微生物基因组转录组分析

微生物基因组转录组分析第1页，课件共36页，创作于2023年2月

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

案例解析主要内容

第2页，课件共36页，创作于2023年2月

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

案例解析主要内容

第3页，课件共36页，创作于2023年2月测序平台和策略

IlluminaSolexa测序---细菌基因组scanning、真菌基因组surveyRoche454+IlluminaSolexa测序---真菌精细图Roche454+IlluminaSolexa+ABI3730xl测序-完成图Roche454---病毒基因组测序；基因组水平开发SSR第4页，课件共36页，创作于2023年2月Roche454Coverage40XcircleIlluminaCoverage100X基因组survey组装病毒基因组测序GS<500kShotgun测序GS<100k第5页，课件共36页，创作于2023年2月

优化的基因组完成图策略1+1+1>3成为可能！第6页，课件共36页，创作于2023年2月生物信息学分析基因组组装基因预测功能注释比较基因组学分析数据库提交一站式服务第7页，课件共36页，创作于2023年2月细菌基因组圈图COG功能分类第8页，课件共36页，创作于2023年2月细菌共线性分析第9页，课件共36页，创作于2023年2月全基因组水平系统进化树构建第10页，课件共36页，创作于2023年2月目前已完成细菌完成图测序20余例，包括链霉菌(高GC)、单胞菌(高GC、多复杂结构)、乳酸菌等；完成精细图测序上100例；名称双歧杆菌某海洋菌链霉菌假单胞菌核型多角体病毒基因组大小2.1Mb7.2Mb11Mb5Mb154K基因组复杂度简单中等高GCIS多，部分区域结构复杂中等GC含量59%34.4%71%63.9%40.1%测序方法454Single&Sanger454Paired-End&Sanger454Paired-End&Solexa454Paired-End&SolexaRoche454GSFLX(single)+IlluminaPEScaffolds（个）5132417circle

Contigs（个）58212547完成图周期1个月2.5个月4个月3个月1.5个月（精细图）最终，细菌基因组完成图测序实现零gap！第11页，课件共36页，创作于2023年2月

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

案例解析主要内容

第12页，课件共36页，创作于2023年2月重测序分析及应用Agood

reference

genomeCore

genome

definitionMappingtoreferenceCallSNPsincoregenomeregionBuildingevolutionarytreeGenefunctionaffectedotherevolutionaryanalysis(mutationrateetc)第13页，课件共36页，创作于2023年2月

微生物基因组denovo测序细菌基因组denovo测序真菌基因组denovo测序病毒（DNA病毒）基因组denovo测序

细菌和真菌基因组重测序

案例解析主要内容

第14页，课件共36页，创作于2023年2月GeneAnnotationSSRIdentificationGOClassification&Enrichment第15页，课件共36页，创作于2023年2月SSRIdentification第16页，课件共36页，创作于2023年2月SSRIdentification第17页，课件共36页，创作于2023年2月SSRIdentification第18页，课件共36页，创作于2023年2月材料选择2株分离自自然界的真菌菌株---Y34andP131测序策略Sanger(insertionsizeof1.5kbto3.5kb)+RocheGS-FLX(readswithanaveragelengthof240-and380-bp)第19页，课件共36页，创作于2023年2月测序情况第20页，课件共36页，创作于2023年2月组装效果第21页，课件共36页，创作于2023年2月生物信息学分析以strain70-15的基因组作为reference，对这两株菌进行比较基因组学分析基因预测及注释直系同源基因分析进化树构建（NJ法）Ka/Ks分析重复序列和转座元件分析第22页，课件共36页，创作于2023年2月基因组概况第23页，课件共36页，创作于2023年2月同源基因分析第24页，课件共36页，创作于2023年2月基因家族分析OrthoMCL第25页，课件共36页，创作于2023年2月重复序列分析第26页，课件共36页，创作于2023年2月重复序列分析第27页，课件共36页，创作于2023年2月H97——8.26XSangerJB137-S8—— 454&Illumina第28页，课件共36页，创作于2023年2月H97——Sanger >50kbp19largestscaffolds &&GeneticMap:9213LGs第29页，课件共36页，创作于2023年2月第30页，课件共36页，创作于2023年2月JB137-S8>50kbp50scaffolds第31页，课件共36页，创作于2023年2月特色比较基因组分析

第32页，课件共36页，创作于2023年2月特色比较基因组分析

第33页，课件共36页，