2013年中销售会议-培训mirna

1、2013上半年销售培训microRNA( Array & Seq )ho种类长度（nt）来源主要功能siRNA21-25长双链RNA转录沉默含发卡结构的pri-miRNA长单链前体或起始转录产物等多途径miRNA21-25转录沉默piRNA24-31生殖细胞内转座子的沉默组印记和X失lncRNA200多种途径活于红. 表观遗传学：生物细胞非编码RNA调控的研究进展. 遗传. 2009年11月，31（11）22miRBase Release 20 contains 24521 entries representing hairpin precursormiRNAs, expressing 304

2、24 mature miRNA products, in 206species.microRNA数目与文献呈指数递增黑色：miRBase中microRNA数目；灰色：Pubmed中microRNA相关文献Kozomara A , Griffiths-Joneucl. Acids Res. 2011;39:D152-D157完全匹配，靶基因mRNA降解不完全匹配结合在 3UTR，抑制靶基因蛋白翻译装配形成miRISC核DNA转录pri- miRNA双链RNA,形成成熟miRNA经Dicer切割茎环,形成双链小RNA经过Drosha切割，形成6070nt长度的茎环结构pre- miRNA通过Exp

3、ortin5进入细胞质hsa-mir-19a*hsa-miR-19b-1*hsa-miR-19b-2*hsa-mir-19hsa-miR-19b-2-5phsa-mir-19b-2hsa-miR-19b-3phsa-mir-19b-1hsa-miR-19b-1-5phsa-mir-19a-3phsa-mir-19ahsa-mir-19a-5p安捷伦是国际领先的生物制造企业。它生产的microRNA通过独特的探针设计能区分成熟miRNA和miRNA前体，同时具有特异性高、灵敏度高等特点。特别适用于血浆microRNA的检测。Agilent microRNA独特的探针设计6Agilent micr

4、oRNA技术特点：通过特殊的探针设计区分成熟miRNA和miRNA前体；无需分离miRNA，直接用Total RNA 进行实验，只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验；组织、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验；高特异性：特殊的专利探针设计能区别一个碱基的差异；高灵敏度：检测丰度跨4个log，最高可达6个log，只要存在6000个拷贝的分子就可以检出；数据来源于Sanger miRBase，并方便及时更新。Agilent miRNA*去除背景信号，非质控重复探针中位值变异系数百分比质控tCVBGSubSig *15样本Total RNA including m

5、iRNA起始用量100ngFFPEAgilent miRNA MicroarrayComparison of the differentially expressed miRNAs acrossthe different storage conditions revealst moren 70nIllustrate the tight correlation of the human miRNA profilespercent of the miRNAs differentially expressed betthe normal and tumor freshfrozen sfound to

6、 be differentially expressedles were alsohe FFPE sles.MicroRNAysis of Archival FFPE Sles by MicroarrayPublication Number: 5990-4944EN Last Updated: 2013/4/24FFPEAgilent miRNA MicroarraytCVBGSubSig(0X2.5)Hybe-InSignal(2.5)3.703.603.503.403.303.203.106.004.002.003.353.540.00FF(n=100)FFPE(n=100)FF(n=10

7、0)FFPE(n=100)Agilent miRNA16.0数据4.424.326.418.6521.9125.40Affymetrix microRNA 3.0技术特点：1.完Sanger miRBase V17.0同时检测153个物种的miRNA同时检测成熟miRNA和miRNA前体（仅限人、小鼠、大鼠）能检测人snoRNA和scaRNA45分钟完成标记，无需扩增、纯化RNA高灵敏度：miRNA浓度大于1.0amol时，检出率达94%高重复性：技术重复相关系数达95%低样品需求量：最低仅需130ng总RNA检测动态范围为3个log寻找microRNA生物标志物microRNA的功能分析HO

8、T！1515复旦大学中山医院肝癌教授领衔课题组利用Agilent microRNA筛选、RT-PCR验证等方法在肝癌患者血浆中筛选到了由7个microRNA组成的早期肝癌分子标记物该检测方法对小于2cm的肝癌效果优于传统检测方法。准确率接近90%，于国际临床肿瘤领域最的学术期刊临床肿瘤学杂志上（影响因子为18.97）microRNA完成。技术服务由生物技术Jian Zhou, Lei Yu, Xue, Jie Hu, JiWang, Zhi Dai, Jie-Fei Wang, Zhiyong Zhang, Shaohua Lu,Xiaowu Huang, Zheng Wang, Shuang

