CANOCO之CCA排序(中文完整版)汇编

1、CANOCO 之 CCA 排 序（中文完整版）精品资料Canoco for Windows 4.5 之 CCA 排序以下为软件使用的详细步骤，具体探讨如何使用 Canoco for Windows 4.5软 件包完成Canonical Correspondence Analysis （CCA历析，软件包的大部分程序 都将在步骤中涉及，鉴于分析中所采用的公用数据集，大家可以基于Canoco测试版重做这些分析。（提醒：Canoco测试版默认安装路径为 C:Canoco,如果 您在别的地方重新安装，请恰当的调整文件夹路径。）步骤共划分为四个过程：借助WCanolmp导入电子表数据借助Canoco f

2、or Windows进彳亍CCA排序借助CanoDraw画出排序图修正CanoDraw排序图一、借助 WCanoImp导入电子表数据1 .打开路径C:CanocoSamplesdune_env.xl的的Excel文件，当然也可以使用其他可读形式。在Excel表中，要选择整个矩形区域的数据，包括第一行（含变量名称）和第一列（含样本名称），然后复制数据到剪贴板（也可使用Excel中的Edit-Copy菜单命令），之后，从快捷菜单中打开Canoco forWindows 的子菜单 WCanoImp （见图 1）。.；%uM* l u& UflMx04sr Windiawfi 4.4*二3 C

3、NicChtuilu 鼻巴 r Xik七rMtigs 营 C 口wiati m3fiarM j 匚：Cwaldawr 喊vaar点喇fere丁j1 Fl*K AVM-3 kRE*门 口 口用*E 1 后g晔E fl kJ fioeiffi*M L' TUP卜| _J ®ur工公4M师CM .-L J bp SImJD -win图1从快捷菜单中打开 WCanoImp2 .此时，WCanoImp程序已经开始运行，这里我们选择保存数据为 Condense小式（如果数据包括很多0值的话，而且这对于物种数据还很常见, 那么浓缩格式可以节省文件空间）。核对以下选项后，就可以点击保存按钮了

4、 （见图2）。工行i时且回 里I可1%圉二H虫”Ata4rt虎 f itfllllh盟南静同E" J 咫理F cg| 工 I F*| *|J 闻£gI5 AD DP Gm h loncfcniefl Fm£CPTiQHiSr Ew*iCi*raE sSniiistSen：M»? kfedr fcrL 1-npJiJJI ±E:，p*J!U d 口l f 一":.' Ehv mh一出产：里m 1 VsOtf 2e* I骷MEL正"I归耳IIX周WIJ HjiM sciflMret3 Or* VW a«Ssni

5、elSarrtlSSam* 江9311 5 5?I 8a 2 SmnTPfeg S#!Hi4t 4 防 rtW5 号彳嗔6 £*nrte7 :ilECMd 占）inn99 Smi&elO 3wn:*l 1 S：s*rtjitl2 SanvWIJ1千2 Qrfm 计哼 opim： b?上" !retU 口0 0Q 00QD QD图2 WcanoImp的文件保存3 .此时出现一个文件选择框，选择文件路径为C:CanocoSample§同时输入文件名duneenv2.dtq此时不要输入duneenv.dta,因为这个文件已经存在， 如果你保存的话将会覆盖（当然前

6、提需要你的确认），之后，点击“Save'按钮。4 .之后弹出一个小型窗口，可以输入一段描述性的文字（最多80字节），此时由WCanoImp生成的一段文字被突出显示（蓝色阴影），可以默认，也可以通过输入文字直接替换。然后点击 OK”按钮，有提示框提醒 你的文件成功创建”，最后再次点击 OK”按钮后，又回到 WCanoImp窗口，可以关闭。、借助 Canoco for Windows 进行 CCA 排序1 .从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单（见数据导入第1个步骤），此时选择Canoco for Windows项，打开的时候会有日期提醒（已转换系统日期的除外），关

7、闭后继续。此时，Canoco for Windows的工作区还是空的，在开始分析之前，我们必须创建一个新的项目，如可以通过工具栏上的New project”快捷键创建（图3）。图3 Canoco for Windows新项目的创建2 .点击New project”按钮之后，会出现新的项目窗口（ Project View）和登 录窗口（Log View）,同时项目建立向导也会自动启动（以下主要是对各向导 页面的说明）。CCA试图通过环境数据解释物种关系，如果我们想同时分析物 种数据（主数据）、环境数据（从数据）以及相应的梯度关系，则必须首先选 择第一个向导页的复选框（图4）,确认后点击向导页下方

