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文档简介
感受态细胞和质粒DNA的转化*感受态细胞和质粒DNA的转化*1导入大肠杆菌:
氯化钙转化法electroporation
电击法又叫电穿孔法体外包装感染法重组DNA导入哺乳动物细胞:DNA-磷酸钙共沉淀、DEAE-葡聚糖转染法脂质体介导法、原生质体融合法
酵母菌转化法:
完整细胞转化法原生质体转化法电击法
*导入大肠杆菌: *2大肠杆菌(Escherichiacoli)大肠杆菌(Escherichiacoli)大约含3000kb的环状染色体DNA的棒状细菌。革兰氏阴性、兼性厌氧。最适生长温度37℃,PH7.0~7.6(一般7.4),保存加甘油,培养皿密封。大肠杆菌的生长曲线可分为迟缓期(生长滞后期)、对数生长期(20~30min)、稳定期(饱和期),约1×109~2×108/mL和衰老期。*大肠杆菌(Escherichiacoli)大肠杆菌(Esc3**4
大肠杆菌的不同菌株的保存期差别较大。有些菌株在液体培养基中,4℃可保存几个月,而有些菌株在相同条件下只能保存几天。如在相同条件下,大肠杆菌K12株比大肠杆菌X1776株保存期长。所以菌株首先应划平板分离单个菌落,经扩增后再做抗药性等鉴定,然后应用或保存。保存一般用对数生长后期的细菌。根据不同需要做短期、中期或长期保存。2.菌株的保存*大肠杆菌的不同菌株的保存期差别较大。有些菌株5①LB琼脂平板划线,37℃,倒置平板培养(16-24hr),形成单一菌落后,用石腊纸(parafilm)将平皿四周封严(使平皿隔绝空气),倒置放入4℃或-20℃冰箱中,可保存数周。
E.coli菌株的生存期差别大:有些菌株在液体培养基中,4℃能存活几个月。有些菌株只能活几天。②穿刺琼脂(stabagar),室温,避光可保存数年。③冰冻:单一菌落,液体培养基中扩增后,稀释后倒入10-50%甘油培养基中,分装,置-20~
-70℃。可经过30次冻融,细菌仍然存活。菌LB中过液培养,加入等体积2×冰冻培养基。液氮速冻后置-70℃,可经15次冻融,保存5年以上。具体保存方法:*①LB琼脂平板划线,37℃,倒置平板培养(16-24hr6琼脂穿刺培养基2×冰冻培养基琼脂(Difco)6gK2HPO4
12.6g细菌胰蛋白胨(Difco)10gN++-柠檬酸0.19gNaCl8gMgSO4>H2O0.18gHCl20mg(NH4)2SO4
1.8gddH2O至1LKH2PO4
3.6g甘油88gdH2O至1L菌株保存液的配制*琼脂穿刺培养基2×冰冻培养基琼脂(Difco)6gK7高压灭菌 Phagemid -20℃ Enzyme -20℃ Buffers -20℃ Primer -4℃ Thiodeyivatives -20℃ Ribonucleotides -20℃ Helperphage -4℃ 置于—20℃或—80℃,并一个月检查一次 *高压灭菌 *8抗生素工作浓度松驰型质粒严紧型质粒
氨苄青霉素(Amp)50mg/mL(水)60ug/mL20ug/mL
氯霉素(Cm)34mg/mL(乙醇)170ug/mL25ug/mL
卡那霉素(Kan)50ug/mL(水)50ug/mL10ug/mL
链霉素(Sm)10mg/mL(水)50ug/mL10ug/mL
四环素(Tc)5mg/mL(乙醇)50ug/mL10ug/mL抗生素的配制*抗生素工作浓度松驰型质粒严紧型质粒氨苄青霉素(Am9大肠杆菌感受态细胞制备和贮存
在基因工程研究过程中,常常需要将外源DNA与载体DNA连接,重组后,导入大肠杆菌受体细胞中,进行DNA复制,扩增或表达,噬菌体单链或双链DNA导入大肠杆菌宿主菌中复制扩增。但很久以前人们就试图将DNA转化大肠杆菌但都没有成功。因此长期以来人们一直认为大肠杆菌缺乏天然的转化机理。1970年M.Mandela和A.Higa提出,在转化DNA之前,预先用氯化钙溶液处理大肠杆菌,能够人为地诱导这些大肠杆菌细胞呈现感受态,这种细胞称为感受态细胞。从而提高重组DNA转化入大肠杆菌的转化频率。目前对这种机制尚不清楚。*大肠杆菌感受态细胞制备和贮存在基因工程研究过10感受态细胞(Compenentcells):将质粒DNA或重组质粒DNA转化到宿主菌中之前,必须使细菌呈感受状,即有能力摄取DNA的状态。(主要介绍用氯化钙溶液处理大肠杆菌制备感受态细胞的方法)①取出大肠杆菌HB101菌种管划LB琼脂平板,-70℃保存,37℃过夜(一般16小时)。②取一个菌落接种于3~5mlLB培养管中,37℃振培养,过夜(8~16小时)。③取出1mL过液菌加入新鲜配制的LB培养液50mL中(2%接种量)。37℃振荡培养,2~4小时。测定光密度值(约5×107个细胞/mL),OD550达0.3~0.5。注意:不同的大肠杆菌菌株,每mL培养物中细菌存活数与光密度值间关系不同。
HB101,OD600=0.5(约×107个细胞/mL)
X1776,OD600=0.2(约×107个细胞/mL)*感受态细胞(Compenentcells):将质粒DN11④细菌培养管取出置水浴中,10~15分钟。⑤细菌移入预冷的离心管中,4℃4000GSA转头,转离心5分钟;弃上清,留沉淀置于冰浴中。⑥加0.1mol/LCaCl2(预冷)溶液25mL,将沉淀充分悬浮,置冰浴中20~30分钟。延长CaCl2处理时间,可增加感受态,所以也可在0℃过夜。⑦4℃,4000~2500rpm转离心5分钟,弃上清,留沉淀,置冰浴中。⑧用预冷的0.1mol/LCaCl2溶液2.5mL,小心轻轻悬浮沉淀,4℃过夜。可直接使用。⑨次日加20%(最终浓度)灭菌预冷甘油。⑩分装成每Eppendorf管200uL。
新鲜感受态细胞用于质粒DNA转化最好。但新鲜感受态细胞0℃~4℃贮存不超过3天。长期保存,必须将细胞在-70℃干冰或液氮气体部分速冻5分钟,再置于-80℃冰箱中保存,一般可保存1年。*④细菌培养管取出置水浴中,10~15分钟。新12①
CaCl2处理4℃,0.1M低渗CaCl2处理使细菌表面的细胞壁结构发生变化,即局部失去细胞壁或局部溶解细胞壁,俗称“打孔”,使DNA分子能够进入细胞内。②
