MaterialsStudioLinux集群安装手册(比较详细)

1、MaterialsStudioLinux集群安装手册一、安装Linux操作系统，进行系统配置一般都建议最小化安装，不用安装图形界面。下面我以redhatenterpriselinux6.0 x86-64在AMDAthlon(tm)64X2DualCoreProcessor4400+电脑上的安装为例rhel6.0的安装过程和windows差不多，一路下一步(或Next)基本就ok了，在您要进行哪种类型的安装？你如果是第一次安装，是新硬盘的话可以选使用所有空间，并勾选下边的查看并修改分区布局，然后下一步，你可以看下大概的分区情况，在RedHatEnterpriseLinux的默认安装是基本服务器安

2、装。如果对Linux不太熟的话，最好选择软件开发工作站(或SoftwareDevelopmentWorkstation)，这样基本上把要用的软件都安装上了，然后再选上下边的现在自定义(或Customizenow)，再下一步，然后把所有能选上的软件都选上，再一路下一步。安装完以后，创建一个非root用户，比如创建一个msi用户，root和msi用户密码设的简单一些比较好，别一会儿你自己都忘了，我是root和msi用的一个密码，当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些，这样课题提高系统的安全性。gccglibc-2.3.4-2.43(32-bitand64-bit)libgcc-3.

3、4.6-11(32-bitand64-bit)libstdc+-33-3.4.6-11(32-bitand64-bit)compat-libstdc+-33-3.2.3-47.3(32-bit)hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64这几个补丁，好像除了hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86和64libstdc+-33-3.4.6-112-bit没有装上之外，别的都给你装好了。这里要说的是，这些补丁每个节点都要装，千万记住。你可以用命令：rpm-qa|grepgcc查询，当然你要查libstdc+就要用命令：rpm-qa|greplibstdc+

4、了。对于hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc+-33-3.4.6-11(32-bit)的安装可以用命令rpm安装,首先切换到这两个软件包所在的目录下，执行下列命令,格式如下：rpm-ivhlibstdc+-33-3.4.6-11.i386.rpmrpm-ivhhpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm注意，这里都是在root用户执行的操作,为msi用户添加sudo命令使用权限，运行命令suroot,输入root用户的登录密码后，使用vi命令进行下面的修改:在root权限下，运行命令：vi/etc/sudoers#在r

5、ootALL=(ALL)ALL这一行下面添加一行msiALL=(ALL)ALL然后运行命令：wq!#在命令模式下，强制执行存盘退出操作注：修改后，则成功添加msi用户使用sudo命令的权限，在往后的安装中可方便进行提权操作。于各节点安装HP-MPI，安装方法：挂载MS安装光盘，对应系统版本进入下列相应目录进行安装，下面是版本信息：2：1：UNIX/Linux/hpmpi/forolderIA32LinuxUNIX/Linux_x86_64/hpmpi/forIA32Linuxsystemswithx86_643：UNIX/Linux_IA64/hpmpi/forIA64Linux.安装时需要使

6、用root用户进行安装，终端运行suroot后输入密码登录为root，使用下面安装命令：1：rpm-ivh/UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm安装后出现下面提示即成功安装Frcparing1:hpm.pihope!ocahosLhpmpi$lOOb100冷四查看各节点网络状态，修改主机名可以使用ifconfig命令，查看各个节点的网络状态。rhel6.0开机后网络是处于禁用状态，要激活网络接口，可以使用命令:ifcfgethOstart或ifupethO。一般情况下rhel6.0在安装的过程中都可以认出主机

7、的网卡，如果由于网卡太新没有认出来，那就需要到网卡官方网站下载Linux网卡驱动程序进行安装了，网上教程很多很容易掌握。使用hostname指令设置主机名。在命令行中输入下面的命令：hostnamemsinodel注意：使用hostname指令设置的主机名称仅在系统重新启动前起效，重启系统后将使用原来的主机名称。如果希望启动系统后生效，则需要修改文件7etc/hosts”。五.配置SSH免认证登录，配置过程：a.SSH免认证登录的配置：i.测试是否已经安装SSH,于终端（Terminal）中输入sshlocalhost后回车，若出现下面提示：则表示已经安装SSH。若提示失败，则需要放入安装光盘

8、进行安装。ii.于终端中输入ssh-keygen-trsa,此时它会提示你生成SSH的密钥。hopealocalhostsshLeyge口一tr-saGeneratingpublic/prtvatersskeyp召l宁.EnterfileinwhichtoeavetheLey(/home/hope/-EEh/idrea):Enterpassphrase(-emptyfornopassphrase)-Entersan*epassphr-aseagai-Vouridentificationhasbeensaedin/homse/hope/.ssh/id_rsa-Yulis口ubli-rkeyhas

