PCR技术极其应用-课件

PCR技术及其应用分子生物学与临床中山大学主讲：杨中汉（yangzhonghan163）PCR技术及其应用分子生物学与临床中山大学1目录PCR的概念PCR技术的创建PCR的原理PCR的反应体系和方法PCR的类型和应用目录PCR的概念2

多聚酶链式反应（PCR：PolymeraseChainReaction)Polymerase:

DNA聚合酶

多聚酶链式反应Polymerase:DNA聚3基因组DNA引物DNA聚合酶DNA片段体外扩增基因组DNA引物DNA聚合酶DNA片段体外扩增4PCR技术的创建KaryB.Mullis（穆利斯（美））Khorana(1971)等提出在体外经DNA变性,与适当引物杂交,再用DNA聚合酶延伸,克隆DNA的设想。

1983年,Mullis发明了PCR技术,使Khorana的设想得到实现。

1988年Saiki等将耐热DNA聚合酶（Taq）引入了PCR技术

1989年美国《Science》杂志列PCR为十余项重大科学发明之首,比喻1989年为PCR爆炸年,Mullis荣获1993年度诺贝尔化学奖。PCR技术的创建KaryB.Mullis（穆利斯（美））5KaryB.Mullis（1944－）karymullisKaryB.Mullis（1944－）karymulli6三篇重要论文TheUnusualOriginofthePolymeraseChainReaction(ScientificAmerican,1990,262(4):56-61,64-5)Primer-directedEnzymaticAmplificationofDNAwithaThermostableDNAPolymerase(Science,1988,239(4839):487-91

)SpecificSynthesisofDNAInVitroviaaPolymeraseCatalyzedChainReaction(MethodsinEnzymology,1987,155:335-50)

三篇重要论文TheUnusualOriginofth7生物样品DNA片段基因诊断基因治疗基因工程产品法医学检测人类学研究……PCR技术诞生所依赖的社会需求和研究需要生物样品DNA片段基因诊断基因治疗基因工程产品法医学检测人类8基因组DNA获取特定DNA片段扩增特定DNA片段基因组DNA获取特定DNA片段扩增特定DNA片段9限制性内切酶裂解基因组DNA基因重组转化细菌体外包装基因组DNA文库DNA文库20kBfragments插入噬菌体载体细菌扩增限制性内切酶裂解基因组DNA基因重组转化细菌体外包装基因组D10裂解变性显影从基因组文库中筛选目的基因probe放射性核素转印裂解变性显影从基因组文库中筛选目的基因probe放射性核素转11DNA克隆目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子DNA克隆目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子12DNA聚合酶引物引物M13噬菌体Sanger的测序技术引物DNA聚合酶1977年DNA聚合酶引物引物M13噬菌体Sanger的测序技术引物D13引物引物Mullis的构思DNA聚合酶DNA聚合酶特定DNA片段1983年引物引物Mullis的构思DNA聚合酶DNA聚合酶特定DNA1494℃变性50-65℃退火XX℃延伸94℃变性50-65℃退火XX℃延伸1594℃55℃37℃94℃55℃37℃16Taq

DNA聚合酶（thermusaquaticus)酶活性(%)温度(℃)405060708090100100806040201988年Saiki等将耐热DNA聚合酶（Taq）引入了PCR技术TaqDNA聚合酶（thermusaquaticus)酶1772℃94℃55℃PCR循环72℃94℃55℃PCR循环18PCR技术的原理1PCR技术的基本原理无细胞分子克隆法：在微量离心管中,加入适量的缓冲液,微量的模板DNA,四种脱氧单核苷酸,耐热性多聚酶,一对合成DNA的引物,通过高温变性、低温退火和中温延伸三个阶段为一个循环,每一次循环使特异区段的基因拷贝数放大一倍,一般样品是经过30次循环,最终使基因放大了数百万倍;扩增了特异区段的DNA带。

PCR技术的原理1PCR技术的基本原理无细胞分子克隆法19

体内DNA的复制DNA聚合酶dNTP解旋酶类引物复习5’3’体内DNA的复制DNA聚合酶dNTP解旋酶类20加热变性复性复温DNA的变性和复性加热或强酸、碱性作用可以使DNA双螺旋的氢键断裂,双链解离,形成单链DNA,这称为DNA的变性。解除变性的条件后,变性的单链可以重新结合起来,形成双链,其原有的特性和活性可以恢复,这称DNA复性,也叫退火。

