医药信息检索与利用：PubMedA

1、PUBMED一、MedLine数据库简介*Medline数据库是当前国际上公认最权威的生物医学数据库。*是当前检索外文文献使用频率最高的数据库。*版权归美国国立医学图书馆 *期刊收录：1966年70多个国家和地区，37种语言，近5600种期刊外文数据库检索外文数据库检索*数据库类型为题录型数据库，其内容有印刷型检索工具Index Medicus（美国医学索引，IM）、Index to Dental Literature（牙科文献索引）、International Nursing Index（国际护理学索引）。*大部分为英语语种的文献，91%，文献来源以美国为主，45%，53%带有英文文摘，覆盖

2、基础医学，临床医学，护理学，口腔，卫生保健等一、一、MedLine数据库简介数据库简介 Medline数据库按照提供服务的方式，共有三种服务形式： 1、Medline数据库国际联机检索 2、Medline CD-ROM 3、基于WWW的因特网查询系统PubMed 二、二、MedLine数据库服务形式数据库服务形式Medline数据库国际联机检索 是最早期的服务方式。用户终端通过电话线连接美国国立医学图书馆Medline数据库的主机直接进行检索。检索费用高。 二、二、MedLine数据库使用形式数据库使用形式MedLine CD-ROM出版商将数据库制成光盘，然后邮寄给用户 。不同出版商的数据库

3、检索界面略有不同，我国主要引进Ovid（原Silver Platter)公司产品。检索界面与CBMdisc类似。二、二、MedLine数据库使用形式数据库使用形式PubMed(=Public+Medicine)是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的因特网检索系统PubMed。 包括 MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容，部分被MEDLINE认为超出范围的文章和杂志。 PubMed 是比 MEDLINE 的更大的集合。 是生物医学领域最重要最权威的二次文献数据库 二、二、MedLine数据库使用形式数据库使用形式 PubMed PubMe

4、d检索系统由隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的国家生物信息中心（NCBI）于1997年推出的基于Internet的免费生物医学文献检索系统，是检索生物医学期刊论文的重要工具，可免费检索MEDLINE、PREMEDLINE，部分记录还可链接到全文。 网址：/pubmed/； PubMed是检索外文医药文献最主要的题录数据库。约5%的文献免费获取全文。PUBMED数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取 5%） 提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷PUBMED数据库特点数据库特

5、点 收录范围广： MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等） 收录记录新： 在MEDLINE数据标引前的最新题录 文献类型全： 提供电子原文链接（部分免费）PubMed与与MEDLINE的区别的区别PubMed主页检索框检索工具使用说明PUBMED数据来源 PubMed中的数据来源于以下四个部分： （1）Medline PubMed的主体部分，记录末尾标有PubMed-indexed for MedLine。 （2）PreMedline 临时性的医学数据库，收录最新出版的文献，缩短文献报道时差。PreMedline中的记录每天有进有出，新进的记录标有PubM

6、ed-in process，标引好主题词和文献类型等字段的记录转入Medline。PubMed 数据来源数据来源 3）Publisher Supplied Citations 是出版商直接向PubMed递送的电子文献，记录标记：PubMed-as supplied by publisher。 （4）OldMEDLINE 目前含有1951-1965年的150多万条题录，不含有摘要，保持旧版MeSH词表的标引。记录标记：PubMed-OLDMEDLINE。 PubMed 数据来源数据来源数据来源 PubMed中的数据来源于以下四个部分： （1）Medline PubMed的主体部分，记录末尾标有P

7、ubMed-indexed for MedLine。 （2）PreMedline 临时性的医学数据库，收录最新出版的文献，缩短文献报道时差。PreMedline中的记录每天有进有出，新进的记录标有PubMed-in process，标引好主题词和文献类型等字段的记录转入Medline。PubMed 数据来源数据来源 4种数据来源中，只有第(1)和第(4) 来源的记录标引了MeSH词，因此当用主题词检索时可检索出来，而第(2)和第(3)来源的记录则未做MeSH词标引（是最新和最近发表的文献），因此用主题词检索时不能检索到。PubMed 数据来源数据来源PubMed中的每条记录都有一个唯一的识别号

8、，即PMID(PubMed Unique Identifier)号,用PMID号快速检索到该ID号对应的文献。Epub ahead of print 如果期刊是SCI收录的，以后就能查到（SCIE收录的则未必）但是要想在Web of Science(SCI)上查到，必须等到，正式出版后，有了期卷号、出版页码等信息后，才有可能Web of Science 查到.电子出版物 PubMed主页面分为3部分1. 检索区2. 主要功能区3. 辅助功能区二、二、PubMed主页简介主页简介检索区辅助功能区检索区 位于主页上方，通过点击数据库栏列表中PubMed旁边的下拉菜单，根据实际检索需要可以更改数据库

9、主要用来检索的数据库有：all database、PubMed、Protein、Nucleotide、GSS、EST、Structure、Genome等），高级检索（Advanced ），点击Help可查看检索帮助，在检索式输入框中输入检索式，点击“Search”按钮，可执行检索操作。 二、二、PubMed主页简介主页简介2. 主要功能区: 包括Using PubMed、PubMed Tools和More Resources三部分。 1 1）Using PubMedUsing PubMed 主要介绍如何使用PubMed，分为PubMed Quick Start Guide、Full Text

