密码子优化的思路及方法_第1页
密码子优化的思路及方法_第2页
密码子优化的思路及方法_第3页
密码子优化的思路及方法_第4页
全文预览已结束

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

1、密码子优化的思路及方法密码子优化涉及的优化点可以从基因合成、载体构建、基因转录、mRNA翻译、翻译后修饰等过程中提取，目的只有一个，就是便于相关过程的高效达成。以下内容将详细列举优化参数，并对关键参数进行概括描述。基因合成,平衡GC正反向重I.CIK,.二级结构2fi86bp基因转录ChmmoMimpRNApulynKTdN.平衡GC含量平衡CpG岛SD序列KTATA框C：ozak序列框Chi位点终止信号隐蔽剪切位点DNA表达载体构建目标7卩山甘Ef酶切基因上下文位点mRNA翻译及折叠rjirwtoHRbU.GC含量polyA位点mRNA二级结构mRNA自由能核糖体绑定位点特定功能的Motif

2、许多motif在基因表达过程中承担着重要的角色，随着研究的不断开展，功能性motif也在不断被发现，我们会将其不断地添加到南京德泰生物的密码子优化工具中。举例如下:TATA框：是构成真核生物的启动子元件之一，位于转录起始点上游-30bp处，它可以保证转录的正确定位SD序列:作为原核表达的核糖体绑定位点，是翻译必不可少的信号Kozak序列：真核生物中符合Kozak规则的基因，其转录及翻译效率较好。Chi序列：在原核生物中能够增加自然重组的几率，可能会影响人工重组蛋白的表达隐蔽剪切位点：真核生物中存在大量的隐蔽剪切位点(crypticsplicesites)，一旦被激活，会造成mRNA的剪接偏离我

3、们的预期。仔细研究转录、翻译的过程，并不断阅读基础资料及最新研究进展，不断搜集相关的motif模式，我们南京德泰生物在不断完善密码子优化算法。在载体设计上，我们要通盘考虑。当然，部分motif已经固化到了商业载体上了。重复序列重复序列过多，会增加基因合成的难度。反向互补序列也对mRNA二级结构有重要影响。GC含量相对于AT配对需要2个氢键，GC配对是3个氢键，GC含量直接影响着PCR退火温度。在启动子等保守区域GC含量相对较高。GC含量也影响着mRNA热力学稳定性及mRNA二级结构。9070603010GCContentDistributionSummary:FullLength(1200bp

4、)|A(26%317)|T(39%451)|G(9%113|0(26%319)讣疋谬谬澎够滤詩护卅討1/診样濟掙mRNA二级结构mRNA二级结构是影响翻译过程的重要因素，复杂稳定的二级结构会阻碍翻译过程的顺利进行，特别是核糖体绑定位点（RBS）附近的二级结构。mRNA的二级结构预测是一个复杂的过程，需要考虑碱基配对、自由能等多种因素，南京德泰生物的密码子优化系统可以快速有效识别发卡（Hairpin）结构区并进行有效规避。密码子偏好性不同物种的种属之间，对同义密码子的使用频率是不同的。在外源基因的同义密码子使用频率与表达宿主相匹配的情况下，外源基因的表达水平会显著提高。常用密码子适应指数（CodonAdaptionI

人人文库> 全部分类> 办公材料 > 办公文档

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论