化学信息学4课件

1、第四章 化学事实数据库Reaxys的使用全球最全面的科学期刊和在线期刊与科学数据服务商，主要产品有： Scopus 全球最大的文摘与引文数据库 ScienceDirect 全球最大的外文期刊全文数据库CrossFire：Beilstein全球最全的有机化学数值和事实库 Patent Chemistry化学专利数据库 Gmelin当今最全面的无机与金属有机化学 事实数据库Reaxys Crossfire的升级产品PharmaPendium 综合性药物安全性数据的关键来源Elsevier（爱思唯尔）CrossFire 1.0Structures&Facts181718811988198919931

2、9962007Gmelin HandbookBeilstein HandbookCrossFire CommanderV3.2plusReactionsCrossFire CommanderV7.1January 1st 2009: Reaxys 1.0Beilstein on STNReaxys的发展历程Reaxys的内容丰富的内容,全面的高质量的数值与事实数据库ReaxysPatentBeilsteinGmelin2800万反应1800万物质400万文献CrossFire Beilstein Database : 世界最全的有机化学数值和事实库 时间跨度从1771年至今化学结构相关的化学、

3、物理等方面的性质化学反应相关的各种数据详细的药理学，环境病毒学，生态学等信息资源Patent Chemistry Database: Beilstein的完美补充涵盖的国际专利类别IPC（1976年之后） C07 有机化学 A61K 药物（医药，牙医，化妆品制备） A01N 生物杀灭剂（农用化学品，消毒剂等） C09B 染料（可能具有药理学活性）Crossfire简介Reaxys是什么?Reaxys的优点：Reaxys不需要要安装客户端软件,使用方便；Reaxys功能不仅强大,而且使用界面也符合大众使用习惯,容易上手Reaxys 将Beilstein/Patent/Gmelin三个数据库整合为

4、一个Reaxys 能把检索结果按照收率、催化剂等条件进行二次过滤Reaxys 能帮助设计合成路线.操作系统windows操作系统版本Windows 2000Windows XPWindows VistaWindows 7浏览器必须允许Java和cookie运行IE 6/ IE 7Firefox 2/ Firefox 3JAVA（安装JavaSetup6u25.exe）Sun Microsystems Java Version 5.0 or Java Runtime Environment (JRE) Version 1.5.0 结构式画图软件（安装reaxysplugin.exe）-Marvi

5、n Sketch -Symyx ISIS Draw -Symyx Draw -CrossFire Structure Editor Reaxys对电脑软硬件要求MarvinSketch为默认结构编辑器在Reaxys中注册用户使用注册的用户进行登陆进入“My Settings”进入“Modify Application Settings”下载并安装“Reaxys Structure Editor Plugin” 在电脑中需安装JAVA程序JavaSetup6u25.exe选择需要的画图软件，如ISIS Draw或Symyx Draw点击“Save”进行保存设置在Reaxys中注册用户和选择结构编

6、辑软件的操作流程Reaxys的检索界面(2)化学物质结构式输入区域Reaxys的检索界面(3)文献 一、关键字检索例1: 检索CAS号为34014-18-1 的化合物输入34014-18-134014-18-1检索结果显示检索结果显示检索结果显示例2: 检索包含特定信息的文献synthesis of aspirin检索结果显示 二、结构式检索1、精确结构检索2、子结构检索3、化学反应检索选择你习惯的结构编辑器（事先已下载安装reaxysplugin.exe）1、精确结构检索双击此处进入结构编辑器例3: 查看氯苯的性质及合成路线点击返回Structure query options area精确

7、结构式检索检索结果显示检索结果显示说明：如果嫌ISIS/Draw编辑软件画结构太麻烦，也可以通过你顺手的软件画结构，以Molfile格式文件读入ISIS/Draw ，如1、通过ChemSketch分子编辑软件画结构， 并输出其Mol文件（如，MDLV2000.mol）2、通过ISIS/Draw分子编辑软件读入该Mol文件（MDLV2000.mol）。从而实现所需查询化合物结构的输入。2、子结构检索例4、查询包含某分子骨架（基本结构）的所有化合物点击返回例5：Atom list 查询 F, Cl, Br, I 右键点击点击返回3、化学反应检索例6、查询一条如图所示的反应右键点击点击返回例7、半反

8、应查询方式例8、查询邻位C上连接一个芳基和一个链状烷烃的羧基还原为醇羟基的反应直链烷烃代表不包括氢的芳环去掉使用毒性较大溶剂的相关文献选择比较可信的期刊数量减为43个选择收率比较高的现在您应该满意了吧？ 三、 联合检索（关键字与结构式）这里只选择了编号为1，3两条记录作为选择的记录 四、化合物名称检索（既可以查化合物，也可以查反应）例9、查询以下化合物的性质及其合成路线Name：3-(2-pyridinyl)benzoic acidSmiles：O=C(O)c1cc(ccc1)c2ccccn2输入 3-(2-pyridinyl)benzoic acid3-(2-pyridinyl)benzoi

9、c acid点击查看化合物详细信息点击查看化合物合成方法合成计划点击查看备选合成方法备选合成方法点击查看备选合成方法备选合成方法例10、查询以下反应信息Smiles：ClCl.c1ccccc1ClC1C(Cl)C(Cl)C(Cl)C(Cl)C1Cl输入 ClCl.c1ccccc1ClC1C(Cl)C(Cl)C(Cl)C(Cl)C1ClClCl.c1ccccc1ClC1C(Cl)C(Cl)C(Cl)C(Cl)C1Cl 五、二次筛选的应用第一次检索结果较多，想直接筛选出符合自己需要的检索条目或者有些检索记录是不需要的，需要从检索条目中去除避免检索时检索条件太严格漏掉有用信息二次筛选功能是快速，高效

10、检索文献的利器二次检索的分类类型，全部在左侧列出展开后的二次检索栏目，已经自动分类还可以通过人工选择进行过滤通过点击方框回到之前查询结果中，再次进行不同条件筛选以各种Filter条件可以连续进行二次筛选 六、 合成路线的智能设计例11、设计Gefitinib（吉非替尼，商品名：易瑞沙）合成路线（第一个批准上市治疗非小细胞肺癌的EGFR抑制剂）用顺手的分子编辑器画结构产生Smiles编码 Reaxys检索结果的导出与保存要是选择导出全部数据，由于数据太多，会慢很多。可以选择只导出自己需要的数据Reaxys检索结果导出与保存Reaxys检索条件本地保存Reaxys检索结果在线保存Reaxys检索结果在线保存Reaxys检索结果在线保存总 结信息量：Reaxys数据库