Sema3a蛋白的生物信息学分析

Sema3a蛋白的生物信息学分析Sema3aFasta文件〔NCBI〕>gi|60552594|gb|AAH90844.1|Sema3aprotein[Musmusculus]MGWFTGIACLFWGVLLTARANYANGKNNVPRLKLSYKEMLESNNVITFNGLANSSSYHTFLLDEERSRLYVGAKDHIFSFNLVNIKDFQKIVWPVSYTRRDECKWAGKDILKECANFIKVLEAYNQTHLYACGTGAFHPICTYIEVGHHPEDNIFKLQDSHFENGRGKSPYDPKLLTASLLIDGELYSGTAADFMGRDFAIFRTLGHHHPIRTEQHDSRWLNDPRFISAHLIPESDNPEDDKVYFFFRENAIDGEHSGKATHARIGQICKNDFGGHRSLVNKWTTFLKARLICSVPGPNGIDTHFDELQDVFLMNSKDPKNPIVYGVFTTSSNIFKGSAVCMYSMSDVRRVFLGPYAHRDGPNYQWVPYQGRVPYPRPGTCPSKTFGGFDSTKDLPDDVITFARSHPAMYNPVFPINNRPIMIKTDVNYQFTQIVVDRVDAEDGQYDVMFIGTDVGTVLKVVSVPKETWHDLEEVLLEEMTVFREPTTISAMELSTKQQQLYIGSTAGVAQLPLHRCDIYGKACAECCLARDPYCAWDGSSCSRYFPTAKRRTRRQDIRNGDPLTHCSDLQHHDNHHGPSLEERIIYGVENSSTFLECSPKSQRALVYWQFQRRNEDRKEEIRMGDHIIRTEQGLLLRSLQKKDSGNYLCHAVEHGFMQTLLKVTLEVIDTEHLEELLHKDDDGDGSKIKEMSSSMTPSQKVWYRDFMQLINHPNLNTMDEFCEQVWKRDRKQRRQRPGHSQGSSNKWKHMQESKKGRNRRTHEFERAPRSV蛋白质的一级构造分析Sema3a〔“:///tools/protparam.html“:///tools/protparam.html〕88799.2，7.05，氨基酸组成为Ala(A)364.7%Arg(R)526.7%Asn(N)384.9%Asp(D)536.9%Cys(C)192.5%Gln(Q)303.9%Glu(E)455.8%Gly(G)506.5%His(H)344.4%Ile(I)405.2%Leu(L)577.4%Lys(K)445.7%Met(M)182.3%Phe(F)395.1%Pro(P)384.9%Ser(S)526.7%Thr(T)435.6%Trp(W)131.7%Tyr(Y)283.6%Val(V)435.6%Pyl(O)00.0%Sec(U)00.0%Sema3a二级构造推测结果及分析通过利用NPSA中的MLRC方法推测其二级构造，结果如表1二级构造组成Aa个数所占百分率%α 螺旋18123.45%β折叠14518.78%无规卷曲44657.77%3.Sema3a1Sema3a利用TMHMM2.0Server和TMpred对该蛋白质序列进展分析。得到如下结果：跨膜区域为零结果见图。Sema3a用SignalP3.0Server〔“://cbs.dtu.dk/services/SignalP/“://cbs.dtu.dk/services/SignalP/〕分析得到#MeasurePositionValue#max.C300.427#max.Y300.586#max.S90.950#meanS1-290.821#D1-290.713#ERP44_HUMANSP=”Yes”Cleavagesitebetweenpos.29and30:VTT-EID=0.713D-cutoff=0.450Networks=SignalP-noTM3.0ServerCSYYES，说明推测CS高，也说明含信号肽。Sema3a用PSORTWWWServer〔“://psort.nibb.ac.jp/“://psort.nibb.ac.jp/〕中的PSORTⅡPredictionk=9/23

26.1%:cytoplasmic21.7%:extracellular,includingcellwall21.7%:nuclear17.4%:mitochondrial8.7%:cytoskeletal4.3%:vacuolar21.7％，在线粒体中的可能性为17.4在细胞骨架上的可能性为8.74.3%。其中3.23.3构造，所以该蛋白有可能在线粒体中。Sema3aPhyre〔3D-PSSM〕推测蛋白质构造方法是折叠模式识别(“://sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/)“://sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/)Sema3a蛋白的功能推测及分析Sema3aMotif及构造功能域推测结果及分析〔“:///prosite/“:///prosite/〕(USERSEQ1 772aa)500N-末端四周觉察：semaphorins，大集团的分泌，跨膜，或GPI其中一些被称为作为排斥轴突指导线索，在开发过程中，或在参与免疫功能，semaphorinsMET-肝细胞生长因子〔或分散因子〕受体塞玛域可以找到相关的其他领域，如PSI的IPT，免疫球蛋白样和TSP1。塞玛域的特点是一个保守的半胱氨酸残基，形成4个二硫键稳定构造。塞玛域倍的β螺旋桨拓扑构造的变化，7叶片呈放射状围绕一个中心轴安排。每个刀片包B和Cðadditionnal的存在的结果。该的塞玛域使用“循环和挂钩”制度的第一个和最终一个刀片之的挨次构造。βN-末端的延长，供给外缘叶片。Sema3a蛋白的功能推测免疫球蛋白样构造域可能是最广泛的领域，至少在动物身上。该域名可以考虑布，氨基酸组成和生物学作用。全部免疫球蛋白样构造域消灭在绑