常用分子生物学数据库检索方法及数据格式_第1页
常用分子生物学数据库检索方法及数据格式_第2页
常用分子生物学数据库检索方法及数据格式_第3页
常用分子生物学数据库检索方法及数据格式_第4页
常用分子生物学数据库检索方法及数据格式_第5页
已阅读5页，还剩29页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

生物信息学实验课件邢晋祎生命科学学院Copyright实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式实验目的1.了解ncbi所提供的在线entrez检索方法。2.了解EBI所提供的SRS检索方法。3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库的查询。4.详细了解三大核酸序列数据库之一的GenBank数据库平面文件Flatfile。5.详细了解蛋白质结构数据库PDB数据库中的pdb文件。实验材料计算机，网络。实验过程1.Entrez检索方法NCBIAlldatabaseEntrezAlldatabase查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）依次点击各个数据库查看实验过程GenPept文件件下载载平面文文件获获得查询某某一条条核酸酸序列列获得平平面文文件保存或或者下下载用写字字板（（记事事本））打开开实验过过程2.SRS检检索方方法。。EBISRS@EBIchoicedatabase查询某某一关关键词词（eg.Helicase，，insulin，，topoisomerase，，gyrase，hemoglobin。。）实验过过程3.Swiss-prot查询询方法法。Swiss-protSRS@EBIchoicedatabase查询询某某一一关关键键词词（（eg.Helicase，，insulin，，topoisomerase，，gyrase，，hemoglobin。。））4.GenBankflatfile（（GBFF））内内容容。。是GenBank数数据据库库的的基基本本信信息息单单位位，，也也是是最最广广泛泛地地用用以以表表示示生生物物序序列列的的格格式式之之一一。。GenPept文文件件GBFF可可以以分分成成三三个个部部分分，，头头部部包包含含关关于于整整个个记记录录的的信信息息（（描描述述符符））。。第二二部部分分包包含含了了注注释释这这一一记记录录的的特特性性，，第三三部部分分是是核核苷苷酸酸序序列列自自身身。。所有有的的核核苷苷酸酸数数据据库库记记录录（（DDBJ/EMBL/GenBank））都都在在最最后后一一行行以以//结结尾尾。。实验验过过程程5.PDB文文件件的的获获得得进入入PDB数数据据库库查询询某某蛋蛋白白质质的的结结构构（（eg：：1d3y））下载结结构到到本地地电脑脑用写字字板（（记事事本））打开开源自自PDB结结构构记记录录的的内内容容PDB记记录录包包括括两两个个序序列列信信息息备备份份：：隐隐性性序序列列和和显显性性序序列列。。显性性序序列列在在PDB文文件件中中以以关关键键词词SEQRES打打头头逐逐行行存存储储。。隐性序列蕴蕴涵在由PDB文件件中的ATOM记录录及相应（（X，Y，，Z）位置置坐标构成成的化学立立体结构中中。实践中，许许多PDB文件浏览览器，如Rasmol，仅用用隐性序列列重构PDB记录蛋蛋白质的化化学图象，，而忽略由由SEQRES引导导的显性序序列信息。。文件头部显性

人人文库> 全部分类> 行业资料 > 商业贸易

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论