暑期生物化学奥赛理论培训

1、暑期生物化学奥赛理论培训结构生物化学氨基酸与蛋白质核苷酸与核酸酶与核酶糖类与脂类激素与受体一、氨基酸氨基酸的结构通式不同的侧链基团，不同的理化性质蛋白质氨基酸，即标准氨基酸在蛋白质生物合成中，由专门的tRNA携带，直接参入到蛋白质分子之中共22种：20种常见+2种不常见非蛋白质氨基酸不能直接参入到蛋白质分子之中，或者是蛋白质氨基酸翻译后修饰产物 例如：瓜氨酸、鸟氨酸和羟脯氨酸蛋白质氨基酸和非蛋白质氨基酸根据侧链基团的水溶性，氨基酸可以分为：（1）疏水aa非极性R基团（2）亲水aa极性的R基团根据对动物的营养价值，氨基酸又可以分为：（1）必需aa（2）非必需aa氨基酸的分类亲水氨基酸，即极性氨基

2、酸，其R基团呈极性，一般能和水分子形成氢键，故对水分子具有一定的亲和性。它们包括：Ser、Thr、Tyr、Cys、Sec、Asn、Gln、Asp、Glu、Pyl、Arg、Lys、His；疏水氨基酸，即非极性氨基酸，其R基团呈非极性，对水分子的亲和性不高或者极低，但对脂溶性物质的亲和性较高。它们包括：Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Pro、Met、Phe和Trp。亲水氨基酸VS疏水氨基酸词记亲水氨基酸与疏水氨基酸西湖景，紫竹为骨水潺潺横笛相伴，闲听天簌静思禅流苏落，心比双丝郁中缠亲水氨基酸：西-硒代半胱氨酸；景-精氨酸；竹-组氨酸；骨-谷氨酸 谷氨酰胺；伴-半胱氨酸；天-天冬氨酸天冬酰胺

3、；籁-赖氨酸；苏-苏氨酸；落-酪氨酸；比-吡咯赖氨酸；丝-丝氨酸孤雁本色，一行斜去浮生转两鬓白，异家龙井难为甘疏水氨基酸：本-苯丙氨酸；色-色氨酸；斜-缬氨酸；浮-脯氨酸；两-亮氨酸；鬓-丙氨酸；异-异亮氨酸；家-甲硫氨酸；甘-甘氨酸必需氨基酸VS非必需氨基酸必需氨基酸是指人体必不可少，而机体内又不能合成、必须从食物中补充的氨基酸。如果饮食中经常缺少它们，就会影响健康。必需氨基酸共有10种：Lys、Trp、Phe、Met、Thr、Ile、Leu、Val、Arg和His。人体虽能够合成Arg和His，但合成的量通常不能满足正常的需要，因此这两种氨基酸又被称为半必需氨酸。余下的氨基酸则属于非必需氨

4、基酸，动物体自身可以进行有效的合成，它们包括：Ala，Asn、Asp、Gln、Glu、Pro、Ser、Cys、Tyr和Gly。一组（组氨酸）笨（苯丙氨酸）蛋（蛋氨酸）精（精氨酸）来（赖氨酸）宿（苏氨酸）舍（色氨酸）住（组氨酸）亮（亮氨酸）凉（异亮氨酸）鞋（缬氨酸） 氨基酸的缩合反应与肽的形成氨基酸的手性：D型与L型氨基酸22种蛋白质氨基酸分子中，除了甘氨酸，均至少含有一个不对称碳原子，因此除甘氨酸以外的21种蛋白质氨基酸都具有手性性质。如果以L型甘油醛为参照物，具有不对称碳原子的氨基酸就有D型和L型两种对映异构体。实验证明，蛋白质分子中的不对称氨基酸都是L型。D型氨基酸仅存在于一些特殊的抗菌肽

5、和某些细菌的细胞壁成分之中，它们不能参入到在核糖体上合成的多肽或蛋白质分子之中。氨基酸的构型与其旋光方向没有必然的联系。由于氨基酸既含有碱性的氨基又含有酸性的羧基，因此氨基酸具有特殊的解离性质，但氨基算的碱性和酸性分别弱于单纯的胺和羧酸。一个氨基酸分子内部的酸碱反应使氨基酸能同时带有正负两种电荷，以这种形式存在的离子被称为兼性离子或两性离子。特殊的酸碱性质与等电点对于任何一种氨基酸来说，总存在一定的pH值，使其净电荷为零，这时的pH值被称为等电点。pI是一个氨基酸的特征常数。在等电点pH时，氨基酸在电场中，不向两极移动，并且绝大多数处于兼性离子状态，少数可能解离成阳离子和阴离子，但解离成阴、阳

6、离子的趋势和数目相等。等电点（pI）氨基酸的主要反应性质所有氨基酸及具有游离-氨基的肽与茚三酮反应都产生蓝紫色物质，只有脯氨酸和羟脯氨酸与茚三酮反应产生黄色物质。氨基酸与茚三酮的反应与氨基酸侧链有关的反应性质与苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸有关的紫外吸收与半胱氨酸有关的氧化还原，形成二硫键与亲水氨基酸（特别是丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸）有关的磷酸化修饰与赖氨酸有关的乙酰化修饰与丝氨酸和天冬酰胺有关的糖基化修饰芳香族氨基酸的紫外吸收性质半胱氨酸的氧化与二硫键的形成二、蛋白质的结构组成的多样性大小的多样性结构的多样性功能的多样性蛋白质的多样性蛋白质可能含有一条或多条肽链一条多肽链-单体蛋白不止一条多肽链-寡

