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文档简介
第二章
核酸的结构与功能3.1细胞的遗传物质3.1.1DNA是主要的遗传物质(三个阶段)1928年,Griffith肺炎链球菌转化实验1944年,Averry肺炎链球菌转化实验第一阶段1952年,噬菌体感染实验第二阶段噬菌体感染实验美国冷泉港卡内基遗传学实验室科学家Hershey和他的学生Chase在1952年从事噬菌体侵染细菌的实验。位于美国纽约长岛冷泉港,建于1890年。在财政上由美国政府、慈善部门、基金会和当地机关团体支持。美国冷泉港实验室CSHL被称为世界生命科学的圣地与分子生物学的摇篮,名列世界上影响最大的十大研究学院榜首;不仅如此,冷泉港实验室依山傍水,风景优美,还是国际生命科学的会议中心与培训基地。冷泉港实验室负责人沃森先生是DNA双螺旋结构图的发现者之一,诺贝尔奖得主,同时也是“国际人类基因组计划”的倡导者和实施者。美国冷泉港实验室(ColdSpringHarborLaboratoryCSHL)噬菌体侵染细菌的过程可以分为以下5个步骤:①噬菌体用尾部的末端(基片、尾丝)吸附在细菌表面;②噬菌体通过尾轴把DNA全部注入细菌细胞内,噬菌体的蛋白质外壳则留在细胞外面;③噬菌体的DNA一旦进入细菌体内,它就能利用细菌的生命过程合成噬菌体自身的DNA和蛋白质;④新合成的DNA和蛋白质外壳,能组装成许许多多与亲代完全相同的子噬菌体;⑤子代噬菌体由于细菌的解体而被释放出来,再去侵染其他细菌。噬菌体专门寄生在细菌体内。它的头、尾外部都有由蛋白质组成的外壳,头内主要是DNA。1953年,DNA双螺旋结构确立第三阶段作为遗传物质的DNA具有以下特性:①贮存并表达遗传信息;②能把遗传信息传递给子代;③物理和化学性质稳定;④有遗传变异的能力。3.1.2RNA也是遗传物质DNA病毒病毒(病毒基因组+蛋白质外壳)RNA病毒类病毒(只由RNA组成)
病毒重建实验1957年,格勒(Girer)和歇莱姆(Schramm)用石碳酸处理烟草花叶病毒(TMV),把蛋白质去掉,只留下RNA,再将RNA接种到政党烟草上,结果发生了花叶病;如果用蛋白质部分侵染正常烟草,则不发生花叶病。由此证明,RNA起着遗传物质的作用。3.2核酸的化学组成与共价结构3.2.1核酸种类及其成分
脱氧核糖核酸
DNA(deoxyribonucleicacid)
核酸nucleicacid
核糖核酸
RNA(ribonucleicacid)核苷酸=核苷+磷酸核苷=碱基+戊糖核酸=核苷酸+核苷酸+核苷酸+……多聚体3’,5’-磷酸二酯键3’,5’-磷酸二酯键嘧啶碱:胞嘧啶(C)胸腺嘧啶(T)尿嘧啶(U)1、碱基除了5种基本碱基以外,核酸中还有一些含量较少的碱基,称为稀有碱基,大多是甲基化的碱基。其中tRNA中有较多稀有碱基,可高达10%。目前已知的稀有碱基和核苷有近百种。2、戊糖D-核糖D-2’-脱氧核糖4、核苷酸
核苷酸=核苷+磷酸
核苷中的戊糖羟基被磷酸酯化核苷酸分为核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸
生物体内存在的游离核苷酸多是5’-核苷酸
3.2.2核酸的共价结构
