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文档简介
1、如何在如何在NCBIHNF-4基因第基因第4个外显子的序列个外显子的序列1;.2事实上,在事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有还有UTR区域。今天只介绍一种。通过区域。今天只介绍一种。通过Blast是一种办法,但不够直观,需要是一种办法,但不够直观,需要判断的条件要多一些,经验也需要多一些。如果条件允许的话,我们可以借判断的条件要多一些,经验也需要多一些。如果条件允许的话,我们可以借助其它一些专门的软件助其它一些专门的软件,让事情变得容易。让事情变得容易。3准备工作准备工作首先介绍首先介绍NCBI的其中一
2、个软件,的其中一个软件,Splign (点击(点击online,在线运行),在线运行)Splign -通过通过mRNA或或EST序列与所在的基因组序列比对,用于单个基因结序列与所在的基因组序列比对,用于单个基因结构图(外显子内含子)显示构图(外显子内含子)显示, 用户每次只能提交一个基因序列。用户每次只能提交一个基因序列。45进入进入Genbank页面页面或直接进入或直接进入NCBI主页主页GeneHNF-46查询结果查询结果选择选择mouse的的HNF4基因作为今天的例子基因作为今天的例子Mus musculus 小家鼠小家鼠Hnf4a点击这里点击这里基因名会随着版本的升级而变化,当然,以前
3、使用过的基基因名会随着版本的升级而变化,当然,以前使用过的基因名也会保留着。而基因名会对应一个因名也会保留着。而基因名会对应一个GeneID,无论名,无论名字如何改变,字如何改变,GeneID是唯一的。是唯一的。7以下几张都是结果页面以下几张都是结果页面肝细胞核因子肝细胞核因子48GenemRNAProtein从图中看出这个基因有从图中看出这个基因有10个外显子个外显子9在在HNF-4基因的基因的RefSeq区域,我们将可以看到这个基因的参考序列,有区域,我们将可以看到这个基因的参考序列,有mRNA和编码蛋白质序列。这个区域不一定每个基因都有。和编码蛋白质序列。这个区域不一定每个基因都有。NM
4、_开头的序列都是开头的序列都是mRNA序列。序列。10这里是这里是HNF4基因所在的基因组序列基因所在的基因组序列好像有多个基因组可选。其实它们是好像有多个基因组可选。其实它们是不同的人测出的。可以多点几个看看不同的人测出的。可以多点几个看看11 接下来我们进入接下来我们进入Splign的的online界面(见前),你可以通过界面(见前),你可以通过mRNA和基因和基因组的组的Accession或是它们或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。12这里你可以输入这里你可以输入mRNA的的accession或或Fasta全序列全序列直接在这里选一个基因组(直接在这里选一个基因组(Mus musculus )Align开始比对开始比对13 结果一目了然,结果一目了然,10个外显子,而且还显示个外显子,而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序以及对应的基因组比对的序列,并且还
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