7、聚蛋白:同源寡聚体-同种肽链异源寡聚体-两种或多种不同的肽链;血红蛋白是一种异源四聚体：2条链，2条链。蛋白质可能含有非蛋白质成分多肽链 +可能是辅助因子（金属离子、辅酶或辅基），也可能是其他修饰。例如，羧肽酶的辅助因子是Zn2+；乳酸脱氢酶的辅酶是辅酶I；血红蛋白的辅基是血红素。蛋白质组成的多样性蛋白质结构的多样性一级结构 (1) : 独特的氨基酸序列，由基因决定。二级结构 (2) :多肽链的主链骨架本身（不包括R基团）在空间上有规律的折叠和盘绕，它是由氨基酸残基非侧链基团之间的氢键决定的。三级结构 (3) :是指多肽链在二级结构的基础上，进一步盘绕、卷曲和折叠，形成主要通过氨基酸侧链以次级

8、键以及二硫键维系的完整的三维结构。四级结构 (4)具有两条和两条以上多肽链的寡聚蛋白质或多聚蛋白质才会有四级结构。其内容包括亚基的种类、数目、空间排布以及亚基之间的相互作用。蛋白质的结构层次是蛋白质的共价（肽键）结构对于每一种蛋白质而言，都是独特的。由编码它的基因的核苷酸序列决定。是遗传信息的一种形式。书写总是从N端到C端。 例如，胰岛素A链的一级结构是： Gly-Ile-Val-Glu-Gln-Cys-Cys-Thr-Ser-Ile-Cys-Ser-Leu-Tyr-Gln-Leu-Glu-Asn-Tyr-Cys-Asn蛋白质的一级结构DNA: GGC ATT GTG GAA CAA TGC

9、TGTmRNA: GGC AUU GUG GAA CAA UGC UGU蛋白质: Gly- Ile- Val- Glu Gln - Cys- Cys一种蛋白质的一级结构由编码它的基因的核苷酸序列决定具有部分双键的性质（40），其键长为，介于一个典型的单键和一个典型的双键之间。具有双键性质的肽键不能自由旋转，与肽键相关的6个原子共处于一个平面，此平面结构被称为酰胺平面或肽平面与C相连的两个单键可以自由旋转，由此产生两个旋转角多为反式，但是X-Pro是例外。N带部分正电荷，O带部分负电荷。肽键的结构与性质肽平面及二面角螺旋及其他螺旋折叠转角突起环与无规则卷曲前四种二级结构具有规律，反映在拉氏图上具

10、有相对固定的二面角蛋白质的二级结构亲水-螺旋疏水-螺旋两亲-螺旋螺旋的种类肽段几乎完全伸展，肽平面之间成锯齿状；肽段呈现平行排列，相邻肽段之间的肽键形成氢键，其中的每一股肽段被称为股；侧链基团垂直于相邻两个肽平面的交线，并交替分布在折叠片层的两侧；肽段平行的走向有平行和反平行两种，前者指两个肽段的N-端位于同侧，较为少见，后者正好相反。由于反平行折叠所形成的氢键N-H-O三个原子几乎位于同一直线上，因此，反平行-折叠更稳定。折叠的主要内容两种折叠的结构比较肽链骨架以180回折而改变了肽链的方向；由肽链上四个连续的氨基酸残基组成，其中n位氨基酸残基的-C=O与n3位氨基酸残基的-NH形成氢键；G

11、ly和Pro经常出现在这种结构之中；有利于反平行折叠的形成，这是因为转角改变了肽链的走向，促进相邻的肽段各自作为股，形成折叠。转角的主要内容凸起是由于 折叠的1个股中额外插入1个氨基酸残基，使原来连续的氢键结构被打破，从而使肽链产生的一种弯曲凸起结构。凸起主要发现在反平行折叠之中，只有约5%出现在平行的折叠结构之中。凸起也能轻微地改变多肽链的走向。突起的主要内容在蛋白质分子中，除了上述四种有规则的二级结构以外，还有一些极不规则的二级结构，这些结构统称为无规则卷曲。一般说来，无规则卷曲无固定的走向，有时以环的形式存在，但也不是任意变动的，它的2个二面角（,）也有个变化范围。将相邻二级结构连结在一

12、起的环结构（黄色）环与无规则卷曲三级结构是指多肽链在二级结构的基础上，进一步盘绕、卷曲和折叠，形成主要通过氨基酸侧链以次级键（有时还有二硫键和金属配位键）维系的完整的三维结构。三级结构通常由模体和结构域组成。稳定三级结构主要包括氢键、疏水键、离子键、范德华力。蛋白质的三级结构X-射线晶体衍射核磁共振影像（NMR）（少于120aa)。冷冻电镜X射线衍射的电子密度图蛋白质晶体被还原出来的三维结构确定蛋白质三级结构的方法是在一个蛋白质分子内的相对独立的球状结构和/或功能模块，是由若干个结构模体组成的相对独立的球形结构单位，它们通常是独自折叠形成的，与蛋白质的功能直接相关。某些结构域在同一个蛋白质分子