加热变性复性复温DNA的变性和复性加热或强酸、碱性作用可以21PCR扩增原理引物延伸延伸5’5’3’3’变性、退火变性、退火PCR扩增原理引物延伸延伸5’5’3’3’变性、退火变性、退222PCR技术的特点1）高度的灵敏性30轮循环扩增量达230个拷贝（109拷贝）PCR产物每轮循环增加一倍2PCR技术的特点1）高度的灵敏性30轮循环扩增量达23232）特异性引物引物引物的序列及其与模板结合的特异性是决定PCR反应结果的关键。引物设计的最大原则是最大限度地提高扩增效率和特异性；同时尽可能减少非特异性扩增。2）特异性引物引物引物的序列及其与模板结合的特异性是决24引物设计：（1)序列应位于高度保守区,与非扩增区无同源序列。（2）引物长度以15-40bp为宜。（3）碱基尽可能随机分布,G+C占50-60%。（4）引物内部避免形成二级结构。（5）两引物间避免有互补序列。（6）引物3’端为关键碱基；5’端无严格限制。引物设计：253’5’3’5’限制性内切酶的识别序列启动子序列定点突变探针标记3’5’3’5’限制性内切酶的识别序列263）操作简便易行PCR扩增法,只需要数小时,就可以用电泳法检出1μg基因组DNA中仅含数个拷贝的模板序列。通常的DNA扩增法是分子克隆法,首先要构建含有目的的基因的载体,然后将它导入细胞后进行扩增,还要用同位索探针进行筛选;这种方法,要经过DNA内切、连接、转化和培养等相关的过程,操作复杂,一般需要数周时间。3）操作简便易行PCR扩增法,只需要数小时,就可以用27目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子284）用途广泛生命学科医学工程遗传工程疾病诊断法医学考古学4）用途广泛生命学科29PCR的反应体系和方法PCR管加热使模板变性,退火使引物与模板DNA互补,延伸需将反应温度升至中温(72℃),在Tap多聚酶的作用下,以dNTP为原料,以引物为复制的起点,合成新链。如此重复改变反应温度,即高温变性、低温退火和中温延伸三个阶段为一个循环,每一次循环使特异区段的基因拷贝数放大一倍,一般样品是经过30次循环,最终使基因放大了数百万倍;将扩增产物进行电泳,经溴化乙锭染色,在紫外灯照射下肉眼能见到扩增特异区段的DNA带。

PCR的反应体系和方法PCR管加热使模板变性,退火使引物30

总体积50-100lBuffer缓冲液dNTP原料Primer引物DNA分子模板Taq酶DNA聚合酶

1反应体系总体积31PCR技术的基本过程(1)模板DNAdNTP引物Buffer预变性模板DNAdNTP引物BufferTaqDNA聚合酶94oC5’2基本过程PCR技术的基本过程(1)模板DNA预变性模板DNATa32PCR技术的基本过程(2)Taq酶模板DNAdNTP引物Buffer循环仪94℃55℃72℃Taq酶模板DNAdNTP引物Buffer72℃5～7min循环25～35次PCR技术的基本过程(2)Taq酶循环仪94℃Taq酶733琼脂糖凝胶电泳PCR技术的基本过程(3)琼脂糖凝胶电泳PCR技术的基本过程(3)341）PCR反应成分（1）模板单、双链DNA均可。不能混有蛋白酶、核酸酶、DNA聚合酶抑制剂、DNA结合蛋白类。一般100ngDNA模板/100L。模板浓度过高会导致反应的非特异性增加。3PCR反应条件1）PCR反应成分（1）模板3PCR反应条件35（2）引物浓度0.1-0.5mol/L浓度过高易导致模板与引物错配,反应特异性下降。（3）Taq

DNA聚合酶（thermusaquaticus)0.5-2.5U/50l酶量增加使反应特异性下降;酶量过少影响反应产量。（2）引物浓度36（4）dNTPdNTP浓度取决于扩增片段的长度四种dNTP浓度应相等浓度过高易产生错误碱基的掺入,浓度过低则降低反应产量dNTP可与Mg2+结合,使游离的Mg2+浓度下降,影响DNA聚合酶的活性。（4）dNTP37（5）Mg2+

Mg2+是DNA聚合酶的激活剂。0.5mmol/L-2.5mmol/L反应体系。Mg2+浓度过低会使Taq酶活性丧失、PCR产量下降；Mg2+过高影响反应特异性。Mg2+可与负离子结合,所以反应体系中dNTP、EDTA等的浓度影响反应中游离的Mg2+浓度。（5）Mg2+Mg2+是DNA聚合酶的激活剂。382）循环参数变性

