nti中文利用说明书

1、VectorUser'sManual软件包中文翻译者：宋厚辉(浙江大学)，记住那个伟大的人物吧！前言(Introduction)1 .程序附带的数据库(VectorNTIdatabase)包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核昔酸、凝胶mark。另外程序还提供数据库开发(DatabaseExplorer)功能，用户能够自己修改、添加、拷贝感爱好的各类数据库。2 .创建新分子(有四种方式)A.用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTandFASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。B.手工粘帖，然后保留到数据库中C.从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D

2、.从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特点图谱：利用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTorFASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter1(显示窗口)Tutorial:DisplayWindows目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作VectorNTI安装后第一次登录，系统将提示是不是许诺填充空库，点OK。如此DNAmolecules,proteins,enzymes,oligos,andgelmarkers将组成NTI的数据库。并显现以下两个窗口。窗口?2.观看显现的Vect

3、orNTI工作窗口和DatabaseExplorer上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每一个工具条的功能。第二个窗口为exlporinglocalvectorNTIdatabase,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。3.CreateaDisplayWindowforpBR322激活exlporinglocalvectorNTIdatabase窗口中的DNA/RNAMolecules(MAIN)数据库,找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口：?4.观看pBR322显示窗口上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹能

4、够看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部份组成。?5.显示窗口的治理（通过拖沓标尺，改变窗口、或每一个显示区的相对大小）?6.转换pBR322s图形区：在工具栏左侧的activepane右边有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphicspane）?7.对pBR322s结构图进行操作：用户能够尝试点击倒曳现在图形的大小会发生转变。选区设定：菜单Editsetselection,输入100bp-1000bp'端，能够看到空，通过拖沓能够延长或缩短选区范围样在3'端也能做到。若是用户一次只想移动一个碱基用直接拖沓就可能不方便，假设用户想在5'

5、;端移动一个碱基，第一将鼠标放到勺4处，然后按住shift和键盘右边的一一或箭头，那么按一次箭头移动一个碱基距离。若是一次想移动10个碱基，那么同时按住shift+ctrl+箭头。若是用户只是粗略选择，能够直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图的TCr处,现在鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，若是用户现在按下鼠标，那么TCr的编码区将被选中。?8.检查pBR322snucleotide序歹U移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。曰此刻对序列显示的样式进行设定：点击.（DisplaySetup）按钮，显示moleculardisplaysetup对话

6、框：用户能够对序列的颜色、大小、10个一组显示仍是15个一组（默许是10个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的PBR322上限制酶并非多）、ORF、Motif等进行设置。此刻咱们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全数PBR322的酶切图。操作如下：在适才的窗口中点restrictionmap下面的RMapsetup按钮，在显现的对话框中点Add,再在显现的对话框中点selectall,然后OK。点sequence下面的sequencesetup,能够看到序列长度的设置等，在color栏当选green,一路点OK。现在显示如咱们发觉限制酶是大大的多了，只是美中不足的是序

7、列显示的是两条链（正链和互补链），事实上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。这好办:先选中全序列（Ctrl-A）,看到工具条中的篇（TranslateDirect）图标了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看因5左右双侧的图标哟，点点看。（注意用户在发表文章的时候，一样在文章中发表自己克隆或表达的DNA序列，在DNA序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。什么？内切酶怎么去掉，适才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的图不确实是办到了）：三.2. x| 月x产TrrhirUTT-lrfW3?E'MdeciJeEdtView多。产.GelL-st时9nsernhel

8、aAzWirdcuibt|pjsiai金，性®副(？尊务省国名|鼠鼠叫即电般回回回目也，|蚓甯，喷电阐四喈2R“仃门"二3饮*Fdt拉Pl力PBR322上件1、i匚-Ei-1帮1nvrpnl-inin.1川12n1J-iJ*h电Sih-QpLpjihiTyHIf由咽-AJ-a5MtlAic-aaFhcl«7hrVdlL步L«jLeu.LTTCTCATGTTTGiLAGCTTATCATCGATiJLGCTTTAiTGCGGTAGTTTATCACAGTTlAATTGCTA->1l轻斜司=Hl£力叨HsPra2rgHhA.igHeKbEly匚炉