CaCl2处理使感受态细胞的表面形成一种能接受DNA的酶位点,使DNA分子能进入细胞。在细菌中能发展为感受态细胞占极小数,只有感受态的细胞才能稳定的摄取外来DNA分子。保持感受态的时间约1~2天,一般出现在生长对数期的后期。两种假设:*①CaCl2处理4℃,0.1M低渗CaCl2处理使细菌135.DNA转化感受态细胞
抗生素
抽滤除菌并均置
-20℃保存。抗生素不耐热,在加入到琼脂板中时,应等琼脂冷至48~50℃时再加入抗生素
Mg++是四环素拮抗物,需加MgCl2时改加NaCl(6g/L)
四环素光敏感应避光保存(1)抗性琼脂板中抗生素的配制*5.DNA转化感受态细胞抗生素抽滤除菌并均置抗生14①感受态细胞新鲜配制的或从-80℃冻存取出后置于冰水中融化。②取出分装到Eppendorf管中,每管100~200uL。③加入需转化的DNA溶液25ul充分混匀(1~5ug/mLDNA)。④冰水中放置30分钟。⑤37℃或42℃水浴2分钟。(热休克)⑥冰浴2min。⑦每管再加入1mLLB培养基,37℃振荡培养1小时。⑧取出后稍加离心,去掉部分上清,留500uL或250mL
LB则全部铺板。(2)转化步骤*①感受态细胞新鲜配制的或从-80℃冻存取出后置于冰水中融15⑨取100~200uL,置于有选择性标记的琼脂培养皿上,用无菌玻璃棒涂匀;静置5~10分钟。⑩倒置37℃培养12~18小时(一般过夜);次日,挑选单菌落,扩增,提取DNA酶切,电泳检测,筛选重组子。
并设下列对照:A.不加需转化的DNA溶液(用蒸馏水或LB培养基代替)。B.用普通LB琼脂平板代替有选择性标记的琼脂平板。
DNA超螺旋转化最好
DNA环状次之
DNA线状有干扰作用
1ugpBR322DNA转化入HB101可得:5×106/2×107转化子。
DNA分子量小比分了量大的转化率高,一般不超过10kb,最高限为15kb。一般1ugDNA可得5×107~1×108个转化菌。*⑨取100~200uL,置于有选择性标记的琼脂培养皿上,16(3)注意事项①宿主菌取出时应注意菌株名及编号。②检查宿主菌,应无质粒污染,无抗菌素抗性。③整个操作过程应保持无菌状态。④LB培养液中不能有抗生素。⑤不同受体菌,培养要求不同。如K802株,OD550=0.5
最好,而X1776株,OD550=0.2~0.3最好。
质粒的DNA比较小,有助于其转于宿主细胞中的效率。转化效率与质粒大小成反比。而质粒大于15kb时,转化率成为限制因素。同时质粒大,复制的拷贝数低。*(3)注意事项①宿主菌取出时应注意菌株名及编号。*17(4)质粒的三种构型①超螺旋闭合环状DNA,cccDNA。②开环DNA,至少一股DNA上有缺口,一处或多处使DNA鲜旋。③线状DNA
琼脂糖(Agrose)电泳可将这三种构型的DNA分开,Agrose电泳中cccDNA位置最前。*(4)质粒的三种构型①超螺旋闭合环状DNA,cccDNA18二、阅读微生物的基因型符号
在描述一个微生物的品系时,最重要的事就是区分它的基因型和表现型。基因型说明它的遗传决定子,这是看不见的特性;而表现型反映的是可观察到的特性。
1.由于一个微生物的基因组中有成百个基因。因此,一般而言,在描述一个品系的基因型时只给出它与野生型有所不同的等位基因,而不必一一描述那些与野生型相同的基因。也就是说,在它们名称后面所给出的是这些品系的基因组中发生了突变的基因。如:某菌,trp、his和metA,是表示它的trp、his和metA基因座是突变了的,其他基因组仍然正常。在上下文贯通地具体描述微生物的某个基因(如trp)时,可以用trp+,或者只是简单地用“+”表示它的野生型品系,而不必在每次提到它时都写作trp+。有些突变型是缺失突变,就用△表示,如△lon表示lon基因的缺失突变。*二、阅读微生物的基因型符号在描述一个微生物的192.有些细菌中有附加体或者其他特殊的传导噬菌体。最常见的是性因子F。细菌中有F因子的描述为F+;没有的为F-。有些F因子上面带有细菌的某些基因,这样的F因子写作Fˊ,它所带基因的描述方法同上。例如Flac+,proA+,B+表示F因子上面带有细菌的lac和proA,B基因。又如,FlacZ,proA+,B+表示F因子上面带有lac和proA,B基因,但是,其中的Z基因是突变的基因。
3.校正基因(sup)座位的描述常常令人眼花缭乱。因为野生型品系虽然不带有校正基因,它的基因型却理所当然地应当写作sup+,表现型则应该写为Sup-。可是,带有sup基因的突变型品系的基因型必需写为sup-或者sup,它的表现型是Sup+。也就是说,字面上的概念与实际上的情况正好倒了一个个儿。因此,在阅读它时要特别小心,以免搞错。此外,在谈到特殊的校正基因时,它的表现型常用数字来表示,如Sul;但是,它的基因型却用字母来表示supD。鉴于这种情况,有人建议对校正基因野生型(Su-)的品系干脆不用任何符号,只标出突变型品系(Su+)的特殊基因座位符号,如supD和supE等。*2.有些细菌中有附加体或者其他特殊的传导噬菌体。20JM83,F-,ara,△(lac-proAB),rpsL,Ф80d,lacZ△M15是这样一个品系:不带F因子,ara基因座突变(因此不能代谢阿拉伯糖),lac操纵子缺失(因此不能利用乳糖),30S核糖体的S12亚基突变(因此有链霉素抗生),β-D-半乳糖苷酶基因部分缺失(因此在含X-gal的平板中有α-互补作用。如果将克隆的pUC质粒的重组DNA转化入这个细菌,就可以通过蓝/白菌斑来筛选出转化子)。野生的大肠杆菌具有大约4700kbp的DNA分子,上面有约2800个基因。当这些基因中有突然变异发生时,基因产物随之变化,并且有可能给大肠杆菌带来可以观察到的变化。这种能够观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype),而把基因的构成叫做大肠杆菌的基因型(Genotype)。试举一例来说明上述概念:*JM83,F-,ara,△(lac-proAB21