10、Articles、PubMed FAQs、PubMed Tutorials和New and Noteworthy共5个部分。其中： PubMed Quick Start Guide: 介绍如何快速掌握使用PubMed。 Full Text Articles： 介绍如何获得电子版全文； PubMed FAQs： 介绍在使用PubMed时的一些常见问题。 PubMed Tutorials： 详细介绍PubMed使用指南。 New and Noteworthy： PubMed未来更新告示。2）PubMed Tools 包括PubMed Mobile、Single Citation Matcher、B

11、atch Citation Matcher、Clinical Queries和Topic-Specific Queries五个部分，其中:PubMed Mobile:是PubMed手机版。Single Citation Matcher和Batch Citation Matcher:为单一/批量引文匹配检索工具，是用不完整的文献信息为线索来查特定文献的工具。Clinical Queries:可实现将检索范围限定为与临床相关的诊断、治疗、病因和预后四个方面。Topic-Specific Queries:是指按某一特殊主题来检索文献。二、二、PubMed Tools 3）More Resources

12、 包括MeSH Database、Journals in NCBI Databases、Clinical Trials、E-Utilities和LinkOut五个部分。其中：MeSH Database： 是具有检索功能的MeSH词表。可实现主题词检索方式，即通过主题词组配副主题词来检索文献。Journals in NCBI Databases： 供查询PubMed和Entrez其他数据库收录期刊的信息。Clinical Trials： 可浏览定期更新的有关政府和私人资助的临床研究项目信息。E-Utilities： 可实现自动化大批量的从Entrez数据库下载数据。并且提供了几种常用的程序语言以

13、供选择，像Perl, Python, Java, 和 C+等。LinkOut： 是指外部资源链接。n自动词语匹配。 nCookies交互功能：利用Cookies保留检索史；使用粘贴板保存检索结果 。nWeb浏览器都必须设在启用Cookies状态下 n链接点多，部分在网上免费获得全文 n原文传递服务 （二）（二） PubMed检索检索特点特点 词汇自动转换功能 强制检索功能 截词检索功能 链接功能PubMed 系统的主要功能系统的主要功能 在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种索引，对检索词进行转换后再检索。 （1 1）MeSHMeSH转换表（转换表（MeSH Tr

14、anslation TableMeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和Text word词（题名词和文摘词）进行检索。例如：键入“Vitamin h，系统将其转换成Biotin MeSH Terms OR Vitamin h Text word后进行检索。 PUBMED词汇自动转换功能词汇自动转换功能 刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式. 该转换表能

15、把键入的刊名全称转换为MEDLINE缩写后进行检索。如：在检索提问框中键入：“new england journal of medicine, PubMed将其转换为N Engl J Med后进行检索。 PUBMED词汇自动转换功能词汇自动转换功能 短语表（Phrase list）。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统和补充概念（物质）名称表。如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短语表。 PUBMED词汇自动转换功能词汇自动转换功能 著者索引（Author Index）。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的

16、词，或者键入的词是一个后面跟有12个字母的短语，PubMed即查著者索引 著者姓名,姓在前,名首字母在后。 布尔逻辑运算式： (运算符须大写）PUBMED词汇自动转换功能词汇自动转换功能 PubMed允许使用双引号（“ ”）来强制系统进行短语检索。例如，在PubMed主页的检索提问框中键入“Single cell”，并用双引号引起来，然后点击“Go”，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。 使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。 强制检索功能强制检索功能 PubMed 允许使用“*”号作为通配符进行截词检索。如：键入“bacter*”，系统会找到那些前一部分是bact

17、er的单词（如Cia, bacterium, bacteriophage等），并对其分别进行检索。 截词功能只限于单词，对词组无效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括“infection control”等 使用截词功能时，PubMed系统会自动关闭词汇转换功能 截词检索功能截词检索功能 nLimits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1950年，限制选择30天-10年 7种文献类型限制 7种语种限制 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioe

18、thics ）PubMed的辅助检索的辅助检索 链接相关文献。PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接，在检索结果的显示状态下，每条记录的右边均有“Related Articles”超链接。点击该链接，系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。链接功能链接功能 n词语（主题）检索 n著者检索 n刊名检索 n布尔逻辑检索 n日期或日期范围检索n检索带文摘的记录 （四）（四）PubMed 检索方法检索方法词语（主题）检索n主题词检索：1）在检索栏中选择MeSH数据库，输入主题词进入检索；2）使用MeSH Database。n基本检索：使用检索栏（数据库为PubMed)n例：查找哮喘的药物

19、治疗（asthma, drug therapy）n 查找闻玉梅教授的文献（Wen ymau）11条主题词检索副主题词主题词检索n选择相应主题词，点开“Send to”下拉键，选择“seach box with and ”， “seach box with or ” ，“seach box with not”n注意：在此页面一定不能点击“Go”按钮。查找醛糖还原酶抑制剂（aldose reductase inhibitor）预防糖尿病肾病(Diabetic Kidney Diseases)的方面文献。词语（主题）检索基本检索n在提问框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓 名字首字母缩写，例如wen ym.n如果在著者姓名前后使用双引号，并用著者字段标识au加以限定，如“wen ym”au，那么系统只检索著者字段 著者检索著者检索PubMed记录字段说明记录字段说明P135-136文摘文摘第一著者单位地址第一著者单位地址出版商提供文献识别出版商提供文献识别号号著者群著者群版权说明版权说明参考评论文献参考评论文献合著者合著者文献参考评论文献参考评论定稿版定稿版校样版校样版输入日期输入日期输入完成日期输入完成日期电子出版日期电子出版日期文献限定文献限定 格式格式 排列方式排列方式