生物信息学生物信息学软件

生物信息学生物信息学软件第一页，共三十五页，2022年，8月28日生物信息学将传统科学的“二元研究”分化为“三足鼎立”状态。理论实验理论传统实验计算机实验生物信息学第二页，共三十五页，2022年，8月28日生物信息学的几个层次方法学研究生物学，生物信息学，数学，物理学，化学，计算机科学专业软件的应用研究主要是生物信息学，生物学，化学，计算机科学实验工作者的应用主要是生物学，计算机科学，生物信息学的基本概念充分利用已有的生物信息学工具软件第三页，共三十五页，2022年，8月28日生物信息学软件核酸序列分析（序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析等）蛋白质序列分析（序列同源性比较，结构信息分析等）基因或蛋白质芯片信息分析分子进化及系统发育分析基因组多态性分析基因表达及蛋白质调控分析文本信息挖掘分析引物或者探针设计分析文献管理分析……第四页，共三十五页，2022年，8月28日一、核酸序列分析第五页，共三十五页，2022年，8月28日核酸序列分析

序列同源性比较:同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小。第六页，共三十五页，2022年，8月28日核酸序列分析分子进化树构建:以不同物种的分子数据(如DNA)为依据构建的进化树。第七页，共三十五页，2022年，8月28日核酸序列分析核苷酸含量及密码子的运算密码子是指三联体核苷酸，代表一个氨基酸或者翻译终止信号。MEGA对DNA序列4种核苷酸及密码子统计结果第八页，共三十五页，2022年，8月28日核酸结构信息分析启动子查询：启动子是位于结构基因5’端上游的一段DNA序列，能够指导全酶(holoenzyme)同模板正确结合，活化RNA聚合酶，启动基因转录。OMIGA线性查看功能区域第九页，共三十五页，2022年，8月28日核酸结构信息分析结构信息分析开放阅读框（ORF）：开放读码框是从一个起始密码子开始到一个终止密码子结束的一段序列。CDS：外显子：OMIGA环行查看ORFOMIGA线形查看ORF第十页，共三十五页，2022年，8月28日核酸结构信息分析酶切点：DNA上一段碱基的特定序列，限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将DNA酶切成两段。OMIGA线形查看酶切位点第十一页，共三十五页，2022年，8月28日核酸结构信息分析RNA二级结构预测：RNA二级结构是指RNA分子中有以氢键联接碱基（A对U；G对C）形成的二级结构。热力学曲线二级结构图RNAdraw进行RNA二级结构预测第十二页，共三十五页，2022年，8月28日二、蛋白质序列分析第十三页，共三十五页，2022年，8月28日蛋白质序列分析序列同源性比较CLUSTALX进行蛋白质同源性比对第十四页，共三十五页，2022年，8月28日蛋白质结构信息分析二级结构预测ANTHEPROT进行蛋白质结构预测H代表螺旋，图中表示为蓝色；E代表折叠，图中表示为橙色；T代表转角，图中表示为绿色；C代表其它松散结构，图中表示为黑色。第十五页，共三十五页，2022年，8月28日蛋白质结构信息分析氨基酸残基组成ANTHEPROT进行氨基酸残基计算第十六页，共三十五页，2022年，8月28日蛋白质结构信息分析计算蛋白序列滴定曲线与等电点滴定曲线：表示滴定过程中溶液PH溶液随标准溶液用量变化而变化的曲线。等电点：在某一pH的溶液中，氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等，所带净电荷为零，呈电中性，此时溶液的pH称为该氨基酸的等电点。ANTHEPROT进行滴定曲线与等电点残基计算第十七页，共三十五页，2022年，8月28日蛋白质结构信息分析进行潜在的信号肽与断裂位点预测第十八页，共三十五页，2022年，8月28日三、基因或蛋白质芯片信息分析第十九页，共三十五页，2022年，8月28日基因或蛋白质芯片信息分析芯片探针设计（ArrayDesigner）芯片阅读图像分析软件（ScanAlyze）基因芯片数据分析软件（基于R语言的Bioconductor)第二十页，共三十五页，2022年，8月28日表达芯片数据分析软件包

BIOCONDUCTOR聚类分析第二十一页，共三十五页，2022年，8月28日四、分子进化及系统发育分析第二十二页，共三十五页，2022年，8月28日分子进化及系统发育分析CLUSTALX+PHYLIP+TreePreviewMEGA构建进化树CLUSTALX+MEGA序列对比的统计分析第二十三页，共三十五页，2022年，8月28日分子进化及系统发育分析CLUSTALX+PAUP+treeview+选择类型分析（PAML）CLUSTALX+mrbayes+treeviewModeltest：模型检验第二十四页，共三十五页，2022年，8月28日五、基因组多态性分析第二十五页，共三十五页，2022年，8月28日基因组多态性内容基因组多态性：第二十六页，共三十五页，2022年，8月28日基因组多态性分析haploview+PLINK+PHASE连锁分析关联分析单体型推断第二十七页，共三十五页，2022年，8月28日基因组多态性分析第二十八页，共三十五页，2022年，8月28日基因组多态性分析PLINK+HAPLOVIEW第二十九页，共三十五页，2022年，8月28日六、基因表达及蛋白质调控分析第三十页，共三十五页，2022年，8月28日基因表达及蛋白质调控分析DAVID网站中的KEGG库果糖和甘露糖代谢通路第三十一页，共三十五页，2022年，8月28日基因表达及蛋白质调控分析CYTOSCAPE：具有收集已经确认的蛋白质或者基因间的互作信息，可以构建网络图。第三十二页，共三十五页，2022年，8月28日七、文本信息挖掘分析第三十三页，共三十五页，2022年，8月28日文本信息挖掘分析第三十四页，共三十五页，2022年，8月28日

生物信息学软件主要功能