通常情况下,基因工程中使用的大肠杆菌的基因型只有在基因发生变异,表现型发生变化时才被表示。但是需要特别的表示时,则在野生的基因型上加“+”,在变异的基因型上加“-”以示区别。表示方法是用基因产物或其作用的名称的三个斜体字素表示(如DNAAedninemethylase-dam)。如果不同的基因变导致相同的作用结果,则加上一个大写字母(如Recombination-recA、recB、recC)。某个基因或者是某领域缺失时,在基因型前向加上“△”表示,如“从lac到proAB基因缺失时表示为△(lac-proAB)。野生的大肠杆菌本来还有具有F因子等的质粒DNA,并且感染噬菌体。把被野生的大肠杆菌感染的噬菌体特称为原噬菌体(Prophage),例如e14。一般当这些质粒或原噬菌体缺失或变异时也用“()”或“/”等加以区别表示。*通常情况下,基因工程中使用的大肠杆菌的基因型22表现型是用罗马字母体表示(第一个字母大写)。一般通过变异而获得了能够观察到的抗药性或者活性表达等特征时,用“+”表示(Steptomycin抗性:Str+);相反地当成为药物敏感性或者活性丧失时,用“-”表示(Ampicillin敏感性:Amp-)。基因型表现容易混淆,使用时注意。*基因工程中经常使用的大肠杆菌几乎都来自于K-12菌株,最近也常使用由B株及C株来源的大肠杆菌。*大肠杆菌B株原来就为lon-,另外MV1184株不具有琥柏抑制基因(Ambersuppressorfree),由于这些都是原始菌株所不具备的基因,因此不在基因型中加以表示,要注意。*表现型是用罗马字母体表示(第一个字母大写)。一般通过变异23supE(suppressor)抑制基因
supE变异时,即使存在终止密码UAG,此处也会插入谷氨酰胺(Glutamine),从而可使蛋白质继续合成。
supF(suppressor)抑制基因
supF变异时,即使存在终止密码子UAG,此处也会插入酪氨酸(Tyrosine),从而可使蛋白质继续合成。停止密码回复*supE(suppressor)抑制基因停止密码回复24recA(recombination)重组相同的DNA重组活性缺失由于导入DNA与宿主DNA的重组受到阻害,可以保持插入DNA的稳定性。与recA13宿主菌相比,recA1宿主菌能够使插入DNA稳定存在。
recB,C(recombination)重组内切核酸酶V变异。抑制重组并能影响放射线损伤的修复。
traD(transmissibility)遗传稳定性在质粒F因子内部,与大肠杆菌的结合有关。
TraD变异后,F因子自身的传递能力显著下降。重组机能缺失*recA(recombination)重组重组机能缺25dam(DNAadeninemethylase)DNA腺嘌呤甲基化酶宿主菌来源的腺嘌呤甲化酶(GmATC)缺失
dcm(DNAcytsinemethylase)DNA胞嘧啶甲基化酶宿主菌来源的胞嘧啶甲基化酶(CmCWGG)缺失
hsdR(hostspecificitydefective)宿主特异性缺陷宿主菌来源的I型限制酶Ecok(或EcoB)的切断部位蛋白变异转化的外源DNA不被限制酶EcoK切断,可以进行克隆
hsdM(hostspecificitydefective)
宿主菌来源的I型限制酶EcoK(或EcoB)的甲基化酶部位蛋白变异
hsdS(hostspecificitydefective)宿主菌来源的I型限制酶EcoK(或EcoB)的识别部位蛋白变变异转化的外源DNA不被限制酶EocK切断,可以进行克隆对插入DNA具有直接作用因子的缺失*dam(DNAadeninemethylase)26
endA(endonuclease)内切核酸酶宿主菌来源的非特异性内切核酸酶I活性缺失,可以提高纯化的质粒DNA的质量。
NcrA(methylcytsinerestriction)mCG序列的甲基化活性缺失。
mcrB,C(methylcytsinerestriction)GmC序列的甲基化活性缺失。
mrr(methylationrequiringrestricion)mA以及mC序列的甲基化活性缺失。*endA(endonuclease)内切核酸酶*27
rpsL(ribosomalproteinsmallsubunit)
由30S核糖体蛋白变异而获得链霉素(Steptomycine)抗性(Strr)。
gyrA(gyrase)
由DNA回旋酶亚基A的变异而获得的萘啶酮酸(Nalidxicacid)抗性(Nalr)。
Tn5(transposon)
转座子变异,获得卡那霉素(Kanamycine)抗性(Kmr)。
Tn10(transposon)
转座子变异,获得四环素(Tetracycline)抗性(Tetr)。抗药性的变异*rpsL(ribosomalproteinsmal28lon(longform)
分解异型蛋白质的ATP依赖型蛋白分解酶活性缺失。大肠杆菌B株原来就为lon-。可抑制其表达的融合蛋白质的分解。
omp(outermembraneprotein)外膜蛋白膜结合性蛋白分解酶活性缺失。抑制表达的融合蛋白质的分解。宿主蛋白酶缺失*lon(longform)宿主蛋白酶缺失*29lacIq(lactose)
乳糖操纵子中控制β-半乳糖苷酶表达的调节蛋白基因。由于lacIq变异,表达调节蛋白过量形成,因此从乳糖启动子开始的转录过程完全受到抑制。
lacZ(lactose)β-半乳糖苷酶活性缺失
lacZ△M15β-半乳糖苷酶蛋白的w-fragment得到表达。当与多数载体质粒中所具有的α-fragment共同存在时,可使β-半乳糖苷酶的活性回复(α-互补性)。在含有X-gal的平板培养基上,可以通过蓝白菌的差别选择重组体。
deoRdeoR变异,可以选择性地改善大分子DNA的转化。有利于选择转化体的基因*lacIq(lactose)有利于选择转化体的基因*30
dut(dUTPase)dUTP酶
dUTP分解酶活性缺失,当dUTP分解酶存在时,dUTP不能掺入到DNA链中。
ung(Urasil-N-glycosylase)尿嘧淀-N-糖苷酶尿嘧啶-N-糖苷酶活性缺失。当具有这种基因时,可以特异性地分解DNA含U的那条链。
mutS(mutator)突变子未被甲基化的新合成DNA链的错配序列修复受到阻碍。有利于点突变的基因*dut(dUTPase)dUTP酶有利于点突变的基因31
leuB(leucine)亮氨酸在最小培养基中必须添加亮氨酸(Leu)proAB(proline)脯氨酸脯氨酸代谢基因变异。在最小培养基中只有添加脯氨酸才能生长。用于确认JM109等大肠杆菌菌株的F因子是否脱落。
Thi-1(thiamine)硫胺素
硫胺素代谢基因变异,在最小培养基中必须添加硫胺素。菌株筛选用基因*leuB(leucine)亮氨酸菌株筛选用基因*32
LacZ、lac5、
