遗传群体文献解读集

1、部分文章解读-遗传群体SLAF 遗传图谱篇11、SLAF-seq 高密度遗传图谱棉花重 QTL12、SLAF-seq 构建高密度遗传图谱3、基于 SLAF 技术高密度遗传图谱白菜抗霜霉病机理3大豆耐低磷机理54、SLAF-seq 技术构建西瓜高密度遗传图谱75、SLAF 构建丹参高密度遗传图谱96、SLAF-seq 技术构建黄瓜高密度遗传图谱107、花椰菜高密度遗传图谱128、首张坛紫菜的高密度遗传图谱149、SLAF 构建南美白对虾高密度遗传图谱1710、东乡野生稻由于具有多个抗冷的位点而表现出了适合高纬度环境生长的特点1911、SLAF 助力核桃高密度遗传图谱构建及炭疽病抗性 QTL.21

2、12、高密度遗传图谱枝性状23遗传图谱大豆抗核菌病 QTL 位点26密度遗传图谱构建27密度遗传图谱构建2913、全组关联分析14、SLAF 技术助力牡丹首15、SLAF 技术助力茶树首16、SLAF 技术再次构建葡萄高密度遗传图谱3017、利用 SLAF 和 SSR 标记构建鸭茅高密遗传图谱并进行开花期 QTL. 3218、樱桃高密度遗传图谱树干直径 QTL3419、珍珠蚌图谱20、SLAF-seq珍珠品质相关性状机理35水稻抗寒性状3821、SLAF-seq 构建冰草 P组首密度遗传图谱3922. SLAF 构建中蝥蟹高密度遗传图谱及 QTL 分析4023、玉米 GBS 图谱4424、海参

3、高密度遗传图谱的构建和 QTL.4925. SLAF 遗传图谱助力揭示水稻籽粒调控机制5126. 海胆 SLAF-遗传图的构建及主要性状相关 QTL55重遗传图谱篇59大豆抗性591、利用重2、基于重3、利用重构建大豆高密度遗传图谱并精细遗传图谱和 RNA-seq分析黄瓜果色和果刺.62水稻产量相关机制和提升亲本组水平644、四倍体棉花重5、表型组学、遗传图66组转录组学整合分析发现多个增产的杂种优势相关位点70枯病746、利用重高密度遗传图谱甜瓜转录组遗传图谱篇791、油菜 RNA-seq 遗传图文献. 79SLAF-BSA 篇821、SLAF-BSA 技术油菜千粒重候选. 822、SLAF

4、-BSA甜瓜果味性状843、SLAF-BSA 对桃树植株高度的. 86.87Cf-19894、SLAF-BSA5、SLAF-BSA水稻稻瘟病抗性番茄叶霉病抗性6、SLAF-BSA7、SLAF-BSA8、SLAF-BSA辣椒疫霉根腐病抗性PhR1091黄瓜抗蚜虫候选.93紫薇植株矮化性状候选949、Super BSA 技术关联分析玉米花序分生组织突变性状9610、Super BSA 技术快速水稻粒重性状9711、BSA高粱茎含水量性状9812、Super BSA拟南芥与疫霉菌免疫互作机制99品质性状的 QTL10013、SLAF 技术助力陆地棉14、BSA大白化性状102黄瓜果肉厚度10415、

5、SLAF-BSA16、SLAF-BSA 挖掘黄瓜抗白粉病的候选. 10617、Super BSA 技术高效棉花多枝 QTL 位点107（CMV）10918. SLAF-BSA辣椒抗黄瓜花叶19.利用 SLAF-BSA 快速鉴定小麦空间辐射突变体中抗条纹病.11320.SLAF-BSA 助力黄瓜耐水淹机制.118BSA 篇1353重1、重酵母 BSA 文献解读123.1242、基于二代3、水稻耐盐性状的陆地棉短Li2.1264、水稻抗低温研究1275、抗大豆疫霉菌的识别1286. DNA-BSA 助力芥菜突变.131转录组 BSA-BSR 篇1351、转录组 BSR 技术研究玉米雄性不育候选.1

6、352、向日葵抗霜霉病 BSR1393、BSR 技术快速组物种抗病141复杂技术类文章1441、不同简化组方法的比较1442、单细胞揭示卵细胞全组重组和异常分离147SLAF 遗传图谱篇1、SLAF-seq 高密度遗传图谱棉花重 QTLConstruction of a high-density genetic map by specific locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) and its application to Quantitative Trait Loci (QTL) analysis for boll weight in

