收藏级资源肿瘤数据库汇总

1、收藏级资源|肿瘤数据库汇总现如今，随着人们生活方式和环境的改变，恶性肿瘤已经成为疾病死亡病因之一。肿瘤在全球呈现发病率增高，以及发病年龄年轻化的趋势。2019年，ACancerJournalForClinicians杂志发布了最新的数据。该报告估计，2019年美国将有1,762,450例新的癌症病例和606,888例与癌症相关的死亡。传统化疗是对抗癌症的常见方法，但它会攻击全身，造成不必要的副作用，如脱发，恶心和疲劳。靶向治疗选择性地杀死癌细胞而不影响健康组织。靶向药物开发将成为治疗癌症的重要手段。图1肿瘤靶向治疗高通量检测技术迅速发展，使得与肿瘤相关的组学数据迅速积累。这些数据对于研究肿瘤的

2、发生发展机制具有重要意义。对数据的挖掘能够确定许多与疾病有关的基因，为治疗和发病机制的研究提供新的思路。如何有效利用和存储这些信息就显得尤为重要。肿瘤的生物信息学数据库的建立提供了有效的解决方案，对肿瘤基础研究的发展、临床治疗水平的提高具有极大的推动作用。以下是一些肿瘤相关的数据库分类和大致的信息。综合性肿瘤数据库肿瘤基因组数据库肿瘤DNA甲基化数据库肿瘤转录组数据库肿瘤蛋白组数据库肿瘤相关基因的数据库肿瘤与药物数据库1.综合性肿瘤数据库综合肿瘤数据库汇总如表1所示。表1综合性肿瘤数据库DatebaseDescriptioncanEvolveWebportalforintegrativeonc

3、ogenomicscBioPortalcBioPortalforCancerGenomicsCGAPCancerGenomeAnatomyProjectCGHubCancerGenomicsHubCGWBCancerGenomeWorkBenchCOSMICCatalogueOfSomaticMutationsInCancerICGCInternationalCancerGenomeConsortiumTCGATheCancerGenomeAtlasUCSCGenomeBrowserUCSCCancerGenomicsBrowser以下是对数据库的简要概述1.1canEvolvecanEvol

4、ve存储的信息包括：基因、microRNA(miRNA)和蛋白质表达谱、多种癌症类型的拷贝数变化(CNAs)以及蛋白质-蛋白质相互作用信息。cBioPortalforCancerGenomics(cBioPortal)cBioPortalforCancerGenomics是一个癌症基因组数据探索、可视化及分析平台，可用于多个癌症基因组学数据集的交互式探索。该数据库可提供CNA、基因突变信息。针对每个基因，它可给出多个信息，主要包括：基因的CAN信息、基因突变在样本中的分布、突变位点和频率、共表达基因以及生存曲线等。对于用户提供的基因列表，还可生成互作网络并提供已知的相互作用的药物。cBioPo

5、rtal在发现肿瘤相关突变、分析基因的生物学功能以及药物选择等方面的研究中具有重要推进作用。cBioPoirtal&HH|伽佬n&4!lwiMDF*MMg：ClP別辑if.Sjilg伽刚工“MCISludlai问也ZM乞如筍HCueatori:nS#R5r.：卓.河、0 x1悴巾上-册“屮世iOrtdr*崎|員打PdfiCiKtf3d5MnrilQIvr：UKfiMVrzzWftMWJMGC.fWLWMKJEPai-Lhi|Kri7DUrs血|PadiahiErwi-uKV!lr*iMU.GHFniKriZIW：i.cdiM塾Aji韶山dhMbuM3wra*iGaanheAOfflwncw-S

6、araftflrtiitcw.PmX窗c#關uUvuiku1411n|TCGKPirem.；血pifvdEmeo记如t讪Mi单ulKiY:i：ri取山O-MifrihrhEn-TrwlEirhiEoflif*-3rUdv4CiltMia3014%-W岬H：.KMrvrITMliirq日细丹TffitiChOUiX3fCiHUllCTUtM|UEWKnil|iK&KCViCafrSMRuACiilj-ChcfMEvmmrgfrMmriCMcn3rfKn.lMfli*SIITi口C-KmdG”3112)Ow|-rnmyi|iTCs.戸押佃3曲他口UrDtiaMdawn*iTCQiii.PirniE