trpE、bio、bio256从大肠杆菌lac、trp和bio区置换而来
imm80、QSR80从φ80噬体置换而来
imm434从φ434噬菌体置换而来
imm21从φ21噬菌体置而来
int29从φ29噬菌体置换而来
b2、b1007、b527、b189B域的缺失突变,使att位点受破坏并因而阻止溶源化
KH52φ80噬菌体DNA的缺失突变
KH53类似于λ噬菌体cI区域的φ80噬菌体区域的缺失突变,可有效地防止溶源化
KH54Rex-cI区域的缺失突变,可有效地防止溶源化
nin5转录终止位点tR2的缺失突变,可使延迟早期转录不依赖于N基因产物,并且也删除了ral基因附近的BamHI位点
ninL44转录终止位点tR2的缺失突变,可使延迟早期转录不依赖于N基因产物,并且也删除了ral基因附近的BamHI位点。
WL113从33240位的SalI到34500位的BamHI之间的1,3kb缺失突变,不损伤gam基因,但kil,cⅢ、ssb和ral基因被删除。
sslIλ1-2从第一到第二个SalI之间的0.5kb缺失突变,gam基因和部分bet基因被删除。*LacZ、lac5、从大肠杆菌lac、trp和bio区置换33续上表shndⅢλ2-3λ噬菌体第二与第三个HindⅢ之间的2.3kb缺失突变,部分b区被删除sxIλ1oXbaI酶切后经外切核酸酶消化而造成的0.5kb缺失突变
鼠填充片段大肠杆菌填充片段
lac操纵基因+
腺病毒DNA在重组体中将被置换的载体DNA片段BluescriptM13-重组入λZAP载体的噬菌粒,当用M13辅助噬菌体感染后,噬菌粒部分可在体内被切下。lacY、lacZ、lacPO
、lacIq、ampr插入ΛOPF8的lac和氨苄青霉素抗生基因Aam、Bam、Eam、
Wam、gamam可被supE和(或)supF抑制的琥珀突变。intamInt基因内的BamHI位点被消除后形成的琥珀突变。Sam7、Sam100参与溶解细菌细胞膜的一个基因内的琥珀突变。该突变可被supF抑制,但不被supE抑制,失却野生型S基因产物后,引起感染性噬菌体颗粒在细胞内发生积累。cIts857使cI基因产物对热不稳定的温度敏感突变chi促进λ噬菌体定向重组的特定八核苷酸序列gamGam基因编码大肠杆菌recBC外切核酸酶的抑制物,因此可使Q型DNA复制有效地转向滚环复制。Gam基因产物对于λ噬菌体有recA-菌株(Fec表型)和P2噬菌体溶源的recA+菌株(Spi表型)内的生长非常重要。exobet(red)Exo和bet是位于λ噬菌体red区域的两个基因(red表示两个基因或任一个基因)。这两处基因产物参与当从Q型DNA复制向滚环复制转变时的重组过程。这两个基因产物对于λ噬菌体在recA-菌株(Fec表型)和P2噬菌体溶源的recA+菌株(Spi表型)内的生长非常重要。*续上表shndⅢλ2-3λ噬菌体34常用细菌菌株C600F-thi-1thrleuB6lacY1ton21supE44λ-常用于制备裂解物及增殖λgt10的抑制型菌株
该菌株也叫CR34C600:HflA150(Y1073)F-thi-1thrleuB6lacY1tonA21supE44λ-hflA150(chr:Tn10)·hostforrepressingbackgroundplaquesofλgt10whenestablishingcDNAlibrariesDH5F-endA1recA1hsdR17(rk-mk+)λdeoRthi-1supE44λ-gyrA96relA1·hostforpBR322orothernon-Pucvectors·usefulforcDNAcloningDH5αF-φ80dlacZ△M15(lacZYA-argF)U169endA1recA1hsdR17(rk-mk+)deoRthi-1supE44λ-gyrA96relA1·hostforpUCandotherα-complementationvectors;pBR322·usefulforcDNAcloningDH5αFˊFˊ-φ80dlacZ△(lacZYA-argF)U169endA1hsdR17(rk-mk+)deoRthi-1supE44λ-gryA96relA1·HostforgrowthofM13,phagemids,orothermale-specificbacteriophage·providesα-complementationforM13mpvectors*常用细菌菌株F-thi-1thrleuB6lacY135续上表DH5αFˊIQFˊproAB+lacIqZ△M15zzf::Tn5[Kmr]/φ80dlacZ△M15△(lacZYA-ARGf)U169andA1recA1hsdR17(rk-mk+)deoRthi-1supE44λ-gyrA96relA1·hostofrexpressionfromthelacpromother·hostforgrowthofM13,phagemids,orothermale-specificbacteriophage·providesα-complementationforM13mpvectorsDH5α-MCRF-mcrA△(mrr-hsdRMS-mcrBC)φ80dlacZ△M15△(lacZYA-argF)U169endA1recA1deoRthi-1supE44λ-gyrA96relA1·hostforpUCandotherα-complementationvectors;pBR322·usefulforgeneratinggenomiclibrariescontainingmethylatedcytosineoradenineresiduesDH10BF-mcrA△(mrr-hsdRMS-mcrBC)φ80dlacZ△M15△lacX74endA1recA1deoR△(ara,leu)7697araD139galUgalKnupGrpsLλ-·hostforpUCandotherα-complementationvectors;pBR322·usefulforgeneratinggenomiclibrariescontainingmethylatedcytosineoradenineresidues·usfulforplasmidrescueproceduresDH10BACF-mcrA△(mrr-hsdRMS-mcrBC)φ80dlacZ△M15△lacX74endA1recA1deoR△(ara,leu)7697araD139galUgalKnupGrpsLλ-/bmon14272/Pmon7124·hostforpEASTtBACvectors·usefulforgeneratingrecombinantbacmidDNAforuseinBEVStechnology*续上表DH5αFˊFˊproAB+l36续上表DH10B(ZIP)F-mcrA△(mrr-hsdRMS-mcrBC)φ80dlacZ△M15△lacX74endA1recA1deoR△(ara,leu)7697araD139galUgalKnupGrpsLλxisbind-pZIP1(P1ori-kanr-cre)·hostforλZIPLoxvectorstorecoverrecombinantdoble-standedphagemidHP101F-mcrBmrrhsdS20(rB-mB-)recA13LeuB6ara-14proA2lacY1galK2Xyl-5mtl-1rpsL20(Smr)supE44λ-·抗菌株是E.colK-12xE.coliB的杂交菌,通常用作转化的受体菌。它是大规模培养和纯化质粒的理想宿主。RR1F-mcrBmrrhsdS20(rB-mB-)leuB6ara-14proA2lacY1galK2xyl-5mtl-1rpsL20(Smr)supE44λ-·由E.Rodriguez构建的HB101的
recA+衍生菌株。CDNA经同聚接尾与载体构成的重组质粒,可以高频率转化该菌。JM83F-φ80dlacZ△M15△(lac-proAB)ararpsL·PUC质粒和PBR322宿主菌JM101△(lac-proAB)supEthi/FˊlacIqZ△M15traD36proAB+·M13mp载体宿主菌
JM107(lac-proAB)thigyrA96endA1hsdR17(rK-mK+)relA1supE44λ-/FˊtraD36proAB+lacIqZ△M15·M13mp载体宿主菌
TB1F-ara△(lac-proAB)rpsLφ80dlacZ△M15hsdR17(rK-mK+)·PUC质粒的宿主菌*续上表DH10BF-mcrA△(mr37续上表JM103△(lacpro)thistrAsupEendAsbcBhsdR-FˊtraD36proABlacIqz△M15一种常用于M13系列噬菌体的增殖与转染,并支持带有琥珀突变的载体生长的宿主菌株。JM109rk-Rec-supE△(lac-proAB)hsdR17recA1Fˊ[traD36proAB+lacIqlacZ△M15对转染的DNA有修饰作用而无限制作用,它支持带有琥珀突变的载体生长的重组缺陷的抑制型菌株。K802hsdR+hsdM+gal-met-supE常用于增殖λ噬菌体及其重组体的抑制型菌株TGIrk-rm-supE△(lac-proAB)hsd△5Fˊ[trdD36proAB+lacIqlacZ△M15]是JM101的EcoK-衍生株,对转染的DNA既无修饰作用,也无限制作用,它能支持带琥珀突变的载体的生长。Y1090hsdR表型rk-Lac-Lon-相关基因型hsdRSupE△Lac△Lonpmc9用于增殖λgtll和λgt18—23,含高水平的Lac阻抑物,Lon蛋白酶缺陷,可甲基化修饰DNA,但不限制外源DNA,带有琥珀突变抑制基因。*续上表JM103△(lacpro)thistrAs38**39**40感受态细胞和质粒DNA的转化*感受态细胞和质粒DNA的转化*41导入大肠杆菌:
氯化钙转化法electroporation
电击法又叫电穿孔法体外包装感染法重组DNA导入哺乳动物细胞:DNA-磷酸钙共沉淀、DEAE-葡聚糖转染法脂质体介导法、原生质体融合法
酵母菌转化法:
完整细胞转化法原生质体转化法电击法
*导入大肠杆菌: *42大肠杆菌(Escherichiacoli)大肠杆菌(Escherichiacoli)大约含3000kb的环状染色体DNA的棒状细菌。革兰氏阴性、兼性厌氧。最适生长温度37℃,PH7.0~7.6(一般7.4),保存加甘油,培养皿密封。大肠杆菌的生长曲线可分为迟缓期(生长滞后期)、对数生长期(20~30min)、稳定期(饱和期),约1×109~2×108/mL和衰老期。*大肠杆菌(Escherichiacoli)大肠杆菌(Esc43**44
大肠杆菌的不同菌株的保存期差别较大。有些菌株在液体培养基中,4℃可保存几个月,而有些菌株在相同条件下只能保存几天。如在相同条件下,大肠杆菌K12株比大肠杆菌X1776株保存期长。所以菌株首先应划平板分离单个菌落,经扩增后再做抗药性等鉴定,然后应用或保存。保存一般用对数生长后期的细菌。根据不同需要做短期、中期或长期保存。2.菌株的保存*大肠杆菌的不同菌株的保存期差别较大。有些菌株45①LB琼脂平板划线,37℃,倒置平板培养(16-24hr),形成单一菌落后,用石腊纸(parafilm)将平皿四周封严(使平皿隔绝空气),倒置放入4℃或-20℃冰箱中,可保存数周。
E.coli菌株的生存期差别大:有些菌株在液体培养基中,4℃能存活几个月。有些菌株只能活几天。②穿刺琼脂(stabagar),室温,避光可保存数年。③冰冻:单一菌落,液体培养基中扩增后,稀释后倒入10-50%甘油培养基中,分装,置-20~
-70℃。可经过30次冻融,细菌仍然存活。菌LB中过液培养,加入等体积2×冰冻培养基。液氮速冻后置-70℃,可经15次冻融,保存5年以上。具体保存方法:*①LB琼脂平板划线,37℃,倒置平板培养(16-24hr46琼脂穿刺培养基2×冰冻培养基琼脂(Difco)6gK2HPO4
12.6g细菌胰蛋白胨(Difco)10gN++-柠檬酸0.19gNaCl8gMgSO4>H2O0.18gHCl20mg(NH4)2SO4
1.8gddH2O至1LKH2PO4
3.6g甘油88gdH2O至1L菌株保存液的配制*琼脂穿刺培养基2×冰冻培养基琼脂(Difco)6gK47高压灭菌 Phagemid -20℃ Enzyme -20℃ Buffers -20℃ Primer -4℃ Thiodeyivatives -20℃ Ribonucleotides -20℃ Helperphage -4℃ 置于—20℃或—80℃,并一个月检查一次 *高压灭菌 *48抗生素工作浓度松驰型质粒严紧型质粒