8、的 Next”按钮。图4数据关系的选择3 .下一页，主要是选择2个文件作为排序结果的储存部分（Canoco结果文 件）。但由于前一页的选择，所以两个选项（协变量和补充性环境变量）是非 激活的。此时，你可以直接在默认路径中输入文件名，也可以使用“ Brows较钮去查询数据文件所在（图5）,原则上应该按照下图填写路径，除非你的Canoco安装目录不在 C:Canocd图5数据文件的选择4 .点击Next”按钮后，向导页出现了分析方法的选择，这里选择CCA,当然你也可以尝试单击向导页右上方的 ？ ”按钮，点击后你的鼠标变成一个问号 标志，放到任何一个标签上面都可以得到具体信息，如想获得整个向导页的说

9、 明，则可以点击向导页底部的 “He做钮。5 .下一页，需要选择分类排序的比例，此时保持默认值，如想更清楚了解 这一选择，你也可以尝试阅读 “Helped。6 .继续下一页，给我们提供物种数据转换的几种方法，对于我们的数据， 物种数值大体处于对数比例，因此我们保持默认的不转换”，继续点击“ Next。"7 .这一页数据编辑选择"（图6）是数据分析的核心部分，通过选择特定 的复选框，你可以通过分析移除某些样本、物种或是环境变量，改变它们的比 重或是让它们作为补充成分。止匕外，你也可以通过De巾ne Interactions （原始环境变量的动力和产量）扩展解释变量。但在步骤中

10、，为尽量保证我们的展示简 单，我们没有选择任何一个复选框且忽略了大部分的向导页说明。图6数据编辑选择8 .下一页允许进行环境变量的预选，除了手动预选之外，也可以借助CANOCO 3.x的自动预选，它可以为个体解释变量的微量和受制约的影响提供仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除 谢谢5精品资料快速的概括（见 The Package: The Canoco for Windows module。在此时说明中，我们依然保持默认状态（即使不采用预选），继续点击下一步”。9 .下一页Global Permutation Test'主要涉及蒙特卡洛置换检验，我们将为之展示Canoco for W

11、indows最简单的置换检验。首先选择左边页的最后一个选项Both above tests同时让排列数和排列类型选择保持默认状态（图 7）Global Pernutiation TestNjrnb*r ol perauUtior®I coPernnEatianijrider.Full moddEvcluatg ctrrenl cnalysi: wth Monle Carb Derrrulakon test?C Do mt perlorm ihe tert广 Sigiifio-cc M lirat 口irdinu6m q汽宰SigTJicarce M canorical 苜运£

12、; Sgeth白曲而诙港 . - < 旦act 旦电用、 Danes!Help图 7 Global Permutation Test10 .下一页，继续保持默认设置。当然也可以采取违背最简排序方法（自由 排列），如通过协变量分析，确定已有样本/实验设计的程序结构，因此那些来 自不同结构的样本并没有在排列中转换，可见 The Package: The Canoco for Windows module以获取更多信息。11 .最终页终于出现了，这里友情提醒，此时你或许需要回头检查下当初的 选择并按照要求进行修正，当然也可以在排序分析完成后检查，最后能重复和 提高已有分析结果，如果确定的话，点

13、击 “ Finisl®钮12 .这样，一个标题为“Canoco Project文件保存对话框出现了，需要你输 入一个名字并保存，比如我们把文件 tutorial.con保存路径为C:CanocoSamples（图 8）。图8 con文件的保存13 .点击“OK按钮之后，已有项目得以保存，界面又回归到Canoco forWindows工作区，同时项目窗口被突出显示，而登录窗口成为背景（图 9）。14 .点击项目窗口中的“Analyze®钮，计算过程（包括蒙特卡洛排序）呈现在弹出（pop-up）窗口，在这个窗口消失之后，你又将回到 Canoco forWindows工作区，此时

14、登录窗口填满了分析的主要结果。若想检查排序结果，可通过点击窗口查看，当然也可以点击 F3或点击转换工具栏按钮。图 14 Canoco for Windows 主界面15 .在登录窗口，你可以看到蒙特卡洛排序检验、排序总体情况以及一些附 加信息，这些信息在 Canoco for Windows中有细致展示（图15）,也可借助右手边的“ scrollba收起登'录窗口图15登录窗口的详细信息三、借助CanoDraw画出排序图1 .有两种方法打开 CanoDraw, 一是从快捷菜单中打开 Canoco for Windows 的子菜单（见数据导入第1个步骤），此时选择CanoDraw项；二是