1、DNA的一级结构与功能核酸是由很多单核苷酸聚合形成的多聚核苷酸(polynucleotide)。DNA的一级结构即是指四种核苷酸(dAMP、dCMP、dGMP、dTMP)按照一定的排列顺序,通过磷酸二酯键连接形成的多核苷酸。DNA携带两类不同的遗传信息1.编码细胞内组成型蛋白质氨基酸序列的信息以及编码RNA的信息。在这类信息中,DNA结构序列与蛋白质一级结构以及RNA序列结构之间存在着共线性关系。2.编码重要的调控蛋白以及决定基因表达的开启或关闭的序列元件,这部分DNA在细胞周期的不同周期和个体发育的不同阶段、不同器官、不同组织以及不同的外界环境条件下,能够使基因选择性表达。2、RNA的一级结构与功能RNA的一级结构也是无分支的线形多聚核糖核苷酸,主要由4种核糖核苷酸A、G、U、C以3’,5’磷酸二酯键连接而成。核心功能:由DNA到蛋白质的中间传递体,参与蛋白质的生物合成。其它功能①具有生物催化剂的功能,作用于RNA转录后的剪接加工;②与生物机体的生长发育密切相关,参与基因表达调控;③与生物进化有关。DNA的双螺旋结构模式要点:(1)在DNA分子中,两股DNA链围绕一假想的共同轴心形成一右手螺旋结构,双螺旋的螺距为3.4nm,直径为2.0nm。(2)链的骨架(backbone)由交替出现的、亲水的脱氧核糖基和磷酸基构成,位于双螺旋的外侧。(3)碱基位于双螺旋的内侧,两股链中的嘌呤和嘧啶碱基以其疏水的、近于平面的环形结构彼此密切相近,平面与双螺旋的长轴相垂直。一股链中的嘌呤碱基与另一股链中位于同一平面的嘧啶碱基之间以氢链相连,称为碱基互补配对或碱基配对(basepairing),碱基对层间的距离为0.34nm。碱基互补配对总是出现于腺嘌呤与胸腺嘧啶之间(A=T),形成两个氢键;或者出现于鸟嘌呤与胞嘧啶之间(G=C),形成三个氢键。(4)DNA双螺旋中的两股链走向是反平行的,一股链是5′→3′走向,另一股链是3′→5′走向。两股链之间在空间上形成一条大沟和一条小沟,这是蛋白质识别DNA的碱基序列,与其发生相互作用的基础。3.3.2DNA二级结构的其他形式B-DNA:Watson和Crick提出的DNA双螺旋结构属于B型双螺旋,它是以在生理盐溶液中抽出的DNA纤维在92%相对湿度下进行X-射线衍射图谱为依据进行推测的,这是DNA分子在水性环境和生理条件下最稳定的结构。生物体基因组内大多数DNA都以B-DNA双螺旋的形式存在。DNA分子还可以以多种双螺旋结构形式存在,包括天然的和人工合成的,这一现象称为DNA结构的多态性(polymorphism)。包括A、B、C、等右手螺旋和Z型左手螺旋。形成原因:1.核苷酸骨架中戊糖构象不同
2.核糖与碱基之间的C-N键自由旋转
3.单核苷酸之间磷酸二酯键的旋转不同右手双螺旋DNA的结构参数双螺旋碱基倾碱基夹碱基间距螺距每轮碱小沟宽/nm×大沟宽nm×
角/(°)角(°)
/nm/nm基数小沟宽nm大沟宽nmB-DNA
0
36.0
0.337
3.4
10
0.57×0.75
1.17×0.85C-DNA
6
38.0
0.331
3.1
9.3
0.48×0.79
1.05×0.75D-DNA
45.0
0.3030.13×0.670.89×0.58A-DNA
20
32.7
0.256
2.8
11
1.10×0.28
0.27×1.35总之,DNA的双螺旋结构永远处于动态平衡中,DNA分子构象的变化与糖基和碱基之间空间相对位置有关。Z-DNA结构:Rich研究人工合成的CGCGCG寡核酸时发现的。它是左手双螺旋,与右手螺旋的不同是螺距延长(4.5nm左右),直径变窄(1.8nm),每个螺旋含12个碱基对,分子长链中磷原子不是平滑延伸而是锯齿形排列,有如“之”字形一样,因此叫它Z构象,这一构象中的重复单位是二核苷酸而不是单核苷酸;而且Z-DNA只有一个螺旋沟,它相当于B构象中的小沟,它狭而深,大沟则不复存在。进一步的分析还证明,Z-DNA的形成是DNA单链上出现嘌呤与嘧啶交替排列所成的。比如CGCGCGCG或者CACACACA。Z-DNA中大沟消失,小沟狭而深,使调控蛋白识别方式也发生变化。这些都暗示Z-DNA的存在不仅仅是由于DNA中出现嘌呤-啶嘧交替排列之结果,是生物在漫漫的进化过程中对DNA序列与结构不断调整与筛选的结果,有其内在而深刻的含意,只是人们还未充分认识而已。