9、OJeArj1-Mff口博L«u&ljtip-AUiSttMod空口山y10LGCQC7：AZCGTCATCCTC-GCACCTlACCCTvGATG：TGTAGGCiTaGGCTTGTI'AIGdl更QhH£加勺Edh加4口UpArgClaAhE4iJU】l»匚/5Arp白Il«与制Met加gThiFragniexLt.s<2.DLACACClI'J-6日二G二GzlG11i-,-L-XTATAIILCaTGCAAll二二1XT曰.石。巨L->1!口PioXFraAlaAiyPh*鸟以ThiTp合一HIe.TjrAi

10、«L«uArg鼻斗H4Of,*甲Hk*Ihi301CtGCCCAGTGCTC-CTCCCTTCGCTjLCTTGGAE匚耻丁AIC匕gUTA二GCGJLTCATCJKGACCACACClAigHfcAig&j他ApgCjS值IjIrpAigl则Tj加口Aig.Me刊5岫Tup轲A401GtOGnKACCiS&CiSCCACMGGmCEGTTXTGGCGCUTXUlGCCJLCilCACC&AT.什亭.Cijj寓鼻典Tjj口学则Ro扇哨叫ArgOijThr"阚向慎LeLt皿CysSOL'TTTCGGCTCWTATCGTGGCAcCCC

11、CGJLUTiHTG。匚KCITCTCCTTGCXTG<，1Oh闩oTHTlirGy“uLiFid%rAh电AlaCh|JjjAl,0rrT，Asp涧hLeuSOLCOCCTACTlCTSMiTTGCTTCCTIATGCAMAGTCMATXArWGAGlijCGTCGACCillTGCCCTTl1>1t91|%迎Ha-4小T*典uA幅A>yHrT.*斗白"LeuTmHh儿H才看归AiyTitQ70LGCiSCGGGGClTOJICTATCGTCGCCGCACTTATOJLCTOTCTTCTTT1TC1TrKAACTC&TlIjGJlCAGidfl?IlFta

12、Su*»-L建uSki算修用坤寓乃心音修P»二心Q*ihXrjA部im用，禺"PhDOLXCC<KTTTCCTOGA«!GCGArGATGATCGGCCTGTCGCTTGCdOTATTCiMAATCTTGCiMCCrdThrPh*NqGbAid孰川，TwA+fl八埠HuG|i*旧AraAin仙LeuArgLm融501ACGTTTC<5<5<(5JLGAAGCAC?GCCATTATCGCCGGCATO5CGGCCGACGCGCTW'*CTAri3TCTTOCT-d>1ri>3TuiMeSiE加ZaPlw力m&am

13、p;w，心AraXu内村口/H用ICiHH中料幅NMUhN题V耻必|1bD运迪|1恶场M国野L_jailE或|电中文健/巨上皿也Jld'VwtcrrijE年!arin.44/U,F定档如ZZiQA9.对pBR322'stext文本描述进行操作拖动标尺，使文本区尽可能拉大。选中RestrictionMap文件夹，然后找到工具条中的用ExpandBranch按钮，点它。其实这和双击restrictionmap文件夹是一样的，都是打开的意思，还有它左侧的按钮。在找到FeatureMap文件夹,然后按至I按钮。看到TC(R)了没，记住它。这是一个四环素抗性基因，在第7章中将详细表达如何

14、将这段基因克隆到载体PUC19中。10.将pBR322's文本区和图区、序列区连接起来(能够让你一个一个的细细品位PBR322的每一个细小结构，全数看可能会眼花，那就一个一个的看吧)激活文本区，然后找到1(LinkPanes)按钮，点它。完了，PBR322的图区上的任何标记都没了，成了一个圆圈。还有，序列区的酶切标记也没了。哈哈，不用急，九点文本区的RestrictionMap文件夹，然后点按钮打开文件夹里面的分支。此刻看看，酶切标记又从头显示出来了。激活图形区，找到更1(StandardArrangement)按钮了没，点它。会发觉酶切图谱显示的方式和适才不一样了，这是标准方式。在文

