计算ECD操作方法课件

量子计算ECD操作方法量子计算ECD操作方法1计算步骤：初始构象（NOESY,单晶结构,Chemdraw优化）Sybyl2.0Randomresearch结构优化（量子计算）能量计算（ECD光谱）图谱拟合（波兹曼能量分布公式）计算步骤：2初始构象

化合物PBAB-8NOESY（ROESY）：重要的相关信号参考类似化合物单晶结构Chemdraw优化类似化合物单晶结构化合物结构初始构象

化合物PBAB-8类似化合物单晶结构化合物结构3Chemdraw优化——构型导入Chem3D1、先在chemdraw里画好结构，并确定好构型。另存为mol格式。2、将mol格式导入到Chem3D里。如果导入之后构型没有发生变化，则直接进行能量最小化操作；若导入之后构型发生了变化，选中那个需要改变的手性碳，然后使用structure里的invert功能，变成想要的构型。3、能量最小化操作。Chemdraw优化——构型导入Chem3D1、先在ch4Chemdraw优化——构型导入Chem3D后invertstructureChemdraw优化——构型导入Chem3D后inver5Chemdraw优化——能量最小化Chemdraw优化——能量最小化6Chemdraw优化——能量最小化1、如上张幻灯片进行参数设置，然后点击run。2、待能量最小化结束之后，另存为sybyl2(*mol2)格式。Chemdraw优化——能量最小化1、如上张幻灯片进行参数设7Sybyl2.0

Randomresearch文件导入。File—importfile—mol2格式—OK。注意使用英文的文件夹，要不然显示乱码。Randomresearch参数设置。注意jobname是自动生成的文件夹，需要更改。结果分析8Sybyl2.0Randomresearch文件导入。计算ECD操作方法ppt课件9Sybyl2.0

RandomresearchSearch之后，会自动在电脑的C盘—用户中生成mdb文件（文件名为之前设置的jobname名字），mdb文件夹里生成很多构象的mol2格式的文件。Search之后，会自动在电脑的C盘—用户中生成tbl文件（文件名为之前设置的jobname名字），tbl文件在后面的结果分析analyzesearch中会用到。Sybyl2.0RandomresearchSearc10结果分析结果分析，打开tbl文件。结果分析结果分析，打开tbl文件。11结果分析tbl文件打开之后按能量排序。结果分析tbl文件打开之后按能量排序。12结果分析——使用chem3D软件1、根据能量由小到大排序，从能量小的开始逐个检查（用chem3D软件将mdb文件夹里的mol2结构打开），扣除不符合最初导入构型的构象。然后再看下能量差值，选择那些能量≤最小能量+6的构象，但是如果构象不是很多，可以把能量大于6的也加进去。2、利用NOESY相关关系，特别是一些远程相关信号，排除一些不符合NOESY相关关系的构型。3、将符合最初导入构型的构象另存为GaussianInput（*gjf）格式。gjf文件放在mdb文件夹里。结果分析——使用chem3D软件13结构优化能量计算量子计算1、结构优化打开gaussianview软件，打开gjf文件。Calculate—Gaussiancalculationsetup。参数设置按下面ppt设置。结构优化量子计算1、结构优化14参数设置参数设置15计算ECD操作方法ppt课件16JobTitle里要有opt。JobTitle里要有opt。17“%nproc=”的设置要根据后面在北医计算机的结构投入量决定的。北医计算机的一个节点能够承受的“%nproc=”的总数为7。“%nproc=”的设置要根据后面在北医计算机的结构投入量决18AdditionalKeywords不填任何信息，保留空白。参数设置完成之后，点击edit—save——overwriteit。保存完之后，再打开此gjf文件参数可能会更改，所以保存完之后不要再打开。如果需要打开修改，一定要注意有些参数有没有改变。AdditionalKeywords不填任何信息，保留空白19将存储路径：C:\Users\Administrator\CD-4.mdb\删除最终提交格式：%chk=CD-400016-opt.chk将存储路径：C:\Users\Administrator\C20北医计算机结构优化按照1-7的步骤进行北医计算机结构优化按照1-7的步骤进行21北医计算机结构优化北医计算机结构优化22北医计算机结构优化北医计算机结构优化23北医计算机结构优化最后生成的log文件一定要有normal提示，否则的话重新计算。北医计算机结构优化最后生成的log文件一定要有normal提242、能量计算1、将北医拷贝回来的log文件用gaussianview软件打开，然后点击file—save保存为gjf文件。2、再Calculate—Gaussiancalculationsetup。参数设置按下面ppt设置。2、能量计算1、将北医拷贝回来的log文件用gaussian252、能量计算2、能量计算26AdditionalKeywords不填任何信息，保留空白。Title、Link0、Solvation的设置跟前面结构优化时参数规则一致。AdditionalKeywords不填任何信息，保留空白273、图谱拟合使用gaussVieW软件打开能量计算后的log文件，将E值写在excel中3、图谱拟合使用gaussVieW软件打开能量计算后的log28图谱拟合（波兹曼能量分布公式）ΔG=-RTInK;

K=exp(-ΔG/R/T)ΔG×627.5095(kcal/mol);R=0.0019858955;T=298.15K所有K值相加，取比例在0.01以上的图谱拟合（波兹曼能量分布公式）ΔG=-RTInK;29用此软件打开最后能量