13、上被重复使用，某些蛋白质由多个拷贝的一种和多种结构域组成。根据占优势的二级结构元件的类型，结构域可分为五类：（1）结构域完全由螺旋组成；（2）结构域只含有折叠、转角和不规则环结构；（3）/结构域由股和起连接的螺旋片段组成；（4）+-结构域由独立的螺旋区和折叠区组成；（5）交联结构域缺乏特定的二级结构元件，但由几个二硫键或金属离子起稳定作用。结构域（domain）具有两条和两条以上多肽链的寡聚或多聚蛋白质才会有四级结构。组成寡聚蛋白质或多聚蛋白质的每一个亚基都有自己的三级结构。四级结构内容包括亚基的种类、数目、空间排布以及亚基之间的相互作用。四级结构的优势四级结构一级结构决定高级结构；蛋白质的折

14、叠伴随着自由能的降低；驱动蛋白质（特别是球状蛋白质）折叠的主要作用力是疏水键，其他次级键也有作用；体内绝大多数蛋白质折叠需要分子伴侣的帮助蛋白质的折叠帮助体内球状蛋白折叠的一类蛋白质最常见的分子伴侣有HSP70和伴侣蛋白家族。HSP70通过与部分折叠的蛋白质的疏水区域的临时结合而促进蛋白质的正确折叠。伴侣蛋白则形成大的桶状结构容纳部分折叠的蛋白质完成折叠。一旦蛋白质折叠好，分子伴侣即被释放，然后再参与另一个新生蛋白质的折叠。分子伴侣谁是分子伴侣？海绵状脑病囊性纤维变性阿尔茨海默氏病帕金森氏病与蛋白质错误折叠相关的疾病SE是一种致命性神经退化性疾病，因受感染的动物在脑病某些部位出现海绵状的空洞而

15、得名。SE的致病因子是一种折叠异常的朊蛋白PrPsc 。正常动物含有PrPc。两者的一级结构完全一样，但构象不同。如果正常PrPc折叠发生错误，可变成PrPsc。 PrPsc一旦形成后，自身可以作为模板，催化更多的PrPc向PrPsc转变。PrPc 与PrPsc被认为具有相同的能量状态。但PrPc自发重折叠成PrPsc的可能性很低，这是因为两者的转变需要非常大的活化能。家族型朊蛋白疾病是PrPc基因突变造成的。突变降低了PrPc重折叠成PrPsc的活化能。PrPc基因被敲除的小鼠不会再得SE。海绵状脑病（SE）小心近墨者黑！三、蛋白质的性质紫外吸收：最大吸收峰为280nm两性解离：蛋白质的pI

16、值不能直接计算，只能使用等电聚焦等方法进行测定胶体性质沉淀反应：盐析、pI 沉淀、有机溶剂引起的沉淀和重金属盐作用造成的沉淀变性、复性水解:酸水解、碱水解和酶促水解（胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的特异性）颜色反应蛋白质的理化性质蛋白质受到某些理化因素的作用，其高级结构受到破坏、生物活性随之丧失的现象。导致蛋白质变性的物理因素有：加热、冷却、机械作用、流体压力和辐射；化学因素有强酸、强碱、高浓度盐、尿素、重金属盐、疏水分子和有机溶剂。蛋白质变性以后，其理化性质发生一系列的变化。这些变化可以作为检测蛋白质变性的指标。主要变化包括：（1）溶解度降低。（2）黏度增加。（3）生物活性丧失。（4）更容易被水解。

17、（5）结晶行为发生变化。蛋白质变性蛋白质的各种颜色反应四、核苷酸嘧啶胞嘧啶 (DNA, RNA) 尿嘧啶 (RNA) 胸腺嘧啶 (DNA) 嘌呤 腺嘌呤 (DNA, RNA) 鸟嘌呤 (DNA, RNA) 碱基碱基几乎不溶于水，这与其芳香族的杂环结构有关。互变异构酸碱解离强烈的紫外吸收，其最大吸收值在260nm。碱基的性质碱基的互变异构D-核糖 存在于RNA2-脱氧-D-核糖 存在于DNA差别：- 2-OH vs 2-H 这种差别影响到二级结构和稳定性。核糖和脱氧核糖核苷是由戊糖和碱基通过-N糖苷键形成的糖苷。核苷中的戊糖有D-核糖和2-脱氧-D-核糖两种。核苷中的糖苷键由戊糖的异头体C原子与

18、嘧啶碱基的N1或嘌呤碱基N9形成。为了避免碱基环上原子的编号与呋喃糖环上原子编号混淆，在呋喃环上各原子编号的阿拉伯数字后需加“”。核苷核苷酸是核苷的戊糖羟基的磷酸酯。核糖核苷的磷酸酯为核糖核苷酸，脱氧核苷的磷酸酯为脱氧核苷酸。理论上，核苷的5-OH、3-OH和2-OH均可以被磷酸化而分别形成核苷-5-磷酸、核苷-3-磷酸和核苷-2-磷酸。但是，自然界的核苷酸多为核苷-5-磷酸。核苷单磷酸（NMP）是指核苷的单磷酸酯。核苷单磷酸可以通过一次成酐反应形成核苷二磷酸（NDP）。核苷二磷酸再通过一次成酐反应生成核苷三磷酸（NTP）。为了将核苷二磷酸和核苷三磷酸上不同的磷酸根区分开来，将直接与戊糖5-羟