7、iah*4图2cBioPortal数据库的主页CancerGenomeAnatomyProject(CGAP)CGAP网站主要提供了cDNA克隆、文库、基因表达、SNP以及基因组变异等信息。CGAP收集的数据包括正常组织、前癌组织以及癌细胞的基因表达水平。,hlaticnalCancwInstitulB11、NUliU血1血凹MmKF|ihmU3欝rCancekGenomlCanclflGlnomeFFARACTERIZATiONINITIATiVfCGAP聞笳tOnranKE口tnirwues冲口匕albRMhlPm宙謀卒贡dmCGCICamatT輝可WflirwasPuHkxhK+耳9口m

8、ERmOiwerAikaiainyP4fieci(CMP)TbaMCrsearner&4QXTH打口他叫PiajiKEMugncuihwmriiwihvQ.adapiBiinnprsfttEaFrHrrrui.prKflnoar4ndcwkwoshiIt-rfngw*jahW3tinonaCJiamwzxianXGCjIniidhkincorpcraDimmcSharattrnEJtMn由inckmani：网tranaripcCTne專ustigwcorripenraoniobrt”iid-iUfriufrinvfieaik.d*urrQHit&inrnLKwadrvuiAixx才曲c:int

9、iAvandhwHivpmjKtiintingHibrartpwiwrtmcidi0vcrvthoughiaddx-araiQK4aMdcthsrngVeilCGAPOi曲CGCF图3CGAP的主页CancerGenomicsHub(CGHub)CGHub是美国国家癌症研究所(NCI)测序项目的在线存储库，其数据来源包括癌症基因组图谱(TCGA)、癌症细胞系百科全书(CCLE)和产生有效治疗(目标)项目的治疗应用研究(TARGET)3个国家癌症协会项目，数据来自25种不同类型的癌症。CancerGenomeWorkBench(CGWB)CGWB提供了一系列工具来挖掘、整合以及可视化TCGA等数

10、据库中的基因组和临床数据，它是第一个将临床肿瘤突变谱与参考人类基因组整合在一起的计算平台。用户可快速地比较患者临床信息与基因组的变异及甲基化等。CatalogueofSomaticMutationsinCancer(COSMIC)COSMIC是世界上最大最全面的有关肿瘤的体细胞突变以及其影响的资源库。它主要提供多种肿瘤细胞基因组中的CNA、甲基化、基因融合、SNP及基因表达等信息。这些突变信息是从科学文献中手工整理的。idutliuCOSMICPrnjKfaDpmrrwrtftnnCoffSod3KWCIIPH.4IH!LHOBCtfUrmWMrtEJWKW*owmcm1uZbxuuZKilE

11、PCIEKHIjdH1虫图4COSMIC的主页InternationalCancerGenomeConsortium(ICGC)ICGC的目标是获取包括胆道癌、膀胱癌、血癌等多达50种肿瘤及其亚型的基因组、转录组和表观遗传的全部信息。这些数据可促进癌症的机理和治疗研究。图5ICGC的主页TheCancerGenomeAtlas(TCGA)8TCGA是由美国国立癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所资助,关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。该数据库主要对样本进行外显子组和基因组测序分析,所提供的数据包括：基UsingTCG*CoMbGt因组拷贝数变化、表观遗传、基因表达谱、miRNA等

12、。IOjKANCERLiwChatPubllcatiowOirtionaryAB<TCAMCERCANCERTYPESCRAHTATRAJNllGNEWSKEVENTSmrrchQHanrtAAixxiLNClxhvCiCCGRd咖rohSciyilTheCancerGenomeAtlasProgramTheCaiKflrGenomeAJtZis(TCGA).alanmarlccatKergenomicspnogrrn,molecularlycharacterizedqve*20r0DOprimaryditefarwlmatchednormalsamplesspamning33cancer

13、rypes.ThlsjDlmelfDrtberrieenilieNatiarilCancerInstituteandtheNsignalHumanGenomeftewarchrestitutebegenIn2006.bringmgroqetherrMearcherEfromdrverEi?disciplinesaridmultipleinstiitutiorOwrtiienes?tdozenyea勺TCiAgetfifir-atedover2庁peistrytetofgfinGmksepigenonctrsnscriptomic,BndproLeomlcdau.Hiedacawhktilias

14、制re閱丫leadwimpravemencsInour抽lliycddiagtfiose,creauandpreventcant叭will电publicforaroneIndieresearchcwwnuniiyTouw-.图6TCGA的主页UCSCCancerGenomicsBrowserUCSCCancerGenomicsBrowser是一个可以对癌症基因组学和临床数据进行整合、可视化、分析的网络分析工具。它保存癌症基因组及临床数据并收集了样本的多种信息，包括基因表达水平、CNA、通路信息等。在UCSC的癌症基因组浏览器中，可实现不同样本以及癌症类型之间的比较，分析基因组变异与表型之间的相