15、本区当选中featuremap文件夹，点£胆能2丁开，发觉图形又变了。依次关掉TCR,现在图中只有TCR一个标记了。最后别忘了再点一下链条图又回到原样。如以下图：回featuremap中的其他文件夹，只留*iai9回1三公户|艮副于解曲图日名iiaiaiai相黑国画画目-因-|£|冏廨皿9001濯I勒空普MUIATTATGtTTCTICTCGCTTlCGG：MKATtGGGkTWWGCvTTGGACGC：ATGCHJTC1区GGt区。GTAGHTGk匚初Mg11BipV,WWW”WWDjjw'IBftuiFTFnjDll&rrhdt前了如:12S7bpUbp

16、）|1257bp愿,因;骄刃刈融争闻向缪I5七说|电中攵电d&p-L哈也g&pton冷/u.皆:鸟31百及4J凶31国（看看上面的时钟都23:12了，该睡觉了），明天继续。11.打印pBR322's文本description,图形map,和序列sequenceM如0口餐£小J5*w丽女足LlY即“帅中"Trijs或rdowtft打印文本：先激活文本区，（确实是activepane用鼠标在本文区点一下）,然后按expandbranch右边的第一个按钮，或直接按钮打开文本区内的所有文12.为41BB_HUMAN仓I建显示窗口m由却FM?mQiGiafto

17、ralDvMrtion用_|!>|AnriArtflI日出_JAhftliurIfJjOriginalAjuEIvdiMWCmwgnt，l+l2jRKbictioriMapEH口理eJbiJliKtimds.bextfitnnlj)AnnatiitKiim隼附而1】先激活其所在的选区，然件夹，然后点邑!打印。一样要想打印图形或序列,后按打印机图标即可。/VrrtnrNH750»?用口FeatureM<j点击窗口下面的exploringlocalvectorNTIdatabase图标，打开打开Explorer窗口，点击窗口左上角的下拉式菜单，选ProteinMolecule

18、s（MAIN）数据库。找到41BB_HUMAN并双击。打开窗口如下：窗口显示结构和DNA序列的显示窗口一致，也包括文本区，图形区和序列区三部份。菜单和工具条也大体一样。在文本区中双击Analysis文件夹，那么蛋白自动分析结果以表格的形式在下面显示出来。下面咱们把这两个表格拷贝到word文档中，先用shift+鼠标将两个表格选中，然后点工具条中的照相机（camera）命令，在显现的对话框中能够看到序列的range中的selection已被选中，点Copy.,然后打开一个word文档，粘帖（ctrl-V），那么表格被完整的拷贝到word文档中了。如下所示：Length255aaMolecular

19、Weight.1microgram=pMolesMolarExtinctioncoefficient112501A280corr.tomg/mlA280of1mg/mlAUIsoelectricPointChargeatpH7AminoAcid(s)Numbercount%byweight%byfrequencyCharged83(RKHYCDE)Acidic(DE)25Basic(KR)29Polar(NCQSTY)90Hydrophobic67(AILFWV)AAla11CCys25DAsp11EGlu14FPhe16GGly21HHis2IIle7KLys13LLeu21MMet3NAs

20、n12PPro18QGln12RArg16SSer22TThr17VVal11WTrp1YTyr2BAsx23ZGlx26XXxx013.为1B14_HUMAN创建显示窗口从头回到exploringlocalvectorNTIdatabase窗口，找到1B14_HUMAN分子并双击打开。如以下图：注意该蛋白分子图形上的各类特点显示的十分紧凑，大有眼花缭乱的感觉，为了方便起见，咱们能够按适才介绍的link命令来一一显示各个feature。操作方式和DNA分子一致。关闭窗口，终止，当最后一个窗口关闭是屏幕提示thiswillendyourvectorNTIsession,点确信（OK）关闭。第二章