使双链DNA解链为单链94oC20-30秒(2)退火

温度由引物长度和GC含量决定。增加温度能减少引物与模板的非特异性结合;降低温度可增加反应的灵敏性。2）循环参数39（3）延伸70-75℃,一般为72℃延伸时间由扩增片段长度决定（4）循环次数主要取决于模版DNA的浓度一般为25-35次次数过多：扩增效率降低错误掺入率增加（3）延伸40经典循环参数（500bp以内）94℃30s55℃45s72℃1min94℃5min×30次72℃7min42℃forever经典循环参数（500bp以内）94℃30411）不对称PCR

目的：扩增产生特异长度的单链DNA。方法：采用两种不同浓度的引物。分别称为限制性引物和非限制性引物,其最佳比例一般是0.01∶0.5μM,关键是限制性引物的绝对量。用途：制备核酸序列测定的模板制备杂交探针

基因组DNA结构功能的研究PCR的类型1）不对称PCRPCR的类型42

高浓度引物低浓度引物高浓度引物低浓度引物432)反向PCR(reversePCR)是用反向的互补引物来扩增两引物以外的DNA片段对某个已知DNA片段两侧的未知序列进行扩增。可对未知序列扩增后进行分析,如探索邻接已知DNA片段的序列；用于仅知部分序列的全长cDNA的克隆,扩增基因文库的插入DNA；建立基因组步移文库。已知序列未知序列未知序列2)反向PCR(reversePCR)是用反向的互44已知序列未知序列未知序列限制酶限制酶连接酶已知序列未知序列未知序列限制酶限制酶连接酶453）多重PCR（复合PCR）用于检测特定基因序列的存在或缺失。3）多重PCR（复合PCR）用于检测特定基因序列的存在或缺失46电泳引物12341234电泳引物1234123447DMD：人类肌营养不良基因A：无外显子8,12,17,19对应条带,说明病人外显子8～19缺失B：病人A中未扩增外显子带的强度为C的一半,提示为区域缺失携带者C：正常人DMD基因外显子的一般扩增形式多重PCR检测DMD基因缺失DMD：人类肌营养不良基因A：无外显子8,12,17,19对48PCR技术极其应用-课件494）LP-PCR（Labelledprimers)

利用同位素、荧光素等对ＰＣＲ引物进行标记,用以直观地检测目的基因。特别适合大量临床标本的基因诊断可同时检测多种基因成分病毒1病毒2病毒3病毒44）LP-PCR（Labelledprimers)50标记引物ＰＣＲ观察PCR产物标记引物ＰＣＲ观察PCR产物515）锚定PCR（anchoredPCR,A-PCR）PCR的局限：需了解靶基因片段两测的序列

对于未知序列和具有不同末端序列怎么办？（固定化PCR）5）锚定PCR（anchoredPCR,A-PCR）PC52VHCH1CH1CH2CH2CH3CH3VHVLVLCLCLVHCH1CH1CH2CH2CH3CH3VHVLVLCLCL53cDNA末端核酸转移酶3’GG…GG5’CC…CC锚定引物3’GG…GG5’CC…CC3’GG…GGCC…CC锚定PCR首先合成第一链cDNA,然后再添加一同聚物尾（polydG),与同聚物尾配对的3’锚定引物（带有限制性内切位点polydC)一起作PCR扩增cDNA末端核酸转移酶3’GG…GG5’CC…CC锚定引546）PCR固相分析法模板生物素化引物PCR扩增探针亲和固相介质检测探针信号可用于基因芯片的制作6）PCR固相分析法模板生物素化引物PCR扩增探针亲和固相介557）原位ＰＣＲ原位聚合酶链式反应（InStillPCR,Is－PCR）是由Haase等于1990年首创。它是利用完整的细胞作为一个微小的反应体系来扩增细胞内的目的片段,在不破坏细胞的前提下,利用一些特定的检测手段来检测细胞内的扩增产物。直接用细胞涂片或石蜡包埋组织切片在单个细胞中进行ＰＣＲ扩增。可进行细胞内定位。适用于检测病理切片中含量较少的靶序列7）原位ＰＣＲ原位聚合酶链式反应（InStill56

