基因预测软件,ORF Finder,详细使用方法

1、的遗传密码子列出所有可能的ORF区，并推导出氨基酸序列。在线网址：/gorf/gorf.html1，输入GI号或Accession，或直接输入序列的fasta格式TheORFFinder(OpenReadingFrameFinder)isagraphicalanalysistoolwhichfindsalsequenceorinasequencealreadyc,o八Thistoolidentifiesallopenreadinrbfrtesusinlinesfendardoralternativegeneticcodeandsearched

2、againstthesegyerfcedatabaseusingtheWVWVBLASTserver.TheORFsubmissions,ftisalsopaflgedviththeSequinsequencesubmESsionsoftware或FEt目格式EnterGIorACCESSION:I°布血1|ci帧orsequenceinFASTAformat>AK157965gagtcttcctgtggaccttgagacrcagcacatcccaEctgctatggiccagctgaccccagcagagcr.gcggaggcccactgggtEcgagacaccactcc

3、tgcr.gcgr-ccacftgggt两UEaagaccgggggt.ct.ccat.gct.gt.cct.cccgaccccctagaacggatgtgtgtagagaaatggaggttgetetggteaat11tgataactcggatgaaatccatgaaga-选择建倍密码辛2，结果出现六个图形，这是根据六种不同的编码方式得到的（包括正反链）。右边出现各个预测的ORF区的长度与编码方式。点其中一个就可以该区域的序列。并且有推导的氨基酸序列。一般来讲，长的ORF区基本上都是正确的，有可能编码基因。下面介绍也可以根据其它工具来验证。RedrawGenBank1W219Alteinai

4、tivIritiaiionCodons1571142042041951S9 1619671165.1698 540.S391129.1374165.404Length807!534、300I246I240Framefromto+2£4-3-1+3Pfa(n23.0(July2008f10340families)4，另一个工具是NCBI的CCD工具，网址：/Structure/cdd/wrpsb.cgi，同样输入氨基酸序列。-2nllO-l.1322-1754.957-L口1.204-1241.435竹41229-29241100+3

5、11671.1S26-211713.18263，拿到氨基酸序列后，你可以直接做blastp，如果有匹配到，就是正确的ORF区了。另外也可以用Pfam的方法，在Pfam数据库搜索。如：http:/pfam.sanger.ac.uk/，输入氨基酸序列，仅仅是序列就可以了。匹配到的话就会有结果，说明是属于那个家族的，能匹配就说明是正确的。ThePfam也alrecoliecticnofproteinFamilieseachrepresentedti/multipledEignirtentKandhiddanMarkovmodelsMore.-.輸入氨基酸序刑VJLWAPFAIMFAMILYVIEW4

6、CLANVIEWASEQUENCEVIEWASTRUCTUREKEYWORDSEARCHJUMPTOANALYZtYOUREQULNCEFOhPFAMMATCHES出现六个图形选择格式点VI瞅就能看到序列Thissearchwillusebothaloibal倉cdlocalmodels(merged)andanE-valueofL-0.YoucanfatyourawnEii：ardpaKametars»ndpiarfohmmr-anga口羊otharArchejh«fiSixFrames|161'fQiatgtgtactoaaagaam-gaggttgctct四t

7、caatEDVCSUEEHEVALVN206tttgataactcaaatccataasgccagfctataccacaFDNSDEIHEEPGYAT251彌ctttgacccaaccagetcaaaagccqccctgftagcagtcccDFI'FTSSKGRPGSSP296ttttuuaattgoFaqatftccttataacaccaaccatgaaFSN(JRVLISDNTETHEyourproteins&quenceheretcifindmatchingPfamfamilies.Length:268aaQUICKLINK*；SEQUENCESEChlJSearchConservedDoni辺insonaproteinSearchagainstdatabase:cdd27036pssmsvEnterProteinQueryasAccession,Gi,orSequenceinFAEiTAforrnmtConservedDomainsCDDHomePubMedProteinStructureL门匚日IqueryBTBSLH>erramiLu