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文档简介

1、MEGA的主界面：使用步骤1. 序列导入可以通过Data导入数据也可以通过file导入数据。如果打开的文件是比对结果，选择Analyze；如果打开的文件是序列文件，选择Align。另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。如果fasta 序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法。步骤：Align Edit/Build Alignment create a new alignment Data open Retrieve sequences from File将复制输入的序列另存输出看看。步骤：data Expo

2、rt alignment fasta format序列长度都被用横线补齐了。2. 多序列比对选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。在比对之前需先选中要进行比对的序列（Shift），还可以对序列或者序列名进行编辑（双击）。比对参数选择：保存比对文件，进化树分析提供数据。一般导出的比对结果保存为fasta格式，或者直接点击保存按钮将结果，保存为二进制的mas或meg文件。3. 构建进化树导入数据：将刚刚另存的meg 文件 重新导入到mega程序中（直接拖入工作界面），并选择构建进化树。参数选择：参数设置，Bootstrap method一般选择10001500；第一次绘图时建议选择500，这样运行速度会比价快，结果合适再调至1000重新进行进化分析。描述：进化树可视化：ViewTree/Branch style选择树的模式，也可以通过右图菜单进行选择。发散树环状树进化树简单美化：可视化文件的保存：Newick标准树文件，用于下游可视化软件的导入png压缩图像文件pdf矢量图像文件保存为png/pdf，显示不全怎么办？将图和图注复制到W

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