7、 upland cotton (Gossypium hirsutum.)杂志：BMC plant biologyIF：3.813合作：中国农科院棉花研究背景棉花是重要的作物，提供了高质量的棉用于工业生产和人类使用。不断增长的工业需求给棉花增产提出了更高的要求。重是重要的产量因子之一，如何在不降低其他品质的前提下提高产量是育种家孜孜以求的目标。通过MAS辅助育种能够直接对型进行选择。基于遗传图谱的QTL研究可以到相应的功能或者与功能紧密连锁的标记，因此能极大地促进MAS研究。常规的SSR标记很难构建饱和的遗传图谱，而利用SNP标记则可以解决这个问题。利用高通量技术能够对全组开发SNP标记，使高密

8、度遗传图谱构建成为可能。本研究利用SLAF-seq技术对包含196个子代的陆地棉RIL群体构重的表型数据进行QTL定的挖掘。建高密度遗传图谱，并结合多年多点QTL位。同时材料和方法区域进行候选本文亲本是0-153和sGK9708，0-153品质较好，而sGK9708重性状差异极显著。F6:8重组自交产量潜力适应性广。双亲系196个。方法：利用SLAF-seq技术构建高密度遗传图谱并进行QTL。QTL结果分析软件：Windows QTL Cartgrapher 2.5。1、共获得443.56M reads共计87.89GB数据。数据Q20为82.24%，GC含量为34.47%。亲本共开发SLAF

9、102.13X。子代平均开发5万个SLAF5.3万个，深度分别为78.66X和，平均深度为14.5X。1基于SLAF共开发出 160876 个SNP，其中亲本中多态性有 23519个，多态率为 14.62%。适合棉花作图的 SNP 标记（aaxbb 型）18318 个，去除低质量、低深度和极显著偏分离的标记后后剩余 5521 个SNP用于遗传图谱构建。2、构建了棉花A组和D组连锁群26个，共3259.37cM的遗传图谱，平均图距0.78cM。其中A组包含标记3550个，遗传距离1838.37个，D组包含标记个1971个，遗传距离1971cM。（1）遗传图与棉花物理图谱共线性分析发现图谱覆盖度良

10、好，绝大多数的SNP与物理图谱的共线性良好，相对于A组的共线性更好。组而言，D（2）重组热点分析发现26条连锁群中，21条含有重组热点区域，A 套中9条LG含有重组热点，D套中12条LG含有重组热点。所有LG中，13号含有重组热点最多，有196个。3、结合多年多点的表型数据进行QTL，共检测到11个不同环境下146个重的QTL位点，其中16个能在至少3个环境中重复检测到。这16个QTLs中qBW-chr13-7能在7种环境下检测到，包含26个SNP2标记，解释表型变异率在6.13%-14.7%之间。结合参考组共鉴定出344个候选，其中340个含有注释信息，并利用GO，KEGG和KOG数据分别进

11、行种奠定基础。和MAS育富集分析。为更进一步精细2、SLAF-seq 构建高密度遗传图谱Construction of a sequence-based bin map白菜抗霜霉病机理and mapping of QTLs fordowny mildewat four developmental stages incabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis)杂志：Molecular breedingIF：1.543合作：北京市材料与方法：以 91-112（感霜霉病）和 T2-19（抗霜霉病）为亲本构建 DH 系群体，100 个子代进行图谱构建和 QTL；

12、抗性 DH 系DH100-88 和DH100-60 构建 BC2 群体用于QTL 验证。研究技术：SLAF-seq 简化平台：Illumina Hiseq 2500数据：139.46 M 个reads组QTL软件：MapQTL 3.0 ，IM法3研究结果（1）共得到亲本和子代共 139.46M 的 reads。Q30 为 86.45%，GC含量为 38.72%。双亲中开发 SLAF平均深度为19.48X 和24.43X，子数分别为 41969 和 43495 个，3825246 个，平均深度为11.14X。中，多态性标记为 7230 个，多态率为 13.47%。去除不在开发的适合DH 群体的多

