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文档简介

1、Cytof FCS Editor 使用说明注： 请在 R3.6 版本及以后版本下运行该代码来源：/XinleiChen001/Cytof_FCS_EditorCytof FCS Editor 是用来解决不同批次数据 Panel 不一致问题推出的 FCS 文件修改工具。一、代码的运行：首先要修改两个目录的内容，wdir 是 FCS_Edit.R 所在的文件夹；rawdir 是原始FCS 文件所在的文件夹确认 regen_file=TRUE, 此时程序会生成新的marker_edit.csv; 如果不需要新产生该文件；将其改为 regen_file=FALSE (也可以通过直接添加和删除注释符实现

2、)运行到此后，在工作目录打开 fcs_edit.csv，按照下面的步骤进行相关的通道修改设置。二、fcs_edit.csv 的设定1、通道的增加：注意 FCS 文件的通道是有顺序的，在要通道的位置一行，写入 name、desc，由于它不是原始的通道，所以 original 保持空，values_to_add 一列写入表示待数值的代码（详细见文档末尾的附带说明）；一般情况下，如果仅仅是想增加一个空的通道，而不想写入有意义的数据，可以加入均值为 0，标准差为 0.01 的正态分布随机数（）；2、通道的修改通道修改包括修改通道的“desc”以及该通道的数据，只需要在 rename 输入新的名称，或者

3、在 values_to_replace 一列写入表示待数值的代码（详细见文档末尾的附带说明）即可；注意：这里不提供直接修改通道的“name“的方法，这样可能会带来通道顺序的。所以的做法是：增加一个新的通道（新 name 名称），使其数据等于原有通道，同时删除原来通道。3、通道的删除删除多余的通道很简单，只需要在 marker_to_del 一列直接输入 1 即可。三、设置好 csv 文件后，保存退出 Excel。运行剩余的 R 语言代码，检查输出的 FCS 文件。附录：values_to_add 以及 values_to_replace 要在对应行写入添加数值的代码（以下是部分常用代码参考）：1、全部加 0rep(0, nrow(Exprs)2、加入均值为 0，标准差为 0.01 的正态分布随机数rnorm(nrow(Exprs), mean = 0, sd = 0.01)3、其他通道的运算数值（符合 R 语言语法即可，通常用于多个通道的数据合并计算）：Pr141Di 通道的数值（不做运算，原始数值）Exprs$ Pr141DiPr141Di 的 2 倍加上 Nd144Di 的 3 倍2*Exprs$ Pr141Di+3*Exprs$ Nd141Di 3）Pr141Di 以 10 为底的对数log(Exprs$

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