19、基相连的磷酸定为磷酸根，其余两个磷酸根从里到外依次被称为磷酸根和磷酸根。核苷酸环核苷酸的化学结构能量货币，通常是ATP，有时使用UTP（糖原合成）、CTP（磷脂合成）和GTP（蛋白质合成）；核酸合成的前体：NTPRNA，dNTPDNA；信号转导，例如cAMP和cGMP作为某些激素的第二信使，鸟苷酸能够调节G蛋白的活性；作为其他物质的前体或辅酶/辅基的成分，如ADP为辅酶I和II的组分，鸟苷酸作为第一类内含子的辅酶；活化的中间物，如UDPGlc和CDP-乙醇胺分别参与糖原和磷脂酰乙醇胺的合成；作为酶的别构效应物参与代谢的调节，如ATP为磷酸果糖激酶-1的负别构效应物，AMP作为糖原磷酸化酶的正别

20、构效应物;调节基因表达。例如ppGpp和pppGpp参与调节原核细胞蛋白质的合成。核苷酸的生物功能五、核酸的结构与功能DNA 一种类型，一种功能 RNA 多种类型，多种功能 编码RNA和非编码 (NcRNA)核酸的分类DNA和RNA的结构异同C自发脱氨基变成U修复酶能够识别这些突变，以用C取代这些U。如何区分正常的U和突变而来的U? 使用T就很容易解决以上问题。CU为什么DNA的第四个碱基通常是T?RNA临近的-OH使其更容易DNA缺乏2-OH更加稳定 遗传物质必须更加稳定RNA需要的时候合成，不需要的时候需要迅速降解。为什么DNA 2-脱氧，RNA不是?RNA处于单链状态，使其能够自我折叠成

21、可以和蛋白质相媲美的各种类型的二级结构和三级结构，这是形成RNA结构多样性的基础，否则所有的RNA与DNA一样，只能形成千篇一律的双螺旋。RNA在三维结构的多样性使其在细胞内能行使多项生物学功能。DNA通常是双链的，使其能够充分地行使作为遗传物质这项唯一的功能 为什么RNA通常单链，DNA通常双链？不同类型的RNA的功能和分布不同类型的RNA的功能和分布定义：核苷酸或碱基的排列顺序写法：从左到右，5端到3端意义：DNA一级结构贮存各种遗传信息核酸的一级结构DNA的二级结构主要是各种形式的螺旋，特别是B-型双螺旋，此外还有A-型双螺旋、Z-型双螺旋、三链螺旋和四链螺旋等DNA的二级结构DNA二级

22、结构的主要形式为Watson和Crick于1953年提出的B型双螺旋，其主要内容是：DNA由两条呈反平行的多聚核苷酸链组成，两条链相互缠绕形成右手双螺旋；组成右手双螺旋的两条链是互补的，它们通过特殊的碱基对结合在一起，一条链上的A总是与另一条链的T，G总是和C配对。其中AT碱基对有二个氢键，GC碱基对有3个氢键；碱基对位于双螺旋的内部，并垂直于暴露在外的脱氧核糖磷酸骨架。碱基对之间通过疏水键和范德华力相互垛叠在一起，对双螺旋的稳定起一定的作用；双螺旋的表面含有明显的大沟和小沟（其宽度分别为和；双螺旋的其他常数包括相邻碱基对距离为，并相差约36。螺旋的直经为2nm，每一转完整的螺旋含有10个碱基

23、对，其高度为。B型双螺旋AT和GC碱基对的配对性质X射线衍射数据Chargaff 规则碱基的互变异构DNA双螺旋结构的证据氢键氢键固然重要，但它们主要决定碱基配对的特异性，而对双螺旋稳定的贡献不是最重要的。对双螺旋稳定起决定性作用的是碱基的堆集力。碱基堆集力这是碱基对之间在垂直方向上的相互作用所产生的力。它包括疏水作用和范德华力。碱基间相互作用的强度与相邻碱基之间环重叠的面积成正比。总的趋势是嘌呤与嘌呤之间嘌呤与嘧啶之间嘧啶与嘧啶之间。另外碱基的甲基化能提高碱基的堆积力。阳离子或带正电荷的化合物对磷酸基团的中和双螺旋稳定的因素A型双螺旋、B型双螺旋和Z型双螺旋的比较如果通过某种手段使得DNA双

24、螺旋每一圈的碱基对数目多于或少于10对，将导致DNA双螺旋缠绕过多或缠绕不足；如果这时的DNA两端被固定或者DNA本来是共价闭环的，则DNA会因张力无法释放而自发地形成超螺旋结构。DNA超螺旋分为正超螺旋和负超螺旋，其中正超螺旋为左手超螺旋，由DNA双螺旋过度缠绕引起，负超螺旋为右手超螺旋，由DNA双螺旋缠绕不足引起。DNA的三级结构超螺旋RNA的二级结构主要取决于它的碱基组成，其二级结构的多样性可以和蛋白质相媲美。少数病毒RNA由两条互补的多聚核糖核苷酸链组成，它的二级结构为A型双螺旋。多数RNA仅由一条链组成，它们的二级结构主要是由链内碱基的互补性决定的：链内互补的碱基可以相互作用形成链内