13、态性标记和低深度标记后共得到 3482 个标记用于图谱构建。（2）结合开发的 slaf 标记和已经的 206 个标记进行图谱构建，最终上图标记 3688 个，共获得白菜 10 个连锁群。将共分离的标记作为一个bin，共开发出 1064 个bin，构建了总图距 858.98cM 的遗传图谱，平均图距为 0.81cM。这是迄今为止白菜中标记密度最高的图谱。如下图所示：（3）结合表型数据进行A08Bin46 和A0848 之间QTL， 在第 8 号上的 Bin到一个主效的QTL-sBrDM8，LOD 值4高达 20.71，PVE 高达 66.9%。该QTL 区域与前人研究的区间一致，证明了该遗传图谱

14、进行QTL的准确度。（4）基于该区域 SNP 信息设计了 3 个 KASP 标记，在 BC2 群体中验证 QTL 准确性。利用 KASP 标记 A08-709 检测发现，含有抗性基因且杂合的 82 个植株中抗性评级为 0-3 级，而在 82 个感病植株中（抗性评级为 5-9），79 个该区域为纯合。验证了的准确性，同时说明该标记与抗性紧密连锁，可作为MAS 育种的功能标记。3、基于SLAF 技术高密度遗传图谱大豆耐低磷机理High-Density Genetic Mapping Identifies New Major Loci for Tolerance to Low-Phosphorus

15、Stress in Soybean杂志：FRONTIERS IN PLANT SCIENCEIF：3.948合作：河业大学94-156（利用率）和 Bogao（低磷利用率）材料与方法：以为亲本构建 RIL 群体，146 个子代研究技术：SLAF-seq 简化平台：Illumina Hiseq 2500数据：188.77 M 个reads组QTL软件：WinQTlCart 2.5 ，CIM法5研究结果（1）本研究共获得 188.77M 的 reads，亲本中开发 SLAF数为23W 个左右。94-156 中 SLAF 平均深度为 20.69X，Bogao 深度为 20.87X，子代深度为 2.9

16、3X-7.86X，平均深度为 4.48X。（2）质控过滤后获得 253809 个高质量的SLAF，其中多态性标签为 34551 个，多态率为 13.61%。完整度过滤后剩余 30354 个 slaf编码的aaxbb 型标记为 6178 个用于遗传用于图谱构建。型编码，（3）利用 HighMap 软件构建了大队 20 个连锁群图谱，上图标记为6159 个，完整度达到 95%。上图标记在亲本中的深度分别为 54.19X和 54.02X，子为 7.89X。该图谱覆盖了大豆组 3020.59cM 的上图标记有 616遗传距离，平均图距为 0.49cM。其中第 15 号个，平均图距为 0.25cM。（3

17、）图谱评估构建好的图谱进行热图评估，共线性评估和单体来源评估：显示出图谱构建的精确度和准确度。（4）结合多年的表型数据进行 QTL，总共到 85 个与低磷性状相关的QTL 位点。遗传图距在 5cM 以内的称为同一个区域，以此为标准，85 个QTL 分为 20 个区域，其中 12 个区域与前人研究结果一致（同样的群体），新发现的区域有 8 个。其中一个 q4-2 在多个环境均能检测到，LOD 值在 3.36-8.57 之间，解释表型变异率在67.42-28.1%之间，如下左图所示。同时到结合前人研究结果有交了QTL 的克隆。如下右集的QTL 区域，缩小了图所示。区间，大大文章亮点：将高密度遗传图

18、谱QTL结果与前任研究结果对比，将磷利用效率的QTL 区域显著缩小，大大促进改QTl 的克隆进程。4、SLAF-seq 技术构建西瓜高密度遗传图谱Constructionofahigh-densitygeneticmapforwatermelon(Citrulluslanatus L.) based on large-scale SNP discovery by specific lengthamplified fragment sequencing (SLAF-seq)杂志：Scientia HorticulturaeIF：1.365合作：中国农科院郑州果树所材料与方法：以 ZXG1478（

19、 F2 群体，93 个子代研究技术：SLAF-seq 简化平台：Illumina Hiseq 2500数据：85.60 M 个reads 研究结果）和 14CB11（父本）为亲本构建组（1）共获得 17.61GB 数据，Q30 位 76.14%。GC 含量为 35.31%。父中 SNP 数量为 167034 和 164450，平均深度分别为 28.05X 和20.13X，子SNP 数量为 130271 个，平均深度为 5.46X。数据过滤后多态性SNP 为 8028 个，多态率为 4.45%，去除显著偏分离标记7和完整度低于 70%的标记后剩余标记用于遗传图谱构建，（2）构建了西瓜 11 个连