15、关性。e.NkFR=arfDFC.MJFGFHhSHNIHmiGenomeBrowserOurtoolsGenomeBrowserFnterauivgNvisualizegenDRiicdataBLATrapidly#li呂nsequencestoih?aerom&TittleBrowerdoTiloaddatafromeGe?ianieEh*databaseVariantAnnGtatiwIntegratorgetfunrtmal曲ectpredictiorsForvaiigintcallsDataIntegratorcombinedataKwrcesfromttwGerdmeBro.Yse

16、rdatabaseGerwSorterfinden凹thataresimilarbyeMpressionandothermetricsGenomeBrowserinaBox(GBiB)runlheGeromEBrwercmvdula口toporssrverIn-SilkjQPCrapidlyalfsnPCRprimerpairstoIheeTOrneLiftOvercnnvprtgenonecoordinatesbehveenessembliesTrackHubsmpwLandviewexternaldatatracks-MoreGenomeBrowserToolsMfirorsDmnload

17、sMyDitaAboutIPs图7UCSC癌症基因组浏览器主页2.肿瘤基因组数据库肿瘤细胞的基因组中都存在着大量的变异，主要包括染色体结构的变异、CNA、基因融合以及SNP等。拷贝数改变(CNAs)在很大程度上有助于癌症发病机制和进展。肿瘤基因组数据库汇总如表2所示。表2肿瘤基因组数据库DatebaseDescriptionarrayMapReferenceresourceforgenomiccopynumberimbalancesBioMutaIntegratedsequencefeaturedatabaseCanGEMCancerGEnomeMineCasSNPCopynumberalte

18、rationsofcancergenomefromSNParraydataCGPCancerGenomeProjectArrayMap10ArrayMap提供预处理过的肿瘤基因组芯片数据以及CNA图谱。在ArrayMap数据库中，用户可搜索自己感兴趣的样本，并在此基础上分析感兴趣的基因或基因组片段上的CNA；用户还可以比较两个样本之间的CNA的差异。arrayMapSearchSamplEESeerthPubfiGa(i(XB:Uillviersllyof；Zurich*1Citation&LktsingusrGuick!Re叩I已卜visualizingcan匚曰genomearraydat

19、afFSMapisacuratesreferenceifetBbasem仃isbioinFarniBticsneiiaLrcE-largetingcopynimberpr-Diiing订2诣Inhuman田n皆.lhearrMapd=it=b3pras/ide&entrypointiormelanasisarmaInnonru1lUjiIe習B0rncrikufflHrlilnm卫M+Ff/WWWlMrW吐nhi|hHurrBhaiMm|ftibiwuffkiL*|PLiikrhi|i屮|3加|3whIcwMwimawd|CartEMTu与.*I!HllJ?WelcometoCanGEMBwo

20、a*CExHK-MfzH-iipub4-wukru-kf5iwnc4nkJirmabMi4biXii呻曲皿昭M盯穽也町町4耐pws-onw-irconpsuiMe-qetwnKnptrldtudi(aC.GHididckrijnhhqqIqhwt册luniMHhnLili(Jf*VsM甘利bE-!-ilh*MifvTNlciorripyiDut*Mmdl|Ca-iiHMYh.komdrf*j*Cfq也Hpifhrap-W9*11j+ErcveElacwsOmvMrmiChipmfHirMKFmEfjanEf*tiLfwiiiuzpuidU”*iiiknwi筑a-iTftfartAh-4.17M

21、UG应1990西刖ITS庄材屮1酿旳讨a-i鈕ftwLihit-f-d-jUnrtvl1vlVud*MAnr.hvt卜呻.人NrII打tl-HilTtnldlKn+1jrpi呻&nnjiwcewAsft.mijridMrfMd窗亡嗣qKfTi期憑*EtfGu却目贰111LlirJM：liwdjlJllilWILI-曲士UKgicEINPJDUEQCLL倔S.iOAh8TtAtMbGomoamw*tml*DrwriM-rrtWTpefKIbIVCJbflhllrDf-IlHJutfXreikmCh11GDieIjjiLhwHmujbt,-Fji4Hhd7-.#i_4ilml图10CanGEM的主

