Clustalx_实验指南(一步一步很详细)

1、 实验三：多条序列比对ClustalX是一种利用渐近法（）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。（）安装程序。双击安装也可从文件到自己的电脑上。下载，列表中的倒数第二个文件。1EbbHorse2.17Bba_Bu-a.Q3T59直：&匕459Myg_0hale5.r77.&D-.59.13-,77,75一CLUSTALWIQuickpairwisealignment:calculatedistancematrixHbbJ-luiiiianHbbHoreHbaHuinanHtja_H

2、orseNeighbor-Joiningtree(guidetree)MyyJWhalcalpha-helicesEEEKSATALGKVNGEEKA&VLLVDKHPADKTWVKAAWGKGAH&DKTWVK&VSKGGHEtiEVQLVIHVliAKfEIDEEVGGEEEVGGAGETGAAGETGSV&GEGCnJnJProgressivealignmentfollowingguidetree #Figure3.1clustal算法2.准备要比对的序列请查找至少存在于个物种中的同源序列（核酸或蛋白质皆可），并保存为格式，存为文本文件（所有的序列请粘贴到同一个文本文件中）。选择、或打头

3、的序列，不要选择或打头的序列，那是全基因组序列。做法可参照邮箱中的文件。打开程序开始菜单一程序一4.载入序列点最上方的菜单，选择选择你刚保存的序列文件，点打开。在左侧窗口里是格式序列的标识号，取自序列第一行“”后的字符。注意：程序无法识别汉字，无法识别带空位的文件夹名，如。各位同学保存的序列文件不要保存在桌面上或带汉字的文件夹中，推荐保存在盘根目录下。常见文件打开错误原因：序列格式有问题，非正确的格式。文件中有序列重复粘贴。TIPS:想要方便识别序列所属物种，可在每条序列“”后输入物种名，加空位即可。EXAMPLE：原格式：gi|262050536|ref|NM_002218.4|Homosa

4、piensinter-alpha（globulin）inhibitorH4（plasmaKallikrein-sensitiveglycoprotein）（ITIH4）,transcriptvariant1,mRNA 改为：humangi|262050536|ref|NM_002218.4|Homosapiensinter-alpha(globulin)inhibitorH4(plasmaKallikrein-sensitiveglycoprotein)(ITIH4),transcriptvariant1,mRNAClustaU?.d.IDEmFl1e:tWL工三出Cclors虹山灯俎?Vci

5、eWultipletizhtil+FJcde*rci：10vrccssos.-iuzo-s8|ql-1111570：?4_Li5BJ01：5n169.1:S0|ql.|n.r:76_L腌弱IjGZGRjKjCtZCJlCCtGCCSJ?CC卫工TCUAGCTGCLuLLC：7T3GCa7GjCi?.CFLZLt3CLSCITTCTTC期臼口WA7Caj?2U?2?nJ-：C!lCCI7(rCSIGiKffldGCaGUZTHZTTlCCICU：WjWTCT2WaMTCt：Ct：WaK二GR孔託G1CGR3J7：3Q*K妾佢列2孔CiJECiMTGO；羽C：EC：7T：EC：丸：兀遇JMT：XC

6、：起丸:M&C託叮CGmCG辽口GRTCECG曲晶矩卫工血眦ZT晶工胡Get咚*总|；虫蛊兀=1：詡;Z?G：航阴彌|：UGCrtATC3JHC孤3MGiICtjiP-TTCTC.CIGC.rOcSGtr：CC2k3MGGtCi!lIHIIIFigure3.2载入序列比对参数可以对两条序列比对的参数和多条序列比对的参数进行设置。的选择序列比对的参数设置点击菜单，选择再选择m得t到首先可以选择比对的效果，是还是r第一种模式采用的是动态规划算法进行比对的，第二种模式采用的是启发式的算法。除非序列非常长，一般采用第一种模式。可以选择空位罚分系统，要使用的或蛋白质替换矩阵，也可以自己上传某个替换矩阵进