25、A型双螺旋，非互补的碱基则游离在双螺旋之外，形成各种二级结构。在RNA双螺旋内常常可以发现GU碱基对。RNA的二级结构RNA分子中的GU碱基对RNA的多种二级结构第八章 脂代谢DNA+蛋白质染色质RNA+蛋白质：snRNP、snoRNP、信号识别颗粒（SRP）、端粒酶、核糖体、核糖核酸酶P和RNA病毒核酸与蛋白质形成的复合物从DNA双螺旋到染色体六、核酸的性质紫外吸收酸碱解离变性复性和杂交核酸的理化性质DNA的变性和复性定义：是指核酸受到加热、极端的pH或离子强度降低等因素或特殊的化学试剂的作用，其双螺旋区的氢键断裂，变成单链的过程。其中并不涉及共价键断裂。表征：核酸在变性时，紫外吸收和浮力密

26、度升高，黏度降低，生物活性不变、降低或丧失，其中紫外吸收增加的现象称为增色效应。Tm：双链DNA热变性是在很窄的温度内发生的，与晶体在熔点时突然熔化的情形相似，因此DNA也具有“熔点”，用Tm表示。Tm实际是DNA的双螺旋有一半发生热变性时相应的温度。DNA的Tm值受到DNA的均一性、G-C含量、离子强度和特殊的化学试剂的影响。变性核酸变性在一定条件下也是可逆的。当各种变性因素不复存在的时候，变性时解开的互补单链全部或部分恢复到天然双螺旋结构的现象称为复性。热变性DNA 一般经缓慢冷却后即可复性，此过程被称为退火。伴随着DNA复性的是其浮力密度和紫外吸收的减少、粘度的增加和生物活性的恢复，其中

27、紫外吸收减少的现象被称为减色效应。影响DNA复性的因素有温度、离子强度、DNA浓度和DNA序列的复杂度等。复性酸水解核酸分子内的糖苷键和磷酸二酯键对酸的敏感性不同：糖苷键磷酸酯键；而嘌呤糖苷键嘧啶糖苷键碱水解RNA的磷酸二酯键对碱异常敏感，得到2-或3-核苷酸的混合物；DNA对碱的作用并不敏感，其抗碱水解的生理意义在于作为遗传物质的DNA应更稳定，不易水解。而RNA（主要是mRNA）是DNA的信使，完成任务后应该迅速降解。酶促水解核酸的水解核酸的抽取 两种核蛋白的分离 蛋白质的去除 核酸的沉淀 电泳 离心 层析 核酸的纯度的检测和定量 核酸的分离、纯化和定量Sanger发明的末端终止法或双脱氧

28、法Maxam和Gilbert 发明的化学断裂法焦磷酸测序与深度测序DNA一级结构的测定除了焦磷酸测序法，近几年来，科学家还发明了一些新的测序方法，例如单分子测序法。建立在这些新的测序方法基础之上的高通量测序技术堪称测序技术发展历程的一个里程碑，该技术可以对数百万个DNA分子同时进行测序，操作极为简便，大大节约了成本和时间。这使得对一个物种基因组和转录组进行细致全面的分析成为可能，因此也称其为深度测序（deep sequencing）深度测序七、酶与辅酶酶就是由细胞合成的，在机体内行使催化功能的生物催化剂。没有酶的反应有酶催化的反应酶的定义主要是蛋白质，极少数是RNA（核酶）。酶的化学本质核酶实

29、例核糖体核糖核酸酶P某些类病毒第一类和第二类内含子某些snRNAHDV某些核开关只能催化热力学允许的反应反应完成后本身不被消耗或变化，即可以重复使用对正反应和逆反应的催化作用相同不改变平衡常数，只加快到达平衡的速度或缩短到达平衡的时间。酶与非酶催化剂的共同性质高效性酶在活性中心与底物结合专一性反应条件温和对反应条件敏感，容易失活受到调控许多酶的活性还需要辅助因子的存在，作为辅助因子的多为维生素或其衍生物。酶特有的催化性质酶的活性中心也称为活性部位，是指酶分子上直接与底物结合，并与催化作用直接相关的区域。活性中心由结合基团和催化基团组成。前者负责与底物结合，决定酶的专一性，后者参与催化，负责底物

30、旧键的断裂和产物新键的形成，决定酶的催化能力。但也可能有某些基团两者兼而有之。酶的活性中心与酶促反应的专一性属于单纯蛋白质的酶为单纯酶，属于缀合蛋白质的酶为缀合酶或结合酶。缀合酶除了蛋白质以外，还结合某些对热稳定的非蛋白质小分子或金属离子，它们统称为辅助因子。丧失辅助因子的酶被称为脱辅酶，与辅助因子结合在一起的酶被称为全酶。辅助因子包括辅酶、辅基和金属离子三类。辅酶专指那些与脱辅酶结合松散、使用透析的方法就容易去除的有机小分子。辅基专指那些与脱辅酶结合紧密、使用透析或超滤的方法难以去除的有机小分子。单纯酶VS缀合酶影响酶促反应速率的主要因素包括：酶浓度、底物浓度、反应温度、反应介质的pH和离子