原位PCR的作用

既往鉴定细胞内特异序列一般采用原位杂交（ISH）,但在每个细胞中目的片段的拷贝数少于10的情况下,该方法的敏感度就明显下降。而标准的PCR则可扩增出细胞内单拷贝的序列,敏感度很高,但却未能与细胞形态学研究相结合。ISPCR则可把这两者结合起来,成为细胞学诊断中一种崭新的检测技术。利用该法可检测细胞内病毒感染、细胞内基因重排、以及分析细胞内RNA表达产物等方面发挥一定作用。在检测细胞的潜在感染方面也具有重要意义。原位PCR的作用57操作步骤1.细胞或组织固定：细胞经固定和乙醇通透化处理后便适于一般PCR试剂（包括引物和Taq酶）进入2.PCR扩增细胞内目的片段3.原位杂交检测扩增产物A.阳性对照B.阴性对照C.原位检测mRNA表达操作步骤A.阳性对照B.阴性对照C.原位检测mRNA表达588）ＲＴ－ＰＣＲ逆转录酶ＤＮＡ聚合酶mRNAcDNA杂化双链PCR扩增8）ＲＴ－ＰＣＲ逆转录酶ＤＮＡ聚合酶mRNAcDNA杂化双链59基因mRNA蛋白质多肽链基因mRNA蛋白质多肽链609)荧光定量PCR（real-timePCR)

通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针,对PCR产物进行标记跟踪,实时在线监控反应过程,结合相应的软件可以对结果进行分析,计算待测样品的初始模板量。荧光定量PCR仪光定量PCR仪是一种带有激发光源和荧光信号检测系统的PCR仪,通常配有电脑系统及相应的分析软件。9)荧光定量PCR（real-timePCR)61荧光标记荧光标记62荧光定量PCR标记方法内掺式染料 SYBRGreenI序列特异性探针 Taqman MolecularBeacons DualProbes(FRET)引物特异性探针

Amplifluor(Intergen)荧光定量PCR标记方法635’3’5’3’SGExcitationSGSGSGSGEmissionSYBR-GreenI

5’3’5’3’SGExcitationSGSGSGSGEm645’3’5’3’SGSGSGSGSGExcitationEmissionSYBR-GreenI

5’3’5’3’SGSGSGSGSGExcitationEm65Taqman探针3′端Q荧光分子能够吸收5′端R荧光分子发出的荧光,因此,正常情况下该探针检测不到5′端荧光分子发出的荧光,只能检测到3′端荧光分子的荧光信号,但当溶液中有PCR产物(模板)时,探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而激活Taq酶的5′外切酶活性,将探针5′端连接的R荧光分子从探针上切割下来,破坏了两个荧光分子间的FRET,从而发出荧光,切割的R荧光分子数与PCR产物的数量成比例,因此,根据PCR反应液的荧光强度即可计算出初始模板的数量荧光能量传递技术(fluorescenceresonanceenergytransfer,FRET)Taqman探针3′端Q荧光分子能够吸收5′端R荧光分子发出66Oligo1:FluoresceinOligo2:LCRed640ExcitationEmissionTransfer荧光共振能量传递（FRETProbe）Oligo1:FluoresceinOligo2:L67RQ5’3’5’3’5’3’5’3’ExcitationRQQRQRExcitation双标记探针（TaqmanProbe）RQ5’3’5’3’5’3’5’3’ExcitationRQ68RQExcitationXRQQRExcitationEmission分子信标（MolecularBeaconProbe）RQExcitationXRQQRExcitationEmi69引物特异性探针（AmplisenorProbe）引物特异性探针（AmplisenorProbe）705’3’5’3’5’3’5’3’3’RQ5’RQRQ3’5’QRRREmissionExcitationQR引物特异性探针（AmplifluorProbe）5’3’5’3’5’3’5’3’3’RQ5’RQRQ3’5’71荧光定量实时PCR与普通PCR的比较实时在线监控对样品扩增的整个过程进行实时监控,能够实时地观察到产物的增加,直观地看到反应的对数期降低反应的非特异性使用引物和荧光探针同时与模板特异性结合,提高了PCR反应的特异性增加定量的精确性全程监控,准确的算法进行定量结果分析更加快捷方便,无需跑胶

荧光定量实时PCR与普通PCR的比较72全新4通道实时荧光定量PCR仪

普通梯度PCR仪全新4通道实时荧光定量PCR仪普通梯度PCR仪73PCR技术的应用1)基因克隆重组DNA质粒DNA基因片段PCR技术的应用1)基因克隆重组DNA质粒DNA基因片段74大肠杆菌胰岛素重组体+胰岛素基因基因工程产品大肠杆菌胰岛素重组体+胰岛素基因基因工程产品755’5’BamHIBamHIBamHIBamHI5’5’BamHIBamHIBamHIBamH76GTCCGGACCCTGCAGGGTCCGGACCCTGCAGGCCTGGGACGTCCCAGG质粒DNA目的基因限制性核酸内切酶GTCCGGACCCTGCAGGGTCCGGACCCTGCA772)基因检测A’内源性病变基因正常人A病人病原微生物基因正常人(-)病人(+)2)基因检测A’内源性病变基因正常人A病人病原微生物基因78遗传病的诊断

