基于高通量测序的无创产前诊断研究报告(版)课件

基于高通量测序技术的无创产前诊断基于高通量测序技术的无创产前诊断染色体非整倍体简介无创产前基因检测背景介绍无创产前基因检测方法学介绍1.大规模并行测序法（BGI,BerryGenomics等）2.目标区域扩增测序法（Natera，公司）小结染色体非整倍体简介染色体疾病：

染色体疾病是染色体遗传病的简称。主要是指由于染色体数目、结构异常引起的疾病。其中最为常见的是21三体综合征（T21）、18三体综合征（T18）、13三体综合征（T13）三大染色体疾病。染色体疾病患儿多表现为智力低下、生长发育迟缓等，目前无有效治疗手段，由此给社会造成了沉重的经济负担，对家庭造成的心理负担和精神痛苦更是无法用金钱来衡量。

染色体疾病：出生缺陷的社会压力出生缺陷的社会压力基于高通量测序的无创产前诊断研究报告(版)课件金标准：核型分析金标准：核型分析基于高通量测序的无创产前诊断研究报告(版)课件基于高通量测序的产前诊断外周血肿瘤游离DNA孕妇外周血胎儿游离DNA基于高通量测序的产前诊断外周血肿瘤游离DNA孕妇外周血胎儿游基于高通量测序的无创产前诊断研究报告(版)课件游离DNA的发现高通量测序-定量-定性无创伤产前诊断游离DNA的发现高通量测序-定量-定性无创伤产前诊断基于高通量测序的产前诊断1.全基因组低覆盖度测序2.目标区域测序-基因分型基于高通量测序的产前诊断1.全基因组低覆盖度测序数据分析：BaseCalling以后得到36bp的短片段利用Pipeline软件比对每条短片段分别属于几号染色体统计各条染色体的读段数，计算21号染色体（胎儿+母体）在所有染色体读段数中所占的比例利用SigmaStat统计学软件计算得出诊断结果无创方法学示意数据分析：无创方法学示意发表的无创产前文章证明性研究ChiuRSparksAetal,AJOG,2008WKetal,ProcNatiAcadSci,2008FanHcetal,NatiAcadSci,2008ChiuRWKetal,ClinChem,2010SehnertAJetal,ClinChem,2011大规模验证性研究ChiuRWKetal,BMJ,2011EhrichMetal,AJOG,2011PalomakiGEetal,GenetMed2011BianchiDWetal,ObstetGynecol2012NortonMEetal,AJOG,2012发表的无创产前文章证明性研究大规模平行测序法-关键点-文献解读1.游离DNA的提取-建库2.多少覆盖度的测序才能将非整倍体准确分离3.胎儿游离DNA在母血中所占的比例4.测序的gc偏向性5.需要的阴性样本质控量6.在不同的平台上的实现（illumina-life)大规模平行测序法-关键点-文献解读1.游离DNA的提取-建库游离DNA的提取-建库将游离DNA最大程度的提取游离DNA的提取-建库将游离DNA最大程度的提取测序所需的reads数成本准确度测序所需的reads数成本准确度胎儿游离DNA在母血中所占的比例胎儿游离DNA在母血中所占的比例realDepthcoverageIdealDepthcoverageGC-biassequencingbiasesinGC-richandGC-poorregionswithhigh-throughputsequencingtechnologiesrealDepthcoverageIdealgc矫正法的流程50kb切割基因组计算50kb内gc%含量计算50kb内的reads数Loess标准化处理计算校正后的reads数计算校正后的z值gc矫正法的流程50kb切割基因组计算50kb内gc%含量计gc校正的效果gc校正的效果需要多少阴性样本库做质控？After100,sdofGRisbecomingstable需要多少阴性样本库做质控？After100,sdof可改进的方向：1.富集胎儿游离DNA2.改善基因组扩增不均一性3.精确定量cfDNA的含量可改进的方向：1.富集胎儿游离DNA基于目标区域的基因分型方法基于目标区域的基因分型方法基于目标区域的基因分型方法10000多个SNP位点多重pcr目标区域测序基于目标区域的基因分型方法10000多个SNP位点多重pcr构造了一个贝叶斯推断模型基于目标区域的基因分型方法构造了一个贝叶斯推断模型基于目标区域的基因分型方法为何需要低风险的研究？目前的研究主要是集中于高风险的妇女。胎儿循环DNA的含量在这部分人群中的含量是比较高的。因此这种检验的方法对低风险的妇女是不够健壮的。为何需要低风险的研究？目前的研究主要是集中于高风险的妇女。为何需要低风险研究？？我们知道我们知道有些事情，我们知道我们不知道有些事情，也有一些事情，我们不知道我们不知道为何需要低风险研究？？我们知道我们知道有些事情，未来：胎儿全基因组测序无创产前诊断的延伸未来：胎儿全基因组测序无创产前诊断的延伸未来：胎儿全基因组测序未来：胎儿全基因组测序观察状态隐藏状态隐马科夫模型（hiddenmakovmodel)观察状态隐藏状态隐马科夫模型（hiddenmakovmo无创产前诊断的另一个方向无创产前诊断的另一个方向无创产前诊断的另一个方向32无创产前诊断的另一个方向32高通量测序生物信息分析遗传学无创新生儿疾病筛查无创非整倍体筛查高通量测序生物信息分析遗传学无创新生儿疾病筛查无创非整倍体筛外周血游离DNA已经是一个领域外周血游离DNA已经是一个领域thanksforattentionthanksforattention基于高通量测序技术的无创产前诊断基于高通量测序技术的无创产前诊断染色体非整倍体简介无创产前基因检测背景介绍无创产前基因检测方法学介绍1.大规模并行测序法（BGI,BerryGenomics等）2.目标区域扩增测序法（Natera，公司）小结染色体非整倍体简介染色体疾病：

染色体疾病是染色体遗传病的简称。主要是指由于染色体数目、结构异常引起的疾病。其中最为常见的是21三体综合征（T21）、18三体综合征（T18）、13三体综合征（T13）三大染色体疾病。染色体疾病患儿多表现为智力低下、生长发育迟缓等，目前无有效治疗手段，由此给社会造成了沉重的经济负担，对家庭造成的心理负担和精神痛苦更是无法用金钱来衡量。

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