版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领
文档简介
代谢组研究方案XX代谢组方案背景简介根据老师对代谢物的关注情况,推测老师可能是研究脱落酸与XX黄化过程的关系,基于此设计实验方案如下。实验设计设计1正常生长状态下的XX,生长一定天数后,会出现黄化。X日龄后,取黄化和未黄化的部位组织分别命名为Untreat-yellow,Untreat-green。另一组XX使用适宜浓度的脱落酸处理,X日龄后,取黄化和未黄化的部位组织分别命名为Treat-yellow,Treat-green。每组样品需要3个生物学重复。通过横向和纵向比较,筛选黄化与未黄化部位的差异代谢物、ABA处理对各个部位代谢物的影响;并对差异代谢物进行注释富集分析,拟找到与黄化、ABA相关的重要代谢物。未黄化部位黄化部位ABA处理Treat-greenTreat-yellowABA不处理Untreat-greenUntreat-yellow设计2正常生长状态下的XX,生长一定天数后,会出现黄化。根据前期表型,确定初黄化时间点(A),大面积黄化时间点(B),全部黄化时间点(C),分别取未发生黄化的组织和A,B,C三个时间点的组织,每组样品3个生物学重复。通过两两分析,找到在发育过程中重要的差异代谢物质;整合4个时间点的代谢物数据,追踪内源ABA及其相关代谢物的含量变化,绘制动态变化曲线图。设计3正常生长状态下的XX,生长一定天数后,会出现黄化。以黄化的部位为中心,依次取黄化中心(1),黄化中心附近(2),黄化边缘(3),未黄化区域的组织(4),每组样品3个生物学重复。两两比较,找到在发育过程中重要的差异代谢物质;整合4个部位的代谢物数据,追踪内源ABA及其相关代谢物的含量变化,绘制动态变化曲线图。以上3种方案设计仅供参考,老师可以根据自己研究方向对方案进行整合或调整。如果代谢组样品和转录组样品一致,建议做代谢组和转录组的联合分析,能够做差异基因和差异代谢物的的关联,找到核心调控网络,深入阐释ABA与黄化的关系。样本采集预实验确定合适的ABA浓度,处理时间,选择适当的点取样,不同的个体尽量发育状态一致,采用3-5株取样混合为1次重复,每处理重复3次。。取样后,液氮速冻,-80℃冰箱保存,干冰寄样。研究方式表型统计统计各组样品随着黄化程度加深的表型变化,比如开始黄化的时间,完全黄化的时间,黄化区域的比例等。生化指标 用间接酶联免疫吸附法测定各组样品内源ABA的含量,绘制含量变化曲线。代谢组技术平台:LC-MS代谢组分析内容1.1代谢物定性定量分析质谱分析后的下机wiff格式原始数据,可通过软件Analyst1.6.2打开浏览,并用于定性定量分析。图1所示为混样QC样本的总离子流图(Totalionscurrent,TIC,即每个时间点质谱图中所有离子的强度加和后连续描绘得到的图谱)及MRM代谢物检测多峰图(多物质的提取的离子流谱图,XIC),横坐标为代谢物检测的保留时间(Retentiontime,Rt),纵坐标为离子检测的离子流强度(强度,cps)。图1.混样样品质谱分析总离子流图(上)及MRM代谢物检测多峰图(下)基于本地代谢数据库,对样本的代谢物进行了质谱定性定量分析。图1中MRM代谢物检测多峰图展示了样本中能够检测到的物质,每个不同颜色的质谱
峰代表检测到的一个代谢物。为了比较每个代谢物在不同样本中的物质含量差异,根据代谢物保留时间与峰型的信息,我们对每个代谢物在不同样本中检测到的质谱峰进行校正,以确保定性定量的准确。图2展示了代谢物mr1267在不同样本中的定量分析积分校正结果,横坐标为代谢物检测的保留时间,纵坐标为某代谢物离子检测的离子流强度(cps)。图2.样品代谢物定量分析积分校正2.2样本质控分析通过对不同QC样本质谱检测分析的TIC图进行重叠展示分析,可以判断代谢物提取检测的重复性。如图3显示了第一与最后一个QC样本质谱检测TIC图重叠结果,可以发现质谱检测较为稳定,重复性较好。图3.QC样本质谱检测TIC重叠图图4.样本及QC样本PCA得分图。三角形、方框分别表示品种1(P1)与品种2(P2);黑色圆点表示质控样本(QC);不同颜色分别表示七个时期组织样本;X轴表示PC1,Y轴表示PC2。对QC样本及组织样本进行代谢主成分分析,PCA得分图(Scoreplot)