22、页CancerGenomeProject(CGP)14CGP提供了肿瘤中的CNA及基因型信息，该数据库的主要目标是利用人类基因组序列和高通量的突变检测技术识别体细胞突变，进而发现人类肿瘤发生过程中重要的基因。该数据库还提供了一些识别突变、CNA的软件，如BioView、Home-fioenreGRAFT等。Anchrsofi-Group仙抄忙!&OfmfetumMIOrtindl”myGroupsFacultyGroupsgi8W*CTi$(MFMMIjrini)他辭爲玲切野茏曲邮h1嵌|巾圉护套脚闻IW吋訓rf蚀*1叩门亦牌科1曲.蚌也呻M紳询Wirrpinarnti:JjlFouEandA

23、smkIbccFacuiymwiberalud由ormwigroups已pascdKiDraii创幻?,PNDmlefiis!suppanseiIT.AAiWClfiWFftCWOfnup&AarwfinG*DU(iMhnKGr(MBjnxHOETGUpBjpTDKsirGroupBcjrjsuErcupCm#网删為戲谢Wiiifiiiffii|&ri5nifctBemmanimpBrad即肓mupCancerGenomePmcctCw审GwriCi&曲zmic*DcinwEinMpEmitEnujpFvnokrdlB#fonldlWTGem?EdrufflMDfAfdMQdtfiDnWJSi

24、nwliTim卫diicnZCanmonarnicaQuanciuiiKmod日&ofganadipiGrsskfi图11CGP主页3.肿瘤DNA甲基化数据库DNA甲基化修饰是表观遗传学的一种重要形式，它调节基因的转录水平，对维持细胞的正常功能起着重要作用。DNA甲基化模式的改变可能导致癌症肿瘤DNA甲基化数据库汇总如表3所示。站(4机年Kte问咖討iMecnzDi卿囲臼就】恨血畑饷罠怅1辭表3肿瘤DNA甲基化数据库DatebaseDescriptionDiseaseMethHumandiseasemethylationdatabaseMENTMethylationandexpressiond

25、atabaseofnormalandtumortissuesMethDBCommonresourceforepigeneticphenomenonMethHCDNAmethylationandgeneexpressioninhumancancerMethyCancerHumanDNAMethylationandCancerNGSmethDBNext-generationsequencingsingle-cytosine-resolutionDNAmethylatio31DiseaseMeth15DiseaseMeth是一个人类疾病甲基化数据库，其重点是对各种疾病的DNA甲基化数据集进行有效的存

26、储和统计分析。它涉及的疾病包括癌症、神经发育和退行性疾病、自身免疫疾病等。在DiseaseMeth中可以比较疾病与疾病之间、基因与基因之间以及疾病与基因之间的甲基化关系。Di$ea$eMethversion2.0hehumandiseasemethyllationdatabaseDnwnOtKadHomeSearchAri-alfzeDIsHethBrowserHelp柚型沁ins*Mar211a&1&,ThcSGarchEngirwiwxradfisqnsdntathracquan*entrance:Garw&ajriti,DiEQasaSajirdiiandAdvjnEflSidrili.

27、IntirwIUCtlQniDIseaseMethverslQn2.0dettasummaryThehundisesemethyiadond3t9basrDi&easeMeth湘旧on2.0is吕別曲冏泗Hr&soircefocusedanthbarrntmathylaiYifiofhumanUntilwsrit曲bulesoflarqa-ECJiladatsarc：JivabtaandarertizreasinglYgmwn,fnornwhictirnETCinfirmatKincmnbamnG?JtogjinfurtharntarmtKintQarctehumncksEascs.SkinC

28、utaneouHMdancrnatSCMJ-267呂色airetiVl5U9llzeAnalyzeDataDiseaseMthVersionKlchevrfinalpapllajiceil&arckicKlRP-311AcixeMioidLLfcemiab!uyiL:787LbwhxacelLlartart6ioLD-360BidderUrahelial匚artinoma0LCAJ-2511ijiiob!acni3muftiionnefGeHJ-507BranLowerSr-ideGhamaLGG:IL口ElBrnastInvasivecarcinoniaBft匚M1274Sidnevrena

29、lclearcdlc-arciicm3KJRC:75Lun-g*j&ioc-arcirioniai_ijD-51AO-arianserouscvataffenoc-ar-dnomaCO-1622UterirwCtrpu3GrdofltnalCardnomaliXiE匚:2173LltiqsuamouflcellJlunDirrdIbsiksThDianlixmiisldad4rT5tnmsqIqeIik!dahrramtiiCECiGcnb曰pr0ianEhmrsusijrtdTOGAHhftCanbariZwiomaAl曲IGeneSearch-Cwal-CsnoawNormal-Suttj

