Gel-Pro操作示范手册

1、Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件操作示范手册GelPro ANALYZER是方便快捷，功能强大的凝胶定量分析软件，为帮助您快速掌握GelPro ANALYZER的功能，我们在以下的八个章节中给出一些常用功能的使用详解，让您轻松深入地了解Gel-PRO Analyzer凝胶定量分析软件的常见操作以及应用领域。Ø 概 述 Prot1.tif泳道分析Ø DNA分析 Slant.tif分子量计算Ø 单一条带分析 Oneband.tif单一条带Ø Dot-blot电泳分析 Dotblot.tifDot-blot电泳Ø 菌落计数 Colon

2、y.tif菌落计数Ø 测量面积/密度 Quant.tif测量面积/密度Ø 报告输出 报告生成器实验报告输出Ø 宏 Macro宏的功能与应用第一章 概述 - 泳道分析1. Prot1.tif 蛋白质电泳分析第一步: 打开图 “Prot1.tif “ 启动个GelPro程序后，首先会看到以下画面。可在该对话框中选择实验类型（如图1），并输入相关数据：图 一a图一b打开图 “Prot1.tif “之后，会出现图二工具框，或单击工具栏中1D-Gel”。 第二步: 使用Rotate旋转功能（如图2）：凝胶成像泳道往往没有与图片框平行，利用 Rotate 功能对其进行校正。如

3、图二a和 图二b所示。旋转角度输入”Angel”框中。 图二a 图二b第三步: 自动寻找泳道， 点击“Lanes”， 出现图五，单击“Find Lanes”，软件将自动寻找泳道（如图3）（图 三） （图 四）第四步: 调整泳道范围框的长度 利用鼠标点击泳道边框，调整泳道范围，（如图 四）。第五步: 使用“Lanes”窗口的功能进行调整有时因凝胶照片的原因，需要添加或删除泳道。单击“Delet Lanes”后，出现一对话框，点击对应泳道，删除该泳道后，可再用Add Lanes进行添加。“Curve Lanes” 可对弯曲泳道进行校正，点击“Labels”，再选择相应泳道进行标签设置。（图 五）第

4、六步: 泳道的密度轮廓窗口点击“Find Lanes”后会同时出现一单一泳道的光密度轮廓的窗口（如图 六），也可在”Plot”下拉菜单中选择“show all lanes”显示全部泳道密度轮廓曲线（如图 七）（图 六） （图 七）第七步: 使用“Bands” 窗口的基本功能在“Bands” 窗口中，“Min. band height：”可对泳带灵敏度进行调节（如图 八-1/2/3/4），通过“Min. band height：”指标的调整，观察该指标对设定自动选择BAND的灵敏度所起到的作用。（图 八-1） （图八-2）（图 八-3） （图八-4）第八步: “Slant 窗口的功能使用“Sla

5、nt”（如图 九），”Auto Slant Lines”功能将自动对倾斜电泳的矫正，也可通过”Add Slant Line”,先将鼠标放于相应Band之上（这时光标会变为星状），至少选择两条以上Bands（如图 十），点击提示框中的“OK”即可，“Next MW”，将对下一条Line 进行校正。（图 九） （图 十）第九步: 设定分子量标准单击”1D-Gel”中”MW Standard”，可在下面对话框中（如图 十一）设定分子量；设定的分子量可显示在图像中（如图 十二）。（如图 十一） （如图 十二）第十步: 计算结果软件对总量（如图 十三）、分子量（如图 十四）、匹配比较（如图 十五）、OD

6、值（如图 十六）的计算结果显示如下。（图 十三） （图 十四）（图 十五） （图 十六）单击”1D-Gel”中”Result”即将显示上述数据表格，数据计算包括分子量和带的含量，在菜单”Show”中可以选择显示其中之一或二者同时显示。带的量以下列形式之一表示：带单位的质量（在表格上方选择框中选择”Amount”），在整个泳道中含量的百分比（选择”%”），相对丰度（选择”Rel.ab”， 这里相对丰度值也就是百分比的数值形式）；绝对积分光密度（选择”IOD”，即带在整个泳道中的量）；最大积分光密度（选择”max.IOD”，即在整个泳道中的光密度最大值）。分子量由用户在第九步设定标准（Marker

