Chem3D常用功能使用教程

1、1Chem3D介绍 提供功能提供功能制作结构：制作结构：立体旋转；立体旋转；读取读取chemDraw结构；结构；进行结构优化计算进行量进行结构优化计算进行量化结构；化结构；并和数种量子化学软件结并和数种量子化学软件结合在一起。合在一起。chem3D是一个三维分子结构演示软件2Chem3D起始界面3主界面主界面Chem3D起始界面4工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏5选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整6显示设置7视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项8显示设置属性Model Type

2、线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型9带状模型10View/Setting/Model Dispaly 菜单或菜单或F6键：五种键：五种Wire FrameSticksBall-Sticks Cylindrical BondsSpace Filling 11带状模型常用于生物分子12代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。1314选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1. 利用键工具建立模

3、型建立3D模型15线状模型16棒状模型17球棍模型18比例模型19选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转 X、Y轴旋转指示20选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示21模型结构信息 光标位于原子上，自动显示原子信息22工具栏显示原子的符号和标号23光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息 24模型的进一步信息 显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离25模型的键长数据 26模型的键长和键角数据 27乙烯模型中的双键信息 28键级改动 29显示氢及孤对电子 30不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数31选择工具，双

4、击原子，按顺序改变原子序号32隐藏或显示其它原子隐藏或显示其它原子居中居中移动到移动到色彩调节色彩调节显示元素符号显示元素符号显示元素编号显示元素编号显示实心球显示实心球显示点阵表面显示点阵表面调整键长调整键长破坏键破坏键调整键级调整键级就近结合就近结合添加质心添加质心颠倒颠倒调整矩阵调整矩阵隐藏所选部分隐藏所选部分隐藏非选部分隐藏非选部分显示所有原子显示所有原子显示邻近原子显示邻近原子显示背面显示背面定义基团定义基团33利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】34环己烷的椅式构象35使用【文本】工具输入结构式2. 利用文本工具建立模型36按【Enter】自动转化为模型3

5、7括号表示支链3839整理结构40简单优化观察分子变化414-甲基-2-戊醇模型42建立1，2-双甲基环戊烷模型4344整理结构45建立Ibuprofen(布洛芬)模型H3CCHCH3CH2CHCOOHCH34647建立十肽菌素模型4849建立十二丙氨酸醇分子模型5051改变显示方式模型类型窗口：52设为线状模型5354设为带状模型55a-螺旋模型56使用子结构建立模型3. 利用子结构建立模型57子结构模型库58选择所需的子结构，然后复制59粘贴复制结果60在子结构上进行编辑614. 使用模板建立模型6263ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5. ChemDraw和Che

6、m3D信息转换64Chem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中65（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 【View】【Atom Types.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径计算功能演示计算功能演示666768（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100 6970717273View/Solvent Accessible 菜单菜单甲苯结构甲苯结构 74（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【Compute Pr

7、operties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【Selected Properties】框中。单击ok， 757677787980(4) 检查结构能量81模型旋转对位交叉82总能量计算83空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果84模型的二面角数据85数据与模型对应86显示原子符号及序号87按动旋转数据相应改变88(5) 分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子89显示轨道时必须选择90选择分子轨道91选择HOMO轨道HOMO轨道显示

8、轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）92乙烯分子的HOMO轨道93选择LUMO轨道LUMO轨道显示94乙烯分子的LUMO轨道9596979899100101102从头算程序：从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析103 模型的输入和输出：以NaCl晶体为例： 【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。 还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，