基因芯片在生物医药应用中的价值研讨

基因芯片在

生物医药应用中

新价值李奇研发部经理基因芯片与生物信息领域从业9年基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第1页什么是基因芯片基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第2页为何需要基因芯片丢失钥匙不一定在灯下基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第3页处理目标基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第4页基因表示研究目标基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第5页发觉疾病形成全局信号通路……

基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第6页上调基因下调基因基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第7页基因芯片扫描图基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第8页“传统”表示谱芯片探针设计8月促销，买3送1，买6送2，买9送3•••••单价7300元，买越多，送越多基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第9页3’IVT ~60,000probesets11probes/gene5’3’Exon ~1,400,000probesets4probes/exon,~40probes/gene(10exons)Tiling ~46,000,000probes1probe/35nt,~1000probes/gene(35kb)新一代表示谱芯片Exon芯片，8月促销，买3送1，买6送2，买9送3•••••单价7900元，买越多，送越多基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第10页疾病形成全局信号通路Genome-WideCopyNumberAnalysesIdentifiedNovelCancerGenesinHepatocellularCarcinomaHepatology基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第11页长链非编码RNA

全局信号网络基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第12页基因表示谱芯片/miRNA芯片筛选诊疗标志物Hepatolgy

癌组织正常重症肝炎恶化进程中特征基因BMCGenomics,11:240基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第13页发觉药品治疗靶点造成细胞体积增大表示调控网络基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第14页

转录前调控AffymetrixPromoterArrayAffymetrixTilingArray

转录后调控AffymetrixmiRNA芯片基因表示调控芯片基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第15页AffymetrixmiRNA2.0Array基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第16页miRNA与靶基因作用方式基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第17页全物种miRNA2.0芯片FeatureV1V2miRNAVersion1115Organisms71131MaturemiRNAProbeSets6,70315,644Pre-miRNAProbeSets-2,202snoRNA&scaRNAProbeSets9222,334单价4700元基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第18页基因调控预测microRNA芯片基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第19页转录前基因表示调控模式基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第20页转录调控检测——以ER转录因子为例35bpresolution基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第21页杂交探针设计策略——基因表示调控芯片基因组DNATiling芯片开启子全Promoter芯片开启子区域10kb覆盖碱基之间全基因组拷贝数变异分析全基因组甲基化分析全基因组转录因子结合位点分析全基因组非编码RNA检测全基因组可变剪切分析基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第22页Affymetrix开启子芯片35bpresolution6500元，检测全基因甲基化；6500元，检测转录因子调控；全基因组转录因子结合基因筛选全基因甲基化检测基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第23页

使用MeDIP/MBD抗体甲基化芯片检测基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第24页发觉基因表示调控方式高甲基化低甲基化甲基化芯片基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第25页基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第26页DNA结构变异情况LOH基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第27页SNP突变对蛋白3级结构改变基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第28页AffymetrixSNP芯片特征基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第29页拷贝数变异特征——以拷贝数扩增为例基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第30页SNP+拷贝数变异芯片发觉疾病遗传特征肿瘤组高频扩增区Hepatolgy

基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第31页

与基因表示无关

不知道目标基因序列目标基因明确，且检测数量较少

快速检测——当日取得检测结果何时不需要基因芯片基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第32页

基因注释查询方法NCBI-Gene数据库——基因功效综合注释数据库KEGG数据库——信号通路数据库GeneOntology数据库——基因功效分类数据库dbSNP数据库——SNP数据库UCSC基因组浏览器——基因、基因调控元件定位浏览器

基本统计术语t-test——两类样本间差异基因分析

方差分析——单原因多类样本间差异基因分析

相关系数——样本间、基因间相同程度分析应用基因芯片知识基础基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第33页使用基因芯片关键点——预防试验失败基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第34页样本基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第35页

样本采集须严格恪守低温标准快速标准清洁标准样本信息登记问题

纸质样本单填写潦草，样本管标潦草，二者无法对应——整个项目样本对应错乱，全部失败前后送样样本管重复标识

未标识样本类型样本——采集问题基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第36页

无样本重复

节约费用

仅筛选基因，不能发表论文结果随机性强，验证失败率高

两次样本重复——性价比最差3～5次样本重复

普遍采取

组内样本一致性很好时最正确5～10次样本重复——差异基因验证准确率较高10次以上样本重复

组内样本一直性很好时，可用于筛选疾病诊疗标志物样本——重复问题(表示谱/甲基化检测)基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第37页9个样本每3个混合为一组，每组检测一张芯片，共检测3张芯片——生物学重复9个样本，每个样本检测一张芯片，共检测9张芯片——生物学重复9个样本混合为一组，等量分为3份，分别检测一张芯片，共检测3张芯片——技术重复9个样本混合为一组，检测一张芯片，共检测1张芯片样本混合重复策略基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第38页SNP检测

家系：需要患病双亲均入组

疾病对照研究：须经过流行病样本量预计方法预测

拷贝数变异分析

等同于表示谱检测样本量预计样本——重复问题(SNP与拷贝数分析)基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第39页

错误思想——对照组数量能够少于试验组

正确设计：对照组与试验组样本平衡

值得参考方法使用公开基因芯片数据——他人对照组样本背景与本课题一致样本——对照组问题

基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第40页从NCBI下载公开数据——GEO基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第41页基因芯片质量控制基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第42页检出率——芯片检测性价比怎样每张芯片检出率基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第43页样本重复性评价2——芯片间相关系数试验组对照组基因芯片在生物医药应用中的价值研讨第44页

其明信息企业试验室主管罗燕青其明信息企业北方区经理李林

其明信息企业服务部项目管理工程师孙之翰

其明信息企业开发部开发工程师张永强致谢基因芯片在