Z-DNA的生物学意义:Z-DNA的形成通常在热力学上是不利的。因为Z-DNA中带负电荷的磷酸根距离很近,会产生静电排斥。但是,DNA链的局部不稳定区的存在就成为潜在的解链位点。DNA解螺旋是DNA复制和转录等过程中必要的环节,因此认为这一结构与基因调节有关。(4)反向重复序列有些病毒基因组由单链DNA或RNA组成。单链DNA可以由部分序列之间的碱基配对形成分子内或分子间双螺旋区域。DNA-DNA,RNA-RNA发夹定义:当同一个核苷酸分子中一段碱基序列附近紧接着一段它的互补序列时候,核苷酸自身回折配对产生反平行的双螺旋结构。由不配对的凸环区域和配对的茎区域组成定义:反向重复序列又称回文序列,指在双链DNA序列中按确定的方向阅读双链中每条链都是相同的DNA结构。
5’GGTACC3’3’CCATGG5’(5)三股螺旋的DNAHoogsteen于1963年提出了DNA的三螺旋结构理论。1)分子内DNA三螺旋结构:通常是在一条自身回折的寡嘧啶核苷酸与寡嘌呤核苷酸双螺旋的大沟内结合了第三股寡核苷酸链。
Pu-PuPy型:Py-PuPy型:2)分子间DNA三螺旋结构:在一定条件下,DNA一条单链能插入另一条DNA双螺旋结构大沟的待定区域,通过氢键形成局部分子间DNA三螺旋结构。3)平行DNA三螺旋结构:第三条链的序列与第一条链序列相同,方向也相同。这种结构与基因的重组有关,又称为R-DNA。
三螺旋DNA的生物学功能基因表达调控
通过三螺旋DNA(寡聚核苷酸形成三链)的形成,作用于增强子和启动子区,可以专一性地干扰DNA结合蛋白的结合,增强或抑制基因的转录,从而对基因表达造成影响,是在转录水平调节基因表达的有效手段。已有实验室采用这种手段来治疗癌症、艾滋病、病毒性感染等一些疑难病症。×(6)DNA的四链结构
染色体3’末端一般有5~8bp的短核苷酸串联重复序列,富含鸟嘌呤,可以形成鸟嘌呤四联体。近似正方形的片层结构,G-G氢键首尾相连(Hoogsteen配对)。人:AGGGTT四膜虫:GGGGTT
GGGGGGGGGGGG真核生物染色体端粒(3’端)在复制中的RNA引物在切除后空缺不易被修复,结果造成了子代DNA的5’端逐步缩短,当细胞进行了若干次分裂以后,端粒愈来愈短。四链结构可以起到保护作用。有稳定染色体和保持染色体在复制过程中的完整性的作用DNA四链结构的生物学意义如果将一条扁形虫一刀两断,带着头的那一部分会再长出一条尾巴来,而带着尾巴的那一部分会再长出一个头来。如果把它切成20段,就变出20条虫,而且每条都是第一条的完全复制。英国诺丁汉大学科学家研究扁形虫的这种能力,一共培育了2万多条虫,它们都来自第一条虫。它们的身体和器官没有出现衰老迹象。这些扁形动物获得永生的关键是端粒,这些微小的生物钟像帽子一样覆盖在染色体末端。通常情况下,随着时间推移,它们会越来越短,阻止细胞分裂、再生,致使身体衰老,但在这种扁形动物体内,端粒完好无损,从而使细胞数次分裂,阻止衰老。2.3.3DNA结构的动态性与精细结构(1)DNA结构的动态性天然DNA的分子构象以B-DNA为主,但同时在分子的某些区段还可能存在A型、B型、C型、Z型、三链和四链等多种构象形式,这些不同的结构处于动态变化之中,当存在的条件不同时,各不同的构象会发生相互转变,造成相应的功能发生变化,这种不同DNA结构形式相互转变的现象称为DNA结构的动态性。DNA分子构象变化可以通过圆二色谱(CD)测定。活细胞中,能使DNA双螺旋构象发生互变的因素1、环境水活度(脱水、加入乙醇或盐),可以使B-DNA转变为A-DNA,2-脱氧核糖构象变化,相邻磷酸基团间距缩短0.1nm,每股螺旋碱基对由10个变为11个。