15、在项目窗 口执行 Projectf CanoDraw 命令。刚开始的时候，CanoDraw for Windows基于 现有的活动项目（.con file）、排序结果和输入数据文件创建了一个新的项目， 此时需确认项目名称（和 Canoco project一样，但以cdw作为扩展名），点击保存”按钮，然后从Project-Nominal variables子菜单中选择环境变量，同时选 择 SF, BF, HF, NM 变量（图 16）2 .为创建图表，从 Create-Biplots and Joint Plots子菜单中选择 “pecies and env.variables项”（图17）,最

16、终生成排序图。用 “File?菜单中的“Sav豌令保 存，并给与命名，当然，在本文的后一部分，将主要介绍如何修正排序图。仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除 谢谢11Seled nominal env variablefloirtneienw v*rioble$io dghlii益Non-ro mmol vonobles1A1 har2) Notslurs7 UeeS Manure图16 CanoDraw中的变量选择CanoUraw - Gr同phYGr司pti5>ErS1 Vinw PlcRl1 CK&C Cbjarl UVririnrw Help=Jd3j£LSi

17、mple。疝Ro' .I 1±S»tr AmeiRlDlC 3HC gWIpBH ，¥度也AnT jJb户5旧？*3"i卜磊r曲膜I j g 一 i-f rl|FICI B B 久Speaks酗日t小千pioc5 amp 白卷 回 d Gfk AMEiiab g«TggAHrtbw A «t_黑|店? mlTnmT-valucsbipW resBion bfilial If图17排序图的生成四、修正CanoDraw排序图1 .原则上，对排序图的修正，可以通过选择图表的不同部分（如符号、标 签、线条、箭头）来完成。但是在很多分析

18、中，因为排序图初次建立时的选择 是比较恰当的，所以对图表的修正往往事倍功半。2 .如果想修正的话，可通过使用 “View菜单中的Visual Attributes”命令。选 择后，会弹出如下会话框，首先应选择菜单左边的图表类型，然后尝试改变初 始图表分布（图18）。精品资料图18 CanoDraw图形修正菜单3 .以上的修订命令适用很广泛，基本可适用于所有基于Canoco分析所创建的CanoDraw项目，但还有一些特别的设置方法，如“ Project Settings”命令，通过此方法，你可以选择个体是否贴上标签，一个图表究竟建立怎样的属 性等等（图19）Projcci Seninq.dog|

19、FMsv | 5&3©息11L&bolMrig d &esre3hone产 Martti印白ciew labsrhhonef I 2gm疗 MflUTWSLMdSQg叫卅悭rg5hgne厂 Ihcfct?LbM>* 现 $udpR v«rieb9$广 baner iikk&i MammSoecits DR帘 in inter neihsdiDiip nt/ipe&AA 不1他力1(| am 小修他如 xdinebsIP hliflUH»ijarwl iMfi FTSWO-i图 19 Project Settings 具

20、体分布4 .为表明图表中物种间差异，我们不妨来改变物种标签的颜色，既然物种 的特征符号为蓝色，那么我们不妨让它们的标签亦为蓝色，而原始标签默认为仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢#精品资料黑色。通过左键点击其中一个物种的标签，一个红色框就出现在标签的周围,把鼠标放在这个框内并点击右键，一个系列菜单就出现了（图20）。L Select SuchlikeSefect SimilarLock selectedSummaiyof species Vic lafAttribute symbol! platAttribute Iq 日 ss plotCrt+HCU1+ICM*L"'

21、; AttributeGLMplotAttribute GAM plotChange textMake label verticalSelect labelled objectMoisture图20图形修正的右键菜单5.从这些菜单中，选择第一个 Select SuchlikS命令，这样CanoDraw就选择了该物种所有剩下部分的标签，因为它们采用的是同样大小和型号的字体，如果你想选择图中的所有物种而无视它们的差异，那么可以选择菜单中第二个“Select Simila 命令：6.现在点击F5 （或者选择View-Properties Shee脸令），然后会出现下图所示对话框（图21）- 口口 口 图21标签色彩修改（属性）对话框（一）仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除 谢谢157 .这是CanoDraw图表修正的核心，允许你改变一个或多个选择对象的属性，之前所有关于图表的属性选项此时都处于激活状态，举例来说，在我们的分析中，Color、line、Fill和Font页就是激活的，但Symbol页因为对标签没有意义而没有被激活。此时我们选择颜色页的蓝色按钮，然后点击“Apply （见上8 .请注意，在改变图表的选择或转换到另外CanoDraw项目时，你没有必要关掉这个属性表，你可以简单的转换边上的窗口，还可在 CanoDraw窗口内点 击某些部位，比如