容易区分种类。本试验所提出的分子ID与指纹图谱的区别在于分子ID把参试材料的特征数字化，利用引物、位点及其组合，以字符串形式与上述供试材料的特征一一对应，然后采用资源特征分析软件(IDAnalysis1.0)分析后得出了字符串形式的试验结果，这种形式的结果可以更简单明了地区分各材料间的