21、：Chapter2Tutorial:MoleculeOperations分子操作目的：对pBR322的generaldata,featuremap,andsequence进行编辑（注意蛋白质和DNA分子的操作是一样的）1 .登录VectorNTI程序（方才说完，不用再教了吧）2 .打开pBR322的显示窗口(再罗嗦一遍吧，程序vectorNTIExploringlocalvectorNTIDatabaseDNA/RNAMolecules(MAIN)PBR322,双击。)3 .对pBR322's的经常使用数据（generaldata）进行编辑在文本区的最上面，双击PBR322名字，弹出下

22、面窗口：EditGeneralDhlA/HNAMdacutejUserFields|CermeHts|keywarris寸姜icMdg*DMArLinearCRNAExtra-ChranriosarrieFleplitatiorPBacteriaFYeastAnimal/CtherEukaryoticRepliconTypePPlasmid厂Pliagemidf-Cosmid厂VirusPhage厂ChiornosomeDescription：IaTCC37017,A?CC3134CloringvectorplasmidpBR32ZcompletegenomeK口ncel|5Pq|Help1s

23、t:给PBR322加关键词：点keywords,在弹出的关键词窗口中输入Myownplasmid，点Add。回到DNA/RNAMolecular窗口，将最下面的description中的内容替换成MypBR322。点OK（确信）。注意屏幕的左上角pBR322*,在PBR322的后面有一个星号，说明此刻显示的是PBR322的修饰形式。此刻咱们要在数据库中保留这一结果：菜单molecularsaveas,在弹出的对话框中输入序列的名字MypBR322，点OK。这时发觉星号不见了，说明结果已保留到数据库中，这时数据库中关于PBR322的DNA分子有两个，一个是原始的PBR322（确实是最初打开的那个

24、），另一个确实是咱们保留的那个myPBR322。3.编辑MypBR322's序歹U激活序列区，菜单editsetselection,在对话框中输入范围21-40，点OKc会发觉序列选区内含有ClaI和HindIII两个酶切位点。点击菜单editnewReplaceSequence21bp-40bp,将窗口中第23和24位的TC删除别离用AA代替，窗口将显示如下：Rcpl-aceSequence21bp-4。bp注意该窗口左下脚显示有：inserted2,delete2，什么意思都不用说了。点OK,注意序列中的ClaI位点立刻消失了。如以下图所示：5 .将MypBR322的修改结果取消，

25、不保留到数据库注意适才修改完后，在屏幕左上角MypBR322的后面，有一个星号，说明当前显示的分子已经修改，下面将修改结果取消，点击菜单molecularRevertToSaved，点OK确信。现在数据库将适才的修改结果取消了。(若是需要保留修改结果那么在molecular菜单当选saveas命令)6 .如何插入新的序列片段通常在编辑序列的时候需要在序列图谱中插入一段基因或一段特点序列，先找到序列中的AP(R)标志(3293bp-4156bp)和TC(R)标志(86-1276bp),菜单editSetCaretPosition,输入200,将光标打到200bp处，下面咱们要在此位置处输入10个

26、T碱基。点菜单editnew-insertsequence200bp,在显现的对话框中输入10个T,点OK,然后又显现一个对话框，问你是不是确认当前的序列已经修改(CDSTC(R)isaffectedbysequenceediting,Delete,DeleteAll,Keep,andKeepAll)，点keep.咱们发此刻200bp序列处多了10个T。咱们将鼠标移到AP(R)处，咱们发觉其位置已经顺时针移了10个碱基(3303bp-4166bp)。其实，在原始序列中一旦插入一段序列后，系统会自动改变图谱中各特点的相对位置，若是插入的序列位于某一特点序列的内部，咱们点Keep,NTI会自动向3