9、jian Qiu, Xiaoying Wang, Guohuan, Huichuan Sun, ZhaoyouTang, Ying Wu, Hongguang Zhu and Jia Fan. Plasma MicroRNA Panel to Diagnose Hepa/s B Related Hepatocellular Carcinoma. Journal of Clinical Oncology. November 21, 20111616大样本筛选RT-PCR验证ROC分析HCC：hepatitis Brelated HCC，肝癌Healthy：正常CHB：chronic hepati

10、tis B，慢性乙型肝炎Cirrhosis：肝硬化1717HCC VS HealthyHCC VS CHBHCC VS CirrhosisHuman Agilent microRNA Array 12.0137 例血浆样品筛选得到15个候选microRNART-PCR验证后，确定为7个microRNA谱1818ROC分析：受试者工作特征（receiver operating characteristic）AUC：ROC曲线下面积，准确性的衡量标准MicroRNA Panel肝癌（Training7个microRNA单独肝癌的准确率Set）时，AUC值达0.864MicroRNA Panel：l

11、ogit(p=HCC) = 1.424 0.292miR-122 + 0.4511miR- 192 + 0.6112miR-21 0.1796miR-223 0.2487miR-26a 0.3542miR-27a + 0.209miR-8011919MicroRNA Panel区分肝癌与正常人群的准确率达94.1%MicroRNA Panel区分肝癌与肝炎的准确率达84.2%该肝癌模型准确率高，检测方便，适合临床应用！M20icroRNA Panel区分肝癌与肝硬化的准确率达88.4%20miRNA：Agilent-v1 (570 miRNAs）mRNA：Affymetrix 430 v2.0

12、 aged mice：1820months oldyoung mice ：68ks old端粒短调亡高化人类心脏中表达量心肌细胞非心肌细胞文献：miR-34a 在肿瘤细胞系中诱导细胞调亡 衰老？细胞收缩机能收缩机能Affymetrix mouse 430 v2.0细胞心脏肥大AMI后其表达量变化局部心室壁运动评分收缩机能miR-34a的靶结合表达谱分析PNUTS蛋白抑制：调亡、端粒缩短及DNA损伤反应miR-34a与PNUTS的直接作用的证明实验细胞局部心室壁运动评分DNA损伤端粒长度microRNA研究已知miRNA数量有限microRNA发现未知miRNA数量较多miRNA-seq文库构建

13、流程去除接头，低质量序列需要参考信息组数据质控数据过滤需要参考组或完整转录组信息鉴定已知miRNA和ncRNA新miRNA高级分析差异miRNA筛选与miRBase，ncRNA， pirna，Rfam数据库比对，表达量统计，饱和度分析靶GO注释和KEGG通靶路分析样品或物种间 miRNA差异分析miRNA和靶聚类分析表达模式SAS分析系统其他个性化分析长期的临床观察中发现，肝炎、肝硬正常肝组织化、肝癌是不断迁移演变的。HCV肝癌组织未的近来研究表明，与肝癌(HCC)有关的性肝炎 主要包括乙型肝炎 （HBV）、丙型肝炎（HCV），而其中又以乙型肝炎最为常见。肝癌组织miRNA表达谱HBV肝癌组织

14、乙型肝炎的肝组织microRNA与多种疾病包括的发HBV的肝组织生发展机制的研究是近年来生物医学界的前沿热点课题。Jin Hou,et al. Cancer Cell. 2011(19) :232243正常肝脏组织最高表达的三个miRNA，仅miR-199a/b-3p在肝癌组织中表达显著下调。在四个肝癌患者群体临床阵列分析发现miR-199a/b-3p低表达丰度显著降低肝癌患者的生存期。1.甲基化和CHIP实验发现：肝癌组织中组蛋白的甲基化改变导致了miR-199a/b-3p低表达2.肝癌细胞系的体外miR-199a/b-3p干扰实验和肝癌鼠体内转染实验发现miR-199a/b-3p的高表达显

15、著抑制了肝癌细胞的生长。3.肝靶向相关载体介导的microRNA-199治疗，显著延长了肝癌鼠生存期。4.miR-199a/b-3p靶向抑制PAK4(p21-activated kinase 4,为一类进化上保守的丝/苏氨酸蛋白激酶), 进而抑制下游的Raf/MEK/ERK信号通路，从而抑制了肝癌细胞的生长。Cell子刊：miRNA与miRNAs表达的特异性和时序性，决定了组织和细胞的功能特异性miRNAs在适应生物和非生物胁迫中有着重要的作用水稻miRNA表达谱研究不完善。62个小 RNA测序文库不同水稻不同环境不同组织幼苗根 芽穗组织干旱盐碱营养温度Illumina高通量小 RNANipponbareOsDCL1 RNAiMassiveysis of Rimall RNAs: Mechanistic Implications of Regulated MicroRNAs and RNA Cleavage. Plant Cell 2011 23(12): 4185-4207.Var