用Material Studio构建表面模型

1、Material Studio是一款功能强大的软件，其功能当然不仅仅限于构造模型。在这里，我们就牛刀小试，用 Material Studio来构建我们所感兴趣的吸附表面。最简单的(111)或者(100)面比较容易，但是稍微复杂点的， 比如(110)面的构造如果是手工就要稍花力气。而Material Studio这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任 意切面。我们以构造Pt(110)表面为例，主要过程如下：第一，import 一个晶格体系，在structure目录里可以选择metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我们 可以看到Pt是fcc密堆结构。第二，选择build-cle

2、ave surface .然后在cleave plane对话框里设定需要解理的晶面指数，这里我们选择1 1 0。第三，选择layer的厚度，就在depth里选择fraction，也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三 层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话，可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来re cleave.a&vg plaha (h k I:北 Surface,Mesh | Dpljonpniti&nFrEtionaiAngst-iom1 1 0 ciCleavingTop 网57Cleave rule:服函二iCap跖闭函t | N航h由 刁

3、 馆tgwithr 一三匚应姑 Hslp我们设定真空层厚第四，同样在build-crystal选项里选择bulid-vacuum slab设定真空层厚度。在这里， 度为10A。H Elii Id VacuumCrystii区.虫/四一.$域OptlfiFl Vsucirrr-ariantatiuri | 匚 二侦函uurr th/k旭母.噤碗.脯境簸j25.26Q4Slab p&skion:AAGuild山丽31-七1到这里就差不多巳经搞定Pt(110)表面的构筑了。构造完的Pt(110)表面如下图所示最后，我们可以用File$rightarrow$Export菜单把它导出成cif或者pdb文

4、件。以pdb文件为例，以下是导 出的pdb文件REMARK Materials Studio PDB fileREMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006CRYST13.9242.77525.260 90.00 90.00 90.00 P1ATOM1PT1MOL2-7.848 -11.7720.0001.000.00PtATOM2PT1MOL2-7.848 -7.8480.0001.000.00PtATOM3PT1MOL2-3.924 -7.8480.0001.000.00PtATOM4PT1MOL2-3.924

5、-3.9240.0001.000.00PtATOM5PT1MOL20.000 -3.9240.0001.000.00PtATOM6PT1MOL20.000 0.0000.0001.000.00PtATOM7PT1MOL2-7.848 -9.8101.9621.000.00PtATOM8 PT1MOL2-3.924-5.8861.9621.000.00PtATOM9 PT1MOL20,000-1.9621.9621.000.00PtATOM10 PT1MOL2-9.810-11.7721.9621.000.00PtATOM11 PT1MOL2-5.886-7.8481.9621.000.00PtATOM12 PT1MOL2-1.962-3.9241.9621.000.00PtTER可见，文件中从第6列到第8列的坐标即为相应的Pt的直角坐标，而第三行中的内容分别是基矢的长度和 相对的夹角。有了这些信息，我们就可以非常容易的将Pt的结构信息用到VASP等其他程序的输入文件中。其实对v