2、细胞在阳离子较多的环境,交替的GC区段一般处于B型,而在胞嘧啶被甲基化后就转向了Z型,每股螺旋碱基对由10个变为12个,甲基化导致B型亲水区变为Z型疏水区,更加稳定。(甲基化转录活性降低,去甲基化激活转录)3、Z型DNA结合蛋白能作为一种特异识别信号,使B-DNA转化为Z-DNA。总之,DNA在发挥生物功能的过程中,一般都会呈现与其生物功能相适应的各种特异性结构,但无论DNA结构形式如何多样,B-DNA仍然是DNA的最基本构象。(2)DNA分子的精细结构(了解)1)螺旋扭转角(双螺旋是平均值,不同缄基组成数值不同)2)碱基对之间的移动(不同序列造成碱基对之间转动、弯曲、扭曲滑动)3)连续A-T序列的构象(DNA分子与蛋白质因子的结合部位弯曲,一般至少由3个A连续序列产生,最大弯曲率为6个A连续排列)4)错配碱基对的B-DNA(存在于B-DNA中,为修复酶提供标志)5)DNA结合蛋白影响DNA局部构象(蛋白与
DNA相互作用,如限制酶切位点)2.3.4DNA的超螺旋结构与拓扑学性质(1)DNA的超螺旋结构
细菌、病毒、真核生物细胞线粒体、叶绿体中,DNA都呈现双链环状分子,是没有自由末端的闭合双链结构。
DNA超螺旋结构(2)DNA超螺旋结构的拓扑学性质DNA拓扑异构体定义:DNA不同的空间分子构象称为DNA拓扑异构体,其拓扑学特性可用连环数(L)、盘绕数(T)、超螺旋周数(W)描述。2.4真核生物的染色体及其组装2.4.1真核生物的染色体真核生物细胞内染色体在间期内以染色质形式存在。染色质定义:一类可被碱性染料着色的非定形物质,以DNA作为骨架,与组蛋白和非组蛋白及少量各种RNA等共同组成丝状结构复合物。共性:组成相同异性:空间构象不同真核生物的染色体在细胞生活周期的大部分时间里都是以染色质的形式存在的。常染色质染色质异染色质
功能和形态常染色质:细胞间期核内染色质折叠压缩程度较低,碱性染料着色浅而均匀的区域,是染色质的主体部分。DNA主要是单拷贝和中度重复序列,是基因活跃表达部分。异染色质:细胞间期核内染色质压缩程度较高,碱性染料着色较深的区域。着丝粒、端粒、等,主要由较短和高度重复的DNA序列组成,没有基因活性。组成型异染色质异染色质:(性质)兼性异染色质组成型异染色质:存在于各类细胞,位置大小固定、间期高度螺旋化、染色深。兼性异染色质(X性染色质):某些细胞类型、某些发育阶段,由原来的常染色质凝缩后复制较迟,并丧失了基因转录活性而成。XX
X
2.4.2染色体中的蛋白质
DNA是染色体的主要化学成分,也是遗传信息的载体,约占染色体全部成分的27%,另外组蛋白和非组蛋白占66%,RNA占6%。真核生物染色质通常含有5种组蛋白:H1、H2A、H2B、H3、H4组蛋白特性(了解)1)进化上极端保守2)有组织特异性3)肽链上的氨基酸分布不对称4)组蛋白有被修饰的现象5)富含Lys的组蛋白H5非组蛋白蛋白质总量60-70%包括酶类如RNA聚合酶,以及收缩蛋白,骨架蛋白,肌球蛋白等。
2.4.3核小体的形成定义:核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,由四种组蛋白H2A、H2B、H3、H4构成八聚体,作为核小体的核心颗粒,再由DNA缠绕在颗粒表面形成核小体。染色质是一种纤维状结构,它是由最基本的单位核小体成串排列而成的。使得染色质中DNA、RNA和蛋白质组织成为一种致密的结构形式。核小体由核心颗粒(coreparticle)和连接区DNA(linkerDNA)二部分组成,在电镜下可见其成捻珠状,前者包括组蛋白H2A,H2B,H3和H4各两分子构成的致密八聚体(又称核心组蛋白),以及缠绕其上一又四分之三圈长度为147bp的DNA链;后者包括两相邻核心颗粒间约60bp的连接DNA和位于连接区DNA上的组蛋白H1。