30、ipG：-CcmiisiwOverview-lnlja3jdi3&spOHK4dix.OBST111Zwahanana叩口叩勺口口a4jBanKaraTEL*32-+2-BGn1l4FAXKB2-J2-afll-1T5aCapTight2D11苗KaraRfepartFiingttJgMEidecwnMm3日KbachrnulDEffK=dE日；4lrlgnisrts&had.图13MENT的主页MethHCMethHC是一个集成数据库，包含大量DNA甲基化数据和mRNA/microRNA在人类癌症中的表达谱。这些数据可以帮助研究人员确定表观遗传模式。DauProcessAnnotationU

31、CSGenomeSrowMirOB$rvFxpffWEiQnd4lt(RNAScq)nnicroRPJAEipre-uiandma4mlRf4A5ehvLailMiuidChiterUftlhyCiihMi1Ifil/diieiibil5gsiIsr-s*ei-h（i!itm网1巧hgi|州呦虽鴉H閒WbM4伽昭“闫曲日mUWWJtalOflKVMrtw*曲lutwvKjEdDrchrK）wnniUibuviaiaMzLiiMrafFirDd【i*山mdEiLa-laoii扌canuiird*4-MW；EtrS4RdEiiWIEinj却dYOtAMtHICUDi绵Crickladwrmlhfa

32、iLMnrlmin#1*ranAvaxciiiiKr9n*n-am*Thtradr1r0mEicAUHEPtUaitriL3iasituldTnaTMTh?jijlugtMhWTMfiHU.MfffkjilMiiMil沖芮HEli,奸if4g?T旳:!ti助!nhwtfai,rlftJAHBih-Nirngtmi|9!ilon3fdcviceiIluriiHIH抽dtla疳DH.*.wiiliiwcK-r-iEkM的e.mlalcviandcwairionii#nlhxnpt射t阳叨廉.aidihikludclomEdiwlixm阿呦pK-diiw*Klag.IniKiirwikmMCvMfl

33、kuI,piIWie0pThSHdSBIFEiKKHSFdfinphcaWfilHFN*Gffr團的丼如IIHlp垃田吊aiUUOUtfdOU33$dillttVilYaMrtiUiliiCMArl.eI金曲打lid由Wj*MCanoai汕diiKinqasmitimirkwYraiwnKut4別auri日crtonr-torEuhrlCGIdsivbuKfi祈加科qalMiaiiuihiiii4BvaiCdh皿13“ilrMcaiu啦皿诚听RdfiiihgiiJAincarionMmwh号iburwnlaiirdttK-iYir）alrwE|眄40也=LaAjpwld-ltMJiiqtEp3

34、|nnTiic3Praj*d&CfelmMrtljCwvrilariHhkijijiattarrbywtctiwmhJJIfc#Id!-criaaidarotieallaudrEhamlkusrrH-号G.mHth岂、事Ityujriki*TrliUnheifiiiiBbnjsFf!1咤*/Cl弊*农iEuwIsiltirpswnwrtaglitihurTwik4il.C,EM眄IflrpiflJJ.Zhpr.q：dpBp.rtpilli|.JZEKWefT/CpicijrHi?71kmsiCT4Arwhj/twiiandCHK*r如沁匕曲知.35DffM理1尸世刊曲图15MethyCance

35、r的主页除了上述针对癌症基因组甲基化的数据库外，还有一些数据库搜集和整理更为广泛的甲基化数据，如MethDB和NGSmethDB。MethDB是较早的DNA甲基化数据库，主要集中于环境因子对甲基化的影响；NGSmethDB叫基于高通量测序数据，最近更新中还包含了SNP信息，以便后续分析。肿瘤转录组数据库肿瘤细胞具有较强的生长和繁殖能力，生命活动旺盛，因此与正常细胞相比基因的转录水平和模式也存在较大的差异。表4肿瘤转录组数据库DatebaseDescriptionArrayExpressMicroarraygeneexpressiondataChiTaRSChimerictranscriptsa

36、ndRNA-sequencingdataGEOGeneExpressionOmnibusmiRCancerMicroRNAcancerassociationdatabaseOncomineCancermicroarraydatabaseOncomiRDBExperimentallyverifiedoncogenicandtumor-suppressivemicroRNAsSomamiRSomaticmutationsimpactingmicroRNAfunctionincancerArrayExpressArrayExpress是基于微阵列和高通量测序(HTS)的功能基因组实验的主要知识库之一