27、'端移动。此刻咱们将鼠标移到TCR处，发觉其3端已经后移了10个碱基(1286),只是5'端没动哟。如以下图所示：7.编辑TC（R）信号特点将鼠标移到图形的TCr处，当箭头变成“手”的形状时双击选featureproperties），在显现的对话框顶用户能够修改描述。咱们将名称（name）由TC（R）改成OldTC（R）description中输入描述：“10bpfragmentinserted么图形结构变成：（或点鼠标右键，TCr的位置、名称和然后在最下面的"，点OK。那SDSEQ苑.E10鸵)C?aI(25)JTindTir<30)OldTC的CDSPHTC

28、R'浅bp-1286附口丽必MypBR3224371印8.删除P2_P信号，并加入新的序列特点在图谱中找到P2P,选中，点鼠标右键，选DeleteFeatureFromFmap（或从edit菜单当选择此命令）,现在NTI将提示P2_Pwillbedeletedfromthefeaturemap,点OK（确信）。咱们发觉图谱中P2P已经没有了。F面咱们我为PBR322序列加入一个新的特点:editsetselection输入3000-3500bp（addfeatures）按钮，点它。（也能够从edittoFMap进入）。在显现的对话框featurename注意NTI默许的特点类型（fea

29、turetype点OK。在工具条中找到newaddfeature中输入NewFeature,Misc.Feature,用户能够从列表当选择自己认可的特点。最后点OKo如图:下面将MypBR322的修改结果保留到数据库中：菜单molecularsaveas,(若是不想更名的话)点OK,NTI将提示MypBR322已经存在，是不是覆盖，点overwrite.9 .修改MypBR322的起始坐标(如此可使适才插入的10bp片段和最初的PBR322具有一致的坐标系)菜单MoleculeoperationsAdvanced(DNA/RNA)ChangeStartingCoordinate。在显现的对话框

30、newstart(新的起始点位置)输入：11(因为适才插入了10bp,因此起始点是1+10=11)。点OK,现在NTI会提示当前坐标已被修改，是不是继续，点OK确信。此刻咱们会发觉显示窗口中TCR的位置已经变成了(76bp-1276bp),还有AP(R)的位置(3293bp-4156bp),这都和最初的PBR322一致。如以下图：10 .退出显示窗口，关闭NTI第三章：Chapter3（对分子图形的Tutorial:WorkingWithAMolecule'sGraphicalRepresentation展现进行操作)目的：以DNA分子为例，对分子图形的展现进行操作（蛋白质的操作和DN

31、A类似），为pBR322图形创建一个展现窗口，并保留到分子文档中11 登录VectorNTI程序12 通过新窗口打开PBR322（与前两章的打开方式略有不同）在NTI主窗口中，点击工具条最左侧的打开文件夹（或molecularOpen）,在弹出的Open窗口中点击databaseDNA/RNAs,在列表中找到PBR322,然后OK13 显示窗口的调整比如咱们想观看图象的详细情形，第一用标尺拖动图形窗口，至于序列和文本区,能够很小，因为咱们的目的是看图。然后点ml或旦让图形放大或缩小，直到中意为止，若是用户想一步步的看放大成效，能够按住shift的同时点14 修改图形的自动排列设置按住ctrl(

32、Standard Arrangement）,用户能够依照弹出的小菜单，来选择图形线条的粗细和字体的大小，直到中意为止15 修改图形的编码区信号（CDSsignals）设置点中图形中任意编码区（粗箭头），然后按鼠标右键，在弹出的下拉菜单中，选CDSDisplaySetup,用户能够在弹出的GraphicsDisplaySetup对话框中修改所选编码区的名称、颜色标记、箭头的粗细等，（事实上NTI默许的就专门好了）c用户也能够通过点more来进行更多的修改（比如字体和大小等，和word中字体的处置很相似），修改完后一路OK点下去即可。注意这种修改只是针对本窗口中的分子，对其他分子没有阻碍。比如咱们

33、将箭头填充成兰色。下面咱们保留这一设置：点击I（displaysetup）右边的小三角形符号，在弹出的菜单当选SaveSettingsAs,然后在弹出的窗口中给适才的设置风格取个名字，不妨叫blue,点OK,注意现在NTI会提示是不是保留其他没用过的风格，点NO。此刻再点击I（displaysetup）右边的小三角形符号咱们会发觉blue已经在下拉菜单上了。（注意这种改变一改确实是好几个箭头一块改，若是只想改一个箭头的颜色，请看第6条）16 打开图片编辑方式NTI提供了两种编辑图片的方式,形区然后按(edit picture鼠标右键，在弹出的下拉菜单当选分子编辑方式（默许）和图片编辑方式。激活