20、锁群的遗传图谱，包含了 2817 个SNP，总图距为 1906.31cM。平均图距为 0.72cM。最大的为第 9 号连锁群，包含 478 个标记，平均图距为 0.40cM。（3）利用遗传图谱锚定西瓜参考scaffold 共计 276.68Mb 的参考组 scaffold。共锚定了 184 个组。在第 2-第 10上锚定效果好，在第 1 号第 11 号锚定效果一般。（4）与西瓜物理图谱进行共线性分析除了第 1 号第 11 号之外，其他均表现出良好的共线性。与第（4）点结果一致。85、SLAF 构建丹参高密度遗传图谱Construction of the first highdensity ge

21、netic linkage map of Salvia miltiorrhiza using specific length amplified fragment (SLAF) sequencing杂志：Scientific ReportsIF：5.578研究物种：丹参研究技术：SLAF-seq 简化组材料选取：两个亲本及 96 个F1 子代策略：Illumina Hiseq 2500数据：155,958,181 pair-end reads主要结果（1）此研究总共获得 155.96Mb 的高质量reads，Q30 为 89%，GC 含量为 41.96%，父数据，155,958,181 个的平

22、均深度为83.43× ，子代平均深度为 10.36× 。（2）通过严格的质控标准，共获得了 151,035 个高质量的 SLAF 片段，其中 62,834 个具有多态性，多态率为 41.60%。过滤父信息、完整度过低，和不适合该群体作图的多态性标记后，采用HighMap 作图软件，计算两两标记之间的重组率和 LOD 值，采用最短距离法进行聚类分析，选择回归算法和MST 算法估算相邻标记间的遗传距离，通过回归排序分析获得连锁群内标记的最佳线性排列顺序，将所有标记划分到 8 个连锁群中，构建了丹参首密度遗传图谱。此图谱包含 5,164 个标记，总图距为 1519.04 cM ，

23、标记间平均距离为 0.29 cM。（3）HighMap 软件对构建的图谱进行了独创性的图谱评价，双交换及比例小于 0.02%。文章亮点：首张丹参高密度遗传图谱，之前只有一张丹参遗传图，上图标记9仅有 97 个；亲本及子代高深度，保证标记分型的准确性。6、SLAF-seq 技术构建黄瓜高密度遗传图谱A High-Density Genetic Map for Cucumber (Cucumis Sativus L.) Based on Specific Length Amplified Fragment (SLAF) Sequencing and QTL Analysis of Fruit Tr

24、aits in Cucumber杂志：FRONTIERS IN PLANT SCIENCEIF：3.948合作：上海交通大学材料与方法：以 S1000（、小叶短果）和S1002（父本、大叶长果）为亲本构建F2 群体，153 个子代研究技术：SLAF-seq 简化平台：Illumina Hiseq 2500数据：93.46 M 个reads 研究结果（1）此研究总共获得 22.98.69G 的高质量组数据，143.63 M 个reads，Q30 为 81.35%，GC 含量为 39.04%，父本的深度为 39.95为 29.05× ，子代平均深度为 3.45× 。×

25、 ，（2）通过严格的质控标准，共获得了 115,789 个高质量的 SLAF 片段，其中 15,946 个具有多态性，多态率为 13.77%。过滤父信息、完整度过低，和不适合该群体作图的多态性标记后，采用HighMap 作图软件，计算两两标记之间的重组率和 LOD 值，采用最短距离法进行聚类分析，选择回归算法和MST 算法估算相邻标记间的遗传距离，通过回归排序分析获得连锁群内标记的最佳线性排列顺序，将所有标记划分到 7 个连锁群中，构建了黄瓜高密度遗传图谱。此图谱包含 3,057 个标记，总图距为 1061.19 cM ，标记间平均距离为 0.35 cM，是目前标记密度最高的黄瓜图谱。10（3

26、）收集了 F3 群体 3 年的表型数据(2013autumn，2014 spring and2015 spring)代表 F2遗传图进行果实长度和（F2:3），利用本获得的黄瓜高密度到 15 个 QTLs，解的QTL，共释表型变异 5.7%-13.6%。117、花椰菜高密度遗传图谱Genome-WideSingle-NucleotidePolymorphismsDiscoveryandUsingHigh-DensityGeneticMapConstructioninCauliflowerSpecific-Locus Amplified FragmentSequencing杂志：FRONTIER

