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文档简介

1、其明生物信息其明生物信息甲基化芯片数据分析应用DNA甲基化CpG岛DNA甲基化在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移酶的作用下，使CpG二核苷酸5端的胞嘧啶转变成为5甲基胞嘧啶。通常是基因的启动子区域，5端非翻译区和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。 DNA甲基化过低 CpG岛高甲基化肿瘤 出生后发育发育 整体甲基化水平衰老研究DNA甲基化的意义DNA甲基化与肿瘤发生p高效液相色谱p重亚硫酸盐测序p甲基化特异性PCRp焦磷酸测序p甲基化DNA免疫共沉淀常用的检测手段其明信息AFFYMETRIX甲基化芯片实验甲基化芯片实验Human Promot

2、er 1.0RHuman Tiling 1.0R/2.0R样品交联染色质片段化CHIP洗涤纯化PCR扩增DNA片段化标记杂交洗脱扫描甲基化实验流程p利用甲醛对样品进行固定，使蛋白与染色质进行交联样品交联p超声波打断染色质染色质片段化p特异性MBD2抗体结合免疫共沉淀-CHIPp对CHIP染色体进行进行纯化，并对DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测CHIP效率洗涤纯化p利用随机引物扩增CHIP和对照组DNA片段PCR扩增p使用DNA末端标记试剂盒将PCR扩增产物打断成碎片DNA，并进行标记片段化&标记杂交洗脱扫描其明信息甲基化芯片数据分析及应用甲基化芯片数据分析及应用Affymetrix单通道/

3、转录因子Nimblegen双通道甲基化芯片数据类型单通道甲基化芯片数据分析原始数据数据解析数据质控标准化算Ratio值RMS/AMS富集Peak差异比较注释数据解析数据质控信号分布数据质控MA图散点图GC含量及ATCG位置信号分布标准化标准化标准化双通道甲基化芯片数据分析Ratio值RMS/AMSFILTER差异探针注释p每个样本的信号值和Input信号值的比值原始数据pAMS（绝对甲基化水平）染色体区域范围内探针所代表的甲基化水平pRMS（相对甲基化水平）探针所代表的相同数量CpG的甲基化水平RMS/AMS计算MEDMEpMEDME对smoothed log-Ratio进行处理，使用全甲基化数据构建出log-Ratio对AMS的模型。再代入待测样本的log-Ratio数据计算出RMS。p探针filter完全相同值的探针pPeak filter没有peak的区域FILTER利用随机方差模型（RVM）修正的的t-test或f-testRMS值P值差异甲基化探针筛选根据promoter的定位注释甲基化探针所属的基

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