37、。ArrayExpress中的所有数据都以MAGE-TAB格式提供。4韶rvHceaisResesncn总Tr*ninfloAiwuiuaEMBL-EBI:：；:HustonEM9L-EHIArrayExpressr-HnDj-iJdhWCAdwardiCihiIbciuaHomeSutmm|m|pI*loginiiilDataContentUpdaladlodayal03:0072012eKp&nrnents23&54Qiassays-M41T&ofarchived-data&Links%ToolsandAccess冽RelatedProjectsArrayExpressfunctionlg

38、enomicsdataAiFgyExpressAndhi*erfFundionalGenomicsDabaslDnssdatafromhagh-itiraughputfunclionai9mc*nic5experirngnte,andprovidesItiesa：删曲furreiEfl1otheresi&ancticonwnuniiy.rowseArrayExpress需LatestNews11February2tl19-AfvayExp/s；&-.p起b葩讯常rpublishe-d!An旳pubicsUDH虽洌binglhedewlDpnienlEndfature-planstorlii&A

39、rray&cpressariHWmanddalahaseservicerecenllxbeenpublrshednNucleicAodsR&ssarcJi:AjrayEkpresaMpdaba-IhmMuistogJmle-cal出甲励刖斷daia_Rtadil.dodrsccwrUhebreadlhoilh&dalacorrtariedwilTinthearchiveandhoMrilhssdevelopsaverIheyears粘ren&alh&lal&stlecPinol旳wenhjedkx诒IoenDfinlcs.inpfliljculersinglecellsequeuKlna.自血

40、!tolearnaboiltheimprowdfuiKtonginfescaitslinkedsubmissonLool.Annfflare.pleaseatsthispapermyourpublkticvucsiMhemirerferenangArrayExpress图16ArrayExpress的主页ChiTaRS20ChiTaRS数据库包含嵌合转录本和RNA-Seq数据。ChiTaRS嵌合转录本和RNA-Seq数据数据库是由GenBank、ChimerDB、dbCRID、TICdb和其他用于人类、小鼠和苍蝇的数据库的表达序列标记(ESTs)和mRNA识别的嵌合转录本集合。THEIMPRO

41、VEDDATABASEOFCHIMERICTRANSCRIPTSANDRNASEQDATA*沁.vJ-aciana1血InvEssticiisriesV-viEVDncoldgcisEUMnati直RRflAiCKMin駁射帕期1AMD4砒AZtJUICHOMMNK$HUBTHEIMPROVEDDATABASEOFCHIMERICTRANSCRIPTSANDRNASEQDATA,CH-ITARS-2/1沖蚀旳也补伽mcwaimESBi誉巾mRjjAsEniGer&riktipwEitenusedtotetanychrnencrima弓orwoormoreQ啊怙瑞gengs旳宦ousantfeo

42、rthrnsncESBby附屮sequencingwefoLTdIhaflIhtEiprE55nlevelncNmertESTSisgeneralkiwandIhehghtyEesuespeciDcinnormalcel&HerewepeewrtWevmcnenn任曲創aaeMdence&i空Inis旳吕ns弓叩peofTie昶氏曰国eniniaiLiraniunpbdinesa帕證边eonfirriwd申阿Imenl曰忖byFTT-PCR|PCR.PHAcwerlnand斤曲弘艸咖1畑$feneddion.#eccNfetedgbouM.JOOcanciixetwinlBwiffilheei

43、prKxcfilereterrchmencRFlAscomUnwedhyIhtpared-endRr4A.-sequericingeipenmentaindnenailbssuesrthLm;an&metaidtillfliesGriaiMi*作附口Ciinw3ftghnPUBLISHEDUHiT廨月鸟事日邮由灯竄麻*事riumtsm鬥匕卑仃；jh盅切柯吃欝1肝力曰耳1并口內心代心哗魚口“哥勺。尸勺日即和口灯停注直日0甘网欝昌晝丑倨N*1口idgpTBi”dc;|QdQ紬阳门旧|*1Q41PuaMtHIbfl.mOhiTM雷aatstfmPfaWiiridivCQii.Diioni祝科內“口丽

44、勺rq占爭UpHOriedbyCMjvbgiiti喘用帆.COtH則盼KSNC&DC踐*皿飢图17ChiTaRS的主页GeneExpressionOmnibus(GEO)21GEO是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立的，其最初的目标是作为一个公共存储库，存储主要由微阵列技术生成的高通量基因表达数据。此外，该数据库还包括比较基因组分析、描述基因组蛋白相互作用的染色质免疫沉淀分析非编码RNA分析、SNP基因分型和基因组甲基化状态分析。NCBIRuiuca&MH谢Rj回CEQHomeDocLmencaanQuery苗曰!鮎疋唧笨。GereExpressionOmnibusWr*liqprwu