31、强度以及有无抑制剂的存在等。最重要的因素：酶浓度和底物浓度影响酶促反应的因素米氏方程推导设定的3个条件：反应速率为初速率，因为此时反应速率与酶浓度呈正比关系，避免了反应产物以及其他因素的干扰酶底物复合物处于稳态即ES浓度不发生变化符合质量作用定律米氏方程 米氏反应动力学1. 解读米氏常数Km Km是酶反应初速率为Vmax一半时底物的浓度。在一定条件下，可以使用它来表示酶与底物的亲和力。一个酶的Km越大，意味着该酶与底物的亲和力越低；反之，Km越小，该酶与底物的亲和力越高。 Km可以帮助判断体内一个可逆反应进行的方向。如果酶对底物的Km值小于对产物的Km值，则反应有利于正反应。否则，有利于逆反应

32、。2. 解读Vmax Vmax也是酶的特征常数，但随着酶浓度的变化而变化。3. 解读kcat kcat称为酶的催化常数或转换数或周转数，具体是指在单位时间内，一个酶分子将底物转变成产物的分子总数。kcat的单位是s-1。如果一个酶遵守米氏方程，则kcatk2Vmax/Et。4. 解读kcat/Km kcat/Km通常被用来衡量酶的催化效率,还可以反映一个酶的完美程度。大的kcat和（或）小的Km将给出大的kcat/Km值。解读米氏方程酶抑制剂的类型可逆性抑制剂。以次级键与酶可逆结合，使用透析或超滤就可去除它们，让酶恢复活性；不可逆性抑制剂。也被称为酶灭活剂，以强的化学键（通常是共价键）与酶不可

33、逆结合，可导致酶有效浓度的降低，因此一旦失活就不可逆转。如果想恢复酶的活性，唯一的手段只能是补充新酶。酶抑制剂对米氏酶动力学性质的影响酶抑制剂作用的动力学几种常见的酶抑制剂药物可分为竞争性、非竞争性和反竞争性抑制剂。竞争性抑制剂性质：有两类，一类与底物在结构和化学上具有很强的相似 性；第二类与底物无结构和化学性质的相似性。动力学： Km值提高，但Vmax不变。非竞争性抑制剂性质：既能与ES结合，又能与游离的酶结合。而一旦它们与E结合，将导致酶活性受到抑制。动力学：Km不变,Vmax降低。反竞争性抑制剂性质：只能与ES结合，但不能与游离的酶结合。一旦它们与ES结合，将导致与活性中心结合的底物不再

34、能够转变为产物。动力学： Km降低,Vmax降低。可逆性抑制剂不合适的表达或激活导致细胞的癌变或死亡！酶需要在正确的时间和正确的地点有活性别构调节的原理在于一些酶除了活性中心以外，还含有别构中心，该中心能够结合一些特殊的配体分子（有时为底物）。当别构中心结合配体以后，酶构象发生改变，从而影响到活性中心与底物的亲和力，并最终导致酶活性发生变化。能够进行别构调节的酶称为别构酶，与别构中心结合调节酶活性的配体分子称为别构效应物。起抑制作用的别构效应物称为别构抑制剂，起激活作用的别构效应物称为别构激活剂。由底物作为别构效应物产生的别构效应称为同促效应，否则，就称为异促效应。许多别构酶具有多个别构中心，

35、能够与不同的别构效应物结合。别构调节是指酶活性因其分子内的某些氨基酸残基发生共价修饰而发生变化的过程。这种调节方式比别构调节要慢。共价修饰的方式有：磷酸化、腺苷酸化、尿苷酸化、ADP-核糖基化和甲基化，其中磷酸化是最为常见的形式。酶的共价修饰调节蛋白质的“可逆磷酸化”大多数蛋白酶以无活性的酶原形式被合成，需要通过水解（由其他蛋白酶催化或自我催化）去除一些氨基酸序列以后才会有活性，这种调节酶活性的方式被称为水解激活。实例：消化道内的酶原激活和与细胞凋亡的Caspase的水解激活。水解激活胰蛋白酶和其他蛋白酶的水解激活某些蛋白质能够作为配体与特定的酶结合而调节被结合酶的活性，这些调节酶活性的蛋白质

36、称为调节蛋白，其中，激活酶活性的调节蛋白称为激活蛋白，抑制酶活性的蛋白称为抑制蛋白。抑制蛋白通常结合在酶的活性中心阻止底物与活性中心结合而达到抑制的效果。调节蛋白的激活或抑制各种CDK与其周期蛋白搭档维生素、辅酶和缺乏症八、糖类或碳水化合物分类：单糖、寡糖和多糖。能判断一直糖类化合物属于哪一类糖类性质：旋光性（绝大多数有），还原性（单糖都有，寡糖有的有，多糖都没有），变旋（可以成环的有），颜色反应糖蛋白（一般是分泌蛋白和细胞膜蛋白）、蛋白聚糖（动物细胞外基质主要成分）、肽聚糖(细菌细胞壁的主要成分）、糖脂（细胞膜的成分）和脂多糖（革兰氏阴性细菌外膜的一种主要成分也是细菌内毒素的主要成分）常见二