基因缺失、插入或置换等地中海贫血珠蛋白链合成不平衡遗传病的诊断基因缺失、插入或置换等地中海贫血珠蛋白79A正常人病人正常病人A正常人病人正常病人80ASO探针法ACTGASO探针正常病人PCR-ASO检测基因点突变:主是利用PCR技术扩增靶基因的适当片段,然后用人工合成的含突变位点的标记寡核苷酸探针杂交ASO探针法ACTGASO探针正常病人PCR-ASO检测基因81探针杂交NC膜探针正常人突变纯合子突变杂合子探针杂交NC膜探针正常人突变纯合子突变杂合子82PCR-RFLP法：

限制性内切酶恶性肿瘤（癌基因或抑癌基因）Ras基因PCR-RFLP法：限制性内切酶恶性肿瘤（癌基因或抑癌83突变限制性内切酶突变限制性内切酶84正常突变电泳正常突变电泳85

HLA系统基因分型

PCR-RFLP法PCR-SSO法PCR-SSCPPCR-SSP3)基因配型HLA系统基因分型PCR-RFLP法PCR-SSO法PC86

PCR-SSP12345678PCR12345678引物特异性（序列特异性引物-PCR技术）PCR-SSP123874）基因鉴定女性男性Y引物PCR男性女性4）基因鉴定女性男性Y引物PCR男性女性88法医学分析

个体识别、亲缘鉴定方法：PCR-RFLPDNA遗传指纹PCR-ASOPCR-VNTR多态性PCR-SSCP线粒体DNA测序法医学分析个体识别、亲缘鉴定89PCR-VNTR多态性检测PCR；电泳检测（VNTR：数目可变的串联重复序列）PCR-VNTR多态性检测PCR；电泳检测（VNTR：数目可90父’父子母父’父子母91

现嫌1嫌2嫌3现嫌1嫌2嫌392思考题:1)从PCR的基本原理和特点,论述其应用价值.思考题:93PCR技术及其应用分子生物学与临床中山大学主讲：杨中汉（yangzhonghan163）PCR技术及其应用分子生物学与临床中山大学94目录PCR的概念PCR技术的创建PCR的原理PCR的反应体系和方法PCR的类型和应用目录PCR的概念95

多聚酶链式反应（PCR：PolymeraseChainReaction)Polymerase:

DNA聚合酶

多聚酶链式反应Polymerase:DNA聚96基因组DNA引物DNA聚合酶DNA片段体外扩增基因组DNA引物DNA聚合酶DNA片段体外扩增97PCR技术的创建KaryB.Mullis（穆利斯（美））Khorana(1971)等提出在体外经DNA变性,与适当引物杂交,再用DNA聚合酶延伸,克隆DNA的设想。

1983年,Mullis发明了PCR技术,使Khorana的设想得到实现。

1988年Saiki等将耐热DNA聚合酶（Taq）引入了PCR技术

1989年美国《Science》杂志列PCR为十余项重大科学发明之首,比喻1989年为PCR爆炸年,Mullis荣获1993年度诺贝尔化学奖。PCR技术的创建KaryB.Mullis（穆利斯（美））98KaryB.Mullis（1944－）karymullisKaryB.Mullis（1944－）karymulli99三篇重要论文TheUnusualOriginofthePolymeraseChainReaction(ScientificAmerican,1990,262(4):56-61,64-5)Primer-directedEnzymaticAmplificationofDNAwithaThermostableDNAPolymerase(Science,1988,239(4839):487-91

)SpecificSynthesisofDNAInVitroviaaPolymeraseCatalyzedChainReaction(MethodsinEnzymology,1987,155:335-50)

三篇重要论文TheUnusualOriginofth100生物样品DNA片段基因诊断基因治疗基因工程产品法医学检测人类学研究……PCR技术诞生所依赖的社会需求和研究需要生物样品DNA片段基因诊断基因治疗基因工程产品法医学检测人类101基因组DNA获取特定DNA片段扩增特定DNA片段基因组DNA获取特定DNA片段扩增特定DNA片段102限制性内切酶裂解基因组DNA基因重组转化细菌体外包装基因组DNA文库DNA文库20kBfragments插入噬菌体载体细菌扩增限制性内切酶裂解基因组DNA基因重组转化细菌体外包装基因组D103裂解变性显影从基因组文库中筛选目的基因probe放射性核素转印裂解变性显影从基因组文库中筛选目的基因probe放射性核素转104DNA克隆目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子DNA克隆目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子105DNA聚合酶引物引物M13噬菌体Sanger的测序技术引物DNA聚合酶1977年DNA聚合酶引物引物M13噬菌体Sanger的测序技术引物D106引物引物Mullis的构思DNA聚合酶DNA聚合酶特定DNA片段1983年引物引物Mullis的构思DNA聚合酶DNA聚合酶特定DNA10794℃变性50-65℃退火XX℃延伸94℃变性50-65℃退火XX℃延伸10894℃55℃37℃94℃55℃37℃109Taq