7、行比对。 Figure3.3PairwiseAlignmentParameters #多条序列比对参数设置点击菜单，选择再选择得到 # #ParametersOKMultipief：=Lt-=jiTietEFEProteinWelghtMatrixBDjSl-fMseriesFAMseries(UserdefinedGortletseries:.Identityrnntrix # Loadpruteinm:iAirix:DNAWeightMatrixIl-ffiOCLUSTALWQ.B）OUserdefined序列的比对将推比）的时候，这两条序列比对结果。Figurenj3.4rMultipl

8、eAlignmentParametersqnt是指当两条序列的差异大于某个值（百分进行.它们的比对结果会在最后加入到最终的多条 等于等于1的时候，将转换（异较大时，较小时，更改输出格式点击菜单，选择默认的是输出的时候，程序将转换（当作颠换应该选择的小些（接近可选择的大些（接近）。m页面如如果需要其它格式，可在复选;）当作错配看待,看待。当参与比对的序列差），如果参与比对的序列差异格式是利用 #软件进行建树时，需要输入的格式我们将在实验系统发育树构建中用到。Figure3.5 进行比对点击菜单，选择此时出现一个对话框，提示你比对结果保存的位置，你在上一步选择了多少种输出格式，这里就会给出多少个文

9、件的路径。选择好了点即可。TOC o 1-5 h z要得到理想的比对结果，你可能需要选择不同的参数，进行多次比对，最后再对各种比对结果进行分析，选择哪个是最合理的结果（）。比对结束后生成的文件是多条序列比对的结果，可以用记事本打开浏览话在某一列比对结果下方如果出现*说明这列是完全匹配。文件是比对过程中生成的进化树，可以用（压缩包中的文件）打开浏览。CLUS7AL21.1jTijnjKjnjn_yiyi）Figure3.7Treeview打开dnd文件如果序列比对结果不理想，可以采用迭代选项，多次迭代点击菜单，选择然后再点击概型（以上介绍的都是栏下方选择）进行再比对，菜单，选择比对模式HJHR-

10、.T最佳比对结果。?s?或进行比对。还提供o一个概型比对模式，在菜单可以对两个比对结果（或将一条序列与一个比对结果（）进行比对。（ #可以利用二级结构信息指导多条序列比对。x M7CT3*:KGC.CffJGUIGKGCC：GCi?GiIGKCiI?iC7tit?CCi?GCGCCGgTGSGCTG:cci1ggIgggc?gixggjXCiKCffTGlCi：bZCtZHRTTtZKCGIEGCbGISKGCC嚟辭M6KC3J2K3CtjTtGTtffTGGCtCCtCCt6CtCCG-GCtqCtCt3Ci-3iijM7i3t7GGlCC7GtGd：iKCCiGAU23CI3CtaftAC

11、ClCCVTir3C!lTiJi:ai3CRjKTKr?IZCISGtjTI7TCjCJIjCI：KZKjCJIjCCtSCCjCCTTCjCCjCCTCGATtrTCZCtTrtjCirtZGGiiHSailft逶GA航眈囂3Ci：TCi-3GtVi|jGIjCCjGtZCftSCCTHRTCttW：CG:K3GIJCI：K2GC7iZCtIGRTTtZWCGIGi：CC3CCTCGa7(?rTC：Ci-3U?Trt3Ci?：iMiP?3iMK3J：iC5&jTtffTi?frttfCGlCGtCCti:GCCCTtSGGr&CjCC；GG話霜CCDIRTCiRGC話GACGH龙iK7iHr

12、7iMCC7Gi?7iH?i:sjCAizctTriTCCrcinsjinrcizucaix-TCtccicmtgCtmffTiiHSCTtiGGiCGGOSGiKGiK*LCS.i?ZCtniTCiTiClustaU2.0.10F_i.leEditAlLETnerlIre=sColutej：i1liyrtalp!L：iie：FrofilehlLgrner.iVodcv匚：:jLockzercllTreeview、产生的xie即后缀为b文件,可以通过“e软件浏览。旷IIIIIIIIIII解压缩并安装文件。双击后缀为文件，选择程序打开即可。其它不详之处请参考clustalM或nusti两个文件。Mai19J501J0|gt.|riT5i：i：76_L4；ljzliF0LE30E.ilATlSJSolzi:：|qt-|nr570J565|i:z5H：0L：5n74-14；|g|dFi