37、糖的名称、结构、来源和生理功能 常见多糖的结构和性质糖类的呈色反应Molish（莫立许）反应：糖类化合物与-萘酚/乙醇在试管中混合，摇匀后沿管壁滴加浓硫酸，在两液面交界处出现紫红色环。使用此反应，可以将非糖类与糖类化合物区分开。Seliwanoff（谢里瓦诺夫）反应。糖类化合物与浓酸作用后再与间苯二酚反应，若是酮糖就显鲜红色，若是醛糖就显淡红色。根据此反应可鉴别酮糖和醛糖。间苯三酚反应：戊糖与间苯三酚/浓盐酸反应生成朱红色物质，其他单糖与间苯三酚/浓盐酸生成黄色物质；此外，戊糖还可以和甲基间苯二酚即地衣酚/浓盐酸反应，生成蓝绿色物质。利用这两个反应可以将戊糖和其他单糖区分开来。糖蛋白中寡糖基与

38、蛋白质之间的连接方式九、脂质与生物膜必需脂肪酸与非必需脂肪酸；不饱和脂肪酸中的双键一般是顺式的；简单脂、复脂和异戊二烯类脂脂肪、糖原和蛋白质三大能源贮备之比较两性脂类（磷脂、糖脂和胆固醇）与生物膜磷脂分子在水溶液中自组装形成的几种结构驱动和稳定生物膜结构形成的化学键三类膜蛋白与脂双层结构的结合方式脂筏磷脂分子在水溶液中自组装形成的几种结构膜蛋白膜蛋白是生物膜功能的主要执行者，根据它们在膜上的性质，可分成外周蛋白、内在蛋白和脂锚定蛋白。内在蛋白和脂锚定蛋白主要通过疏水键与膜脂结合生物膜的性质流动性（取决于温度和膜的组成）：温度越高流动性越高，不饱和脂肪酸含量越高以及磷脂疏水尾巴越短，膜流动性越高

39、；胆固醇是温度膜流动的缓冲剂。不对称性结构不对称性功能不对称性物质的选择透过性离子和小分子物质的跨膜运输 被动运输：不消耗能量；顺浓度梯度而行 (1)简单扩散 (2)易化扩散-需要蛋白质介导的扩散转运方式 （3）通道运输主动运输：消耗能量；逆浓度梯度而行 (1)ATP驱动的初级主动运输 (2)离子梯度驱动的次级主动运输运输方式载体蛋白 饱和动力学运输方向能量消耗简单扩散无无顺浓度梯度无通道或孔有无顺浓度梯度无易化扩散有是顺浓度梯度无初级主动运输有是逆浓度梯度直接消耗，通常是ATP的水解次级主动运输有是逆浓度梯度间接消耗，为离子梯度跨膜运输的几种方式的比较 跨膜运输的小分子物质的分类可以直接跨膜

40、的各种气体各种脂溶性小分子（如脂溶性激素和脂溶性维生素）极性的不带电荷的小分子（如乙醇、尿素、水和甘油）不可以直接跨膜的离子极性的不带电荷的小分子（各种己糖）带电荷的小分子（如氨基酸和核苷酸） ATP驱动的主动运输 （1）Na+/K+泵（2）质子泵：分为在水解ATP的时候发生自我磷酸化的P型、水解ATP的时候不发生自我磷酸化的V型和使用质子驱动力合成ATP的F型。属于P型的有植物细胞膜上的H+泵和动物胃壁细胞与分泌胃酸有关的H+-K+泵；属于V型的存在于溶酶体膜、内体和植物液泡膜；属于F型的存在于细菌质膜、线粒体内膜和类囊体膜。 （3）Ca2+泵：分布在动、植物细胞质膜、线粒体内膜、内质网膜、

41、动物肌肉细胞肌质网膜（4）ABC运输体（ATP-binding cassette transporter ）离子梯度驱动的主动运输 某一分子的逆浓度梯度的跨膜转运与另一种离子（通常是H+和Na+）的顺浓度梯度的转运相偶联 生物大分子的跨膜运输 整个过程包括局部细胞膜内陷包被附近的大分子形成小囊泡囊泡脱离细胞膜，进入胞内囊泡与细胞内膜融合（通常是溶酶体），将内容物运输到目的地。完成内吞一般需要满足三个条件：一是需要消耗能量；二是细胞外液中的钙离子；三是细胞内的运动系统。十、激素与受体各种各样的信号分子脂溶性激素和水溶性激素受体与G蛋白第二信使与蛋白质激酶常见激素的结构与功能各种各样的信号分子激素

42、、生长因子、神经递质气体信号分子：乙烯、NO、H2S、CO等。细菌的信号分子：cAMP；环二鸟苷酸（c-di-GMP）脂溶性激素和水溶性激素的性质比较第二信使与蛋白质激酶第二信使：cAMP、cGMP、IP3、Ca2+、甘油二酯（DAG）和神经酰胺等蛋白质激酶：PKA、PKC、PKG、CDK和RTK等激素受体受体的定义与本质：蛋白质受体的分类 细胞内受体细胞质受体和核受体 细胞表面受体G蛋白偶联受体（GPCR）离子通道受体酶受体无酶活性但直接与细胞质内的TPK相联系的受体所有的G蛋白与GDP结合的构象不同于与GTP结合的构象。与GTP结合的G蛋白才有活性异源三聚体G蛋白 小G蛋白某些翻译起始因子