DNA聚合酶（thermusaquaticus)酶活性(%)温度(℃)405060708090100100806040201988年Saiki等将耐热DNA聚合酶（Taq）引入了PCR技术TaqDNA聚合酶（thermusaquaticus)酶11072℃94℃55℃PCR循环72℃94℃55℃PCR循环111PCR技术的原理1PCR技术的基本原理无细胞分子克隆法：在微量离心管中,加入适量的缓冲液,微量的模板DNA,四种脱氧单核苷酸,耐热性多聚酶,一对合成DNA的引物,通过高温变性、低温退火和中温延伸三个阶段为一个循环,每一次循环使特异区段的基因拷贝数放大一倍,一般样品是经过30次循环,最终使基因放大了数百万倍;扩增了特异区段的DNA带。

PCR技术的原理1PCR技术的基本原理无细胞分子克隆法112

体内DNA的复制DNA聚合酶dNTP解旋酶类引物复习5’3’体内DNA的复制DNA聚合酶dNTP解旋酶类113加热变性复性复温DNA的变性和复性加热或强酸、碱性作用可以使DNA双螺旋的氢键断裂,双链解离,形成单链DNA,这称为DNA的变性。解除变性的条件后,变性的单链可以重新结合起来,形成双链,其原有的特性和活性可以恢复,这称DNA复性,也叫退火。

加热变性复性复温DNA的变性和复性加热或强酸、碱性作用可以114PCR扩增原理引物延伸延伸5’5’3’3’变性、退火变性、退火PCR扩增原理引物延伸延伸5’5’3’3’变性、退火变性、退1152PCR技术的特点1）高度的灵敏性30轮循环扩增量达230个拷贝（109拷贝）PCR产物每轮循环增加一倍2PCR技术的特点1）高度的灵敏性30轮循环扩增量达231162）特异性引物引物引物的序列及其与模板结合的特异性是决定PCR反应结果的关键。引物设计的最大原则是最大限度地提高扩增效率和特异性；同时尽可能减少非特异性扩增。2）特异性引物引物引物的序列及其与模板结合的特异性是决117引物设计：（1)序列应位于高度保守区,与非扩增区无同源序列。（2）引物长度以15-40bp为宜。（3）碱基尽可能随机分布,G+C占50-60%。（4）引物内部避免形成二级结构。（5）两引物间避免有互补序列。（6）引物3’端为关键碱基；5’端无严格限制。引物设计：1183’5’3’5’限制性内切酶的识别序列启动子序列定点突变探针标记3’5’3’5’限制性内切酶的识别序列1193）操作简便易行PCR扩增法,只需要数小时,就可以用电泳法检出1μg基因组DNA中仅含数个拷贝的模板序列。通常的DNA扩增法是分子克隆法,首先要构建含有目的的基因的载体,然后将它导入细胞后进行扩增,还要用同位索探针进行筛选;这种方法,要经过DNA内切、连接、转化和培养等相关的过程,操作复杂,一般需要数周时间。3）操作简便易行PCR扩增法,只需要数小时,就可以用120目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子目的基因载体复制子宿主细胞扩增扩增提取DNA分子1214）用途广泛生命学科医学工程遗传工程疾病诊断法医学考古学4）用途广泛生命学科122PCR的反应体系和方法PCR管加热使模板变性,退火使引物与模板DNA互补,延伸需将反应温度升至中温(72℃),在Tap多聚酶的作用下,以dNTP为原料,以引物为复制的起点,合成新链。如此重复改变反应温度,即高温变性、低温退火和中温延伸三个阶段为一个循环,每一次循环使特异区段的基因拷贝数放大一倍,一般样品是经过30次循环,最终使基因放大了数百万倍;将扩增产物进行电泳,经溴化乙锭染色,在紫外灯照射下肉眼能见到扩增特异区段的DNA带。