9、beeisavedin/hone/hope/assh/idrss.pub-Th-ekeyfingerprintis-ec：52：5d：57-2c：5c:ab：2b：f9:f2-eaiaOiBe：4f：ef：62hopelocalho-stalocaldoniainh-opelocalhostj培|iii.此时无须设置密码，你只需要点击回车就可以了，生成的公钥和私钥会保存/.ssh/目录下。进入目录/.ssh/(命令：cd/.ssh/)，运行命令：1:cpid_rsa.pubauthorized_keys，将公钥进行复制。同样地，在其他节点上运行上面的命令，将各节点中得到的authorized_

10、key中的内容复制出来，汇总到一个文件中，命名为authorized_key，并放置于各节点的/.ssh/目录下(覆盖原有文件)。#可以在xp下使用WinSCP软件进行管理，就像处理word文档一样复制粘贴就行了，每个节点的authorized_key内容在汇总的authorized_key里各占一行。修改.ssh/目录下的文件权限以及目录权限，运行命令：1：chmod600*2：chmod700.再修改home目录的权限为只读，运行命令：1：cd2：chmod755.在各节点的对应目录重复以上命令，如成功的话，对localhos（t或者其他节点机器名）进行ssh连接则不会再出现密码提示，如图

11、：为加快SSH连接速度，使用vi命令（需要root权限）修改各个节点的/etc/hosts文件，运行下列命令：1：sudovi/etc/hosts显示如下：#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms：#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.：127.0.0.1localhost.localdomainlocalhost：:1localhost6.localdomain6localhost6：192.168.2.160mscnode1：192.168.2.161mscnode2将127.0.0.1后对应的

12、主机名删除，添加集群中各节点的IP地址和机器名，保存后退出即可，示例如下所示：#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms：#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.：#127.0.0.1localhost.localdomainlocalhost：192.168.128.160mscnode1：192.168.128.161mscnode2:w#保存，如果显示无法保存可以在w后加！强制执行：:q#退出SSH免认证登录可使用WinSCP软件进行简化。六.以集群模式安装MS先将MS文件上传到主节点。可以以打包

13、的形式上传，也可以先做成ISO,我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令示例如下：1：mkdir/mnt/iso2：mount-oloop-tiso9660ms50_unix.iso/mnt/iso在主节点上切换到MS安装用户，这里用的是hope,然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行1：./Install-typecluster2：或是直接./mnt/iso/UNIX/Install-typecluster-typecluster这个参

14、数是并行时必须加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。如果执行上述命令后出现无法安装的提示，可使用下列命令进行提权：1：chmod777/mnt/iso/-R安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。比如说我的安装目录是/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/hope/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。6.安装完成后将Accelrys目

15、录共享给其他节点，方法如下：1：vi/etc/exports#加入下面一行内容：2：/home/msi/Accelrys*（rw,no_root_squash）7.然后重启nfs服务，servicenfsrestart。如出现错误提示,则参考Linux下配置安装NFS文章中检查portmap服务是否已经启动或者运行命令是否有root权限。1）NFS服务所需的套件（1）portmap运行命令查询portmap是否安装：rpm-qaIgrepportmap#显示portmap-4.0-65.2.2.1表示已正确安装（2）nfs-utils运行命令查询nfs-utils是否安装：rpm-qa|gre

16、pnfs-utils#显示一下内容表示已正确安装nfs-utils-lib-1.0.8-7.2.22nfs-utils-1.0.9-33.el52）启动NFS服务NFS服务要正常运行，必须先启动portmap服务。使用以下命令就可以启动NFS服务：serviceportmapstartservicenfsstart3）停止NFS服务：servicesmbstop4）重启NFS服务servicesmbrestart8.然后到其他节点上使用root用户登录，执行挂载命令：1:mount-tnfs主节点名或iP地址:/home/hope/Accelrys/home/hope/Accelrys/若出现

17、错误提示，则检查该节点是否已经新建Accelrys文件夹、防火墙是否已经关闭以及SELinux功能是否已经关闭。9.导入证书。在安装光盘中找到msi.lic文件，将licenses文件中里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放至到/home/hope/Accelrys/LicensePack/Licenses里。在Terminal中运行：1:./home/hope/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_admin然后在图形界面下进行证书的导入。吕1口EdityiswItairminalTatEHelph0pegm6nodel一羊/bl

18、n/hone/medHs/匕口口七#11b/mis匚#dev/Llb/bin/license_admin-cwor:/bin/license_admin-console-wizard:即MS的安装目录10修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。重新启动网关，进入/home/msi/Ac

19、celrys/MaterialsStudio5O/etc/Gateway，执行1：./msgateway_control_18888restart13由于之前安装的时候没有将Gateway注册为自动启动服务的话，可执行下面的命令：1：cp/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/msgateway_control_18888/etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888#接上一行2：再执行命令：/sbin/chkconfig-addmsgateway_control_18888至此，MS的集群安装基本完成备注：1.防火墙配置要注意，测试时请先关闭防