核小体结构示意图2.4.4染色质的高级结构真核生物染色体在细胞周期的大部分时间都以染色质形式存在,染色质基本结构是核小体成串排列后又层层压缩折叠和缠绕,常染色质压缩1000-2000倍,异染色质压缩8000-10000倍,形成复杂的纤维状结构。2.5RNA的结构与功能RNA是细胞内的一类生物大因子,组成RNA的核苷酸以3’,5’-磷酸二酯键彼此连接形成无分支的多聚核糖核苷酸链。1)作为信息分子,遗传信息由DNA到蛋白质中间传递体的核心作用;2)作为功能分子RNA作为功能分子1)作为细胞内蛋白质合成中核蛋白复合物的结构组分,参与蛋白质生物合成。2)具有生物催化剂的功能,作用于初始转录产物RNA的剪接加工;3)参与基因表达调控,与生物机体的生长发育密切相关;4)与生物进化有关。RNA复合物功能核糖体信息体信号识别颗粒拼接体编辑体。。。2.5.1RNA结构特点及与DNA的区别相似:化学组成、分子结构、理化性质及生物学功能不同:1)碱基组成和含量不同2)RNA分子中核糖都是D-核糖,而DNA中的核糖则都是D-2-脱氧核糖3)RNA分子中碱基不严格遵守Chargaff规则4)大多数RNA分子是多聚核苷酸单链,细胞内几乎不存在互补链,可以存在局部双螺旋和发夹结构5)在碱性溶液中RNA分子较敏感,易被水解成2’,3‘-环状单核苷酸,进而水解为2’-核苷酸和3‘-核苷酸,DNA分子不能形成2’,3‘-环状单核苷酸磷酸酯,因此对碱性溶液稳定6)由于RNA分子只有内部双链,Tm值低于DNA,由此产生的增色效应不如DNA明显,加热易变性,且粘度和浮力密度小于DNA7)根据中心法则,RNA是遗传信息的传递者和表达者8)某些RNA病毒,以RNA为遗传信息载体,可以通过逆转录酶以RNA为模板合成DNA,使遗传信息由RNA传递给DNA9)某些RNA特殊的结构具有催化功能,能催化它自身或其他RNA分子进行多种类型的反应,这些RNA称为核酶2.5.2RNA在细胞内的分布成熟的RNA主要分布在细胞质中分类(真核和原核细胞质中)1)转运RNAtRNA2)信使RNAmRNA3)核蛋白体RNArRNA细胞核内的RNA统称nRNA。组成:1)核内mRNA、tRNA和rRNA初始转录混合物为mRNA、tRNA和rRNA前体,经过加工修饰后变为成熟的活性分子,迅速转移至细胞质,执行特定功能。2)核内小分子RNA(snRNA)独立的RNA小分子,一般70-300nt,主要参与hnRNA和rRNA前体的加工。2.5.3细胞中RNA分类概述1)mRNA结构存在于细胞之中,总量低于5%(总RNA),作为蛋白质合成的模板,决定着蛋白质的种类。真核生物细胞mRNA是单顺反子,每种RNA只编码一种蛋白,所以真核生物mRNA种类可以代替蛋白质种类。具有不同程度修饰现象,5’帽子和3‘poly(A)。原核生物细胞mRNA是多顺反子,一个RNA分子含有集中蛋白质信息,可以编码多种蛋白,因此原核细胞mRNA与它们编码的蛋白质种类数目关系不大。2)tRNA结构真核细胞总RNA的15%,一般线性序列长74-95个核苷酸,常见为76个核苷酸,以自由状态或与氨基酸结合成氨酰tRNA。种类很多,目前已知一级结构的tRNA有数百种。特点:1)含稀有碱基多,达总量的5-20%;2)3’端含有CCA序列,是所有tRNA与氨基酸结合部位3)所有tRNA都折叠成三叶草二级结构和L形立体结构,结构稳定,半衰期长,24h以上。功能:蛋白质生物合成中特异的运载氨基酸,氨酰-tRNA是氨基酸的活化形式,在20种天然氨基酸中,都有相应tRNA,有些氨基酸的同功tRNA多达5种.此外,tRNA在逆转录中还可以作为合成互补DNA链的引物,不同的逆转录病毒使用不同的tRNA作为引物。