27、S IN PLANT SCIENCE合作：浙江农业研究物种：花椰菜研究技术：SLAF-seq 简化组分别为花球紧凑型“4305”和花球松散型“ZN198”，材料选取：父构建DH 群体，获得 79 个子代策略：Illumina Hiseq 2500 数据：77.92 M pair-end reads文章解读：1、双亲的深度分别为 52.66×和 49.35×，子代平均深度为4.71×,Q30 达到 91.07%。通过严格的质控标准，共获得了 81,311 个高质量的SLAF markers，其中 6815 个具有多态性，多态率为 8.38% ； 2、构建了包含 9

28、条连锁群的花椰菜高密度遗传图谱，1776 个SLAF（2741 个 SNP），总图距为 890.01 cM, 物理距离为 364.9Mb，标记间平均距离为 0.50 cM；3、通过花椰菜遗传图和物理图谱的共线性比较，发现在 4 号连锁群上存在明显的片段倒置,可能与花椰菜和甘蓝的分化有关；124、通过HighMap 构图软件对花椰菜图谱进行了独创的质量评估：组是甘蓝（B.首先是共线性评估，由于本用的参考oleracea var. capitata），通过花椰菜遗传图和甘蓝物理图谱的共线性比较，发现在 4 号连锁群上存在明显的片段倒置,可能与花椰菜和甘蓝的分化有关；为了评价图谱的准确性，构建的单体

29、来源图，用来分析鉴定有没错误的分型数据。单体来源评估包含每条连锁群上双交换位点及13比例的统计。在一条连锁群中，双交换的比例越高，表示图谱的在 3%以下。在本研分型或顺序存在一定的问题，通常把双交换比例都为 0。究中，双交换和最后是热图评估，可以直观的展示每条连锁群上标记之间的重组关系，通过相邻标记间重组率大小可以评估排图准确性。8、首张坛紫菜的高密度遗传图谱Construction of a dense genetic linkage map and mapping quantitative trait loci for economic traits of a doubled haploi

30、d population of Pyropia haitanensis (Bangiales, Rhodophyta)期刊：BMC Plant Biology合作：集美大学14研究背景紫菜是最重要的海洋大型藻类之一，分布广泛且价值高。在中国，坛紫菜占总紫菜产量的 75%。到目前为止，由于种质相对匮乏，传统标记密度低且匮乏，工作量大，培育高产优质坛紫菜品种工作进展十分缓慢。通过 NGS 技术构建高密度遗传图谱极大地促进了功能挖掘研究。SLAF-seq 是基于酶切的简化组技术，在大幅降低基因组复杂度的同时还可以避开重复序列，且成本低廉，不受参考组的限制，适用于大规模遗传群体的标记开发，已经应用在水

31、稻，玉米，棉花，大豆，核桃，牡丹，黄瓜，茶树，白对虾等不同物种上。数量性状尤其是复杂数量性状结合MAS 育通过高密度遗传图谱种是培育高产优质紫菜品种的高效的途径。本研究利用 SLAF-seq 技术构建了首张坛紫菜的高密度遗传图谱，并结合表型性状进行 QTL础。方法与结果1、遗传图谱构建，为坛紫菜育种奠定坚实基，最终选择 HaeIII 和Hpy166II 双酶切，以包含 100通过酶切的坛紫菜 DH 系为材料，结合 SLAF-seq 技术个。共获得120.33Gb 的数据，Q30 达到 78.52%，GC 含量为 53.19%。其中父母量分别为 1.6Gb（75.5X）和 1.5Gb（74.02

32、X），子代平均深度本为 6.14X。共获得 188,982 个高质量的SLAF，其中多态性 SLAF有 8553 个，去除不适合 DH 系作图的标记后，适合上图的标记仅仅只剩下 2 个。这个时候显然需要转变思路利用这些标记。在过滤掉的标记中有大量的片段长度多态性标记（与组比对，暂未组），即SLAF 序列一致，但是片段长度在亲本之间不一致，该标记，利用这个特点，在 180,394 个被过滤的非这也可作为一种SNP 多态性标记中，筛选得到 86190 个长度多态性标记，去除低深度，偏分离的标记后筛选到 6713 个长度多态性标记用于连锁图谱构建。通过连锁分析之后，共有 4550 个标记上图，另外