34、图）按钮。然后点中 图形中任意标记或箭头，按住 properties（ 属性）或style（风格）等，进行设置,注意现在设置的仅仅是所选的箭头或标记，而不是整个分子（在第5条中设的确是整个分子，请注意比较，也确实是第5条的方式是分子编辑方式，两种方式的转换通过按钮）17 将TC（R）箭头变成兰色网格操作如下：点中妇按钮，点中fill ,按右图方式选择:TCR箭头，按住鼠标右键，选properties点OK（右是是中文操作系统，OK=确信）18 放大TC(R)箭头点中TCR后，当鼠标在箭头周围移动时，会显现两种十字形标记：国和&便，通过鼠标拖动能够改变箭头的胖瘦，而拖动霞那么能够改变箭头

35、的相对位置(移到圆内或圆外)。若是想让箭头按圆圈转动，能够在按住ctrl+shift同时，拖动注意这种拖动并非能修改分子本身，仅仅是改变位置罢了，若是想修改分子中的标记，请利用第二章介绍的方式。此刻，拖来拖去是不是将箭头拖的乱七八糟了，那就按二取消吧。如以下图：粉£1坪中PIPLYffF''ROP/14aLi侬期HYEFF19 修改TC(R)标记的格式将鼠标移到TCr标记上，双击。显示下面的对话框(确实是属性)点Font,选择斜体18号字，点OK。TCR将显示如以下图:咱们发觉，字体大了。点(StandardNTIArrangement）按钮，使标记的信号回到标准位置

36、，若是图片已经修改,还会不厌其烦的提示是不是继续，点确信吧。20 .加入文本注释看到窗口工具条最右边的“回形针”你确信把忘了，若是没反映,框中输入 “ Clone into pUC19符号了没，点它（说什么，没反映？哈哈，那点国1后再点回形针确信行），在弹出的对话 "，点OK。现在加入的注释出此刻圆圈的中央,用鼠标拖到TCr的下面即可（什么？字体过小，哈哈，点中鼠标右键从properties当选择字体的大小和颜色）。如以下图：若是感觉不爽，能够先选中适才添加的文本，点菜单editDeleteAnnotation进行删除。注意以上修改的仅仅是显示的界面，NTI并非能将修改的显示结果保留

37、到数据库中，因此用户也能够发此刻左上角并无*号标记，也确实是数据库中的分子没有改变，若是想让它改变的话，只能将文件存到文档文件中了。21 .将pBR322分子显示结果保留到文档文件中菜单Moleculesaveassaveasfile,名称NTI已经给起好了，确实是。选择好要保留的目录，点OK。若是感觉适才创建的blue比较爽，能够在保留前选择3右边的三角按钮选择blue。现在系统会提示是不是创建html文件描述分子，点yes（如此咱们能够和朋友通过internet进行交流了）。注意该文档完全与数据库相关联，其显示的信息与数据库中的信息一致。但风格与数据库不同，比如箭头的颜色、字体的大小等（固

38、然由用户决定）。此刻用户能够先关闭文档然后再打开就能够够发觉显示的风格和数据库中的风格完全不同（只是内容仍是一样的）。注意：关于原先数据库中没有的分子（比如用户依照自己的需要自己构建或从GENBANK下载的，并非能直接修改显示风格，若是想修改其显示风格，先将该分子保留到数据库中，如此就能够够了）退出程序第四章Chapter4VectorNTI工具和internet连接目的：将本地数据发送到internet上，并进行BLAST搜索，序列对排、比较和分析等1 .登录VectorNTI2 .在新窗口打开pBR3223 .通过exploringlocalvectorNTIdatabase窗口（切记）选中pBR322整个分子并利用BL