如图4所示,X轴表示第一个主成分,Y轴表示第二个主成分,QC样本(黑色圆点)聚集在一起,其它样本且能够显著区别,结果表明样品质谱检测分析较为稳定,采集的数据质量较好。2.3差异代谢物的比较2.3.1差异代谢物的筛选为了得到两个品种之间差异的代谢物,我们分别使用OPLS-DA和双因素方差分析两种方法来进行筛选。在使用SIMCA14的OPLS-DA时,我们分析同一个处理中两品种间差异代谢物。如重点关注黄酮类物质。图5A为两种方法得到的差异代谢物的韦恩图。图5B为已知的差异代谢物的分类扇形图。A.OPLS-DA和双因素方差分析筛选的差异代谢物的韦恩图B.不同品种之间差异代谢物的分类情况图5.两品种间差异代谢物的筛选及其分类情况图6.不同品种之间差异代谢物的分类情况部分品种间差异的代谢物在各个样品中的积累量如图6所示,该热图横轴为样品的编号,并且在横轴的上方分别用颜色条标出该样品所属品种以及时期:左边的浅红色表示品种I,右边深红色表示品种II,各个品种内各个时期用黄棕色由浅到深依次表示;纵轴为每个代谢物,蓝色到红色依次表示代谢物含量从低到高。3.3.2差异代谢物的通路分析对两品种或不同处理之间差异代谢物进行KEGG通路富集分析,如重点关注黄酮类生物合成途径。结果如图7所示。图7.差异代谢物KEGGpathway富集分析图8.KEGG富集到各通路的各代谢物在各时期各样本中的积累量热图在各品种中各时期的代谢物积累量如图8热图所示。转录组和代谢组联合分析3.1mRNA与代谢物表达相关性分析我们将所有的差异表达代谢物的酶基因对应mRNA表达量被计算出来,比较两者之间的相关性。我们将基因和代谢物能够完全对应,表达趋势完全一致的列出:图33.差异代谢物与差异基因表达相关性分析3.2差异基因与差异代谢物pathway分析我们将差异基因与差异代谢物同时使用GenMAPPv2.1向KEGGpathway数据库映射,获得他们的共同的pathway信息,重点关注老师关注的黄酮类物质。图34.差异基因与差异代谢物pathway图,圆点是代谢物,长方形是酶基因3.3差异基因与差异代谢物互作网络构建我们整合构建mRNA与代谢物互作网络如下:图35.差异基因与差异代谢物整合调控网络构建代谢物用红色标出,它们之间的相关性用直线表示3.4CCA分析典型相关分析(canonicalcorrelationanalysis,CCA),是利用综合变量对之间
温馨提示
- 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
- 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
- 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
- 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
- 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
- 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
- 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。
最新文档
- 二零二五年度井盖专利技术许可与转让合同3篇
- 2025年度新型建材钢管租赁服务合同
- 二零二五年度家电产品销售合同协议范本3篇
- 2025年度二手房屋买卖居间服务合同范本全新升级版
- 2025年度预制构件装配式建筑项目风险评估与保险合同
- 二零二五年度跑步赛事场地设施租赁合同4篇
- 二零二五年度古建筑修缮泥工班组专业施工合同4篇
- 2025版民爆物品装卸作业应急救援预案合同3篇
- 2025年墙体改梁与装配式建筑技术应用合同3篇
- 2025版二零二五年度商铺租赁合同租赁物保险条款3篇
- 矿物加工工程基础知识单选题100道及答案解析
- 2024年同等学力申硕英语考试真题
- 世说新语原文及翻译-副本
- 消除“艾梅乙”医疗歧视-从我做起
- 非遗文化走进数字展厅+大数据与互联网系创业计划书
- 2024山西省文化旅游投资控股集团有限公司招聘笔试参考题库附带答案详解
- 科普知识进社区活动总结与反思
- 加油站廉洁培训课件
- 现金日记账模板(带公式)
- 消化内科专科监测指标汇总分析
- 深圳市物业专项维修资金管理系统操作手册(电子票据)
评论
0/150
提交评论