PCR的反应体系和方法PCR管加热使模板变性,退火使引物123

总体积50-100lBuffer缓冲液dNTP原料Primer引物DNA分子模板Taq酶DNA聚合酶

1反应体系总体积124PCR技术的基本过程(1)模板DNAdNTP引物Buffer预变性模板DNAdNTP引物BufferTaqDNA聚合酶94oC5’2基本过程PCR技术的基本过程(1)模板DNA预变性模板DNATa125PCR技术的基本过程(2)Taq酶模板DNAdNTP引物Buffer循环仪94℃55℃72℃Taq酶模板DNAdNTP引物Buffer72℃5～7min循环25～35次PCR技术的基本过程(2)Taq酶循环仪94℃Taq酶7126琼脂糖凝胶电泳PCR技术的基本过程(3)琼脂糖凝胶电泳PCR技术的基本过程(3)1271）PCR反应成分（1）模板单、双链DNA均可。不能混有蛋白酶、核酸酶、DNA聚合酶抑制剂、DNA结合蛋白类。一般100ngDNA模板/100L。模板浓度过高会导致反应的非特异性增加。3PCR反应条件1）PCR反应成分（1）模板3PCR反应条件128（2）引物浓度0.1-0.5mol/L浓度过高易导致模板与引物错配,反应特异性下降。（3）Taq

DNA聚合酶（thermusaquaticus)0.5-2.5U/50l酶量增加使反应特异性下降;酶量过少影响反应产量。（2）引物浓度129（4）dNTPdNTP浓度取决于扩增片段的长度四种dNTP浓度应相等浓度过高易产生错误碱基的掺入,浓度过低则降低反应产量dNTP可与Mg2+结合,使游离的Mg2+浓度下降,影响DNA聚合酶的活性。（4）dNTP130（5）Mg2+

Mg2+是DNA聚合酶的激活剂。0.5mmol/L-2.5mmol/L反应体系。Mg2+浓度过低会使Taq酶活性丧失、PCR产量下降；Mg2+过高影响反应特异性。Mg2+可与负离子结合,所以反应体系中dNTP、EDTA等的浓度影响反应中游离的Mg2+浓度。（5）Mg2+Mg2+是DNA聚合酶的激活剂。1312）循环参数变性

使双链DNA解链为单链94oC20-30秒(2)退火

温度由引物长度和GC含量决定。增加温度能减少引物与模板的非特异性结合;降低温度可增加反应的灵敏性。2）循环参数132（3）延伸70-75℃,一般为72℃延伸时间由扩增片段长度决定（4）循环次数主要取决于模版DNA的浓度一般为25-35次次数过多：扩增效率降低错误掺入率增加（3）延伸133经典循环参数（500bp以内）94℃30s55℃45s72℃1min94℃5min×30次72℃7min42℃forever经典循环参数（500bp以内）94℃301341）不对称PCR

目的：扩增产生特异长度的单链DNA。方法：采用两种不同浓度的引物。分别称为限制性引物和非限制性引物,其最佳比例一般是0.01∶0.5μM,关键是限制性引物的绝对量。用途：制备核酸序列测定的模板制备杂交探针

基因组DNA结构功能的研究PCR的类型1）不对称PCRPCR的类型135

高浓度引物低浓度引物高浓度引物低浓度引物1362)反向PCR(reversePCR)是用反向的互补引物来扩增两引物以外的DNA片段对某个已知DNA片段两侧的未知序列进行扩增。可对未知序列扩增后进行分析,如探索邻接已知DNA片段的序列；用于仅知部分序列的全长cDNA的克隆,扩增基因文库的插入DNA；建立基因组步移文库。已知序列未知序列未知序列2)反向PCR(reversePCR)是用反向的互137已知序列未知序列未知序列限制酶限制酶连接酶已知序列未知序列未知序列限制酶限制酶连接酶1383）多重PCR（复合PCR）用于检测特定基因序列的存在或缺失。3）多重PCR（复合PCR）用于检测特定基因序列的存在或缺失139电泳引物12341234电泳引物12341234140DMD：人类肌营养不良基因A：无外显子8,12,17,19对应条带,说明病人外显子8～19缺失B：病人A中未扩增外显子带的强度为C的一半,提示为区域缺失携带者C：正常人DMD基因外显子的一般扩增形式多重PCR检测DMD基因缺失DMD：人类肌营养不良基因A：无外显子8,12,17,19对141PCR技术极其应用-课件1424）LP-PCR（Labelledprimers)

利用同位素、荧光素等对ＰＣＲ引物进行标记,用以直观地检测目的基因。特别适合大量临床标本的基因诊断可同时检测多种基因成分病毒1病毒2病毒3病毒44）LP-PCR（Labelledprimers)143标记引物ＰＣＲ观察PCR产物标记引物ＰＣＲ观察PCR产物1445）锚定PCR（anchoredPCR,A-PCR）PCR的局限：需了解靶基因片段两测的序列

