实验方案设计实用工具-mirna研究引物及相关

引物及miRNA相关设主要内 2lncRNAqPCR物设3miRNAqPCR引物设长链非编码RNAMIAT靶向调控DLG3 1,lncRNA2,DLG3目 SYBRGreen名点击cDNA，然后点击configurethis只勾选show 引物区域，Forward为1-1/2产物长度，Max与以 lncRNAqPCRlncRNANCBI查找lncRNA到NCBI 选择选择somewhatsimilarsequence， NCBI 源性较低时该对引物才可以使miRNAqPCR检测成熟microRNAstem-loop或OligodTmiRNAqPCRSYBRgreen1.1.22用于3.3.

CAGC-

SYBRgreenqPCRPolyA化的RNA进行反转录反应，引物为通用的OligodT 物二聚体，可在miRNA3端去除几个碱基调整Tm如果miRNAGC含量太低，可以在上游引物5端加入GCGCC5’-GTGCAGGGTCCGAGGT

5′-AA24

miRNAmimic&miRNAmimicmiRNA5‘端第2-8位碱基里7个 序列，故Mimic必须含 Mimic与mRNA3‘如不要求内源性剪切，则应避免miRNA的5‘10-11位碱基与mRNA配对 3‘UTR内存在多个结合位点可促进miRmimic抑制效率Mimic与靶mRNA形成特殊构象如突出环等下可增强抑制效率miRNAmimic针对mRNA3‘UTR内 设计一个5端含有8个与靶mRNA配对碱基的含22个核苷酸的寡合甘酸链该寡合甘酸链同时含有5-6个碱基与靶mRNA3‘端互补在设计的mimi3末端加一个’AU‘NCBIgene搜索目 NCBIgeneNCBIgeneNCBIgeneNCBIgene搜索目 NCBIgene搜索目 5‘3‘粘贴3’UTR miRNAmimicsDLG33’UTR5’-cccctcccagggaagagaaacaaagattcaaagtaagcatg tagtgggtttaccagtgtttcttccaaggagacatatattttttaataaacgatagttgcaatgaactgtggctcgagaccttcttaaagtagttgagaagggagggcgtgggcaagcagtggaagaacatcccaaacttttgggggccagagggctctctccttagtgatgatcagctagccgagctgggccgtcctggggatcggtacagctccctggggtggtgacaggccctttgtgaaagttgtgtgcttggtcttccaccccagccccagacactgcttcaaatagcaccaaccagatgggagtcc-3’Mimic5’ DLG35’UTR5’-cccatcgcgcgcctcaggcgtctcctcctcctccctccttccccctcctctctcctcccc61tcctcccgcgcgccccgctttgtgtccgtggtctcccgcgcgggacggagggactggccg121gagctggcgctttctcagcactagatctggactccgaccc-3’Mimic3’ Mimic5Mimic3

miRNA---miRNAMinicMinic

inhibitorinhibitor

阻断miRNA

miRNAMimicNC：改 InhibitorNC：与inhibitor具有相同核酸但不能与mimic互补的单链寡核甘酸或寡核脱氧核苷酸，通过打乱inhibitor顺