基因测序数据处理平台高性能方案课件

基因测序数据处理平台高性能方案计算定赤来基因测序数据处理平台高性能方案1CONTENTS公司介绍》·数据处理需求平台建设方案典型案例CONTENTS2存储需求量大测序仪数据处理集群预处理服务器原始数据预处理数据最终结果存储需求量大3流程复杂RawdataNGSQTtoolkitsoapdenovoCleandataGenomesizeSNPBreedingvalueReferencephenotypeSAM/BANBreedingpatternpedigreeHi-qualitySAM/BAMLDandHaplotypeSNPCoverageIndelPAVsamtoolsSNPdiversitySADatGenomeannotationIFLunctionAnnotation流程复杂4流程复杂Rawdata←NGSQTtoolkitCleandataGenomeSizeSyntenyBlockCleandataSoapdenovo/velvet/SGA/ALLPATHS-LGi-ADHoReDraftgenomeNAPGlimmergenscanmummer.blastpeatmastnr/nt,swiss-protein,TrEMBLTRfindKEGG,GO,interprost,genesIsGeneannotation流程复杂5软件众多基因组拼接转录组拼接序列比对基因组注释SOAPdenovovelyBLASTFASTAHMtRNAscansnoscaTrinity,SOAPdenoet,CAP3,ABYSS,AMERMUMmer.Mn,miRanda,Rfamscan,InterproscLLPATHSHIT,MIRA,etc.LG.ARACHNEOAP,MAQ,CoronRA.SSAKEetcMEME/MAST,Mscan,etc基因预测进化分析连锁,LD,QTL重复序列识别GLEAN,GlimGeneMarkAUGUPhylip,MEGA,nj_tJoinmap,OnemapSTUS,GENSCAN,TreeStructure,PAHaploview,MapRepeatMasker,TrfUPetcQTL,Germline,phetc软件众多6应用特征-BWAB/FMemoryii基本上只做整型计算swanscPJ(围%单节点有线性加速比对内存带竞有一定要求■对存储带宽有需求IBSendIMBslBReCv(MB/5l应用特征-BWA7应用特征-SOAPdenovoStopsM■计算基本为整形计算会有很少量的向量运算CPUsywarh■大部分时间只能使用单核进行计算,扩展性能CPUal5s不好■对内存大小和内存带宽有较高的需求Net/F(MEdas■对网络带宽有一定需求,这部分需求主要用来请求存储数据BRecv(MBs应用特征-SOAPdenovo8需求总结1.计算量大2.部分应用需要大内存的节点3.数据访问量巨大,对存储性能、容量要求高4.开源软件众多,安装复杂5.部分应用的工作流程较为复杂,自动化较低需求总结9基因测序数据处理平台高性能方案课件10基因测序数据处理平台高性能方案课件11基因测序数据处理平台高性能方案课件12基因测序数据处理平台高性能方案课件13基因测序数据处理平台高性能方案课件14基因测序数据处理平台高性能方案课件15基因测序数据处理平台高性能方案课件16基因测序数据处理平台高性能方案课件17基因测序数据处理平台高性能方案课件18基因测序数据处理平台高性能方案课件19基因测序数据处理平台高性能方案课件20基因测序数据处理平台高性能方案课件21基因测序数据处理平台高性能方案课件22基因测序数据处理平台高性能方案课件23基因测序数据处理平台高性能方案课件24基因测序数据处理平台高性能方案课件25基因测序数据处理平台高性能方案课件26基因测序数据处理平台高性能方案课件27基因测序数据处理平台高性能方案课件28基因测序数据处理平台高性能方案课件29基因测序数据处理平台高性能方案课件30基因测序数据处理平台高性能方案课件31基因测序数据处理平台高性能方案课件32基因测序数据处理平台高性能方案课件33基因测序数据处理平台高性能方案课件34基因测序数据处理平台高性能方案课件35基因测序数据处理平台高性能方案课件36基因测序数据处理平台高性能方案课件37基因测序数据处理平台高性能方案课件38基因测序数据处理平台高性能方案课件39基因测序数据处理平台高性能方案课件40基因测序数据处理平台高性能方案课件41基因测序数据处理平台高性能方案课件42基因测序数据处理平台高性能方案课件43基因测序数据处理平台高性能方案课件44基因测序数据处理平台高性能方案课件45基因测序数据处理平台高性能方案课件46基因测序数据处理平台高性能方案课件47基因测序数据处理平台高性能方案课件48基因测序数据处理平台高性能方案课件49基因测序数据处理平台高性能方案课件50基因测序数据处理平台高性能方案课件51基因测序数据处理平台高性能方案课件52基因测序数据处理平台高性能方案课件53基因测序数据处理平台高性能方案课件54基因测序数据处理平台高性能方案课件55基因测序数据处理平台高性能方案课件