45、iQnOnrltLiiS44rchGettingStartedOwi申FMfttwinGEOOsliSfflB赳xmGEO尸町AbouIGEDJRyUiaJySitsMowtaConslrurt3AeryHwMDmwikKadDLalaToolsSsHirhterStudiesaftGEODataSetsSaardiforGerri訶啦iiJiSDPraffaiSoldiGEODwxriFrt3liCTiAfiBiyze-a5i曲hGEQ2RSoidrinihEuuYriWtifTficPragiair-alKArcFTPSif包row空eContent口帝血听E*wwr口at昭gSffifl

46、SG)PUitowia:如E1122251dDM1IU9DGEOisapjbikfundiDnaigprwmwschfcarepafcarysupfwrijngMME-ccnipfiarittihlaEubmhsianiAiray-andBfquwce-tHseddataarenceptedIndsarapridedIphelpu生hiquerfanddmfflkHdwpimTfc!amcuratedgnAKpf5diOlplfithAInrorrnAtiontorSubmittersLtjCfinra-Submh9jbnniw0sGudlnd!&UpdateGuKtainmMLCJJEEta

47、ida-daCling3rilCkimauidCu阳Bnikratruri*Z3D4wthIhrtLEb4dii|YWHOfl号til/EdrhrpaiLir圧斗=-inf4cL:n-MlHijirich,oxtansi曲ii/id芒nnrrolfidonidn劈afehiu-SevritfdistdAhiala一卯ihcanndonjichai:.assuredvjradoaid&EiitInErprLJtlonGofrasulibd|.4uknowll*Mbpyu匸irKhid*ttivImfarDncmtirRHanchErainEdhannU5MdrpartifpbEflbxih7Qr

48、ticLml:-rnsnrrtreibM.iontorrent冈lnwmpHw$WlkVlHk-MrMwa*ECM-hBdacEImSLnL土nwrnc-Hiiwrwi(hOr*cflto*MRri#irciiPTtmii詔I丽eyounb*EEAftxMirfiAiiu.Ansvwrrktaqua5donfwith伽orMppr1niani3,MlaciEhHK&tprarridn号gigorcvlIlnA,jridcase忡hpfichasis.eventsxRUwrit、Elram.IrmMt-afoundationforprund-brvaMnEdKowieswithuniquefMt

49、um-Hi-Stindud-Designbetterexpenments.Gainmoreinsights.PreparetopublishfastenOrK&minaResaarcliEdition:715datasetssnd86,733sannplMRASMDUe图20Oncomine的主页OncomiRDB24OncomiRDB主要收集和注释通过实验验证的对癌症具有促进或抑制作用的miRNA信息。该数据库的所有数据是通过人工收集和整理。47SomamiR25SomamiR数据库集成了多种类型的数据，用于研究体细胞和种系突变对癌症中miRNA功能的影响。该数据库主要收集miRNA及其靶序

50、列上的突变。另外，数据库还提供了存在miRNA靶序列体细胞突变且肿瘤相关的基因及其参与的通路。SomamiRDB2.0SomaticmutationsalteringmicrnRNA-ceRNAinteractionsmu祐titansinxpeimErHialliHEntifiecIrniR何曲Unset录聆；fLASH亏口EmticEuZtianmknExp色rimwnt古II*iciEntifiEijEiRN匹trgietmit毛耳；PAR-LIEHITHUPnwoci白tEdat亡ne舌thatfomtaiinnrhiRKIA帕阳m吐i右mutationsBiol阴icalpathwa

51、ysimwctectbysomaticmutatioTK舒l匕占anSueeI征nulitiginFinprMctedFrtiRW丸tar君Et占巴5图21SomamiR的主页肿瘤蛋白组数据库蛋白是生命活动的主要承担者，蛋白结构变异、蛋白修饰的改变以及蛋白含量的变化等导致细胞的生长和代谢变化是肿瘤发生的重要因素。表5肿瘤蛋白组数据库DatebaseDescriptionCancer3DCancermutationsandproteinstructuresCancerPPDAnticancerpeptidesandproteinsCanProVarCancerProteomeVariationD