33、2181 个标记未检测到与连锁群连锁。利用这 4550 个上图标记构建了 740 个 Bins，继续以 Bins 为标记上图，最终得到覆盖组 874.33cM 的遗传图谱，5 个连锁群，平均图距为 1.18cM。利用单体来源评估和热图评估评价15该图谱的质量。结果表明通过以上流程得到一密度的遗传图谱，可用于QTL和辅助组组装。2、QTL利用以上构建的高密度遗传图谱进行叶片长度，宽度，厚度，鲜重，叶片生长速度和鲜重增长速度QTL，软件为winQTLCart，LOD 值为 2.5，共检测到 15 个不同性状的QTL 位点。单个 QTL解释表型变异率在 9.59% 到 16.61%之间， 置信区间在

34、 0.97cM 到16.51cM 之间。研究结论本研究利用 SLAF-seq 技术构建了坛紫菜第一密度遗传图谱，并QTL 精细到了 15 个与重要、坛紫菜高产优质性状关联的 QTL 位点，为后续的育种奠定坚实基础。同时这张高密度遗传图谱也将助力坛紫菜组组装到水平。169、SLAF 构建南美白对虾高密度遗传图谱Genome survey and high-density genetic map construction providegenomicandgeneticresourcesfor Litopenaeus vannamei杂志：Scientific ReportsIF：5.578研究物

35、种：南美白对虾thePacificWhiteShrimp研究技术：SLAF-seq 简化组材料选取：两个亲本及 149 个F1 子代策略：Illumina Hiseq 2500，PE100 数据：456,620,260 个 reads主要结果：本研究采用 Illumina Hiseq 2500，PE100 的策略，所用的群体类型是F1，149 个，利用SLAF-seq 技术对样品进行高通量标记。共获得 456,620,260 个 reads，开发了 114，829 个SLAF开发，其中多态性标记 25,140 个，编码的高质量标记 6359 个，采用拟测交的原理构建了包含 44 个连锁群的遗传

36、图谱，总图距为4,271.43 cM，平均图距为 0.7cM，其中雄性图包含 4201 个标记，雌性图包含 4396 个标记，中性图包含 6146 个标记，同时对构建的图谱进行了独创性的图谱评价。白对虾部分连锁群结合白对虾生长性状的数据分析到 11 个与体长紧密相关的QTL 位点，7 个与体重相关的 QTL 位点，分布于不同连锁群上，其17中只有Marker 7605 与两种性状同时显著相关，对于后续的辅助育种具有很好的利用价值。标记体长相关的 QTL到体重和体长 QTL 共 11 个，共可解释表利用区间作图法，型变异为 38.56%。其中位于连锁群 33 标记 24250 位置的 QTL 解

37、释表型变异达到 17.9%，LOD 值为 6.5，为一主效QTL。白对虾是一个高杂合物种，其组含有 80%的重复序列，其基因组组装是一个很大的难题。本研究通过对遗传图谱、白对虾初步组装的 Scaffold、BAC的序列进行共线性比较，最终使得 5922 个标记锚定到 5885 个Scaffold 上 ，有利于后续白对虾的组组装。遗传图、Scaffold、BAC 共线性比较1810、东乡野生稻由于具有多个抗冷的位点而表现出了适合高纬度环境生长的特点Multiple coldloci confer the high cold tolerance adaptation ofDongxiang wil

38、d rice (Oryza rufipogon) to its high-latitude habitat.杂志：Theor Appl Genet合作：中国亚热带农业研究物种：禾本科稻属水稻研究技术：SLAF-seq 简化材料选取：耐冷亲本 DXWR组和 不耐冷亲本Xieqingzao B 构建的 94个 BILs(BC1F7)群体；耐冷亲本 DXWR 和不耐冷亲本 1504 构建的146 RILs 群体；由 DXWR 和 0298 杂交选育而成的超级耐冷的材料DY1，用于构建高密度图谱和进行QTL；选取分布于 5 种型的 39 个栽培水稻和来自全世界的 40 个普通野生稻，用于DXWR 的系

