微生物的分类与鉴定

微生物的分类与鉴定第1页/共38页Chap.12微生物的分类和鉴定§.1通用分类单元§.2微生物在生物界的地位

§.3各大类微生物的分类系统纲要§.4微生物的鉴定

第2页/共38页Chap.12微生物的分类和鉴定●微生物分类学（microbialtaxonomy）

●分类:在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编排在一定的分类单元中，制定出检索表。

●鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给未知物一个具体的分类位置。●命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个新的学名。第3页/共38页

（一）种的概念

●种(species)：微生物的基本分类单位，具有许多共同特征的菌株的集合。

●典型菌株（typestrain）模式种（typespecies）

●亚种

●型、菌株§.1通用分类单元第4页/共38页●细菌新种发表的要求1）在IJSB上发表2）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获有效目录公布3）提供模式种4）符合命名法规要求5）符合优先律第5页/共38页●菌种保藏中心与菌种目录ATCC：美国典型菌种保藏中心CCTCC：中国典型菌种保藏中心：---下设：CCGMC、ACCC、CICC、

CMCC等6个中心---菌种目录及菌种保藏和购买第6页/共38页二、学名的命名及有关法规

●双名法：Bacillussubtilis●三名法：

Acetobacterpasteurianussubsp.pasteurianus

●名字的应用：BacillussubtilisCMCC63501

BacillussubtilisCohn1874

Bacillussp.Bacillusspp.●缩写：B.subtilis第7页/共38页§.2微生物在生物界的地位

五界系统：

第8页/共38页●三域学说第9页/共38页第10页/共38页●真核生物起源的内共生学说

第11页/共38页

●古细菌生物学特征：第12页/共38页

§.3各大类微生物的分类系统纲要

一、细菌、古生菌分类系统纲要

《Bergey’sManualofSystematicBacterialogy》1,2版

《Bergey’sManualofDeterminativeBacterialogy》1~9版

1.古生菌：《系统手册》（二版）原核生物----古生菌界（2门63属208种）

----泉古生菌门

----广古生菌门

----细菌界第13页/共38页第14页/共38页2.细菌的分类●《系统手册》（一版，1984~1989年，共4卷）

卷类型群（Section）主要代表

Vol.1G-1~11section肠杆菌，假单孢菌，

Vol.2G+12~17section芽孢杆菌，梭菌，

Vol.3古生菌等18~25section甲烷菌，嗜盐菌，光合细菌

Vol.4产孢放线菌26~33section链霉菌第15页/共38页3.真菌（Fungi）的分类系统●Ainsworth系统

《Thefungi》,Ainsworth,1973《AinsworthandBisby’sDictionaryoftheFungi》----7版，1983年，Hawksworth----8版，1995年，Hawksworth第16页/共38页书355第17页/共38页第18页/共38页

一、经典分类鉴定方法（生理生化为主，形态为辅）

●通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标）

第19页/共38页◆传统分类的细菌鉴定程序第20页/共38页●细菌自动鉴定系统API数值鉴定系统BBL鉴定系统Biolog鉴定系统程序：1、辅助特征2、培养菌悬液加入生化反应板培养自动扫描自动鉴定打印结果第21页/共38页第22页/共38页二、现代分类鉴定方法●细菌化石第23页/共38页

二、现代分类鉴定方法1．微生物遗传型的鉴定

（1）DNA碱基比例的测定（G+C）mol%：●(G+C)mol%值只能做否定判断；●（G+C）mol%值差别>5，属不同的种；差别>10，属不同的属。

（2）核酸分子杂交法第24页/共38页

●DNA-DNA分子杂交原理：DNA分子解链的可逆性和碱基配对的专一性。第25页/共38页

DNA-DNA杂交（固相杂交法）

单链DNA（待测菌株）↓转硝酸纤维素膜↓加入放射性标志参照菌DNA（单链）↓洗去未杂交DNA↓

闪烁计数器计数测定放射强度第26页/共38页结论：

1.DNA同源性≥60%（同种）

2.DNA同源性≥70%（同亚种）

3.DNA同源性60~70%（不同亚种）

4.DNA同源性20~60%（同属）第27页/共38页16srRNA分析作为细菌进化的计时器●生物共有的●一定的信息量（1542个核苷酸）●一定的保守性●便于比较研究第28页/共38页

（4）16srRNA核苷酸序列分析●DNA-PCR法

提取DNA↓PCR扩增16SrRNA↓PCR产物纯化分析↓

16SrRNA序列测定↓递交Genbank检索第29页/共38页●相似性结果的一般判断：1.SAB≥95%同种2.SAB为85~95%同属3.SAB≤85%不同属第30页/共38页2．细胞化学组分的鉴定（放线菌）细胞结构成分壁肽聚糖、化学组分

膜枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸）甲基萘醌全细胞水解糖类第31页/共38页1.细胞壁化学类型（分为9种类型）

-----氨基酸：DAP（二氨基庚二酸）

、Gly、Lys、Asp、Orn----糖类：阿拉伯糖、半乳糖第32页/共38页（2）全细胞水解液的糖型糖类型特征糖类

A半乳糖、阿拉伯糖、

B马杜拉糖

C无特征糖类

D木糖、阿拉伯糖

E半乳糖第33页/共38页

3．数值分类法（统计分类法）------

相似系数的计算；（1）菌株选择（OUT—操作分类单位）（2）选择实验项目（3）数字编码（4）计算机分析第