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1、生物信息学试验课件邢晋祎生命科学学院Copyright第1页第1页试验二 惯用分子生物学数据库检索办法及数据格式第2页第2页实验目1. 理解ncbi所提供在线entrez检索办法。2.理解EBI所提供SRS检索办法。3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库查询。 4.详细理解三大核酸序列数据库之一GenBank数据库平面文献Flat file。5.详细理解蛋白质结构数据库PDB数据库中pdb文献。第3页第3页试验材料计算机，网络。第4页第4页试验过程1. Entrez检索办法NCBIAll databaseEntrez查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，topoi

2、somerase，gyrase，hemoglobin。）依次点击各个数据库查看第5页第5页第6页第6页第7页第7页第8页第8页试验过程第9页第9页第10页第10页GenPept文献下载第11页第11页平面文献取得查询某一条核酸序列取得平面文献保留或者下载用写字板（记事本）打开第12页第12页试验过程2. SRS检索办法。EBISRSEBIchoice database查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）第13页第13页第14页第14页第15页第15页试验过程3. Swiss-prot查询办法。Swiss-p

3、rotSRSEBIchoice database查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。第16页第16页第17页第17页第18页第18页第19页第19页第20页第20页4.GenBank flatfile（GBFF）内容。 是GenBank数据库基本信息单位，也是最广泛地用以表示生物序列格式之一。GenPept文献GBFF能够分成三个部分，头部包括关于整个统计信息（描述符）。第二部分包括了注释这一统计特性，第三部分是核苷酸序列本身。所有核苷酸数据库统计（DDBJ/ EMBL/ GenBank）都在最后一行以 /

4、 结尾。第21页第21页第22页第22页第23页第23页试验过程5. PDB 文献取得进入PDB数据库查询某蛋白质结构（eg：1d3y）下载结构到当地电脑用写字板（记事本）打开第24页第24页第25页第25页源自PDB结构统计内容PDB统计包括两个序列信息备份：隐性序列和显性序列。 显性序列在PDB文献中以关键词SEQRES打头逐行存储。隐性序列蕴涵在由PDB文献中ATOM统计及相应（X，Y，Z）位置坐标构成化学立体结构中。 实践中，许多PDB文献浏览器，如Rasmol，仅用隐性序列重构PDB统计蛋白质化学图象，而忽略由SEQRES引导显性序列信息。 第26页第26页文献头部第27页第27页显性序列第28页第28页第29页第29页隐性序列第30页第30页第3

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