39、统进化分析。策略：Illumina Hiseq 2500数据：46,594,650 pair-end reads文章解读：水稻是一个对冷害敏感的作物，冷害会减少水稻产量，是影响水稻减产的重要因素。本研究发现了利用水稻野生种DXWR 和稻0298 选育出了一个高抗冷害的水稻品系 DY1 ，并对水稻野生种DXWR 的抗冷遗传性状进行了分析，采用 SLAF-seq 技术开发标记，利用 HighMap 软件排图构建高密度遗传图谱，结合表型性状对该性状进行QTL，并利用进化树分析对来自 5 个类型的 39个栽培水稻和来自全世界的 40 个普通野生稻进行了分析，发现水稻野生种DXWR 属于Or-III 类

40、群。主要结果：1、将水稻野生种DXWR 及其衍生系DY1 和常规栽培品系冷害处理6 天，DXWR 存活率达到 100%，DY1 的存活率达到 90%，其存活率显著高于栽培品系XQZB 和 1504，这两个品系在该处理下存活率几乎为零，表明DXWR 和DY1 抗冷性极强。192、双亲的平均深度为 67.3×，子代平均深度为 4×。通过严格的质控标准，共获得了 50,109 个高质量的 SLAF 片段，其中10,519 个具有多态性，多态率为 21.0% 。过滤父信息、完整度过低，和不适合该群体作图的多态性标记后，获得 4740 个量的SLAF marker。构建了包含 480

41、3 个标记，总图距为 1537.1 cM, 标记间平均距离为 0.32 cM 的连锁群。3、与水稻组进行共线性分析，结果显示标记的排列和顺序与基因组一致，除了在 8 号和 11 号上。并且 SLAF 标记覆盖了大部分组，除了 2 号上有约 7Mb 的区间无 SLAF 标记。然而通过PCR 分析显示在双亲中有特异扩增产物，说明无大片段。4、对构建的 BIL 进行了 QTL3、7、8、9、11、12 个，共检测到了 15QTL，分别位于 2、上。这些 QTL 的加性效应为 0.21-0.61，对存活率的贡献为 9.5%-26.9%，可以解释 13.8-35.7%的表型变异。并对这些QTL 在 RI

42、L 群体中进行了验证，QTL 包括qCTS7.2、qCTS2.1、20qCTS2.3、qCTS3.3、qCTS12.1、 qCTS12.3 、qCTS2.2、qCTS7.1 和qCTS12.2 均可在 RIL 群体中检测到。qCTS3.2、5、利用进化树分析对来自5个类型的39个栽培水稻和来自全世界的40个普通野生稻进行了分析，发现水稻野生种DXWR属于Or-III 类群，而Japonica也来源于Or-III 类群，Indica来源于Or-类群，因此推断其抗冷来源于Japonica。11、SLAF 助力核桃高密度遗传图谱构建及炭疽病抗性 QTLConstructionofahigh-dens

43、itygeneticmapusingspecificlengthamplified fragment markers and identification of a quantitative trait locusforosein walnut (Juglans regia L.)21杂志：BMC Genomics合作：山东农业大学研究物种：核桃研究技术：SLAF-seq 简化组为 Yuan Lin（感病），父本为 Qing Lin（抗病），构材料选取：建F1 群体，获得 84 个子代群体策略：Illumina Hiseq 2500数据：472,66 M pair-end reads文章解读：

44、核桃，为植物，种植面积广泛，且核桃仁含有丰富的营养素，与扁桃、腰果、榛子并称为世界著名的“四大干果”。由于易炭疽病，导致核桃的产量严重受到影响。传统的抗病已满足不了生产要求，因此通过抗病育种，提高抗病能力才是防御炭疽病的有效途径。1、本研究总共获得高质量数据 161.64M pair-end reads，GC 含量为 41.50%，Q20 为 83%，父本深度为 127.19×为 99.38×，深度为 15.04 ×。子代平均图 1.子代标记深度和数量2 、通过严格的质控标准， 共获得了 153,820 个高质量的 SLAFmarkers，其中 49,174 个具

45、有多态性，多态率为 31.97% 。过滤父母本信息、完整度过低和不适合该群体作图的多态标记后，获得13,635 个高质量的多态性SLAF。3、通过计算标记间的遗传距离，将 2,577 个多态性划分到 16 个连锁群，构建了包含 5，043 个SNP 位点的核桃高密度遗传图谱，总图距为 2,457.82 cM，相邻标记间的平均距离为 0.95 cM。图谱包含三22，SNP_only，InDel_only，SNP&InDel，种类型的多态性其中SNP_only比例达到 89.25%。图 2.核桃高密度遗传图谱到一个与炭疽病抗性相关的QTL 区间，位于4、采用区间作图法LG16 连锁群上 1

