16-分子诊断会议-5 - 副本

高通量测序技术在肿瘤临床诊疗中的转化应用郭瀛军第二军医大学转化医学研究院2016年11月18日从精准医学计划的提出到攻克癌症“登月计划”2016A“moonshot”to

cure

cancer!2015年1月美国总统奥巴马启动精准医疗计划升级攻克肿瘤的主要障碍在哪里？提出癌症“登月计划”的底气在哪里？尼克松和“登月计划”、“攻克癌症计划”（1971年）40年时间，载人登月的计划早已实现，攻克癌症却仍然在艰苦的努力之中。对476例肾透明细胞癌的研究表明其本质上是一群病，其它肿瘤的研究结果同样如此。理论上每一个人都应该获得“私人定制”的个体化治疗。不是一种病，是一群病治疗效果取决于基因而不是其它复发转移极其复杂但可有效预测监控123一种认识：肿瘤是复杂性疾病,高通量分析技术使得这种复杂性变得有迹可循。一套工具：精准医学概念提出的三项主要基础人类基因组测序技术为主导的生物技术革新数据分析工具的发展分子影像、手术导航和微创技术等生物医学分析技术的进步ResistantSensitiveExon18Exon19Exon20Exon217p11.25%1%1%1%3%3%41%45%G719S

G719AG719CS720FD770-N771V765AT783AS768IT790MV769LN771TC797SExon19deletionD761YL858R

L861QL861REGFRgenomicDNAhEGFR突变的频率和位点（Exon18-21）靶向药物检测基因范围不断扩展

KRASexon2(codon12&13)KRASexon3(codon59&61)KRASexon4(codon117&146)NRASexon2,3and4BRAFexon15V600E结肠癌靶向用药突变检测指南（NCCN）西妥昔单抗、帕尼单抗靶向药物检测基因范围不断扩展

基于单基因、单位点检测已不能满足个体化治疗的需求，基于NGS技术的多靶点基因检测是未来个体化治疗的趋势。NGS---规范应用基因测序测序设备测序试剂实验室基因检测新技术缺乏技术规范2014年2月，国家食品药品监督管理总局（CFDA）和国家卫生计生委，为整顿国内基因检测市场的乱象，联合发出通知，一刀切式的叫停了所有高通量基因测序临床应用。规范检测体系技术指南肿瘤类型不同诊断/用药指导体细胞突变/生殖系突变panel不同临床体系不同全流程设计LDT从实验室延伸到全流程技术环节优化内容样本病理病灶切割石蜡样本制定质控标准ctDNA分析提高灵敏度报告模板化药指导；靶向药指导；生殖系筛查——丰富内容；简化结论检测硬件测序仪、服务器系统升级阳性报告的标准突变比例+致病性分级+临床应用性分级临床沟通MDT自编临床样本采集手册；强化流程管理，服务临床优化完善应用体系优化完善应用体系分子病理专家审核手术采样病理鉴定样本库系统储存及运输实验室检测及报告临床报告解读及MDT①②③⑤④数据质控：配对样本一致性和样本污染评估评价配对样本的一致性评价肿瘤样本的交叉污染水平Conpair下机数据常规质控软件分析优化完善检测报告乳腺癌：MSH2胰腺癌：BRCA2前列腺癌：BRCA2肿瘤NGS检测：生殖系变异信息在靶向药物检测报告中的作用。胃肠间质瘤中发现KIT基因K558_V559>N突变该变异并无致病性的直接证据W557GW557RW557-K558delV559AV559delV559DV559-V560delV560DV560G等KIT结构模式图IsaureChauvotdeBeaucheˆne，PLOSComputationalBiology，2014优化完善检测报告突变比率变异致病性药物的临床证据MDT？优化完善检测报告NGS临床检测促进了临床精准医学研究发现了若干药靶基因CDKN2A新的致病突变类型——验证NGS临床检测促进了临床精准医学研究胰腺癌突变热点与TCGA数据存在差异胰腺癌病理分型与分子分型的比较分析胰腺癌NGS检测样本为胰腺癌分子分型积累了数据Nature，2015晚期肿瘤的个体化精准治疗NGS为主要手段的个体化精准医学治疗NGS为主要手段的个体化精准医学治疗NGS测序药靶分析MDT个体化临床试验晚期泌尿系多发转移肿瘤基于信号通路的精准医学用药策略个案显示临床好转ClinCancerRes.2015Oct12NGS用于肿瘤ctDNA检测具有高特异性和灵敏度研究表明，在ctDNA检测中，NGS与高灵敏度的微滴式数字PCR技术（ddPCR）具有类似的敏感性和特异性。原发灶穿刺样本KITN822K2.39%ctDNAGIST2Years研发NGS

ctDNA检测技术情况涵盖靶向药物和耐药突变热点测序深度20000×KITN822K27.5%NGS检测基因列表L858RS768IEx19DeleteL861QT790MEx20InsertG719S/A/CC797S等参与阿斯利康肺癌靶向新药TAGRISSO患者组织和血液T790M“真实世界”高通量测序伴随检测比较研究。研发NGS

ctDNA检测技术情况NGS用于多灶性甲状腺癌分析乳头状癌(80-85%)甲状腺癌主要病理类型所占比例约30-50%的乳头状癌诊断时表现为多灶多灶性甲状腺乳头状癌不同病灶是否为腺体内转移形成？抑或都为原发灶？多灶PTC具有相同的克隆起源多灶PTC具有不同的克隆起源纳入患者数量检测方法结论参考文献25HUMARA+BRAFV600EBilateral,reccurent,andmetastaticPTCoftenarisefromasinglecloneWangW,201018BRAFV600E+GenomewideallelotypingmPTCoriginatesusuallyfromneoplastictransformationandsubsequentintrathyroidalspreadofasinglemalignantprogenitorcloneJovanovic,200823LOH+HUMARAMultifocaltumorsinpatientswithPTCoftenarisefromthesamecloneMcCarthyPR,2006纳入患者数量检测方法结论参考文献69BRAFV600ETheheterogeneousdistributionofBRAFmutationssuggeststhatdiscretetumorfociinmutlfocalPTCmayoccurasindependenttumorsGianniniR,200761BRAFV600EAtleast39.3%ofmPTCinKoreanpopulationcouldbeattributedtoindependentlyarisingParkSY,200617HUMARAIndividualtumorfociinpatientswithmPTCoftenariseasindependenttumorsShattuckTM,2005纳入患者数量检测方法结论参考文献14HUMARA+BRAFV600EahypothesisthatmulticentricoccurrenceinmultiplePTCsmaybecommon,possiblygreaterthan30%.NakazawaT,201511HUMARAFavorstheinterpretationthatPTCcanrisemulticentricallybutitcanalsoresultinintrathyroidalspreadKuhnE,2012尚无定论以上两种情况都存在病灶1病灶2病灶3实验结果病灶2病灶1病灶2病灶1病灶3（淋巴结转移灶）患者1患者2病灶1病灶2病灶3病灶1病灶2病灶1病灶2WGSvs.WES外显子SNV数量全基因组SNV数量患者1-病灶1131291-病灶2159患者2-病灶16590-病灶26334-病灶35395WGSvs.WES外显子SNV数量外显子SNV数量M1TR16M6TL6M1TR21M7TL11M2TR4M7TL212M2TL4M7TL314M3TR5M7TI10M3TL5M7TR10M4TL7M7TR20M4TR7M7TR30M5TR10M8TL4M5TR23M8TR1