对于未知序列和具有不同末端序列怎么办？（固定化PCR）5）锚定PCR（anchoredPCR,A-PCR）PC145VHCH1CH1CH2CH2CH3CH3VHVLVLCLCLVHCH1CH1CH2CH2CH3CH3VHVLVLCLCL146cDNA末端核酸转移酶3’GG…GG5’CC…CC锚定引物3’GG…GG5’CC…CC3’GG…GGCC…CC锚定PCR首先合成第一链cDNA,然后再添加一同聚物尾（polydG),与同聚物尾配对的3’锚定引物（带有限制性内切位点polydC)一起作PCR扩增cDNA末端核酸转移酶3’GG…GG5’CC…CC锚定引1476）PCR固相分析法模板生物素化引物PCR扩增探针亲和固相介质检测探针信号可用于基因芯片的制作6）PCR固相分析法模板生物素化引物PCR扩增探针亲和固相介1487）原位ＰＣＲ原位聚合酶链式反应（InStillPCR,Is－PCR）是由Haase等于1990年首创。它是利用完整的细胞作为一个微小的反应体系来扩增细胞内的目的片段,在不破坏细胞的前提下,利用一些特定的检测手段来检测细胞内的扩增产物。直接用细胞涂片或石蜡包埋组织切片在单个细胞中进行ＰＣＲ扩增。可进行细胞内定位。适用于检测病理切片中含量较少的靶序列7）原位ＰＣＲ原位聚合酶链式反应（InStill149

原位PCR的作用

既往鉴定细胞内特异序列一般采用原位杂交（ISH）,但在每个细胞中目的片段的拷贝数少于10的情况下,该方法的敏感度就明显下降。而标准的PCR则可扩增出细胞内单拷贝的序列,敏感度很高,但却未能与细胞形态学研究相结合。ISPCR则可把这两者结合起来,成为细胞学诊断中一种崭新的检测技术。利用该法可检测细胞内病毒感染、细胞内基因重排、以及分析细胞内RNA表达产物等方面发挥一定作用。在检测细胞的潜在感染方面也具有重要意义。原位PCR的作用150操作步骤1.细胞或组织固定：细胞经固定和乙醇通透化处理后便适于一般PCR试剂（包括引物和Taq酶）进入2.PCR扩增细胞内目的片段3.原位杂交检测扩增产物A.阳性对照B.阴性对照C.原位检测mRNA表达操作步骤A.阳性对照B.阴性对照C.原位检测mRNA表达1518）ＲＴ－ＰＣＲ逆转录酶ＤＮＡ聚合酶mRNAcDNA杂化双链PCR扩增8）ＲＴ－ＰＣＲ逆转录酶ＤＮＡ聚合酶mRNAcDNA杂化双链152基因mRNA蛋白质多肽链基因mRNA蛋白质多肽链1539)荧光定量PCR（real-timePCR)

通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针,对PCR产物进行标记跟踪,实时在线监控反应过程,结合相应的软件可以对结果进行分析,计算待测样品的初始模板量。荧光定量PCR仪光定量PCR仪是一种带有激发光源和荧光信号检测系统的PCR仪,通常配有电脑系统及相应的分析软件。9)荧光定量PCR（real-timePCR)154荧光标记荧光标记155荧光定量PCR标记方法内掺式染料 SYBRGreenI序列特异性探针 Taqman MolecularBeacons DualProbes(FRET)引物特异性探针

Amplifluor(Intergen)荧光定量PCR标记方法1565’3’5’3’SGExcitationSGSGSGSGEmissionSYBR-GreenI

5’3’5’3’SGExcitationSGSGSGSGEm1575’3’5’3’SGSGSGSGSGExcitationEmissionSYBR-GreenI

5’3’5’3’SGSGSGSGSGExcitationEm158Taqman探针3′端Q荧光分子能够吸收5′端R荧光分子发出的荧光,因此,正常情况下该探针检测不到5′端荧光分子发出的荧光,只能检测到3′端荧光分子的荧光信号,但当溶液中有PCR产物(模板)时,探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而激活Taq酶的5′外切酶活性,将探针5′端连接的R荧光分子从探针上切割下来,破坏了两个荧光分子间的FRET,从而发出荧光,切割的R荧光分子数与PCR产物的数量成比例,因此,根据PCR反应液的荧光强度即可计算出初始模板的数量荧光能量传递技术(fluorescenceresonanceenergytransfer,FRET)Taqman探针3′端Q荧光分子能够吸收5′端R荧光分子发出159Oligo1:FluoresceinOligo2:LCRed640ExcitationEmissionTransfer荧光共振能量传递（FRETProbe）Oligo1:FluoresceinOligo2:L160RQ5’3’5’3’5’3’5’3’ExcitationRQQRQRExcitation双标记探针（TaqmanProbe）RQ5