46、65.51-176.33cM 的区间范围内，此区间包含 10 个多，表型贡献率为 16.2%-19.9%，LOD值为 3.22-4.04。态性图 3.炭疽病抗性相关QTL结果12、高密度遗传图谱枝性状High-density genetic map construction and identification of a locuscontrolling weeping trait in an ornamental woody plant (Prunus mume23Sieb. et Zucc).杂志：DNA Research合作：北京林业大学研究物种：蔷薇科李属梅研究技术：SLAF-seq

47、简化组为LiuBan（直立性状），父本为 Fen Tai Chui Zhi（垂材料选取：枝性状），构建F1 群体，获得 387 个子代策略：Illumina Hiseq 2500数据：472,66 M pair-end reads文章解读：对于观赏树木(包括灌木)来讲，和枝姿同花一样具有同等重要的观赏价值。许多观赏树木具有垂枝类型(penduloustype),如龙爪槐、垂枝桑、垂枝榆、垂枝梅等等。因此，状对改良梅性状具有重要的意义。垂枝性本研究采用SLAF-seq 技术开发标记，利用 HighMap 软件排图构建高密度遗传图谱，结合表型性状进行QTL。此外，借鉴Mupmap-like 和 B

48、SA 的研究策略对数据进行分组分析，通过计算每个SLAF marker 的(SLAF-index)值的方法，进一步精细性状。主要结果：垂枝1、双亲的平均深度为 35.15×，子代平均深度为 4 ×。通SLAF 片段，其中过严格的质控标准，共获得了 230,584 个高质量的93,103 个具有多态性，多态率为 40.35% 。过滤父信息、完整度过低，和不适合该群体作图的多态性标记后，获得 9412 个量的SLAF marker。242、构建了包含 8007 个标记，总图距为 1550.63 cM, 标记间平均距离为 0.195 cM 的连锁群。其中父本标记深度为 155.7

49、7×，为98.21×，子代平均深度为 8.18×，标记平均完整度为 96%。3、与桃组进行共线性分析，6,837 个 SLAF markers 可以比对到桃属物种组上，其中梅花 LG5 比对到桃 ch2 和 ch4 上，说明梅与桃李发生了或易位。4、在 F1 群体中，垂枝：直枝性状比为 165:222 ，偏离 1:1 的分离比，说明在LiuBan 和FenTaiChuiZhi 亲本中垂枝性状由一个主效协同几个微效共同调控。5、通过 R/qtl 软件将垂枝性状在 7 号上。通过计算每个SLAF marker 的(SLAF-index)值的方法，进一步精细在 7 号染

50、色体 1.14 Mb （10.5411.68 Mb）区域内，获得 18 个候选对其进行功能注释。，并2513、全位点Loci and大豆抗核菌病 QTL组关联分析遗传图谱candidate gene identification forto Sclerotiniasociation andsclerotiorum in soybean (Glycine max L. Merr.) v linkage maps.杂志：Plant Journal合作：东北农业大学研究物种：豆科研究技术：SLAF-seq 简化材料选取：306 份大豆品种(从组收集的 2000 份大豆种质中筛选出，306 份材料包括

51、抗病和感病材料、不同地理区域的 105 份地方品种和201 份骨干品种)和 24 份国外种质为研究材料进行 GWAS 分析；以Maple Arrow（抗病）和 Hefeng 25（易感）为亲本构建重组自交系遗传群体 128 株，通过 SSR 标记构建遗传图谱。所有材料经 40mM 草酸处理 48 小时后测定OD518 值。策略：Illumina Hiseq 2500数据：11.39 Gbp文章解读：大豆是我国重要的农作物，对保障粮食生产安全有着重要意义。自然界存在的各种病害严重影响大豆的生长与产量，而大豆菌核病（SWM）的发生不仅降低了产量，也降低了大豆含油量，是影响大豆经营成果的重要病害之一。大豆菌核病主要影响地上部，在大豆苗期、成株期均可发病，造成苗枯、叶腐、荚腐等症状。