氨苄青霉素(Amp)50mg/mL(水)60ug/mL20ug/mL
氯霉素(Cm)34mg/mL(乙醇)170ug/mL25ug/mL
卡那霉素(Kan)50ug/mL(水)50ug/mL10ug/mL
链霉素(Sm)10mg/mL(水)50ug/mL10ug/mL
四环素(Tc)5mg/mL(乙醇)50ug/mL10ug/mL抗生素的配制*抗生素工作浓度松驰型质粒严紧型质粒氨苄青霉素(Am49大肠杆菌感受态细胞制备和贮存
在基因工程研究过程中,常常需要将外源DNA与载体DNA连接,重组后,导入大肠杆菌受体细胞中,进行DNA复制,扩增或表达,噬菌体单链或双链DNA导入大肠杆菌宿主菌中复制扩增。但很久以前人们就试图将DNA转化大肠杆菌但都没有成功。因此长期以来人们一直认为大肠杆菌缺乏天然的转化机理。1970年M.Mandela和A.Higa提出,在转化DNA之前,预先用氯化钙溶液处理大肠杆菌,能够人为地诱导这些大肠杆菌细胞呈现感受态,这种细胞称为感受态细胞。从而提高重组DNA转化入大肠杆菌的转化频率。目前对这种机制尚不清楚。*大肠杆菌感受态细胞制备和贮存在基因工程研究过50感受态细胞(Compenentcells):将质粒DNA或重组质粒DNA转化到宿主菌中之前,必须使细菌呈感受状,即有能力摄取DNA的状态。(主要介绍用氯化钙溶液处理大肠杆菌制备感受态细胞的方法)①取出大肠杆菌HB101菌种管划LB琼脂平板,-70℃保存,37℃过夜(一般16小时)。②取一个菌落接种于3~5mlLB培养管中,37℃振培养,过夜(8~16小时)。③取出1mL过液菌加入新鲜配制的LB培养液50mL中(2%接种量)。37℃振荡培养,2~4小时。测定光密度值(约5×107个细胞/mL),OD550达0.3~0.5。注意:不同的大肠杆菌菌株,每mL培养物中细菌存活数与光密度值间关系不同。
HB101,OD600=0.5(约×107个细胞/mL)
X1776,OD600=0.2(约×107个细胞/mL)*感受态细胞(Compenentcells):将质粒DN51④细菌培养管取出置水浴中,10~15分钟。⑤细菌移入预冷的离心管中,4℃4000GSA转头,转离心5分钟;弃上清,留沉淀置于冰浴中。⑥加0.1mol/LCaCl2(预冷)溶液25mL,将沉淀充分悬浮,置冰浴中20~30分钟。延长CaCl2处理时间,可增加感受态,所以也可在0℃过夜。⑦4℃,4000~2500rpm转离心5分钟,弃上清,留沉淀,置冰浴中。⑧用预冷的0.1mol/LCaCl2溶液2.5mL,小心轻轻悬浮沉淀,4℃过夜。可直接使用。⑨次日加20%(最终浓度)灭菌预冷甘油。⑩分装成每Eppendorf管200uL。
新鲜感受态细胞用于质粒DNA转化最好。但新鲜感受态细胞0℃~4℃贮存不超过3天。长期保存,必须将细胞在-70℃干冰或液氮气体部分速冻5分钟,再置于-80℃冰箱中保存,一般可保存1年。*④细菌培养管取出置水浴中,10~15分钟。新52①
CaCl2处理4℃,0.1M低渗CaCl2处理使细菌表面的细胞壁结构发生变化,即局部失去细胞壁或局部溶解细胞壁,俗称“打孔”,使DNA分子能够进入细胞内。②
CaCl2处理使感受态细胞的表面形成一种能接受DNA的酶位点,使DNA分子能进入细胞。在细菌中能发展为感受态细胞占极小数,只有感受态的细胞才能稳定的摄取外来DNA分子。保持感受态的时间约1~2天,一般出现在生长对数期的后期。两种假设:*①CaCl2处理4℃,0.1M低渗CaCl2处理使细菌535.DNA转化感受态细胞
抗生素
抽滤除菌并均置
-20℃保存。抗生素不耐热,在加入到琼脂板中时,应等琼脂冷至48~50℃时再加入抗生素
Mg++是四环素拮抗物,需加MgCl2时改加NaCl(6g/L)
四环素光敏感应避光保存(1)抗性琼脂板中抗生素的配制*5.DNA转化感受态细胞抗生素抽滤除菌并均置抗生54①感受态细胞新鲜配制的或从-80℃冻存取出后置于冰水中融化。②取出分装到Eppendorf管中,每管100~200uL。③加入需转化的DNA溶液25ul充分混匀(1~5ug/mLDNA)。④冰水中放置30分钟。⑤37℃或42℃水浴2分钟。(热休克)⑥冰浴2min。⑦每管再加入1mLLB培养基,37℃振荡培养1小时。⑧取出后稍加离心,去掉部分上清,留500uL或250mL
LB则全部铺板。(2)转化步骤*①感受态细胞新鲜配制的或从-80℃冻存取出后置于冰水中融55⑨取100~200uL,置于有选择性标记的琼脂培养皿上,用无菌玻璃棒涂匀;静置5~10分钟。⑩倒置37℃培养12~18小时(一般过夜);次日,挑选单菌落,扩增,提取DNA酶切,电泳检测,筛选重组子。
并设下列对照:A.不加需转化的DNA溶液(用蒸馏水或LB培养基代替)。B.用普通LB琼脂平板代替有选择性标记的琼脂平板。
DNA超螺旋转化最好
DNA环状次之
DNA线状有干扰作用
1ugpBR322DNA转化入HB101可得:5×106/2×107转化子。
DNA分子量小比分了量大的转化率高,一般不超过10kb,最高限为15kb。一般1ugDNA可得5×107~1×108个转化菌。*⑨取100~200uL,置于有选择性标记的琼脂培养皿上,56(3)注意事项①宿主菌取出时应注意菌株名及编号。②检查宿主菌,应无质粒污染,无抗菌素抗性。③整个操作过程应保持无菌状态。④LB培养液中不能有抗生素。⑤不同受体菌,培养要求不同。如K802株,OD550=0.5
最好,而X1776株,OD550=0.2~0.3最好。
质粒的DNA比较小,有助于其转于宿主细胞中的效率。转化效率与质粒大小成反比。而质粒大于15kb时,转化率成为限制因素。同时质粒大,复制的拷贝数低。*(3)注意事项①宿主菌取出时应注意菌株名及编号。*57(4)质粒的三种构型①超螺旋闭合环状DNA,cccDNA。②开环DNA,至少一股DNA上有缺口,一处或多处使DNA鲜旋。③线状DNA
琼脂糖(Agrose)电泳可将这三种构型的DNA分开,Agrose电泳中cccDNA位置最前。*(4)质粒的三种构型①超螺旋闭合环状DNA,cccDNA58二、阅读微生物的基因型符号