43、、延伸因子和释放因子（蛋白质生物合成）Ras (生长因子的信号转导）Rab (小泡定向和融合）ARF (形成小泡包被）Ran (蛋白质进入或离开细胞核）Rho (肌动蛋白骨架的调节G蛋白的分类腺苷酸环化酶系统代谢生物化学真核细胞代谢的分室化代谢中的能量考虑：NADH、FADH2、NADPH、通用的能力货币（ATP）和其他能量货币（UTP、CTP、GTP和NAD+）ATP合成的两种方式：底物水平磷酸化（先形成其他高能生物分子，后合成ATP）-糖酵解和三羧酸循环；氧化磷酸化与光合磷酸化（先形成跨膜的质子梯度，后合成ATP）-呼吸链和光合链几种重要的代谢途径：糖酵解、三羧酸循环、糖异生、磷酸戊糖途径

44、、脂肪酸-氧化、脂肪酸生物合成、卡尔文循环、尿素循环、核苷酸代谢代谢途径的分室化光呼吸 叶绿体、过氧化物酶体和线粒体呼吸链定义：生物氧化过程中从代谢物脱下来的氢和电子需要经过一系列中间传递体，最后才与氧气形成水，在其间能量逐步释放。这种由一系列传递体构成的链状复合体称为电子传递体系或简称为呼吸链。 呼吸链的类型及其在细胞中的定位和功能：按照生物氧化过程中最初的氢和电子受体的性质，呼吸链可分为NADH呼吸链和FADH2呼吸链。它们位于原核细胞的细胞膜和真核细胞的线粒体内膜呼吸链的组分：非流动的电子传递体（组成四个复合体）+流动的电子传递体（穿梭于相邻的复合体之间）呼吸链的组分NAD+及与NAD+

45、偶联的脱氢酶：NAD+是一种流动的电子传递体黄素及与黄素偶联的脱氢酶 辅酶Q：属于一种流动的电子传递体。铁硫蛋白 细胞色素：细胞色素c是一种流动的电子传递体氧气氧化磷酸化的偶联机制化学渗透学说：该学说由Peter Mitchell于1961年提出，其核心内容是电子在沿着呼吸链向下游传递的时候，释放的自由能转化为跨线粒体内膜（或跨细菌质膜）的质子梯度，质子梯度中蕴藏的电化学势能直接用来驱动ATP的合成。驱动ATP合成的质子梯度通常被称为质子驱动力，它由化学势能（质子的浓度差）和电势能（内负外正）两部分组成。1对电子经FADH2和NADH呼吸链分别产生和，氧化磷酸化的抑制剂一条代谢途径需要掌握的内

46、容发生地主要代谢物和产物限速步骤能量消耗：有无底物水平磷酸化抑制剂功能相关的代谢病糖酵解发生在所有的活细胞，有氧无氧都可以进行位于细胞质基质三步限速步骤：己糖激酶、磷酸果糖激酶、丙酮酸激酶底物水平磷酸化：两步抑制剂：碘代乙酸和氟化物丙酮酸的三种命运主要功能：产生ATPNADH和丙酮酸的去向有氧还是无氧？ 在有氧状态下NADH和丙酮酸的命运 （1）NADH的命运：通过两种穿梭系统进入呼吸链被彻底氧化成H2O并产生更多的ATP。（2）丙酮酸的命运：进入线粒体基质，被基质内的丙酮酸脱氢酶系氧化成乙酰-CoA 在缺氧状态或无氧状态下NADH和丙酮酸的命运（1）乳酸发酵（2）酒精发酵TCA 循环是糖、氨

47、基酸和脂肪酸最后共同的代谢途径也称为柠檬酸循环和Krebs循环，绝对需要氧气 发生地：真核细胞线粒体；原核细胞细胞质基质限速酶：柠檬酸合酶、异柠檬酸脱氢酶和-酮戊二酸脱氢酶代谢中间物：吵， 您顺意吵，（吵得）铜壶呼盐瓶！底物水平磷酸化：一步抑制剂：氟代乙酸、砒霜和丙二酸主要功能：产生ATP；提供生物合成的原料；某些代谢中间物作为别构效应物调节其他代谢途径一分子葡萄糖彻底氧化过程中的ATP 收支情况与ATP合成相关的反应合成ATP的方式合成ATP的量糖酵解（包括氧化磷酸化）己糖激酶PFK-1磷酸甘油酸激酶丙酮酸激酶甘油醛-3-磷酸脱氢酶（NADH）消耗ATP消耗ATP底物水平磷酸化底物水平磷酸化氧化磷酸化5或6或711223或4或5（取决于NADH通过何种途径进入呼吸链）丙酮酸脱氢酶系氧化磷氧化磷酸化酸化22.55三羧酸循环异柠檬酸脱氢酶（NADH）-酮戊二酸脱氢酶系（NADH）琥珀酰-CoA合成酶琥珀酸脱氢酶（FADH2）苹果酸脱氢酶（NADH）氧化磷酸化氧化磷酸化底物水平磷酸化氧化磷酸化氧化磷酸化192.5252.5251221.5232.525总ATP量30或31或32磷酸戊糖途径又名磷酸己糖支路