52、atabaseCPTACClinicalProteomicTumorAnalysisConsortiumdbDEPCDifferentiallyexpressedproteinsinhumancancersCancer3D26Cancer3D数据库整合了来自TCGA和CCLE的体细胞错义突变信息，在蛋白结构水平上分析其对蛋白功能的影响。该数据库通过e-Driver和e-Drug两种算法，帮助用户分析突变的分布模式及其与药物活性变化的关系。CancerPPD27CancerPPD是一个抗癌肽(ACPs)和抗癌蛋白的储存库，在设计基于肽的抗癌疗法中非常有用。在CancerPPD中，针对每个条目，都

53、有其详细的注释信息，如肽的来源、肽的性质、抗癌活性、N-和C-末端修饰、构象等。除了天然肽，CancerPPD还含有非天然的、经过化学修饰的残基肽和D-氨基酸。CancerPPD还整合了一些基于web的工具，包括关键字搜索、数据浏览、序列和结构相似性搜索。CcautllixialrtiDHLeltifuimatiiHLBalaSu.biiiiDinDevdcipersContactAEistaDJC6RelatedDatabasesji巧孔各ielaLj2015CancerPPD:adhtabiis匕otantiDaoeerpeptidesandproteins-XucLAcids斗TCanc

54、erPPDisauniqueresoiiDceofliskind,whleliprovidesdeisiledinformationrelated10sperimentalbipTCrifiedanticancerpeptides(ACPa)andproteins.Dataw曲curatedmanuallytroinbothpabJishediritid/BS?.patentsas砧asfromohecrpoEitones.Since-Etiuetoresplayunportantrulesintheanticancera.ctLiithavepredictEditcTtiniystructu

55、res(auticancerp亡pbd-c-2usingitiLc-oiaitmethodJEPstrandsecon-danfsmicturesiatesareassignedusingDSSPTheLtnportanli伽Imreofcan-cfrPPDIsthattlalsoprovidesinformationrelatedtovm-au3tJiemicaJmodificationslikenjon-natural,D-amirwacids,modified-amin-oacidlikeoinitliine.Hiedatabaseiscross-linked-withvariousot

56、herrelatedrfsourcesinordertopimideoaniprehenisivePt=pciikBrmrseTotalPeptideEntries:3491TolalCellLines:249TotalTissueTypes:21PtolninwinSMILESTiiiUAhtseCdlLineuisaEJJiSTSlidih-lVcteJILiEMeinbiaiiiolyucnwdc口1用輛百仇StromireAlig.nzniuitibnjiimlviicmedeoifji-cticbTiMippinfKejrFeaturesDownloadS&Quena-(1)Data

57、Retrieval:Toolsfordatafetchinglikeslmplehandachancedsearchintegrated!.Inaddidon,iosearchpeptides,peptidesearchandSMILESsearchopiwnsarealsoprovided,二)DataAttahsit:BLAST3Smjtli-waterniali.sequEiceandstmcluiemappingtoolsareLnotporated!.whichfaciJjtatethesamiLaTiti1?,-ba3edseBrch.StracturpReflateAckrKxi

58、fciEdg.EmsntBrowsing:Variauisbrows-ingfieldshavebeenpraded,wtuchfacLlitalrethedatabrowHiRRina+巳ryconnienwa”SMILESmidStructures:AnimportantfeatiLftofCancerPPDisthatitcontainsinformationofACPsinSMILESforniatinaddidoriipriietedterttarv*structuresofaUACPsawavailablexvhi-chmakesit&smpreliensiveresource.图

59、22CancerPPD的主页CancerProteomeVariationDatabase(CanProVar)28CanProVar数据库整合了来自各种公共资源的蛋白质序列变异信息，重点是癌症相关的变异，CanProVar中的数据主要来源于TCGA、COSMIC、OMIM、HPI等数据库以及一些文献研究。在该数据库中，用户可在网站中搜索特定蛋白或者某种肿瘤，获取蛋白的突变情况，在结果页面会给出蛋白的基本信息、GO注释以及相关的研究文献。ClinicalProteomicTumorAnalysisConsortium(CPTAC)29CPTAC整合了基因组和蛋白组的数据，旨在识别和描述肿瘤组织

60、和正常组织中的全部蛋白，发掘可作为肿瘤生物标记的候选蛋白。DbDEPC30DbDEPC是一个专门收集肿瘤样本中出现的差异表达蛋白的数据库。在该数据库中，你可以了解你所感兴趣的蛋白质是否在某些癌症中发生了变化。肿瘤相关基因的数据库表6肿瘤相关基因的数据库DatebaseDescriptionDriverDBExomesequencingdatabaseforcancerdrivergeneNCGNetworkofCancerGenesTP53MULTLoadTP53mutationdatabaseUMDTP53TP53database6.1DriverDBDriverDB收集了来自TCGA、IC