演示文稿蛋白质二级结构预测

（优选）蛋白质二级结构预测第一页，共二十八页。3.4蛋白质二级结构预测164预测目的：看一看所提交的蛋白质序列在哪里会形成α-螺旋和β-折叠？现阶段：准确率不高。第二页，共二十八页。3.4.1SOPMA网址：

2)Clickhere.1)Pasteyoursequencehere.第三页，共二十八页。Example3-23对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ第四页，共二十八页。ResultofSOPMA(1/2)第五页，共二十八页。ResultofSOPMA(2/2)第六页，共二十八页。3.4.2PredictProtein(1/6)166网址：

Clickhere第七页，共二十八页。PredictProtein(2/6)8879705988797059ShengwuJishuThenclickhere第八页，共二十八页。PredictProtein(3/6)Clickhere第九页，共二十八页。PredictProtein(4/6)88797059Thenclickhere第十页，共二十八页。PredictProtein(5/6)Clickhere第十一页，共二十八页。PredictProtein(6/6)Study1Thenclickhere.Pasteyoursequencehere.第十二页，共二十八页。Example3-24165对下面的序列进行二级结构预测分析。MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ第十三页，共二十八页。Wait...(about5minutes)Clickhere第十四页，共二十八页。Toreceiveyouremail将该网址复制后粘贴到网页浏览器中打开第十五页，共二十八页。预测结果目录第十六页，共二十八页。图3.87对序列进行PROSITE搜索蛋白激酶C磷酸化位点S/T-R/K酪蛋白激酶II磷酸化位点S/T--D/E酪氨酸激酶磷酸化位点十四烷酰化位点第十七页，共二十八页。图3.88SEG搜索的低复杂度序列是指编码这些氨基酸的DNA序列为低复杂度序列第十八页，共二十八页。图3.89ProDom搜索结果第十九页，共二十八页。PSI-BLAST搜索结果第二十页，共二十八页。图3.90以MSF格式显示比对(1/2)第二十一页，共二十八页。图3.90以MSF格式显示比对(2/2)第二十二页，共二十八页。图3.91PROF预测结果（普通）

AA:

氨基酸OBS_sec:

二级结构的观测值PROF_sec:

预测的二级结构Rel_sec:

预测二级结构的可信度SUB_sec:

预测的二级结构的集合H:

螺旋E:

折叠L:

随机卷曲O_3_acc:

相对亲水表面的观测值P_3_acc:

预测的相对亲水表面(b

=0~9%,

i=9%~36%,

e=36%~100%)Rel_acc:

预测亲水表面的可信度SUB_sec:

预测的亲水表面的集合第二十三页，共二十八页。PROF预测结果（详细）

第二十四页，共二十八页。图3.92球蛋白预测第二十五页，共二十八页。Practice把刚才课堂上讲的内容练习一遍。第二十六页，共二十八页。SummarySOPMA