在描述一个微生物的品系时,最重要的事就是区分它的基因型和表现型。基因型说明它的遗传决定子,这是看不见的特性;而表现型反映的是可观察到的特性。
1.由于一个微生物的基因组中有成百个基因。因此,一般而言,在描述一个品系的基因型时只给出它与野生型有所不同的等位基因,而不必一一描述那些与野生型相同的基因。也就是说,在它们名称后面所给出的是这些品系的基因组中发生了突变的基因。如:某菌,trp、his和metA,是表示它的trp、his和metA基因座是突变了的,其他基因组仍然正常。在上下文贯通地具体描述微生物的某个基因(如trp)时,可以用trp+,或者只是简单地用“+”表示它的野生型品系,而不必在每次提到它时都写作trp+。有些突变型是缺失突变,就用△表示,如△lon表示lon基因的缺失突变。*二、阅读微生物的基因型符号在描述一个微生物的592.有些细菌中有附加体或者其他特殊的传导噬菌体。最常见的是性因子F。细菌中有F因子的描述为F+;没有的为F-。有些F因子上面带有细菌的某些基因,这样的F因子写作Fˊ,它所带基因的描述方法同上。例如Flac+,proA+,B+表示F因子上面带有细菌的lac和proA,B基因。又如,FlacZ,proA+,B+表示F因子上面带有lac和proA,B基因,但是,其中的Z基因是突变的基因。
3.校正基因(sup)座位的描述常常令人眼花缭乱。因为野生型品系虽然不带有校正基因,它的基因型却理所当然地应当写作sup+,表现型则应该写为Sup-。可是,带有sup基因的突变型品系的基因型必需写为sup-或者sup,它的表现型是Sup+。也就是说,字面上的概念与实际上的情况正好倒了一个个儿。因此,在阅读它时要特别小心,以免搞错。此外,在谈到特殊的校正基因时,它的表现型常用数字来表示,如Sul;但是,它的基因型却用字母来表示supD。鉴于这种情况,有人建议对校正基因野生型(Su-)的品系干脆不用任何符号,只标出突变型品系(Su+)的特殊基因座位符号,如supD和supE等。*2.有些细菌中有附加体或者其他特殊的传导噬菌体。60JM83,F-,ara,△(lac-proAB),rpsL,Ф80d,lacZ△M15是这样一个品系:不带F因子,ara基因座突变(因此不能代谢阿拉伯糖),lac操纵子缺失(因此不能利用乳糖),30S核糖体的S12亚基突变(因此有链霉素抗生),β-D-半乳糖苷酶基因部分缺失(因此在含X-gal的平板中有α-互补作用。如果将克隆的pUC质粒的重组DNA转化入这个细菌,就可以通过蓝/白菌斑来筛选出转化子)。野生的大肠杆菌具有大约4700kbp的DNA分子,上面有约2800个基因。当这些基因中有突然变异发生时,基因产物随之变化,并且有可能给大肠杆菌带来可以观察到的变化。这种能够观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype),而把基因的构成叫做大肠杆菌的基因型(Genotype)。试举一例来说明上述概念:*JM83,F-,ara,△(lac-proAB61
通常情况下,基因工程中使用的大肠杆菌的基因型只有在基因发生变异,表现型发生变化时才被表示。但是需要特别的表示时,则在野生的基因型上加“+”,在变异的基因型上加“-”以示区别。表示方法是用基因产物或其作用的名称的三个斜体字素表示(如DNAAedninemethylase-dam)。如果不同的基因变导致相同的作用结果,则加上一个大写字母(如Recombination-recA、recB、recC)。某个基因或者是某领域缺失时,在基因型前向加上“△”表示,如“从lac到proAB基因缺失时表示为△(lac-proAB)。野生的大肠杆菌本来还有具有F因子等的质粒DNA,并且感染噬菌体。把被野生的大肠杆菌感染的噬菌体特称为原噬菌体(Prophage),例如e14。一般当这些质粒或原噬菌体缺失或变异时也用“()”或“/”等加以区别表示。*通常情况下,基因工程中使用的大肠杆菌的基因型62表现型是用罗马字母体表示(第一个字母大写)。一般通过变异而获得了能够观察到的抗药性或者活性表达等特征时,用“+”表示(Steptomycin抗性:Str+);相反地当成为药物敏感性或者活性丧失时,用“-”表示(Ampicillin敏感性:Amp-)。基因型表现容易混淆,使用时注意。*基因工程中经常使用的大肠杆菌几乎都来自于K-12菌株,最近也常使用由B株及C株来源的大肠杆菌。*大肠杆菌B株原来就为lon-,另外MV1184株不具有琥柏抑制基因(Ambersuppressorfree),由于这些都是原始菌株所不具备的基因,因此不在基因型中加以表示,要注意。*表现型是用罗马字母体表示(第一个字母大写)。一般通过变异63supE(suppressor)抑制基因
supE变异时,即使存在终止密码UAG,此处也会插入谷氨酰胺(Glutamine),从而可使蛋白质继续合成。
supF(suppressor)抑制基因
supF变异时,即使存在终止密码子UAG,此处也会插入酪氨酸(Tyrosine),从而可使蛋白质继续合成。停止密码回复*supE(suppressor)抑制基因停止密码回复64recA(recombination)重组相同的DNA重组活性缺失由于导入DNA与宿主DNA的重组受到阻害,可以保持插入DNA的稳定性。与recA13宿主菌相比,recA1宿主菌能够使插入DNA稳定存在。
recB,C(recombination)重组内切核酸酶V变异。抑制重组并能影响放射线损伤的修复。
traD(transmissibility)遗传稳定性在质粒F因子内部,与大肠杆菌的结合有关。
TraD变异后,F因子自身的传递能力显著下降。重组机能缺失*recA(recombination)重组重组机能缺65dam(DNAadeninemethylase)DNA腺嘌呤甲基化酶宿主菌来源的腺嘌呤甲化酶(GmATC)缺失
dcm(DNAcytsinemethylase)DNA胞嘧啶甲基化酶宿主菌来源的胞嘧啶甲基化酶(CmCWGG)缺失
hsdR(hostspecificitydefective)宿主特异性缺陷宿主菌来源的I型限制酶Ecok(或EcoB)的切断部位蛋白变异转化的外源DNA不被限制酶EcoK切断,可以进行克隆
hsdM(hostspecificitydefective)
宿主菌来源的I型限制酶EcoK(或EcoB)的甲基化酶部位蛋白变异