7、）泳道后，其余泳道参照Marker算出。各带分子量有以下两种显示方式：1. In rows of equal Mol. Weight/ Rf，同排表格中的带分子量有相似的数据，最大相差间隔可在Amounts Calibration Options对话框中调整，默认值为3%。如选择In rows of equal Rf，则分子量根据事先选定的分子量参考数据得出。2. Packed，紧凑型：每一带以在泳道中的顺序表现。同排表格中数据不一定有相似的分子量。带的含量计算有以下几种显示方式：1. 在”Loads”中设定每条泳道上样的总质量，在表格中各带的质量参照各泳道上样的总质量计算获得。同时在”Cal

8、ibrate : Ratio to Band/Lane”选择”The amount loaded in lans”。2. 在”Calibrate : Ratio to Band/Lane”中选择” The amount in the same band in 列数”，数据将选中列的各带量为标准或1，其余带参考其值计算。3. 在”Calibrate : Ratio to Band/Lane”中选择” The amount in band on row in 行数”， 数据将选中行的各带量为标准或1，其余带参考其值计算。4. 在”Calibrate : Ratio to Band/Lane”中选择

9、” The band in lane row ”， 数据将选中所在行，列的带含量为标准或1，其余带参考其值计算。5. 根据标准刻度计算”the standard calibration”。其后在”Calibrating amounts from known bands”对话框进行调整。如图调整时先单击Add/Change 按纽，然后在相应带上点击，对Band amount中出现的质量进行调整即可，至少应选择两点进行曲线校正。在其它电泳的处理中，校正方法与此类似。 图十七显示方式选项的旁边有一选择框”Rel/Band”。如果80 ng质量样品上样，带的量为整个泳道的15%，则带的质量为80 x

10、0.15 = 12 ng。因为带之间的间隔关系，所有带之和未必是80（百分比形式则不为1），选择该项调整，所有带之和可为80（百分比形式为1）。在对话框”File”中可将数据输出到剪贴板，文件或Excel。 在”Show”下拉菜单中选择选择”Match”，会出现匹配比较的结果，即与参考泳道比较后找出是否存在与参考泳道中带分子量一致的带，如有以绿色标记和1表示，如无用红色标记和0 表示，如比较的泳道有参考泳道中没有的带，则这些带以蓝色标记和-1 表示。 通过概述您应了解Gel-Pro分析软件的基本操作流程，以及结果显示的不同方式以及数据的校正。第二章 DNA分析 分子量计算1. Slant.ti

11、f DNA电泳分析第一步: 打开图 “Slant.tif “ (如 图十七) 选择实验类型”DNA ANALYZER”：(图十八) (图十九)第二步: 应用Best fit功能，自动图像的对比度、亮度，使图像更便于观察分析 (如 图十八)第三步: 选择“Lanes”自动寻找泳道 (如 图十九)，应用添加“Add Lanes”加入未找到的泳道（如图二十）。 （图二十a） （图二十b）第四步: 选择“Bands”窗口矫正“Bands”的弯曲度 (如 图二十一)，选择“Add Curves”（如 图二十二）。(图二十一) (图二十二)第五步: 选择“Bands”窗口矫正“Bands”的弯曲度 (如

12、图二十三)，选择“Add Curves”矫正（如 图二十四）。(图二十三) (图二十四)第六步: 利用“Bands”窗口中“Labels”标注功能 (如 图二十五)，结果（如 图二十六）。(图二十五) (图二十六)第七步: 设定分子量标准（如图 二十七）；结果显示（如图 二十八）。（图 二十七） （图 二十八）第八步: 查看分子量计算结果“（如图 二十九）。（图 二十九） 本节重点是加深对Gel-Pro在图像矫正方面的特点及分子量的计算功能等。第三章 单一条带分析1. Oneband.tif 第一步: 打开图 Oneband.tif “ (如 图三十)，选择“AOI”功能设定分析范围(如 图三