3)rRNA的结构真核细胞和原核细胞中,rRNA占总RNA的80%以上。rRNA与许多小分子蛋白结合成核糖体颗粒,在细胞蛋白质生物合成以及mRNA前体剪接中发挥作用。核糖体:由大小亚基组成,大小亚基分别由rRNA和蛋白质组成真核生物与原核生物核糖体的组成4)snRNA核内小RNA存在于细胞核、核质及核仁中大小:70-300nt,在细胞内拷贝多功能:基因转录初始产物加工特性:富含U,含量达35%,又称U族snRNA;不以游离状态存在,与蛋白质结合成核蛋白体复合物(snRNP)发挥作用;比较保守,同源性高5)snoRNA核仁小分子RNA核仁区大小:几十至几百个核苷酸功能:参与rRNA前体加工6)microRNA(miRNA)定义:又称微小RNA,是植物和动物细胞中自然产生的一类长度为18-25bp的小分子RNA。研究历程:1993年,Victor在秀丽隐杆线虫中发现lin-4miRNA,不编码蛋白。2001年,美德等国大规模克隆和研究功能,揭示了其调控作用,至此命名为microRNA。功能:与mRNA3‘-UTR碱基配对,阻止mRNA翻译使沉默基因不表达,或导致目标mRNA降解。检测:NorthernBlotting,Real-timePCR秀丽隐杆线虫(Caenorhabditiselegans,C.elegans)是一种可以独立生存的线虫,其个体小,成体仅1.5mm长,为雌雄同体,雄性个体仅占群体的0.2%,可自体受精或双性生殖;在20℃下平均生活史为3.5天,平均繁殖力为300-350个;若与雄虫交配,可产生多达1400个以上的后代。自1965年起,科学家SydneyBrenner利用线虫作为分子生物学和发育生物学研究领域的模式生物。遗传背景清楚、个体结构简单、生活史短、基因组测序完成等,在遗传与发育生物学、行为与神经生物学、衰老与寿命、人类遗传性疾病、病原体与生物机体的相互作用、药物筛选、动物的应急反应、环境生物学和信号传导等领域得到广泛应用。美国宇航局的“阿特兰蒂斯号”航天飞机于2009年11月17日凌晨顺利升空,任务是把零部件送入国际空间站和搭载百万秀丽隐杆线虫。7)非编码mRNA主要功能:作为细胞核与细胞质之间的信使,指导蛋白质的合成。参与了胚胎发育、肿瘤形成与抑制、细胞生长和分化、染色体失活等等。。。最近研究:一类非编码mRNA能够进行剪接和3’端加尾修饰,但是不具有开放阅读框(ORF)。由于其具有明显的生物功能,又称为调控RNA2.6核酸的变性、复性与分子杂交2.6.1核酸的变性凡是破坏双螺旋DNA两种作用力(氢键和碱基堆积力)的因素都可使DNA双螺旋解链,导致DNA变性,变性后原来隐藏在双螺旋内部的发色基团,成为单链而暴露出来,使DNA的物理和化学性质发生一系列的变化。引起DNA变性的主要因素有:①加热
Tm值:使DNA双螺旋结构解开一半链时的温度。DNA的Tm值一般在82℃~95℃之间。②pH值当pH约为12时,碱基上的酮基转变为烯醇基,影响氢键形成,从而改变Tm值,当pH=2~3时,碱基上的氨基发生质子化也影响氢键的形成。③有机溶剂当环境中存在甲酰胺或尿素时,它们可与DNA分子中的碱基形成氢键,从而使DNA分子保持单链状态。在DNA变性过程中,紫外吸收光谱的变化是检测变性最简单的定性和定量方法。核酸在260nm具有特征的吸收峰,表示为A260nm,吸收紫外光的量取决于核酸分子的结构。结构越有序,吸收的光越少。因此,可用紫外吸收值的大小来测定DNA的含量。游离核苷酸比单链RNA和DNA吸收更多的光。单链RNA或DNA的吸收又比双链DNA分子多。以50μg/mlDNA溶液在A260nm下测定,三者的A260nm数值为:双链DNAA260nm=
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