hsdS(hostspecificitydefective)宿主菌来源的I型限制酶EcoK(或EcoB)的识别部位蛋白变变异转化的外源DNA不被限制酶EocK切断,可以进行克隆对插入DNA具有直接作用因子的缺失*dam(DNAadeninemethylase)66
endA(endonuclease)内切核酸酶宿主菌来源的非特异性内切核酸酶I活性缺失,可以提高纯化的质粒DNA的质量。
NcrA(methylcytsinerestriction)mCG序列的甲基化活性缺失。
mcrB,C(methylcytsinerestriction)GmC序列的甲基化活性缺失。
mrr(methylationrequiringrestricion)mA以及mC序列的甲基化活性缺失。*endA(endonuclease)内切核酸酶*67
rpsL(ribosomalproteinsmallsubunit)
由30S核糖体蛋白变异而获得链霉素(Steptomycine)抗性(Strr)。
gyrA(gyrase)
由DNA回旋酶亚基A的变异而获得的萘啶酮酸(Nalidxicacid)抗性(Nalr)。
Tn5(transposon)
转座子变异,获得卡那霉素(Kanamycine)抗性(Kmr)。
Tn10(transposon)
转座子变异,获得四环素(Tetracycline)抗性(Tetr)。抗药性的变异*rpsL(ribosomalproteinsmal68lon(longform)
分解异型蛋白质的ATP依赖型蛋白分解酶活性缺失。大肠杆菌B株原来就为lon-。可抑制其表达的融合蛋白质的分解。
omp(outermembraneprotein)外膜蛋白膜结合性蛋白分解酶活性缺失。抑制表达的融合蛋白质的分解。宿主蛋白酶缺失*lon(longform)宿主蛋白酶缺失*69lacIq(lactose)
乳糖操纵子中控制β-半乳糖苷酶表达的调节蛋白基因。由于lacIq变异,表达调节蛋白过量形成,因此从乳糖启动子开始的转录过程完全受到抑制。
lacZ(lactose)β-半乳糖苷酶活性缺失
lacZ△M15β-半乳糖苷酶蛋白的w-fragment得到表达。当与多数载体质粒中所具有的α-fragment共同存在时,可使β-半乳糖苷酶的活性回复(α-互补性)。在含有X-gal的平板培养基上,可以通过蓝白菌的差别选择重组体。
deoRdeoR变异,可以选择性地改善大分子DNA的转化。有利于选择转化体的基因*lacIq(lactose)有利于选择转化体的基因*70
dut(dUTPase)dUTP酶
dUTP分解酶活性缺失,当dUTP分解酶存在时,dUTP不能掺入到DNA链中。
ung(Urasil-N-glycosylase)尿嘧淀-N-糖苷酶尿嘧啶-N-糖苷酶活性缺失。当具有这种基因时,可以特异性地分解DNA含U的那条链。
mutS(mutator)突变子未被甲基化的新合成DNA链的错配序列修复受到阻碍。有利于点突变的基因*dut(dUTPase)dUTP酶有利于点突变的基因71
leuB(leucine)亮氨酸在最小培养基中必须添加亮氨酸(Leu)proAB(proline)脯氨酸脯氨酸代谢基因变异。在最小培养基中只有添加脯氨酸才能生长。用于确认JM109等大肠杆菌菌株的F因子是否脱落。
Thi-1(thiamine)硫胺素
硫胺素代谢基因变异,在最小培养基中必须添加硫胺素。菌株筛选用基因*leuB(leucine)亮氨酸菌株筛选用基因*72
LacZ、lac5、
trpE、bio、bio256从大肠杆菌lac、trp和bio区置换而来
imm80、QSR80从φ80噬体置换而来
imm434从φ434噬菌体置换而来
imm21从φ21噬菌体置而来
int29从φ29噬菌体置换而来
b2、b1007、b527、b189B域的缺失突变,使att位点受破坏并因而阻止溶源化
KH52φ80噬菌体DNA的缺失突变
KH53类似于λ噬菌体cI区域的φ80噬菌体区域的缺失突变,可有效地防止溶源化
KH54Rex-cI区域的缺失突变,可有效地防止溶源化
nin5转录终止位点tR2的缺失突变,可使延迟早期转录不依赖于N基因产物,并且也删除了ral基因附近的BamHI位点
ninL44转录终止位点tR2的缺失突变,可使延迟早期转录不依赖于N基因产物,并且也删除了ral基因附近的BamHI位点。
WL113从33240位的SalI到34500位的BamHI之间的1,3kb缺失突变,不损伤gam基因,但kil,cⅢ、ssb和ral基因被删除。
sslIλ1-2从第一到第二个SalI之间的0.5kb缺失突变,gam基因和部分bet基因被删除。*LacZ、lac5、从大肠杆菌lac、trp和bio区置换73续上表shndⅢλ2-3λ噬菌体第二与第三个HindⅢ之间的2.3kb缺失突变,部分b区被删除sxIλ1oXbaI酶切后经外切核酸酶消化而造成的0.5kb缺失突变
鼠填充片段大肠杆菌填充片段
lac操纵基因+
腺病毒DNA在重组体中将被置换的载体DNA片段BluescriptM13-重组入λZAP载体的噬菌粒,当用M13辅助噬菌体感染后,噬菌粒部分可在体内被切下。lacY、lacZ、lacPO
、lacIq、ampr插入ΛOPF8的lac和氨苄青霉素抗生基因Aam、Bam、Eam、
Wam、gamam可被supE和(或)supF抑制的琥珀突变。intamInt基因内的BamHI位点被消除后形成的琥珀突变。Sam7、Sam100参与溶解细菌细胞膜的一个基因内的琥珀突变。该突变可被supF抑制,但不被supE抑制,失却野生型S基因产物后,引起感染性噬菌体颗粒在细胞内发生积累。cIts857使cI基因产物对热不稳定的温度敏感突变chi促进λ噬菌体定向重组的特定八核苷酸序列gamGam基因编码大肠杆菌recBC外切核酸酶的抑制物,因此可使Q型DNA复制有效地转向滚环复制。Gam基因产物对于λ噬菌体有recA-菌株(Fec表型)和P2噬菌体溶源的recA+菌株(Spi表型)内的生长非常重要。exobet(red)Exo和bet是位于λ噬菌体red区域的两个基因(red表示两个基因或任一个基因)。这两处基因产物参与当从Q型DNA复制向滚环复制转变时的重组过程。
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