13、十一) 选择实验类型”SINGLE BAND ANALYZER”：(图三十) (图三十一)第二步: 选择“Lanes”自动寻找泳道，调整泳道范围(如 图三十二)，查看泳道轮廓窗口(如 图三十三)(图三十二) (图三十三)第三步: 选择“Results”查看计算结果(如 图三十四)(图三十四) 本节重点是了解Gel-Pro针对单一条带分析的解决方案。第四章 Dot-blot电泳分析1. Dotblot.tif 第一步: 打开图 Dotblot.tif “ (如 图三十五)。 选择实验类型” Dot-blot ANALYZER”或单击工具栏中”Dot blot”：图三十五第二步: 打开 “Dots

14、 “窗口（如 图三十六），在选项功能中设定相关数值，选择“FIND DOTS” (如 图三十七)。 （图三十六） （图三十七）第三步: 打开 “Mass /IOD“窗口，查看IOD计算结果 (如 图三十八)。在该窗口菜单”Show”中可显示积分光密度，最大光密度，最小光密度，以及经校正后的质量。图三十八第四步: 打开 “Show“菜单中的“Options”选项窗口，选择参照行或列，进行相似比较 (如 图三十九)。（图三十九） 第五步: 观察数据窗口变化(如 图四十)(图四十) 本节重点是了解Gel-Pro针对Dot-blot电泳分析的解决方案。第五章 菌落计数-培养皿计数1. Colony.t

15、if 第一步: 打开图 “Colony.tif “ (如 图四十一)。 选择实验类型” Colony Counting”：图四十一第二步: 打开“Colony Counting”窗口，选择自动计数或手动计数功能。(如 图四十二)。 (图四十二)第二步: 我们主要介绍手动计数功能，选择“NO”，打开“计数”选项窗口(如 图四十三)。(图四十三)第三步: 在“Measure”菜单中选择“Select Measurements”窗口选择想要的计算结果(如 图四十四)（图四十四）第四步: 在“Ranges”中选择计数范围(如 图四十五、四十六)通过在图四十五Segmentation对话框中调节Leve

16、l范围，可对显示的记数点进行选择，被选中的点将在图四十六中显示出来。四十五 四十六第五步: 点击“Count”观察原图中的变化，及“Total Count”数值(如 图四十七、四十八)(图四十七) （图四十八）第六步: 点击“View”菜单查看不同的计算项目：“计算数据”、“统计”、“分布直方图”(如 图四十九、图五十、图五十一)（图四十九） （图五十） （图五十一） 本节重点是让客户了解Gel-Pro应用在菌落计数等相关实验中的解决方案。第五章 测量面积/密度1. Slant.tif 第一步: 打开图 Slant.tif “及” Area Density Tools”窗口 (如 图五十二)。

17、 选择实验类型” Area Density”： 图五十二第二步: 点击“Efine Region” 可以选择以下两种选择范围的工具(如 图五十三) (图五十三)两种工具中前者是魔术棒工具，鼠标左键单击自动选择，按住Ctrl键即可多个选择，后者为手动选择工具。第三步: 利用上面的工具点在图中选取需要计算的范围，点击鼠标右键确定目标，可反复操作(如 图五十四)(图五十四) (图五十五)第四步: 在” Area Density Tools”窗口中可以实时得到相关的计算结果：“平均密度”、“面积”等(如 图五十四) 本节重点是了解Gel-Pro中“ Area Density Tools”测量工具的应用。第六章 实验报告输出Gel-Pro具有自动生成实验报告的功能，单击工具栏中的”Report Generator”，选择一模版后即可。在报考中可插入实验中的图像，表格，使您能轻松完成报告，并能定做具有自